西安之战前夕，张献忠狡猾地逃窜，进入了四川境内，这个家伙，善于打游击战，之前就和崇祯时代的明军战斗了很多次，一会儿投降，一会儿再反叛，没有一点儿人品，部队的官兵，也飘忽不定，时而数十万，时而只有几百人，反正，只要明朝末年有的是社会动乱，有的是穷困潦倒，有的是流离失所，就有的是士兵。
在西安城中，张由松俘获了多名大西军的将领，。数百名官员，这些都是张献忠在最近的两年时间里，因为皇帝的让步才发展起来的，张由松亲自接见了这些官员，安慰了一番，要求对他们进行审讯，鉴别，之后则予以安排。
基本上，没有惩罚任何人，甚至许多官员的级别都有所提升呢，只是任官的地点被修改了，不少人调离了西安，陕西。
就这样，这些战俘还是万分感谢皇帝陛下，因为他的宽宏大量地政策，使这些人有了生存之机会。
一是宽大，二是掺杂“石子”，使大量的明朝官员和陕西的大西军官员夹杂在一起任用，张由松很轻松地就摆平了陕西。整个陕西迅速平定。
事情到了如此地步，大明官军的非凡战斗能力已经暴露无遗，大西军的抵抗已经失去了意思，张献忠尽管先知先觉，也不过是逃得暂时的一条小命，所以，在四川北部山峦之中的他，惊喜中沮丧，惊喜的是自己临机决断的逃跑，沮丧的是已经惨败了。
明军各路大军聚集起来，向四川进军，此时，调集了在湖北一带养精蓄锐好几年的地方藩镇力量左良玉的部队，要求他增援十万军队，西进讨伐四川的张献忠，并且约定了时间，明军的主力从陕西河南一带分路突击，进入了四川，一面要寻找张献忠的主力决战，一方面，还要防止张献忠狗急跳墙，反过来突击到河南湖北等地区，反正这家伙这样干的事情不少了。
在川北，利用特殊的山峦地形，张献忠还派遣了部分部队进行了抵抗，但是，在明军的巨大火力之下，显得螳臂当车，可小可怜，迅速地被摧毁了。
明军这时候，在南京囤积了不少的武器弹药，还在北京城郊外建立了新的军火工业，所以，武器弹药绝对不会少。源源不断的弹药供应，使明军有了底气，动不动就朝着大西军的阵地猛轰，轰得大西军的部队根本没有抵抗的可能性。
经过一系列战斗，明军突破了障碍，进入了四川的腹地，接着，以皇帝的名义，号召所有的官民都起来迎接官军，帮助官军，驱逐大西军的部队，迫使其投降。这是一个政治总动员令。这一动员发出，本来就忍辱负重的四川官员，百姓，纷纷起来，遥相呼应，在很多的州县，都建立了自己的军队，和大西军的政权和设置的官员开战。大量的大西军的地方政权被摧毁。
无论如何，四川的情况还是不错的，没有那么多的阶级矛盾，也就缺乏支持张献忠政权的主流思想和人员，很多人在之前张献忠占有四川的时候，都很愤怒，毕竟，这是个贼啊。正统思想还是很浓郁的。
大量的明军将领，地方民团，或者文人书生，就有的四川官员，纷纷揭竿而起，响应王师！
很快的时间里，明朝的忠义反正部队，就有了二十多万人，控制了绝大部分的地区，张献忠的部队势力范围，只能局限在成都附近。
张由松军数路逼近了成都，还没有展开大包围，就被张献忠发现了危机，他率领自己的亲信部队一万余人，转身就逃了！
为了彻底地击败张献忠，张由松大量地任用了大西军的战俘将领，给与其兵马和待遇，并且保证，以后要继续任用他们，给出了明确的官位和任职地点，象艾奇能，李定国等将领，都封为游击将军或者参将一类的，官职不多高，但是，他们才确信这是真实的，于是，带领部队，向着张献忠的地方追逐。
张由松的要求是，尽量向张献忠要求，迫使他投降。而不是彻底地消灭他，这样，所有的张献忠原部将们，就没有了那么多的心理负担和道德愧疚感，做起事情来，相当努力勤奋。
明军先后在数个城市发现了张献忠的踪迹，立刻追赶，。但是，都被这个游击战的高手躲避了，这家伙将不对全部武装成骑兵，一日一夜数百里，在四川的东部一带的山地里穿梭。
张由松改变了办法，开始在四川，湖北一代设立了治安战的综合指挥部，命令在四川地带的州县都驻扎明军，因为武器装备的改进，明军的单位战斗力得到了增强，所以，只要有千人的部队驻扎下来，一个县城就有了绝对的安全。到了后来，张由松继续武装部队，增加迫击炮和步枪和弹药，结果，在四川东部一带的明军，往往一个营四百多人，就能够牢牢的坚守住一个县城，加上对县城百姓的动员，张献忠军根本没有任何机会。
张由松军一面大量驻扎军队，一面坚壁清野，将大量的百姓都暂时地请到了城镇中居住，断绝可能的张献忠军的给养资源。
张献忠军曾经夜袭某县城，结果，三千余人的张献忠军，冒充明军官兵，突然袭击，打进了城中，依然没有占到便宜，一百多名明军利用炸弹，三门飞雷炮，两门迫击炮，三十杆步枪，在半个小时的时间里，利用炸弹燃烧起来的火焰为照明，将张献忠军的三千余人，打得大败。击毙了大西军三百余人，击伤二百余人，就连张献忠本人都负伤了。
张献忠在游击战的过程中，数次进攻明朝的县城驻军，但是，都没有站到任何便宜，甚至，使自己的部队越打越少，最后，只剩下了一千人。
这一年的七月，张献忠的残兵败将袭击万州，希望能够狠狠地捞上一笔，取得物资补充，可惜，在拂晓前的袭击，虽然破了城防，却误入了陷阱！
明军在此，有一个千人的地方民团的忠义军，有正规军一个团，千二百人，迫击炮十门，步枪八百余支，结果，明军在开始的仓促应战的不利情况下，依然合围了张献忠军，张献忠军的官兵，奋勇作战，也只是将他们的统帅，所以的西营八大王给勉强留出一个逃生的机会。
万州之战，张献忠只剩下了三十骑兵。
这时候，李定国上前，遭遇了他，向他表示了皇帝的意思，于是，在反复考虑了以后，这个桀骜不驯的枭雄，终于地低下了疯狂的脑袋。
张献忠投降朝廷，朝廷宣布了大赦，并且封赏为大西王，封地在四川西部的藏族地区边缘，只有一个县城，其余的事情，你自己想办法，反正，给你一条生路，也算是对你手下投降的十万官兵的面子了。
张由松没有接见张献忠，知道后者狡猾成性，未必敢来见自己，就由李定国出面，监督他带领部下，转移川西地区了。
其实不管四川西部还是云南一带，或者甘肃青海，都是边缘地区，在缺乏足够人力资源的情况下，你顶多也就是一个野心勃勃的土司，出不了大彩头！