明末时，菲律宾群岛并不直属西班牙本土政府，而是作为新西班牙（即墨西哥）的一个行省来管理的。崇祯八年五月，科奎拉抵达马尼拉，正式就任菲律宾总督。
科奎拉经历比较复杂，曾经在佛兰德斯、秘鲁与当地的“猴子”作过战，后来升至巴拿马总督，现在，又跑到菲律宾，周旋于摩洛海盗、荷兰人、葡萄牙人及英吉利人之间。
南洋的形势较为复杂，多方势力纠缠在一起，斩不断、理不清，比一堆乱麻还乱。首先是大明与葡萄牙、荷兰、西班牙之间的矛盾。自万历三十年后，大明几乎与葡萄牙、西班牙、荷兰、英吉利都打过仗，而且毫无例外地都获得了胜利，这还是日薄西山的明末么？
最近，与大明爆发冲突的葡萄牙人最为悲情。葡萄牙人在多年的经营之后，形成了两条黄金商路，一条就是广州——澳门——长崎，另外一条就是广州——澳门——马六甲——果阿（里斯本），可是，在林纯鸿强行占据澳门后，葡萄牙的优势地位受到了严重挑衅，颇有集结舰队夺回澳门之势。
其次乃葡萄牙和荷兰之间的矛盾，葡萄牙衰弱的速度非常快，自然引起海上马车夫的觊觎，为了得到马六甲和果阿，荷兰东印度公司一度派遣舰队封锁马六甲和果阿，双方对决层出不穷，冲突呈扩大之势。
此外，就是西班牙与荷兰之间的矛盾。荷兰在南洋的气势颇有点咄咄逼人，自然不会放过吕宋岛。双方一度兵戎相见，荷兰曾经派出十多艘战舰封锁马尼拉，西班牙仅仅派两艘战舰迎战，结果让人大吃一惊，西班牙战胜了荷兰！由此可见，西班牙舰队的实力颇强！
至于英吉利人，至今还处于敲边鼓的阶段，只是偶尔派一支舰队来南洋晃一晃。
科奎拉还在巴拿马总督任上时，就对南洋的形势有所耳闻。抵达马尼拉后，又下了一番苦功夫了解形势，有信心为国王陛下守住这块海外殖民地。
按照《托尔德西里雅斯协议》，西班牙不可能穿越马六甲海峡返回欧洲，只好建立了马尼拉——阿卡普尔科（欧洲）航线，从墨西哥运来大量的白银，换回中国的生丝、丝织品、棉布等大宗商品。然而，目前西班牙处于战略收缩阶段，国王陛下实行限制贸易政策，导致此条航线的价值有所下降。
更关键的是，墨西哥的白银产量大幅度下降，致使马尼拉的商船数量日渐减少。
科奎拉当然对这些情况了如指掌，他认为，只要投入精力剿灭棉兰老岛及苏禄群岛上的摩洛海盗，就可以保证吕宋岛的安全。总督一职，可谓轻松惬意。
不过，上天和他开了一个玩笑。
上任不到一月，他就听闻，大明帝国广东总兵林纯鸿咄咄逼人地宣布：“南洋乃大明之南洋，绝不允许大明以外的任何人染指。”
科奎拉当时还有点幸灾乐祸，毕竟，当今南洋的第一势力乃荷兰，他巴不得荷兰与大明打得难解难分，然后西班牙渔翁得利。然而，他得意还不到一天，林纯鸿又宣布，两年内将攻击吕宋岛！
“噢，我的上帝，难道大明人都是这么狂妄自大吗？”
听到林纯鸿的狂妄之言后，科奎拉对林纯鸿的第一观感就是“狂妄无知”。科奎拉对林纯鸿舰队的实力非常了解，知道其麾下两层甲板战舰有七艘，其中福甲号十八磅加农炮四十门。如此的舰队规模和实力，科奎拉直接下了判语：不堪一击！
不过，更让科奎拉嘀笑皆非的是，福建的另一个副总兵郑芝龙也宣布，要进攻吕宋岛。
“哎，我的上帝，原谅这帮野蛮人的狂妄无知吧！”
科奎拉划着十字，用怜悯的语气念叨着，“我的上帝，他们的船能开到马尼拉么？”
于是，科奎拉对大明的动态不管不顾，将目光投向了盘踞在菲律宾南部的摩洛海盗，派出八百人的部队进攻巴西兰岛，大获全胜，受到了英雄般的凯旋仪式欢迎。
同时，他为了降低军费，还招募了三个团的当地士兵，为总督府服务。
做完了这两件事的科奎拉志得意满，满以为可以安稳坐等下次升职。哪想到，林纯鸿存心不让他舒心，造出了三层甲板大战舰，火炮总数达到九十六门，还在安南红河口大展神威，一个时辰内摧毁了巴喇炮台！
科奎拉坐不住了！
他立即派人了解林纯鸿的造船、铸炮实力。一个月后，从广州传回的消息差点让他崩溃，长洲造船工坊的船坞上，同时开建的三层甲板战舰有三艘！
而且，科奎拉的探子还了解到，自琼州府运至广州的铁矿石源源不断，按照运送的铁矿石量来估计，月产二十门重型火炮应该不是问题！
四艘三层甲板战舰！三百八十八门重型火炮！科奎拉感到害怕了，以前他引以为傲的菲律宾舰队，现在在他看来是如此地孱弱，仅靠这些战舰，如何抵挡林纯鸿？
科奎拉不愧为西班牙杰出的军事领袖，稍作思考，各种对策应运而生，如行云流水一般开始运作。首先，他给西班牙国王陛下写了一封信，将自己了解的情况作了详细汇报，并极言大明之威胁，请求西班牙本土对菲律宾进行支援。
另外，他又给葡萄牙果阿总督、荷兰东印度公司总督各写了一封信，极言“南洋乃大明之南洋”的危害，希望三国在南洋抛弃前嫌，共同应对林纯鸿的威胁。
最后，他对下属下达了一条命令：“立即令马尼拉造船厂造大量的小型火船，发挥近海作战的优势！”
下属非常疑惑，忍不住提醒道：“尊敬的总督阁下，造火船不是问题，问题在于，造出来后，何人去操纵？”下属说的乃是实情，除了菲律宾舰队外，岸上的西班牙人不超过四千人，哪有那么多人手操纵火船？
科奎拉一愣，随即气急败坏地咆哮道：“招募当地士兵！马上给我开始招募，马上训练！”
下属耸了耸肩，非常不情愿地称了一声“是”。退下时，心里还在不停地嘀咕：火船有用么？那帮猴子要是学会了操纵船只，恐怕母猪也上树了！
……
科奎拉焦头烂额时，林纯鸿正在听取南洋局势的汇报。
海军军情处处长凌云华的汇报显得冗长无比，直说得他口干舌燥，接连喝光了三杯茶，还是觉得口渴无比。
最后，凌云华将摊开的报告合上，道：“总之，南洋就是乱局纷呈，各方捉对厮杀，唯一的一条线就是利益！”
林纯鸿赞许道：“非常详实，说得也很好，对，背后的操纵者无不是利益！”
林纯鸿喝了一口茶，继续说道：“说来说去，南洋乱是乱点，但不是没有头绪！照我看来，这里面只要抓住两个焦点，就可以把南洋的局势理清！”
“第一个焦点就是货物来源，说穿了，就是生丝或者丝织品来源！无论对倭国商路，还是欧罗巴商路，生丝和丝织品的利润最高。这些年来，葡萄牙、西班牙和荷兰为何前赴后继地攻打大明？除了这些西洋人对大明花花江山的觊觎之心外，扩大生丝来源就是最重要的原因！”
“可以这么说，谁能获得大明的独家贸易权，谁就能在南洋独大！葡萄牙势力衰弱无比，却能在南洋谋得一席之位，与澳门独特的地位密不可分！葡萄牙明知打不过咱们，还面临着荷兰人的威胁，却厉兵秣马，试图夺回澳门，原因就在这里！”
凌云华的反应相当快，略作思索，道：“军门的意思就是说，如果我们介入南洋，前景非常广阔，因为我们可以毫不费力地控制生丝来源！”
林纯鸿道：“对！不过，目前还有一个竞争者，就是郑芝龙，而且郑芝龙的条件比我们还好，他与江南官绅的关系颇为密切，更是得到了他们的暗中支持！”
凌云华默默地点了点头，作为军情处长，他对郑芝龙与江南官绅的关系心知肚明。
林纯鸿继续说道：“第二个焦点就在于马六甲海峡！如果我们不介入南洋，我估计，葡萄牙和荷兰当有惨烈一战，战争的目的就在于争夺马六甲海峡！荷兰目前被誉为‘海上马车夫’，实力非常强大，绝不会放过马六甲这个战略要地；葡萄牙虽然日薄西山，但绝不会就此放弃马六甲，临死之前当有一番拼死挣扎！”
“现在，我们介入南洋，葡萄牙和荷兰能不能打起来，就难说了，我最担心的就是，西班牙、葡萄牙和荷兰，乃至英吉利人联合起来在南洋对付我们！”
凌云华眉头微皱，提醒道：“我们应该小心郑芝龙狗急跳墙，与西洋人联合对付我们！”
林纯鸿目露赞许之色，道：“对，所以我们目前不能逼郑芝龙过急，否则后果不堪设想！暂时，我们只能与郑芝龙分润海洋之利，待控制马六甲海峡之后，再回头解决郑芝龙！”
说完，林纯鸿满脸憧憬之色：“控制了马六甲，天高海阔任鸟飞，广阔的西洋、西大洋任邦泰肆意泼墨！”