让李鸿章在苏州主持江苏的恢复重建工作，曾纪泽是放心的，一方面是苏州本就是江苏巡抚衙门的所在地，另一方面他只是让李鸿章主持民政，并没有放给他调动淮军一兵一卒的权力，手里没有枪杆子，就算李鸿章有野心，也折腾不出什么动静。
此时，李鸿章已由曾国藩举荐，任苏州知府。朝廷对曾国藩极为支持和信任，大凡曾国藩举荐的，一概予以批准。两江四省，大小官员的人事都是曾国藩说了算。当年杨岳斌复出，以为自己可以独立给朝廷上折，结果，朝廷把他的折子转给了曾国藩，意思是他没资格跟朝廷对话。
曾纪泽收复苏州没有杀降，七八万太平军残部，按照事先制定要的投降计划，开出了城外，在淮军的监督之下，放下武器，领取食物，而后进入野外设好的降营休息。
偶尔有忠于慕王谭绍光的小股人马，发起几次微不足道抵抗，但很快都被曾纪泽留守的淮军吴长庆部镇压下去。
李鸿章和吴长庆部约七千人马进入苏州，全面接管了这座饱经战火摧残的城市。数月的封锁与围攻，使这座江南名城繁华毁尽，剩下的只有残垣断壁和一群群饥饿将死的平民百姓，太平军的投降给了他们生存下去的机会。
曾纪泽严令淮军其他团不得擅入苏州，吴长庆性格沉稳，他治下的庆字营军纪严明，由他的团接管苏州，也许可以减少对城中百姓的惊掠。而且，凡是跟着曾纪泽的队伍，都能发极高的足额薪饷，避免他们与曾国荃的队伍一样洗劫平民。
曾国藩和曾国荃纵容吉字营强掠平民，那是因为他们的目标只是把被长毛抢走的地盘夺回来，至于死了多少人，抢了多少东西，蹂躏了多少女人，那不关他们的事。
曾纪泽的想法却与他们不同，他现今打下的每一寸土地，将来都将成为成就大业的根据地，他治下的每一个人丁，也将是为他生产粮食，上交税赋的劳动力，还可能是他扩张军队的兵来源，东西都是自己的，他当然不舍得糟蹋。
虽说淮军的军纪远较湘军要好，但苏州在这些人眼中，依然是一头肥硕的羊羔，一旦有足够的利益诱惑，难免他们有出格的行为。饱受摧残的苏州，已经再也经不起什么蹂躏了。曾纪泽进入苏州之后，就严令不许扰民。
曾纪泽回到苏州，在二虎、苏慕白、苏慕莲等亲兵围护下，策马徐行，他环视着周围依旧萧条的街景，对前来迎接的苏州知府李鸿章说：“老百姓有句话，上有天堂，下有苏杭，千年的古城，却成了这般惨状，真是可惜呀，咱们能在短时间内恢复它的繁华吧。”
“这谈何容易，苏松一带，原本人口稠密，商业繁荣，自长毛之乱以来，连经战祸、天灾等诸多灾劫，现在已是十室九空。就拿这苏州城而言，战乱之前人口有数十万，现今却只剩不到十万，只怕没有个几十年的时间是恢复不过来的
。现在重建，还真不知道从哪里入手？”李鸿章说。
“我们得想办法，从土地改革开始吧。”曾纪泽知道，在晚清那样以农业为主的时代，农业是解决大部分人口就业的基础。到了晚期，土地大量的集中到了少数豪强官贵手上。所以新朝建立之后，基本头件大事就是改革土地制度，什么均田、度田就全来了，虽然名目不同，但目的却是一致的，那就是重新分配土地，让那些无地的流民重新回到土地上去，这样老百姓才能安居乐业。
打土豪分田地的历史，让曾纪泽深知，为实现大业，枪炮不是问题，人才不是问题，外国人也不是问题，满清也不是问题，只有土地才是成败的决定性因素。不过江苏和上海，是曾纪泽自立的根据地。曾纪泽建厂造炮，买船买机器，给将士们发粮发饷，到目前为止，支撑他的不是农民，而是上海的商绅，还有那些财大气粗的大地主。
不过，曾纪泽要在百废待兴的苏州搞土地改革，不用触动这些人的利益。太平军为他很好的解决了这个难题，多年的战争，他们从肉体上消灭了许多地主，还有很多地主畏于太平军的杀戮自杀，许多人抛弃自家的田产逃往他乡，只有少部分地主因为拥护太平军，得以存活下来，淮军攻下苏州，这批人就成了背叛朝廷的人，曾纪泽不杀他们，他们就感恩戴德了，收了他们的土地抵罪，算便宜他们了。
除此之外，还有许多农民死于战火，无论是有地的还是没地的，这都不重要，重要的是战火过后，留下的大量荒置无主的土地。
回到巡抚衙门，曾纪泽让李鸿章以官府的名义，名正言顺的将这些无主的土地收归官有，然后再按照人口比例重新分配，阻力相对而言很小。
李鸿章也同意曾纪泽的想法。曾纪泽话锋一转，道：“苏州光长毛降兵就有五六万，再加上城中幸存的平民，近有十几万张口等着吃饭。如果再算上其他克复的城镇，这个数字就更为庞大，这对咱们的财政可是个不小的压力，你有什么好的解决办法吗？”
李鸿章低声道：“对于平民百姓，咱们自然得方设法调拨粮赈济，粮少些无妨，保证能养活他们到明年的种粮收获就是了。可是那几万多的降兵却实在不是一个小数目，咱们就算要收编也只能收编一部分精壮的，剩下的又该怎么处置呢？留着他们的话，那可是一个极不稳定的因素呀。”
“那依你之见呢？”曾纪泽眉头暗皱。
李鸿章把手横在脖间，做了一个杀头的动作：“依我看，咱们不如效仿九帅，将他们全部坑杀，以绝后患。”
曾纪泽道：“这些长毛，原来也是农民，没必要这么残忍，如果有闹事的，杀领头的就行，现在江苏人口锐减，我们正要留着他们。”
曾纪泽跟李鸿章讲出了他的想法：一个关于土地改革的初步设想
。
“第一步，在全江苏范围内核查统计无主的田地，五亩以上者全部收归官府，五亩以下者，如果所有者在一个月之内者没有向官府申报，也将收归官府。然后，将接收过来的官地出售给农民，地价为耕地主要农作物正产品全年收获量的五倍，由承领农民分二十年平均摊还，不必负担利息，并规定每人所买之土地面积，不得超过十亩，并且，在还完租金之前，不得出卖土地。”曾纪泽说：“这样农民基本上种五年田地，地就是他的了，永久归他。每年的田租也就百分之二十五，不算多。”曾纪泽说。
李鸿章说：“这办法好。而且对经受过战火的农村实行减税，限定租额，地租不得超过全年主产品收获量的百分之二十五，以减轻农民的负担。同时，也保障地主的利益，规定佃农按时纳租，欠缴地租地主可以解雇等。”
曾纪泽说：“你说的有道理。官地的销售，长毛的降卒们也将享受同等待遇，这样便可以较为妥善的解决降卒们的稳定问题。其实很多长毛士兵都来自于无地的农民，这些人因为穷困，在走投无路之下才选择了投奔太平天国。他们不到活不下去的份上，不会造反的。”
李鸿章说：“这的确是一个解决农民吃饭问题和安置降卒的好方法，我们还要鼓励开荒，减租减赋差。”
“确实，只要解决土地问题，江苏会恢复很快的。洪逆广西金田起兵时，不过千余之众，后流窜十余省，待占据金陵时，其下已有百万之众。其所过之处，振臂一挥，当地的农民便是闻风而蚁聚，他们冒着被杀头的危险，加入贼军，除了受到洪秀全那套邪教之说的蛊惑之外，均田地是很大的诱惑！”
“除了土地，还有朝廷的腐败。”李鸿章沉思半晌，叹道：“自乾隆爷以来，朝廷对农民们所征的税日益加重，各地官吏为饱私囊，又巧立名目，倍加盘剥。而八旗贵族和汉家富绅们则不断的强取豪夺农民的田地，致使他们生活日渐的艰难，即使是富庶的江南一带，也多有家破人亡之事发生。这些农民们虽不敢反抗，但心下却怨声载道，长毛揭竿而起他们便群起而响应，虽说是大逆不道，但多少也有些被逼无奈吧。现在连北方也捻贼四起了。”
“少荃兄，你这话算是说到了点子上了。”曾纪泽道，“对了，其实我刚说的那几点意见，多半也是从父亲那里得，他在安庆搞的那套与民休息的政策成效就很不错。我只不过把他的作法改动了一些，以便适应咱们江苏这边的具体情况。你就把这些想法写个折子，上奏朝廷吧，说这是我父亲的建议。”
这两年来，曾纪泽得出了一个结论，但凡遇到比较有争议之事时，只要把他曾国藩的名头搬出来，多半就能压服不同的观点，朝廷也不会有什么意见，一般是照准。
“我马上上折。我刚才细细一想，你的办法对于解决饥民温饱，安置降兵这方面确实很有利
。而且战争即将结束，也该考虑着手恢复生产，那么多的土地空置着，到底还需人来重新耕种，把无主的土地卖给农民，咱们既能赚一笔银子，还能尽快从他们手上征税，可谓一举数得呀，我想朝廷不会有意见。”李鸿章的脑袋还是转得挺快的，“另外，原来苏州的手工业比较发达，比如苏州刺绣，洋人都喜欢，我们也可以鼓励恢复。”
“很好。”曾纪泽道，“不过手工业这事不急。你牵头先成立一个‘土地署’，专门负责无主土地官有化和销售的所有相关事宜。”
“好吧，我来负责这事。”李鸿章这人一向报负很大，绝非那种甘愿永久屈居于幕府之中的人，先前曾纪泽任命周馥为徐州知府时，李鸿章心下还闹了不小的情绪。他原本以为知府人选是非他莫属的，却不曾纪泽意外的选择了周馥，这让他很是失望了一阵。现在曾纪泽将更为重要的苏州知府的职位交给了李鸿章，还让他负责土地改革这么重要的事，他很乐意，但是脸上很平静，没有任何欣喜的表情。
“少荃，你难道没信心接手苏州这副烂摊子吗？你要没信心，那我可找别人了。”曾纪泽见李鸿章一脸平静，估计笑道。
李鸿章赶忙说道：“我当然有信心了。放心吧，大公子，不用一年的时间，我就让这苏州不但不要你一粒的救济米，还能重新上交税赋，支持江苏衙门。”
“好！你办事，我放心！苏州就交给你了。我还有别的事。”曾纪泽说。
苏州克复，长毛在苏南一带的主力基本丧失殆尽，但这并不意味着长毛的势力彻底被驱逐出了江苏，他们仍然占据着常州等数座重镇。在拿下苏州后不久，曾纪泽即调刘铭传、潘鼎新、张树声等三个团分路进剿太平军残存势力，又命张树珊团南下，支援进攻嘉兴的淮军部队。
这时，江苏全境基本是全部被淮军拿下。曾纪泽之所以把江苏政务交给李鸿章，是因为曾纪泽收到清廷的拨款了，五十万两白银，全部拨给他的江苏衙门，责成他在上海建一座近代化的造船厂。
曾纪泽决定亲自抓建设，建造这座船厂，将来造出可以媲美洋人的坚船利炮。曾纪泽的淮军兵力毕竟有限，战斗力也难以达到欧美军队的水平。他想先拥有一支近代化的海军，纵横于中国万里的海疆线，无情打击愚昧闭关的满清。
曾纪泽知道，洋人之所以能在两次鸦片战争中打败清军，最大的利器并非他们先进的枪炮，而是他们所向无敌的舰队。他们游弋于中国漫长的海岸线，选择清军防守最弱的环节，集中兵力发起进攻，当清廷闻知信息，要调兵遣将时，战事已然结束。于是，号称百万之众的清军便被几万洋鬼子牵着鼻子走，完全不知道他们下一个目标是哪里。海军的绝对优势，才是洋人能够在中国的土地上一而再，再而三击败清军。
曾纪泽心想，以后要对付满清和列强，建立一支强大的海军是必不可少的
。而现在，正是建立舰队的大好时机。慈禧听从文祥和曾国藩等人的建议，已经把著名的阿思本舰队解散了，这支舰队的各主力军舰，阿思本和李泰国正头疼，准备带回伦敦低价拍卖。曾纪泽准备让人暗中把阿思本舰队给买下来。(。)