在台湾休整了一个月时间，主要是适应了情况，然后，明军舰队回到了福建，在台湾，设置了行省的级别，由郑成功担任巡抚，并且将东南沿海的总督的办公地点设立在这里。
在福建，明军的舰队进行了补充，弹药和人员，有休整了一个月，在大陆上，调集了三万名陆军部队，并且筹备了新的商船等，还将泉州和福州新下水的战船十余艘都编制了大舰队之中。
这年的七月底，也就是西元日历的八月下旬，天气已经消暑，明军立刻集结队伍，做了充分的准备，从泉州出发，向荷兰所属的印度尼西亚杀去。
百十艘大明军的舰队，由战舰和运输舰组成，保护了大量的商船，海军一万人，陆军两万五千人，目标是爪哇岛。
明朝舰队浩浩荡荡地出发，经过了南海，菲律宾的西部海域，然后了马六甲，在这儿，柔佛岛上的荷兰军队，成为大明军进攻的目标，这个岛屿，就是后来著名的狮城新加坡。
荷兰军队在这儿，建立了多个堡垒工事，修筑得相当坚固，而且，濒临海岸线都在大炮的射程之内，荷兰军的指挥官相当自豪，认为这儿是无法突破的防犀荷兰人可以长期的控制住马六甲这个宝地，自然也会有无穷无尽地利益。
荷兰军队一千余人，都觉得自己很牛逼，他们的破旧佛郎机大炮，都觉得世界第一，美没人能比，所以相当傲慢。
明军在揆一等人的指引下，舰队迅速地赶到了这里，因为使用了蒸汽机动力，明军的速度比自然地风帆快了许多倍，这里，明军立刻放下几艘小船，由荷兰俘虏坐着去向荷兰军要求，劝告他们投降。
荷兰军大惊之下，也非常愤怒，立刻朝着明军的舰队开炮轰击，因为距离较近，明军两艘轻型巡洋舰被击伤。
张由松勃然大怒，立刻吩咐部队进攻。
明朝的几艘重型巡洋舰和几艘战列舰，朝着柔佛岛屿上的荷兰军队阵地，特别是炮台，进行了猛烈地轰击，然后，轻型的巡洋舰逼近，掩护运输舰开始登陆。
荷兰军队的炮台，不堪一击，瞬间就被打成了废墟，坚守炮台的四百余名官兵非死即伤，在没有一个完好，就是荷兰军的指挥官都被打断了双腿。
明军陆战队登陆了一个营的部队，四百五十一人，他们用迫击炮和步，炸弹，将荷兰军的残余兵力压制得根本没有一点儿的反抗能力，荷兰军无奈之下，发起了愤怒的自杀性冲锋，充当了倭国人的战术祖宗。
一排排步子弹，暴风骤雨一样，将可怜的荷兰军队扫灭在阵地前。
荷兰军全军覆没，战略地位极为重要的马六甲海峡，被军队掌握，这儿的高地上，大明的旗帜高高飘扬。
荷兰军后被证实，被歼灭全部的一千四百余人，而明军只有三人受轻伤。无一死伤。
因为战斗的结果如此可怕，所以，很多荷兰人将这一战称为柔佛大屠杀。
张由松带领舰队逼近了海岛，并且亲自登陆，观赏了岛屿上的景色，然后命令随同作战的原张献忠军的部将李定国为柔佛总督，负责坚守这一带，管理过往的各国船只，并且收取保护费用，自然也得打击海盗等等。这儿留下来一千五百名官兵，四艘轻型巡洋舰和两艘运输舰。
张由松的舰队，稍作停留，就返回东南方向，一路扫荡，向荷兰所属的印度尼西亚的腹地爪哇岛发动了远征战斗。
一路上，遇见了多批荷兰舰队，都是小船，虽然很坚固，航行的技术很棒，可是，面对舰队的轰击，没有丝毫的还手之力，不是投降就是被歼灭，先后有数千名荷兰军和荷兰军编制下的殖民地军遭殃。
主力舰队直逼爪哇岛。
爪哇岛是印度尼西亚最重要的岛屿，关键不是它的面积大小，而是其气候水文等条件特别适宜农业发展，所以，现在的印度尼西漾家，拥有四大岛屿，其人口的绝大部分，却都不在那儿，而是面积只占全国百分之七的爪哇岛，其人口却占全国的百分之六十五。
基本上。这个千岛之国，真正的核心之在爪哇岛上。
沿途一路扫荡的舰队，迅速地赶到了这儿，然后，和这儿的荷兰舰队的主力进行了连番的大战斗。
很多明朝官兵在后来回国以后，心有余悸的回忆道：“真不知道那些荷兰人士怎样想的，明明不是对手，非要往前死冲！”“是啊，我亲眼看着一船的荷兰人被炮弹击飞，在半空中被单片切割成看了碎片，可怕极了。”“你们不知道，那打仗的时候，海面上漂浮了一层的荷兰人，都是白脸红毛高鼻子，在海面上哇哇乱哭！咿呀，叫人都不忍去听！”
明军战舰六十余艘，荷兰战舰一百余艘，可惜，战斗进行了三十分钟，荷兰人就全部败退了。
荷兰人没有一发炮弹打到明军的战舰群里，因为，明军就不给他们这样的机会！明军仪仗自己的大炮射程远的优势，早早地轰击，将荷兰战舰都击沉了。
惨烈的战斗进行了下去，因为荷兰舰队知道不是对手，只有迅速地撤退，可是，他们的迅速，在明军蒸汽机动力的追赶下，缓慢得就像是蜗牛在爬！明军的舰队追赶过去，轻易地追上了，一阵狂轰滥炸，将这些战舰大多数击沉了。
明军的战舰，船大炮粗，威力，荷兰军的战舰根本不是对手，而且战斗中，明军往往以战列舰或者重型的巡洋舰为先锋，包裹有铁甲的巨舰更是荷兰军无法突破的屏障。
荷兰舰队在爪哇岛周围海面的战斗中，完败了。
惨败的荷兰军舰队，成为一大群的可怜虫，最终，被动了恻隐之心的军队拯救上来不少，其余的，不是被海浪冲赚就是被巨型海鱼吞噬，那时候，因为捕鱼技术和设备的问题，海洋的生态还相当原始，大量的肥壮鱼群疯狂地围攻过来，将许多还在惨叫的荷兰军人拖进海底深处，再也没有上来。
没有办法，就是张由松都对荷兰人得悲惨遭遇感慨万千。
明军部队登陆，开始向爪哇岛挺进，部队分为几个部分，占领了岛屿上的最关键地带，因为这里有大量的华侨居住，他们成为大明官军的带路党，甚至直接参与战斗，使明军的进展极为神速。
数天之内，明军部队了爪哇岛！荷兰陆军，特别是武装的土著居民组成的伪军，进行了英勇抵抗，给明军造成了不小的障碍，可惜，明军用先进的步，没威力儿灵活的迫击炮，将这些敌人轰得支离破碎，晕头转向，凡是战斗的地方，都大量的铺垫着这些人得尸体。
明军以一百零七人的伤亡，歼灭了荷兰军队和伪军共计两万三千多人。