曹越知道，如今的天下大势变幻莫测，孙传庭的兵败及败逃后蛰伏，还有李岩的早早被杀，都预示着更加剧烈的演变随之而来。他必须为此做好一切准备，以免到时无法应对。
而就在这个时候，一件让曹越始料不及的事又发生了。
在言官刘宗周等有的弹劾下，崇祯皇帝做出了极端的决定，撤销孙传庭的三边总督职务，改由辽东总督洪承畴担任。崇祯皇帝令兵部尚书陈新甲，接替洪承畴的职务，镇守辽东，令曹变蛟副之。
孙传庭原本在朝中就没什么人缘，几乎没什么人喜欢他，这次从监狱中出来，直接被给予高规格的重用已经让很多人不服气。如果孙传庭打了胜仗，那些对他不满的大臣不至于站出来弹劾他。偏偏孙传庭在打了几次胜仗后，遭遇了惨败，麾下人马大部损失。朝中这班大臣，最喜欢做的就是利用这种机会清除异己，在刘宗周的鼓动下，许多言官站出来，以一副墙倒众人推的样子，集体弹劾孙传庭。
听闻孙传庭遭遇大败后，崇祯皇帝已经非常恼怒，言官们的集体弹劾，他当然不能无动于衷，最终他做出决定，免去孙传庭的职务，令其回北京领罪。免去孙传庭后，陕西、河南的军务朝廷又找不出得力的大臣去统领，最终听从了陈新甲的提议，让负责辽东事务的洪承畴去陕西，接替孙传庭。
提出这个建议的陈新甲，也被崇祯皇帝抓了丁，去松山主持军务。吃了自己建议亏的陈新甲，百般推辞都被崇祯皇帝严词拒绝后，只能灰溜溜地去辽东主持军务了。他庆幸的是，进行召回了曹变蛟的人马，如今的建奴又不如从前，只要不主动进攻，凭曹变蛟人马的战斗力。挡住建奴的攻击应该无大碍。他也清楚，崇祯皇帝也认为，现在的建奴并没有能力继续大规模南征，只不过是想占关外的一些地方。因此在召回曹变蛟这员大将后，才敢将洪承畴派往陕西，接替孙传庭。
消息传到曹越这里，他直接被惊呆了，继尔大怒。
朝廷这样折腾。朝中那般官员这般难以容忍孙传庭这个偶尔打了败仗的三边总督，要治其罪，不给他戴罪立功的机会，真是把天下大事当作过家家看待。
临阵换将是兵家大忌，孙传庭遭遇兵败后，退守陕西，想利用潼关天险固守，再慢慢恢复实力，继续与流寇作战。曹越认可孙传庭的做法，也相信孙传庭能成功的。但现在朝廷却不给孙老头以机会，直接免了他的职，还要重新将他投入监狱，“这是自毁长城啊！”曹越忍不住仰天长叹。
曹越清楚，如今孙传庭再次被投入监狱中，那再无重生之日，说不定就死在了牢中。曹越也马上上奏朝廷，为孙传庭求情，并说愿意用自己的免死金牌，换孙传庭无罪。
曹越再给洪承畴写信。希望洪承畴也能上奏朝廷，替孙传庭求情。
曹越的请求，崇祯皇帝并没马上给予回应，不过洪承畴马上给曹越回了信。说愿意替孙传庭求情。
洪承畴知道孙传庭的能力，两人曾一起主持过讨伐流寇的战事，取得了巨大的成功，要不是建奴犯边，上次两人合作讨伐流寇，已经能将李自成消灭。那次。孙传庭指挥曹变蛟部，穷追李自成，最终李自成只率十八骑逃走，差点失了性命。
洪承畴也在第一时间上奏朝廷，请求免了孙传庭之罪，希望朝廷继续起用孙传庭，令其督办三边军务，但崇祯皇帝不客气地拒绝了洪承畴的建议。洪承畴再次上奏，推荐孙传庭到辽东领军，接替他的职务，但崇祯皇帝再次拒绝了洪承畴的请求，表示一定要追究孙传庭兵败的责任。
洪承畴不甘心，再度上奏，请求免孙传庭之罪，可令其到南京做事，协助曹越练兵。
而这时候，曹越第二份上奏也送到了北京，依然是替孙传庭求情。最终崇祯皇帝给了洪承畴和曹越以面子，不治孙传庭的重罪，但免去所有官职，令其到南京，协助曹越练兵。
这个结果，还是让曹越稍稍满意的。他知道孙老头是个非常有能耐之人，这次意外兵败，是诸多因素使然，而且孙传庭也并没将老本丢光，麾下精锐的人马还在，只要经过一段时间的休养和整顿，补充兵员，还是有实力再与流寇决一死战的。
朝廷不用这样的人才，陈新甲、刘宗周那样的庸才却一直身居高位，曹越对崇祯皇帝和现在的大明已经彻底失望。一切只有推倒重来，才有可能走好。他能预见，许多事情依然会和原来历史一样发展，李自成的人马说不定依然会攻入北京，崇祯皇帝的命运也会如原来一样悲惨。
他最终做出了一个残忍的决定，那就是听任这一切发生，等北京朝廷覆灭后，他再拥立崇祯皇帝的哪个儿子即位，靠自己的军事实力，掌控一切，再徐图其他。因此他最终接受了孙传庭到他手下任职这个事实，并且还热切期盼孙老头早日到他这里来。
也就在崇祯十五年十二月初，洪承畴冒着大雪和严寒，抵达了西安。与孙传庭交接了军务后，洪承畴正式接任三边总督职，主持对流寇的军事行动。
而孙传庭则带着几名随从，冒着严寒从西安出发，往南京而来。
在孙传庭离开西安之前，曹越已经派出了特卫营的一支小分队，抵达西安秘密护送孙传庭。曹越严令率队的把总，无论如何都要将孙传庭平安送到南京。
孙传庭在和洪承畴交御了军务后，两人一起痛饮了一番离别酒。最终两人都喝的大醉，并大大醉后嚎啕大哭，为自己的命运，还有大明的命运而悲伤。虽然他们嘴上没说，但两人都知道，如今的大明，已经到了日暮穷途的地步，最终结局会怎么样，谁也没办法预料。
“希望曹越能早日将新军训练完成，天下的大势要扭转，只有看他的新军了！”这是孙传庭最后和洪承畴说的一句话。对此，因为染了风寒，咳嗽不止的洪承畴，也基本认同。。