南窜缅甸的孙可望，兵锋继续向各地发动扩张和劫掠性质的战争。他的重点打击目标是缅甸本地的佛寺僧侣势力，对于拥有武装力量的缅甸封建主们，则采取了百般拉拢的措施。
孙可望的分化打击，对后西明在缅甸迅速站稳脚跟起到了很大作用。他日夜习读从北方传来的种种顺朝文书法令，学习李来亨的布置改革，并从中拣选出可供后西明政权使用的策略。
孙可望深知后西明朝廷身处海外异邦，面临的是举国皆敌的情势。所以明军除了打着天主教旗号，对所遇佛寺皆焚掠洗劫以外，对于一般民众及封建主豪强武装，都采取了井水不犯河水的态度。
明军保持着严格的纪律，绝不劫掠一般百姓。
由于后西明从云南撤离的时候，是井井有条做好了充分的转移准备。所以孙可望得以带走了他积蓄在云南的云、贵、川三省公私府库积蓄，这也使得缅甸的后西明政权，在财政上状态十分宽裕。
不至于因为饷粮问题，而同本地百姓及封建主势力撕破脸皮。
只是为了安置后西明的老营家眷俘虏，还有酬谢配合明军军事行动的本地华商势力，孙可望在毁灭大批佛寺的同时，也将寺社占据的土地均分给了老营家眷、缅甸华人及本土贫民，借此获得了第一批本土支持者。
从佛寺中缴获的大批金银财宝，除了拿给葡萄牙冒险家们，用于向西方殖民者采购燧发枪和新式红夷炮外，便是用来贿买缅甸封建主，使其不至于同明军作对添乱。
孙可望大约花了四个月的时间，初步完成了这些安定缅甸各地的措施。虽然忠于王室的封建主势力叛乱规模依旧很大，但明军保持有绝对的武力优势，孙可望对此一一进行了残酷的弹压，并继续实行其没收寺社财产的严酷措施，以求通过金银赏赐贿买本地封建主们的效忠。
只有在明军彻底放弃云南以后，一部分缅甸封建主得知这一重大消息后，即遣使同顺朝联系，一面请求大顺出兵入缅恢复王室，一面在缅甸国内大肆宣扬明军在云南大败的消息，酿成了一次规模最为浩大的反抗运动。
但是由于孙可望从云南撤出完全在计划之中，明军除了艾能奇一部有意被孙可望抛弃，以实现他个人在后西明政权内部的独霸地位以外，整体的主要战力，几乎全数都完整撤到了缅甸，没有遭到多大损失。
缅甸本土的反抗势力，对后西明朝廷虚弱不堪的流言深信不疑。他们误以为孙可望的运气已经到头，当即便在顺朝未作出反应以前，便集结了大量兵马，以五万兵力号称二十万大军反叛，掀起了天法三年时的上缅甸全境大起义。
经过约一年的经营以后，孙可望已经将后西明朝廷的老营家眷三十万人迁至缅甸，转移到上缅甸的明军战兵数量则有七万之众。
七万战兵，要抗衡大顺军殊为困难。
但这样一支精悍的力量，在缅甸却是一支极为强大的武装势力。
而且孙可望还通过贿买本地封建主、百姓、华商势力，迅速建立起了一支兵力达到两万多人的缅人民团武装。
如此孙可望便拥有了实打实的近十万兵马，武力远在反明的封建主联盟之上。
顺朝方面，李定国接获了明军在缅甸攻克阿瓦建立复国基础的消息以后，没有立即将此消息上报朝廷。后来缅甸反明封建主陆续派遣使者到云南汇报消息时，大部分消息也被李定国压下。
他与孙可望之间的复杂感情，使得顺朝未能立即对后西明政权的复兴作出反应。
直到孙可望完全镇压上缅甸大起义后，顺朝才通过广州方面获悉了后西明和缅甸战争的具体情报。
朝廷随即下令免除李定国权将军的军阶及西南道行军总理的职务，命其回京接受调查。
李定国和孙可望相识十多年，感情之深厚，实非外人可以想象。
大顺军攻川时，孙可望虽然抛下了李定国弃军而逃，这是孙可望对不起李定国，也因此李定国可以毫无心理负担地归附大顺。
可是具体到攻取云南之战以后，李定国却不想对孙可望赶尽杀绝。
他想朝廷上了一份自辩的奏疏，声言缅甸是海外番邦，中国之人，与其语言文字皆不通，何况缅甸瘴气丛生，中国之人在缅甸必定水土不服。
孙可望仓惶逃缅，恰如三国时二袁之逃辽东。不烦大顺一兵，只要静观态势发展，则短不过半年，长也不过一二年，缅人必会将孙可望和朱由榔君臣首级送来中国。
李来亨对此不置一词，没有做任何回复。他最清楚孙可望的野心勃勃和才华横溢，放任孙可望经略缅甸，翌日必成大顺后患。
在开封过着太平国公日子的刘文秀，也上书朝廷，以全家性命力保李定国。
天子翻阅着群臣奏折，心中突生烦闷和羡艳：
孙可望的人品，却能有这样的几个兄弟，太让朕嫉妒了！
他思之虑之再三，直到一旁幼辞怀中的孩子笑出声来，李来亨才把玩着孩子的小手，坦然笑道：
“玄煜笑了！朕何苦嫉恨大臣呢？将李定国发去云南军前戴罪立功，暂领果毅将军衔，西宁公的爵位，先降为子爵，以观后效。”
李定国隐瞒缅甸前线军情的事情，经过龙衣卫调查以后，可以确认他和孙可望之间毫无联系，纯粹因为个人感情用事，不愿意对孙可望赶尽杀绝而已。
李定国的这种做法和动机，实在让朝中群臣都难以理解。
一段时间内，这几年来才归附大顺的武将大臣们，都恐慌不能自己。
大家都担心万岁将借题发挥，利用李定国案大开杀戒，展开一场诛杀降臣的大清洗。
出乎意料的是，皇上却将此事轻轻放过，使群臣都难知其意。
只有郭君镇在猜测：皇帝如此，是否是在复刻朝鲜之事，要让孙可望为王前驱，为大顺军郡县缅甸做准备？
只不过孙可望不是代善，李来亨的算盘这回很有可能落空了。
郭君镇这次学聪明了，倒没有将自己这点小小的预测到处张扬出去。
否则就算天子无意，恐怕也难以避免一场开国的大案了！