剿灭东印度公司在印度群岛据点的战斗，更是异常的顺利。
东印度公司的董事亨利被押解着跟随作战，亲眼见到了郑家军水师的强悍之后，亨利很快明白，从这一刻开始，东印度公司失去了在南亚称霸的地位，说的不客气一些，这支强悍的水师，甚至能够直接打到欧洲去，就看人家是不是有这样的心思了。
亨利是商人，商人逐利，在大致明白了大明朝廷的意思之后，亨利马上表示愿意配合，遵从大明朝廷的要求，与南亚各地以及大明王朝做生意。、
亨利的态度，让洪欣贵等人很是高兴。
三月初七，战船编队抵达巴达维亚。
此时的战船编队，已经收获巨大，剿灭东印度公司在台南和印度群岛的据点，收获巨大，沿途的一些小地方，见到了大明朝廷战船编队之后，纷纷表示顺从，拿出来了大量的物资，进献给大军，以求自身的安宁，当然对于大军提出来的要求，他们也是全盘接受的。
战船编队之中，已经有这些地方派遣出来的使者和人质，他们将跟随战船编队抵达大明，亲自向大明的皇上表示忠心。
驻守在巴达维亚的荷兰东印度公司的总督是科恩。
这是一个传奇性的人物。
科恩具有极强的战略眼光，当时的荷兰，尚未完全独立，在西班牙的控制之下，而科恩率领的东印度公司，具有非同一般的地位，可以自组拥兵、自行发行货币、与其他国家签订正式的条约，同时对南亚诸多地方实施殖民统治的公司。
毫不客气的说，当时的东印度公司。在名气上面甚至超越了荷兰。
台南以及印度群岛的机构遭遇到毁灭性的打击，这个消息尚未传到巴达维亚，毕竟郑家军水师的动作太迅速了。此刻的科恩，还在准备倾尽全力抵御即将到来的进攻。
东印度公司有接近两万的雇佣兵。拥有大型商船近两百艘，大型战船近五十艘，还有一些小型的战船，战斗力也是不一般的，这些商船和战船绝大部分都是驻扎在巴达维亚的，商船在南亚以及东海、南海等地航行，垄断日本等地的海上贸易。
东印度公司曾经败给郑芝龙的战船编队，被迫接受郑芝龙定下的规矩。每年需要拿出来大量的钱财，交给郑芝龙，才能够从事南海的贸易，这让科恩很不舒服，后来听闻郑芝龙离开了福建泉州，觉得大明水师战斗力不强了，所以开始拒绝缴纳保护费。
想不到一年不到的时间，大明水师就打到巴达维亚来了。
占着对地形的熟悉，科恩决定狠狠的打击大明水师。
巴达维亚是东印度公司总部所在地，不能够有丝毫的闪失。否则东印度公司将失去在南亚的所有利益，代之的也将损失欧洲到南亚等地的所有海上贸易。
在获悉大明水师抵达巴达维亚海域的时候，科恩已经做好了一切迎战的准备。他甚至没有打算与大明水师谈判。
海上的战斗在三月初十打响。
又是一次一边倒的战斗，庞大的郑家军水师战船编队，根本不是东印度公司战船编队所能够抵御的，亲自指挥战斗的东印度公司总督科恩，眼睁睁看着身边的战船被炮弹炸的起火和沉默，很短的时间之内，就陷入到绝望之中。
战斗持续了大半天的时间之后，科恩麾下的战船所剩无几，而郑家军战船编队几乎没有遭受到多大的损失。
巴达维亚的码头很快被郑家军水师占领。海上作战失败的科恩，来不及逃走。被郑家军水师生擒，具有讽刺意味的是。神情科恩的居然是不久之前加入郑家军的东印度公司的雇佣军，这让科恩更加的绝望。
陆地上的战斗几乎没有怎么进行，东印度公司的总督科恩已经被生擒，公司的董事会乱作一团，根本无心去抵抗了，就在郑家军将士刚刚开始进攻的时候，东印度公司的董事会选择了投降，他们是明智的，总督大人率领的战船编队全军覆没，总督大人被生擒，他们若是负隅顽抗，也就是死路一条。
这么快就彻底摧毁了东印度公司，占领了巴达维亚，这是洪欣贵没有想到的。
进入巴达维亚城内，进入了东印度公司办公的大楼里面，洪欣贵拿出来了皇上写的信函，这是皇上吩咐他占领巴达维亚、摧毁了东印度公司公司之后，才能够拆开的信函。
皇上在信函之中表明的意思非常明确。
留下两个战船编队和一万郑家军水师将领在巴达维亚，由洪欣贵出任总兵，亲自率领这一万郑家军的水师，控制南亚各地，控制南亚的海上贸易，巴达维亚与台湾岛驻扎的水师和战船编队，全部有洪欣贵率领。
摧毁东印度公司的武装力量之后，必须吸纳东印度公司贸易方面的人才，让这些人留在巴达维亚做事情，帮助大明王朝来进行海上的贸易，不过东印度公司董事会的人，不能够保留，这些人全部押解到大明京城来。
同时将东印度公司盘剥的钱财全部运送到大明京城。
看完信函之后，洪欣贵大为吃惊，他也是进入到巴达维亚之后，才知道东印度公司有一个董事会，公司所有的事情都是这个董事会决定的，总督科恩就是董事会的头头，想不到皇上知道这一切，而且还准确在信函之中表述出来了。
皇上的命令，洪欣贵当然是执行的。
洪欣贵马上召集了丁宝坤、郑芝龙、郑芝豹等人，共同商议。
这一次的商议，持续了足足两整天的时间。
期间郑芝龙提出来建议，让弟弟郑芝豹留在洪欣贵的身边，帮忙做事情，郑芝豹对于海上作战的事宜是熟悉的，也知道很多海上贸易的事情。
洪欣贵同意了这个建议，专门写下了奏折，举荐郑芝豹出任郑家军的游击将军，在他的身边协助统领水师。
商议完全按照皇上提出来的要求进行，郑芝龙提出来了不少的建议，对于如何管理东印度公司留下的摊子，如何彻底掌控这个公司等等，都提出来了好的见解，郑芝龙提出来的最为关键的一个建议，就是在水师带来的商贾之中，挑选一部分精明强干的人，进入到公司里面做事情。
至此，东印度公司覆灭，代之的是大明皇家南洋公司。
南亚以及朝鲜、日本等地的所有海上贸易事宜，全部由大明皇家南洋公司直接负责，所有南亚各地的海上贸易交易，全部都需要给大明皇家南洋公司缴纳所有货物价值一成的赋税，若是有谁不服从这个规定，那么大明水师将查封其所有的货物。
同时，交易地方也需要给大明皇家南洋公司缴纳百分之五的交易税。
这一笔的交易税由各地方负责，你在购买海上贸易货物的时候，就需要直接缴纳。
包括遥远的欧洲等地，也要遵循这个交易原则，否则就不要想着来到南亚各地做生意，当然，若是有欧洲某些地方表示不服气，甚至对受到大明皇家南洋公司保护的商船实施打劫等的行为，那么大明水师会不辞辛苦的前往欧洲，教训一下这些不服气的国家。
这就是大明皇家南洋公司的职责。
就连做过海盗的郑芝龙和郑芝豹等人，看见了皇上的信函之后，都是倒吸一口凉气，这该是多么的霸道，郑芝龙当时也就是统领南海等地的海上贸易，而皇上统领的，是整个大海上的贸易，就连遥远的欧洲，都要遵循这个贸易准则，否则下场就是挨打。
凭着郑家军水师的强悍，打的欧洲的西班牙、荷兰与葡萄牙等地满地找牙，是肯定的事情。
郑芝龙等人更是明白，从今以后，海上贸易的赋税，将成为大明朝廷最大的赋税收入，远远超过商贸赋税和农业赋税，甚至可能是好几倍，海上贸易利润的巨大，一般人根本想象不到。
皇上偏偏知道这些。
到了这个时候，郑芝龙对皇上是佩服的五体投地。
被俘的科恩，听到了大明皇上做出的决定之后，脸如死灰，什么话都说不出来，这个时候的抗议没有任何的作用。
大明水师的强悍，让科恩感觉到的是恐惧，这样一支强悍的水师，征服海上是顺理成章的事情，就算是曾经被称之为海上霸主的西班牙，在这样的水师面前，还手之力都没有。
科恩唯一的请求，是给荷兰写去一封信。
这封信的内容也是很明确的，恳求欧洲的西班牙、荷兰以及葡萄牙等国，按照大明王朝的要求来做事情，千万不要有什么非分之想，大明王朝统治海上贸易是理所当然的事情，因为大明水师是海上的巨无霸，没有任何的海上军队能够与之抗衡。
这封信被送到欧洲之后，引发了轩然大波，一些地方不服气，认为科恩言过其实，不过这些不服气的地方，最终都是乖乖的按照大明皇家南洋公司的要求做事情了，那是因为他们遭遇到大明水师毁灭性的打击。
这都是后话了。（。）