然而，古代玛雅人给我们的困惑还远不止于此。科学家们发现，当有光束照在这颗头骨上时，隐藏在基底的棱镜和眼窝里用手工琢磨的透镜片组合在一起，能产生一系列光学变化，它所发出的炫目光束，有一种催眠般的魔力，会让人出现幻觉、幻听等现象。曾经研究水晶头骨长达6年之久的水晶专家富兰克。多兰德先生说，他在与水晶头骨共处时，能听到一种”非常安静又引人注意，像是从高音大钟发出”的声音，还能从水晶头骨上看到”山峦、庙宇”等图像。更有人在抚摸过水晶头骨后，发现自己身上的疾病居然奇迹般地治愈了，种种神奇的现象实在让人无法理解。近代光学产生于17世纪，古代玛雅人不可能会运用。
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所有集中在水晶头骨上的谜团都让人匪夷所思，于是一些崇尚神秘主义的人们干脆把它归之为是天外来客的杰作。而当他们即将离开之前，又把水晶头骨作为礼物送给了玛雅人，之后，玛雅人就把它一直保存在金字塔里直到被安娜所发现。对于这种说法，科学家们无从考证，但当科学不能对一些神秘现象做出合理解释时，这种推测反而更容易让人接受，或许它真是外星人的杰作呢。
真实来历遭质疑
米歇尔？黑吉斯水晶头骨聚集了种种神秘现象和不解之谜，使得人们对它的猜测也越来越离奇，但实际上，这颗头骨并不是第一个也不是唯一一个被发现的头骨。
到目前为止，世界上总共发现了大约十几颗水晶头骨，其中有3颗保存在博物馆或研究机构内，其余都被私人收藏。
而且，这十几颗水晶头骨也不全是玛雅人的遗物。但是在所有的这些头骨中，米歇尔。黑吉斯头骨无疑是纯度最高、最完美也最神奇的一个。
也许正因为这颗头骨太完美了，以至于遭到了人类的妒嫉，让人怀疑起它的真实来历。尤其是这个水晶头骨的具体出土时间，安娜本人竟有不同的说法。她在1962年接受采访时说，水晶头骨是在30年代末，由她的父亲在一次挖掘玛雅遗址的时候发现的;1968年，她给一个研究水晶头骨的专家写信时又说头骨是在1926年发现的;1982年，她回答学者尼克尔的询问时，又变成是1924年;在1995年出版的《水晶头骨之谜》里面，又说水晶头骨是在安娜17岁生日那一天发现的。
这些，都不得不让人怀疑米歇尔。黑吉斯水晶头骨的真实来历。
一切也许都是谎言
调查者还发现，在印第安人中，只有古阿兹特克人有雕刻头骨的习惯，而古代玛雅人并没有这样的习惯，这就更使得笼罩在这颗头骨上的神秘光环显得越来越虚假了……
科学家们认为，水晶是一种神奇的东西，很容易令人着迷，另外，头骨也很容易让人联想到死神和死亡，用水晶来雕刻头骨，这种催眠的作用一下子就加倍了，所以容易受到暗示的人就会被它催眠，产生幻听、幻觉。
2005年1月，一起震惊考古界的事件发生了:英国大英博物馆的墨西哥古阿兹特克人的水晶头骨被科学家正式鉴定为是赝品，考古界为之哗然。
与此同时，人们对米歇尔。黑吉斯头骨也提出全面质疑。
这两颗头骨虽然来源不同，但总体形状却非常相似，而且都是以一具女性头骨为模型，不同的是，大英博物馆的头骨是一整块水晶，而米歇尔。黑吉斯头骨的下颌则是独立的，可以拆下，做工更为精致，但是两颗头骨的惊人相似，让人很难相信它们是独立制作的。
英国大英博物馆所珍藏的那块水晶头骨，最早据称是在墨西哥古阿兹特克人遗址上被发现的。而科学家发现这个水晶头骨是用轮式工具打磨并且切割的，而这种技术在当时的美洲大陆根本就不存在。毫无疑问，现在人们更有理由怀疑米歇尔。黑吉斯水晶头骨的真实性了。
有一部分科学家倾向于它不是玛雅人的遗物，而是19世纪现代人的产物。但是，这种百分之百纯净透明的水晶，就算它不是一件文物，其价值也无法估量。谁会用它来制作一件冒充文物呢？如今，安娜已经拒绝对水晶头骨再做任何科学鉴定，因此，它究竟是不是现代人制作的赝品，科学家们还不能论断。
但人们还是愿意相信，终有一天，现代科技会把水晶头骨上的神秘彻底揭去，让真相浮出水面，事实大白于天下。
在美洲的土著人中，一直流传着一个古老的传说。传说中讲述，他们的祖先在世上留下了十三块和真人头骨一般大小的会说话、能唱歌的水晶头骨。他们坚定地相信着，这些祖先留下的头骨中蕴含着有关人类起源、发展和死亡的重要信息，甚至还能帮助人类解决许许多多未解之谜。玛雅人留下的神秘符号。根据传说中的记载，当人类终有一天把这十三块水晶头骨全部发现，并且聚集到一起的时候，这些神奇的头骨会为人类破解那些被深藏的秘密。
在世界古代文明中，生活在中美洲的古代玛雅人所创造的文明最让人感到迷惑不解：它们似乎是从天而降，在公元3世纪到9世纪达到了鼎盛，之后又戛然而止。
人们不知道公元9世纪这100年间到底发生了什么，人们只了解其间玛雅人修建的各种浩大工程金字塔、宫殿和神庙都突然停止了施工，所有玛雅人像是接受了某种神秘指令，遗弃了辛勤修筑的家园而向更加荒芜的深山迁移。这是玛雅人留给后人的谜，不仅如此，玛雅人还留下了另一个令人匪夷所思的谜团———神奇诡秘而又鬼斧神工的水晶头骨。
在美洲印第安人中流传着一个古老传说：古时候有13个水晶头骨，能说话，会唱歌。这些水晶头骨里隐藏了有关人类起源和死亡的资料，能帮助人类解开宇宙生命之谜。传说还认为，总有一天人们会找到所有的水晶头骨，把它们聚集在一起，集人类大智慧于一体，发挥它们应有的作用。这个传说在美洲流传了上千年。一直以来，人们都认为它只是一个美丽的神话或是天方夜谭而已，没有人知道传说中的水晶头骨到底是什么，从传说的内容来看，它像是一个包罗万象的信息库，也像是一部无所不知的天书，但人们对它一无所知，甚至怀疑它的存在。