在蔡元培的以上演讲中，他开宗明义，提出一所大学首先要明确它的性质，“大学者，研究高深学问者也”，而不是人们升官发财的阶梯。作为学生在学校中应该关注的是知识的学习，而不应该片面地注重分数的高低。在研究学问之外砥砺自己的德行，提高自身的素质和修养也是大学生所必需的。同时，作为学校之主体的师生应该建立一种互敬互爱、互相劝勉的关系。
此后的1917—1923年，被认为是蔡元培一生中最为辉煌的时期，他由此无可争议地被奉为全国学界的领袖。
哪个新上任的校长不说些激昂话，蔡元培的讲演虽然很令北大的师生耳目一新，虽然在讲演现场，大家也确实亢奋过一阵子，但一次讲演毕竟只是一次讲演，热情总会消退，亢奋总会平复。
在大家想来，学校还能怎么样，还不是江山依旧吗？所谓生活还得继续。也就是说，对于新上任校长的就职演说，大家并没有引起足够的重视。
但是，很快发生的一件事，让大家不能不对新来的校长刮目相看。
开学典礼没几天，学校大门口的告示牌出了个通知：“以后学生对校长应用公函，不得再用呈文。”
过去，学生有事找校长，要恭恭敬敬的写呈文，校长有批示，公诸告示牌上。呈文和公函可不是文字游戏，这里边的差别可是大了去了。
呈文是下对上，是学生对高高在上的校长的顶礼膜拜。公函是表示，双方是平等的。自由、平等，博爱，受过民主熏陶的人就是不一样。这位新校长可不仅是你给他行礼，便客客气气还礼那么简单。他真的是在奉行人人平等，那怕是学生和校长。
呈文和公函的另一个不同是：呈文可以无视，可以不理睬，校长愿意答复便答复，不愿意答复就石沉大海。所谓没有理由没有原因，就是校长不愿意，谁也没办法。公函可就不一样了，是必须有答复的。
人是需要被尊重的，被尊重的感觉当然不一样。毫无疑问，只有在受尊重的环境下，才能培养出独立人格的人。
一个呈文和公函，在今天的人们看来也许实在不算什么，而在当时的北大校园，引出的巨大反响，自然是今天的人们所无法想象的。
但是，比起新来的校长接下来的一个重大举措，呈文和公函这等事还真是小事一桩。
蔡元培所采取的这一重大举措就是民主治校。彻底改变以往那种大学的校务由校长、学监等少数人对学校的独裁统治。
具体作法就是设立了“北大评议会”，以之作为全校的最高立法机构和权力机构，负责制定和审核学校的各种章程、法令，以及学科的废立，学校的预算、决算等。
这个“评议会”主要由教授组成，校长和各专业学科的学长为当然评议员，其余评议员则由文、理、法、工各科的本科和预科各推举两名教授担任。评议员的任期为一年，期满后即进行下届选举，连选可以连任。从1919年底之后，评议员的产生则改为按名额分配，即每5名教授中可投票选出一个评议员。
北大的第一届评议员有：校长蔡元培，文科学长陈独秀，理科学长夏元瑮，法科学长王建祖，工科学长温宗宇，文本科教授代表胡适、章士钊，文预科教授代表沈尹默、周思敬，理本科教授代表秦汾、俞同奎，理预科教授代表张大椿、胡濬济，法本科教授代表陶履恭、黄振声，法预科教授代表朱锡龄、韩述祖，工本科教授代表孙瑞林、陈世璋。
前边说过，蔡元培在主持爱国学社时，学社最富特色之处是学生自治制度。学生在校内享有很大的权利和自由。住宿生实行自治制，设有评议会，监督学校行政和学生操行。这里实行的民主治校制度，固然是蔡元培的这种办校思想的继续，只不过不是简单的复制，而是升华和进入更高层次。是他把从国外，学到的民主制度下的学校管理在付诸实践。
看过本书的第一卷后，不知大家感觉到没，慈禧应该是一直到死，都没能够搞明白立宪是怎么回事？如果她知道是在为她死守的专制制度在掘墓，恐怕她无论如何不会搞立宪和那些新政的。而同样，袁世凯和他同时代的许多人，到死都没能搞清楚民主和共和是怎么回事。在他们看来，所谓的民主革命不过是用一种好的专制去代替那不好的专制，是用一个好的皇帝去取代不好的无能的皇帝。所以，才有那么多人呼吁袁世凯恢复帝制。
民主的美妙之一在于其能够集中众人智慧。一个人能有多大本事，就算是天才，其能力和知识也必然是有限的。一个好的领导者绝不是自以为是的人，而是一个善于倾听和集中大家意见和智慧的人。中国有一句老话，三个臭皮匠，顶个诸葛亮。
一个人如果总是把自已神化，把自已视为天才，总是说自己有多伟大，其实是最愚蠢的。即使不是阴谋家和野心家，也一定是个政治骗子。
当那些教授们能够参与学校的管理，不仅仅使他们感到他们和他们的意见对学校很重要，不仅如此，虽然，这很重要。但更大的改变是他们会动脑筋想办法，怎么去把学校办好。而不是像过去那样，学校的事有校长去管，和自己没什么关系。
当教授们的主观能动性被调动起来，将会汇集成怎样的力量呀！
为了进一步健全“教授治校、民主管理”的领导体制，在蔡元培的推动下，1919年，北大又在作为全校最高立法机关和权力机关的“评议会”之外另设了三个机构：
一是行政会议，作为全校的最高行政机构和执行机关，负责实施评议会的各项决议。行政会议的成员的资格也限定为教授，由各专门委员会的委员长及教务长、总务长担任成员，由校长兼任行政会议议长。行政会议下设8个专门委员会，分管各类行政事务，分别是组织、庶务、审计、图书、聘任、仪器、入学、新生指导委员会。各委员会的成员由校长推举，经评议会批准通过。
二是设教务会议及教务处，由各学科的系主任组成，从中推出教务长一名，任期一年，统一领导全校的教学工作。这一时期，担任过北大教务长的有马寅初、顾孟余、胡适等人。
三是设总务处，主管全校的人事和事务工作。总务处的首长亦为教授学者。如以蒋梦麟为总务长兼会计部主任，李大钊任图书部主任，陈世璋任仪器部主任，李辛白为出版部主任，沈士远任校舍、斋务、杂务、卫生部主任，郑寿仁任注册、编志、询问、介绍部主任。
蔡元培设计出的这一套“教授治校”“依法治校”的体制，为北大走上健康、稳定发展的轨道提供了组织上和制度上的保障。在这套体制的护航之下，北大在当时以及后来，都不曾因为政治时局动荡，以及校长人选的更迭，而影响正常的教学秩序和校园秩序。
曾任北大教务长的顾孟余说：“先生(指蔡元培)长校数年，以政治环境关系，在校之时少，而离校之时多。离校之时，校务不但不陷停顿，且能依照计划以进行者，则以先生已树立评议会及各种委员会之制度。”
蔡元培自己也对在北大建立的这套体制很感欣慰。
1920年10月，他赴欧考察教育，与大家话别时说：“我这次出去，若是于本校不免发生困难，我一定不去。但现在校中组织很严密，职员办事很能和衷，职员与学生间，也都是开诚布公，我没有什么不放心的事了。”
什么时候都不用担心因为换领导人和天下大变，这便是一个好的民主制度的伟大之处。因为这个制度制约着领导者，使他们不能任性妄为，更不能胡作非为。
所谓，每个人在自己的职责范围内都是至高无上的，因为那是法律和制度赋予你的权力。但是，同样，一个人也只可以在自己的职责范围内纵横驰骋，超出其职责围便寸步难行，这就是成熟的民主制度。
一个社会，如果不能对个人的权力进行有效的监督和制约，权力必然走向腐败。靠所谓的个人素质，是不可靠的，而且没有监督的权力本身具有很强的腐蚀作用。所谓，在不好的制度下，好人可能变成坏人，在好的制度下，坏人也很难为所欲为。
能够在人前发号施令，这是个人利益的高层次的追求，权力欲对人来说是一般都是很强的一种欲望。而对于手中有权的人，可能最反感的就是对他的限制和监督。有谁不想说了就算，有谁不想一言九鼎。
如果是普通教授提出民主管理学校，有参政议政的愿望，这是很自然的。但是，蔡元培作为校长，作为大权在握的人，主动的进行这样的变革，才更加显得难得可贵。
当年蔡元培时代的北大学生，后任国立中央大学、清华大学校长的罗家伦这样说：“以一个大学来转移一时代学术或社会的风气，进而影响到整个国家的青年思想，恐怕要算蔡孑民时代的北京大学。”
胡适、陶行知的老师，美国著名教育家、哲学家、社会学家、实用主义学派创始人约翰•杜威也说过这样一段话：“拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等等，这些校长中，在某些学科上，有卓越贡献的，不乏其人；但是，以一个校长身份，而领导那所大学对一个民族、一个时代，起到转折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二个。”