九月一日，非常国会根据“组织大纲”选举大元帅，孙中山在九十一票中以八十四票当选。次日补选元帅二人，陆荣廷以七十六票，唐继尧以九十三票当选。
九月十日军政.府宣告成立，孙中山就大元帅职。非常国会同时选出唐绍仪为财政总长、伍廷芳为外交总长、孙洪伊为内务总长、张开儒为陆军总长、胡汉民为交通总长。
孙中山以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
护法政.府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
非常国会选出唐继尧为元帅后，九月八日唐来电不受元帅。不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖国军总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政.府派为陆军总长，也不就职。
在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见。反对另组政.府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。
非常国会对陆这个态度未敢谴责，而是提前到九月三日后补一项决定，迎接黎元洪南来继续执行职权，孙中山也通电表示迎黎的态度。
桂系的广东督军陈炳焜则表示另一种态度，他于九月八日招待广州报界，表明了自己的立场。
言道：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。”
有记者问道：“陈督军对在广州组织军政.府问题，持何态度？”
他说：“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度，但是广东人民不能担负军政.府和非常国会的经费开支。”
陈炳焜（1868—1927），字舜琴，广西马平县阳和村（今柳州市阳和开发区）人。
这是个有故事的人。
陈家先人曾是柳州当地的仕宦大户，承袭祖荫，陈炳焜幼年时便随父母搬到柳州东门内磨盘街居住。其父陈养和，游手好闲沉迷女色，后来竟然为了要纳小妾而将原配向氏（陈炳焜生母）逐出家门。
陈母辗转流落到成团村乡下，每日思儿心切，以泪洗面。族人同情向氏，于是偷偷到城内将小陈炳焜带出，送到其母身边。
此后几年，向氏在刘姓地主家帮工，陈则帮着放牛。地主请了私塾先生到家中教儿子读书，陈炳焜放牛回来便跑到一旁用心聆听。先生见其聪明机灵，于是也常常给予辅导。陈炳焜因此而粗通文墨，后来成了旧桂系军队里少有的“秀才”。
十三四岁时，陈炳焜随母亲回到柳州城内，靠做地摊小本生意维持温饱，生活颇为艰难。
光绪十一年（1885年），陈十七岁，闻知边关谋事较易，遂话别母亲，前往龙州。得同乡龙云庵巡捕介绍，在广西提督衙门当卫士。
陈体格魁梧，有文化底子，颇为提督苏元春所喜爱。陈在提督衙门五、六年，所见所闻，多为官场礼节和来往应酬，虽职位低微，也结识了一些当地的军政大员。
光绪十七年（1891年），陈因事被提督苏元春斥责，一气之下愤然离去。
临行向苏叩头告辞，说：“我不会侍候，致使大人生气，我想回家，学好了再来侍候大人。”
说完，不待苏元春开口，拔腿就走，苏亦不加追究。
不数日，陈向统领马盛治谋差事，马素知其有才干，当即录用，派在镇南营某哨任职。哨官宋云甫为人席懦，事无大小均与陈商量。陈颇卖力，得宋的信任。
光绪二十年（1894年），陆荣廷接受广西提督苏元春招安，得任管带，驻军于下冻、化峒等处，属统领马盛治统率。陈与陆荣廷、林绍斐（马盛治统领部文案）等交游，结拜为把兄弟。
陈在马盛治部时，因进攻游勇有功，不数年间升至管带。
一九○四年，陆荣廷升任统领，陈炳焜任职于陆的营务处，成为陆的副手，这是他在陆荣廷部下任职的开始。陆荣廷对陈极为信任，一切大计，均与之商量决定。
一九零七年十二月二日，孙中山亲自领导和发动镇南关起义。陈炳焜所部副中营前哨李哨长和驻守镇北炮台的士兵起而响应，革命党人占领了右辅山三座炮台。孙中山亲临炮台指挥作战。清政.府大为震惊，严电陆荣廷等限期收复。
陆责成陈炳焜戴罪立功，陈率部猛攻右辅山。革命党人退出炮台，镇南关起义失败。清政.府“论功行赏”：“守备陈炳焜以游击尽先补用”。
一九零八年春，清政.府在龙州开办广西陆军讲武堂和学兵营，陆荣廷保送陈炳焜进讲武堂受训并兼任学兵营的督队官。陈在讲武堂与受训军官交游，拉拢他们拥护陆荣廷，对学兵营的训练也极为认真，这对于扩大陆荣廷的个人势力起了很大的作用。
陈在讲武堂毕业后，被陆保荐为龙州新军第二标标统。
一九一一年武昌起义爆发，十一月七日广西宣布独立，沈秉堃为广西都督，王芝祥、陆荣廷为副都督。不久，沈秉堃辞职，陈炳焜急电桂林，拥陆荣廷为都督，省议会乃选陆继任。陆即派陈率领龙州新军第二标的第二、第三两营开赴桂林驻守，委任陈为都督府军政司司长。一九一三年，陆荣廷改编全省军队，编成陆军两个师、一个混成旅和六个巡防队。
陈炳焜任驻守桂林的陆军第一师师长。
一九一六年三月十五日，陆荣廷与陈炳焜等联名通电，参加讨袁护国。其后，陆率军入粤，陈则坐镇南宁。袁死后，黎元洪继任大总统，委任陆为广东督军，陈为广西督军。
一九一七年春，陆荣廷升任两广巡阅使，提名陈炳焜为广东督军。
护法的军政.府是设在广州的黄埔公园。当时南来的国会议员可分为三大系列；
（一）政学系
政学系自称为旧国民党系的稳健派，其领袖李根源是拥护岑春煊的。岑和陆荣廷有部属关系，而岑、陆又和李根源有护国时期在肇庆军务院的关系，云南唐继尧亦因这种关系而有瓜葛，因此政学系在云南和广西占有人和之利。
政学系内分为两派，一派是南关五十号，由杨永泰出资组织，为民主政学系之一部分，约有三十余议员，拥岑春煊为领袖，重要人物有章士钊、冷遹、张耀曾、谷钟秀、杨永泰、徐傅霖、李肇甫、文群、孙光庭等。
一派是石行会馆系，约占七十余议席，两派主张完全一致，在南方称为主和派，与民友社的主战派对立。政学系人数虽不多，但能量很大。
（二）益友系
益友系就是益友社，为旧国民党系嫡派中的温和派，主张采进步的唯民的倾向，态度温和，是政学系和民友社中间的调和人，也是非常国会中的多数党，议席近三百余人。以吴景濂、褚辅成、王正廷等为领袖。这三人中吴为众院议长，褚为副议长，王为参议院副议长。
三）民友系
民友系就是民友社，是旧国民党中的急进派，在国会中为强硬派，故有主战派之称。其组成部分有同盟会嫡派，以林森、谢持、马君武、丁象谦、居正、田桐等为中坚。韬园俱乐部以孙洪伊为首。还有为共和派。
其他还有新俱乐部系，系新补两院议员的集团，在非常国会中议席近二百人。其政治理念虽各有千秋，但大多数和益友社系较接近。著名人物有张知本、何陶、尹成福、刘云昭、赵中鹄、孔昭成。
此外还有蒙古议员俱乐部、文社、广东议员俱乐部、广西议员俱乐部、云南议员俱乐部等小政团。
原来国会议员南来参加护法的只有一百余人，召集正式国会不足法定人数。便借用民国二年议院法第七条“议员于开会后满一个月尚未到院者，应解其职”之规定，把没有南来的参、众两院议员解职，然后由候补议员递补，凑足法定人数。
护法军政.府成立后，段祺瑞要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂。
冯国璋不肯签署命令，只同意由北京检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，通缉孙中山。
段坚持要直接下通缉令，冯不想因这件事把两个人的关系搞得太僵，于九月二十九日，很不情愿的签署通缉令。
护法军政.府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人，以资报复。
段祺瑞第二次组阁后，雄心勃勃的想真正统一中国。他没把广东的军政.府放在眼里，倒是很高兴能给他一个名正言顺的出兵理由。尤其在借款有着落后，更急于对南方佣兵。
段的用兵计划准备由四川进攻云南和贵州，由湖南进攻两广。
在四川进展不理想的情况下，湖南就成了唯一的选择。
湖南距离北洋派的占领区最近，本身实力不强，是个理想通道。
段祺瑞正在琢磨派谁去当湖南督军时，听到有湖南人喊出“湘人治湘”的口号。
在北京的湖南著名人士，如熊希龄、范源濂等也主张湘人治湘，维持现状，反对北军入湘。
这倒使段想起一个人来，就是傅良佐。傅良佐是湖南人，又是他的铁杆，是既可满足“湘人治湘”，又可以由自己人督湘，何乐而不为。
于是发表他最宠信的傅良佐为湖南督军，仍命谭延闿为湖南省长，同时明确表示傅良佐虽督湘，但不带北兵入湘。