整整一天时间，南京城终于恢复了平静，勤王大军得到了足够的赏赐，心满意足，甚至是感恩戴德地回去了，只剩下一万余名正规军，分成数路，监视控制着全城，保卫着核心的机关重地。
三巨贼潜逃，现在，又知道了一个卢九德，张由松立刻吩咐，要江南的各州县缉拿。然后，派遣骑兵，八百里加急，向河南山东的各军将领通报，要他们放心驻军，安然对敌，不必挂念江南的叛乱。
北伐大胜，江南平叛再胜，使张由松的政治和军事威望，达到了空前未有的高度。也使他的野心，开始膨胀起来。
他要迅速地整顿江南，清除所有反对势力，彻底安定团结后方，然后，倾注强力，向北进攻。“战争，胜利，不过如此。”
三天时间，南京彻底地安定下来，这三天，张由松不敢马虎，再不敢去李香君的香巢里温柔，也不敢去找任何一个美人儿，以为他知道了卢九德参与叛乱的消息以后，异常震惊，对身边的每一个人都产生了焦虑。
卢九德曾经属于他的亲信呢。
“他是被胁迫还是主动参加的？必须要搞清这个问题，这是关键，有的时候，叛乱势力强制别人随从，或者打着别人的名义。我们要谨慎从事，免得冤枉了好人。”
对于卢九德的事情，张由松派遣了许多人去追查，在南京城里的锦衣卫队，凡是明着的，都被马士英等人逮捕杀害了，暗着潜伏的人，才勉强保留了性命，他们毕竟是专业的情报员，对许多情况都有了解。
在武英殿里，张由松召开了第一次南京变乱后的朝臣会议，发现这儿的朝臣，明显减少了四成，这些人，都是或多或少参与叛乱的人，不是逃亡就是自杀了。
“皇上！皇上！微臣惭愧，惭愧啊。”史可法跪在殿下，痛哭失声，他单薄的身体，更加削弱了，脸上胡子拉渣，形容枯萎。
“起来起来，史爱卿，立刻起来，给朕起来！”张由松端坐在大殿上，热情地招呼他。
“皇上，臣有罪，臣不敢起来！臣万死难辞其咎！”史可法的沉痛是必然的，作为留守大臣，你没有镇住南京城，自己也成为阶下囚，这是渎职罪。
“好了好了。”张由松从殿上的宝座上下来，走到了史可法的跟前，将他搀扶起来：“史爱卿，只要你是一个忠臣，这就够了！至于马阮二贼的叛乱，南京震动，这都是天数，命运，我大明国家合该遭遇此二贼者，与你关系是有，但不大！”
史可法激动啊，他差一点儿就见不着皇帝了，在叛乱初起时，他就被马士英阮大铖一党人重点关照的对象，将其突击逮捕，一直关押着，在愧疚和沮丧之中，他开始了绝食抗争，已经绝食多日。
“可是，罪臣恳求皇上，惩罚罪臣，罪臣心里，才能稍微安分些！”
史可法的态度，几乎是整个大明留守臣子们的心态。军事统帅徐允爵，也跪在殿下，不敢抬头，当张由松点他姓名时，他一个劲儿说：“臣死罪，臣死罪！”
这帮人确实笨蛋，有军队，有最先进的武器装备，有大明都城的最高权利，居然被人家马士英，阮大铖等全部给抓了？
这些大臣，还是很强硬的，坚决不从叛乱，而他们的名声太高，马阮二贼又不敢杀害，只能无限拘禁，另外还有一批大臣，在人家的胁迫下，被迫做了伪臣，现在，都在那边跪着等皇帝处分呢。
其实，这帮人的真心，并不惧怕，因为他们听到了皇帝的处理意见，知道要从宽，所以，一面痛哭流涕地表示忏悔，一面将自己如何被迫的情况讲了出来。
凡是真心跟马阮二人干的，知道皇帝是个精明强干的人，眼里揉不得沙子，早就窜了，死了，这帮能来的人。都属于当时骑墙的家伙。
“哈哈哈哈！”张由松在沮丧沉闷的气氛里，忽然哈哈大笑。
群臣惊骇，莫名其妙。甚至猜测，皇帝是气极而笑，说不定，立刻就有人倒霉了。
“吃一堑，长一智！经过这一场大事变，诸位文武大臣，一定能够清醒起来，坏事也是好事嘛。，”张由松向群臣表示，自己处理此事的原则是，从宽发落，任何人，只要放下武器，都可以保住性命。他还讲述了原因，此事一结，所有的叛乱势力遭受沉重打击，再也无力反抗了，只有从宽，才能够迅速安定人心。
讲了很多好话，对沦为阶下囚的笨蛋大臣们，进行了一番慰问，勉励他们好好干。
马阮卢李四人，是叛乱的主心骨，潞王则是名义上的共主。对于如何处理他们，张由松征询了大臣的意见。这一回，大臣们都牛叉起来。
“皇上，除恶务尽，此前，就是因为皇上仁慈，对于马士英，阮大铖，李本深等的处置太过宽容，这些人，不思悔改，把皇上的善良皇恩当成了软弱！”
“应该将大逆之人，明正典刑！”
“潞王为首恶啊！必须除之！”
现在，史可法，姜曰广，高弘图等人，还有钱谦益等，都活跃起来。纷纷以受害者自居。要求对敌人进行残酷清算。
张由松没有太多的答复，转化了话题，要求重建南京城的秩序，特别是行政机关的正常运转等，对于部分的缺额官员，进行了补充，部分官员得到了提升。对于南京的城防，做出了新的安排，对于所有的渎职官员，进行了适当的惩罚，比如，史可法降薪金，徐允爵降爵位，国公一气降成了伯爵，这些东西，都属于过场，虚荣一类，谁都知道，不是关键。
这一场变乱，虽然把张由松搞得非常被动，可是，不幸之中的万幸是，马士英和阮大铖还没有大开杀戒，如果将南京城杀得血流成河，才更象政变。
朝臣都还在，皇宫的美人都安然无恙，张由松辛辛苦苦搜刮的金银财物等，被叛乱军用了两千万，其余的三四亿还在，也算侥幸。接着，张由松又跑去了军工企业，将那些被俘的军工企业的技术人员都解救了，也安排了。这些人见了皇帝，愧疚得趴在地上，再也说不出话来。
最后轮到解决潞王的问题，本来，张由松是要赦免他的，谁知道，他自杀了！
张由松赶到了潞王被监禁的地方，只见他已经浑身颤抖，脸色青灰，“潞王？潞王，你傻呀，你为什么要自杀？”
张由松抓住他的手：“潞王？”
潞王仰躺着，因为背后有被子垫起，可以半卧，他因为见着了皇帝，而激动不已，颤抖的嘴唇，话语已经不是多清晰了：“皇上，臣罪该万死！”
“你？潞王啊，其实，这事情都怪马士英和阮大铖，他们是报复朕，要颠覆朕的江山，至于你，不过是他们的傀儡，你就算有罪，朕也能原谅！你这又是何苦！”
对于政治的残酷性，张由松没有多深切的阅历，就是这次，马阮二人，也没有恶毒报复，否则，张由松肯定是另外一个脾气了。
“臣有罪，臣。”潞王临死，才向张由松透露，他确实将皇宫里的几个美丽宫女挑选出来，招进自己的宫里享受了。“臣恳请皇上，不要株连臣的家人！”
潞王死得很痛苦，他服的药不是多正规地道的药，害得他延续了一天时间。
这一天时间，张由松陪伴在他的身边。