不过海商们并没有能高兴多久，很快他们就发现绝迹许久的倭寇和海盗又出现了，几乎每天都有海船被抢掠，海面上经常能看到被抢掠一空后焚毁的海船残骸，出海打渔的渔民还经常打捞到被海盗杀死的水手和海商尸体，空前繁荣一下子变成了空前混乱！
不仅如此，因为无序的竞争，海贸货物的价格波动也很大，特别是像生丝、茶叶这些很受西洋人欢迎的紧俏海贸商品，价格几乎是一日几变，西洋人利用海商们互相竞争的心理，拼命压低收购价格，导致海贸货物价格一下子从暴涨变成暴跌，有的贪心的货商因为囤积太多亏得血本无归，因此而搞得家破人亡的比比皆是！
这个时候海商们才想起郭致远的好来，以前郭致远垄断海贸生意的时候，虽然郭致远把最大的那块蛋糕划走了，但因为和西洋人谈的收购价格高，利润空间还是有的，更重要的是郭致远把沿海海域的海盗和倭寇都扫荡了，还派东蕃海军护航，他们根本不需要担心安全问题，不像现在提心吊胆不说，一不小心就可能血本无归！
于是海商们又回过头来求郭致远，希望他能站出来主持公道，郭致远也却是避而不见，让人回话说，自新军此次去辽东抄后金军后路元气大伤，他也有心无力，而且因为父亲去世，他不久后就要辞官回乡守制，只等京城的圣旨一到，他就要离开东蕃了！
郭致远当然不可能出面，这种局面是他早预料到的，甚至可以说是他故意放纵的，他要想让万历皇帝不得不下旨“夺情”让他留任，就必须让万历皇帝明白他在东南沿海甚至整个南部海域有着不可或缺的地位和作用，他如果离开了，明朝的南部沿海海域就会出现混乱，甚至会威胁到明朝的统治！
这说起来其实有些不厚道，有点“养寇自重”的意思，但郭致远的用意远不在于此，他看得更加深远，而且他知道即便他不这样做，这一切也迟早会发生，东蕃长期垄断海贸生意，不可能不遭人恨，一旦这种怨恨积累到一定的程度，就会爆发出来，而且爆发的时候一定是东蕃遇到困难的时候，到时候东蕃四面皆敌，反而更加被动，不如正好借这个机会提前引爆出来，大乱之后才能大治，只有这样才能让朝廷和海商们知道，要想中国的海域安定，就必须要有一个海贸秩序制定者，而他正是这个秩序制定者的最佳人选，到时候他才出来收拾局面，重新制定海贸新秩序，才能取得长治久安的效果。
而且郭致远最担心的还不是海盗和倭寇，这些海盗和倭寇不过是中国沿海的一些穷凶极恶之徒纠集一些日本浪人组成的，成不了心腹大患，他更担心的是那些西洋人，自打西洋人打通了通往东方的航线后，他们想染指中国的野心就一直没有断过，早在正德十六年(1521年)和嘉靖元年(1522年)，最先到达东方的葡萄牙人就对富庶的中国垂涎三尺，和明朝发生了屯门海战和西草湾海战，这两次海战虽然明朝都打赢了，但靠的是十倍于对手的人数和战船，如果论战损的话，其实是远多于葡萄牙人的。
不过也正是因为这两战打赢了，才让葡萄牙人逐渐放弃了武力侵略中国的野心，他们藉囗航船触礁下沉，进贡物品被浸湿，申请借地晾晒，同时贿赂广东海道吏汪柏，获得了澳门的居住权。（请注意，是居住权，不是割让澳门）
相比狡猾的葡萄牙人，荷兰人对中国的野心更加赤果果，他们在1604年就不请自来，趁明军换防之际，占据了马公岛（澎湖岛），后来被沈有容给斥退不得不撤走，但在原本的历史时空，他们在1622年又会卷土重来，再次占据澎湖，还直接用军舰封锁了漳州的出海口，让福建水师无法出动，而福建水师也知道打不过船坚炮利的荷兰人，一直避而不战，甚至不惜让步想把东蕃（台湾）给荷兰人，让他们离开澎湖列岛，而尝到甜头的荷兰人居然嫌弃东蕃（台湾）条件不好，仍然占据澎湖列岛不肯离开！
在这样的情况下，明朝朝廷才忍无可忍，撤掉了不作为的陈子贞，下令让接任的福建巡抚南居益把荷兰人从澎湖赶走，南居益也知道凭福建水师的实力打不过船坚炮利的荷兰人，所以招安了此时已开始崭露头角的海盗郑芝龙（郑成功他爹）来帮忙。
郑芝龙向南居益献计，让他一边秘密屯集兵力，一边先向荷兰人示弱，以谈判的名义摆下鸿门宴，荷兰人的指挥官弗朗斯过于自大，果然中计只带着2艘单杆小船赴厦门与南居益谈判，结果在宴会上，弗朗斯和所有荷兰使团成员都被南居益下药灌醉后扣留。接着南居益又让埋伏好的50艘火船按计划攻击了2艘荷兰小船，结果依然让其中的一艘逃之夭夭。
天启四年(1624年)2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军(总兵力达1万人、兵船2百艘)渡海出击收复澎湖，澎湖海战打响！福建总兵俞咨皋（名将俞大猷之子）、守备王梦熊，率领兵船至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。
随后明军三次增兵，而荷兰人因为缺少给养，在与明军交战七个月后，实在支持不住，终于被明军赶出了澎湖，荷兰人带着残兵逃往东蕃（台湾），继续在大员盘踞。
澎湖海战虽然是明军打赢了，但赢得着实不怎么光彩，先是用计抓了人家的指挥官，后来又在占据绝对兵力优势下打了整整七个月才把荷兰人赶走，此战明军共动用兵船二百多艘，兵力一万多人，耗军费达十七万七千余两，还不能将荷兰人全歼，这样的胜利实在难以自傲，所以荷兰人仍然不死心，在十年后（1633年）又爆发了著名的明荷料罗湾海战！