张璁和桂萼给群臣拟了罪状，说他们欺君罔上，皇帝仍然要坚持将“本生”二字去掉。对于文官们来说，这是一个大命题，去掉“本生”意味着兴献王朱佑沅在尊号上可以跟弘治皇帝平起平坐，那么官员们旨在对弘治皇帝的照顾则形同虚设。
官僚们对张璁、桂萼这种迎合皇帝，背叛士大夫群体的叛徒感到十分气愤，以杨廷和儿子杨慎为首的一批翰林学士们打算趁张璁、桂萼进宫的时候将他们二人围殴致死，结果是张璁、桂萼提前得到消息躲在武定侯郭勋府上几天几夜不敢出来，帝国已进入疯狂。
杨慎的名望不仅仅是作为杨廷和的儿子而存在，他曾经作了一首词《滚滚长江东逝水》被罗贯中收录到他的小说《三国演义》中，杨慎是翰林院的激进派，他看起来似乎是大明朝的卫道士，但是其不知乃父的行为恰恰违背了礼法。
群臣纷纷上奏反对嘉靖朝令夕改，失信于天下。皇帝将这些奏章纷纷留中，七月十五日这天群臣散朝回来在路上议论纷纷，众人谈起成化年的往事。当时成化皇帝的生母周太后不愿意跟英宗的皇后钱太后合葬，这也就意味着周氏想让钱氏另行安葬。周氏的蛮横触怒了文武百官，二百多人齐聚文华门痛哭，大明朝第一次官员集体请愿活动就这样发生了，最后还是周氏屈服，官员们获胜。
谈着成化年间的往事，再联想到如今的时局，众人越说越激动。杨慎再也忍受不了，捋起袖子高呼：“国家养士百五十年，仗节死义，正在今日。”众人纷纷响应，将正在散朝的官员拦了下来，并说“谁不去，众人将共击之。”
这次又聚集了二百多人，众人齐跪在左顺门前，这左顺门是宫内宫外奏章传递之处。二百多人跪在那里齐声呐喊、痛哭，一人领头，其他人附和，整座紫禁城声动震天。刚上完朝正在吃早饭的嘉靖忽然听见外面乱糟糟的，便让人去打听，得知百官前来请愿，便让宦官劝百官们回去，宦官们的劝说毫无效果，局面从清晨一直持续到午后。
朱厚璁这位十七岁的少年此刻早已君临天下，他面临主政以来的最大一次考验，前进一步将会独掌乾坤，退后一步将会万劫不复。农历的七月，正值暑季，午后毒辣辣的太阳照晒着整座紫禁城，整座皇宫一片静谧，或许还有蝉在鸣叫。皇帝倾听着外面的声音，群臣的哭喊时断时续，还有人在捶门，一声声捶在皇帝的心上，皇帝在心想，他们呆会会不会拿圆木撞门而入。
皇帝已经开始索要名单，宦官拿起纸笔跑到左顺门口记录请愿的人名。很快，左顺门被打开，大批的锦衣卫冲了出来，将一百多人抓进诏狱，众人开始哭喊，声彻寰宇、撕心裂肺。
二日后，廷杖开始，五品以下的一共180多人被廷仗，17人被打死。至此，这场大礼仪之争已接近尾声，文官们面临彻底失败的结局。皇帝得以去掉“本生”二字，称自己父亲为皇考，称弘治皇帝为皇伯考。在皇帝的大棒政策下，所有人开始噤若寒蝉，士大夫的理想与豪气倾刻间都已烟消云散，所谓的“文死谏”竟是这般脆弱和不堪一击。
皇帝的胜利不是偶然的，此时士大夫集团还没能联为一体，皇帝还能够分而治之，而此后严嵩、张居正的失败结局使得文官们明白了跟皇帝合作的后果；另外，更为重要的，在大礼仪之争的开始，以杨廷和为首的文官们自己挖了个陷阱往里面跳，在自己对礼仪问题还没弄懂的情况下，就轻易下决断，结果是自己的漏洞被对手一个一个挑了出来。
此次的左顺门事件使得官员们明白了冲动的后果，自己含辛茹苦得来的功名不能就这么轻易没了。从这里我们也可以看出存在于官僚群体中的一种难题，那就是在君主和自身这个团体之间抉择的问题，如果遵循君主的心思，则被同僚们所排斥，如果跟同僚们附和在一起，则往往则被其连累。在张璁上奏章驳斥杨廷和之前，湖广巡抚私下里就已经写了份驳斥杨廷和的奏书，只是畏惧杨廷和而不敢上奏。从这里我们可以看出每个人都有民主与的一面，对与自己观点相同的则表现出民主，对与自己观点相异的则表现出。重要的是要掌握住舆论的权力，而这又需要有雄辩能力。
大礼仪问题清楚的表明我们这个帝国存在的问题，那就是帝国的精力更多的消耗在这种礼仪问题上，仿佛这才是国家政治生活中的头等大事，只要礼仪的问题、道德的问题搞好了，我们这个国家就会长治久安，而国家的税收、农业生产问题、军队建设问题不是决策者应该考虑的问题。
左顺门事件是明王朝君臣关系的分水岭，从此君臣那种融洽关系已基本不复存在，对抗成了国家政治生活中的主流，我们这个帝国已经不再具备温情，它似乎进入一个人人皆小人的时代。
张璁、桂萼自然就成了群臣眼中的小人，虽然有皇帝的宠信，但仍旧摆脱不了众人的敌视，张璁与桂萼也开始发展自己的势力来抗衡这帮官僚。他们首先想到了杨一清，杨一清曾公开反对杨廷和，在张璁等人的活动下，杨一清出山挂兵部尚书衔再次担任三边总制，还有其他退休在家已高龄但是在大礼仪中支持皇帝的官员被张、桂二人活动出仕，另外还有一些因反对杨廷和遭罢免的官员也被张、桂二人弄了出来，这样，在朝中正式形成两派，而皇帝喜欢看着臣子们斗来斗去，张璁此时成了他制衡官员们的工具。
左顺门事件并不是大礼仪之争的终结点，此后嘉靖和他的那些支持者们不断将朝堂上的矛盾斗争往大礼仪事件上扯，借此加大对反对派的清洗。