方剑雄很大方的将江西兵整编而来的第十一师放在武昌看家，师长是欧阳武。李烈钧东去南京的时候，欧阳武选择了离开，投奔了武昌方面，同时还带来一批基层军官。湖南兵与湖北兵混编的第十二师，则驻守南昌，王隆中为师长。刘玉堂被提拔为第十三师长，率部驻扎九江驻扎。受徐绍帧召唤而来的沈同午为第十四师长，驻扎地岳阳。十五、十六两个师暂时各有三千人，只有个架子，师长尚未任命。部队暂时留在安庆，一边继续补充兵员，一边训练。整编期间，德国顾问团发挥了巨大的作用，这些顾问可不是简单的顾而不问，他们最大的作用，就是把一些正规军的理念带到了国防军中。
武昌半年期的速成班，培养了一千多名经历过革命初期老兵，充实了基层军官队伍。这些人出来只能当副排长班长，不像陆军大学两年制。毕业出来就是排长。后这一速成班，改成了士官学校，学制两年。国防军后来出台规定，凡事进陆大，必须是士官生毕业。所以说第一批陆大生都是幸运儿，所谓事急马行田的产物。这都是后话，暂且不提。
整编之后的重炮部队得到了极大的加强。共计六个重炮团，暂时变成两个炮兵师。每个炮兵师两个105榴弹炮团，一个150榴弹炮团。都是德国货。死烧银子的玩意。第一重炮师长程芝萱，第二师暂不设师长，由程潜代理师长一职。要说这个程潜。归附之后很卖力气，方大帅觉得他带炮兵还算凑合，出于打招牌的心里，给他一个代理师长干干。不过军衔还是上校，国防军提将军很难，程芝萱还是上校呢。方剑雄自己都只是个中将，还是自封的。被养的倒是给了个元帅的头衔，没要！
重炮部队实际上都是以团为单位，战时临时以师为编制，目的是便于指挥。
作战会议开了一整天。内容属于绝对的机密。仅有师长一级的军官才知道内容，具体部署为一旦开战，东线三个师在三个重炮团的支援下，向济南发起进攻。济南侧后的胶东自卫军，配合部队作战。西线则以三个师的兵力向河南进军。由王天纵所属的匪军配合。
其实这个作战计划，方剑雄私下里提出了异议，认为应该集中使用兵力才对。蒋方震和张孝淮都坚持，以目前国防局的战斗力，完全可以分兵。就连德国人汉密尔顿，也都持这个观点。方剑雄这才作罢，从了三位参谋长。
怎么打仗，现在方剑雄基本不说话，战略层面的事情才会提两句。
会议最后，方剑雄命令如下：“电告北京徐绍帧，停止谈判返回蚌埠，各部队务必按照总参要求，在规定时间内完成集结……被提前催生的民国大选，由于方剑雄的突然袭击，原本看上去还堪一战的北洋，在大选中输的干干净净。全国范围的国会选举在10月1日开始，国民党获得的优势由于方剑雄的捣乱得到了扩大，良缘席位422席，进步党获得席位193席。
大选结果公布后不久，返回上海的宋教仁被推举为新的内阁总理，组阁接替唐绍仪的临时内阁。有趣的是，在大选结果出来后次日，也就是十月八日，孙、黄都宣布不参加总统竞选，袁世凯为唯一的总统候选人。
对此方剑雄颇感无语，本希望利用大选的结果，孙能当选总统就最好了，迫使袁世凯早日撕下伪装。这个结果搞的方剑雄郁闷了两天都没缓过来，通电之后，孙宣布去日本考察铁路，要搞铁路救国的一套。黄兴辞去了南京留守一职，并赴芜湖与方剑雄会晤。
这一次会谈，黄兴很意外的表示，经过北京与袁世凯的交流，觉得袁世凯还是一个不错的总统人选，在他的领导下，国家应该能富强起来。黄兴还表示，原南京旗下的部队，副总的袁世凯的整编命令，编成四个步兵师，分别驻守徐守和南京。
更有趣的是，袁世凯在通电中称，孙先生万岁，孙在通电中回称大总统万岁。也不知道是不是受了孙的影响，黄兴做出了顺从的回应。袁世凯在北京以他本人、黎元洪、孙文、黄兴四人的名义联合通电，称：经四人协商，决定八大政纲条文，就是历史上所谓的四巨头联合宣言。反正把方剑雄给撇在一边了。
黄兴从芜湖离开后，回了上海，号称要出国考察。方剑雄失望之极，还得派军舰送他回去。原本打算劝两句，想想还是作罢，终究是道不同。
按照三方商议修订后的临时约法，新的民国采取内阁制度，在上海组织大选的宋教仁要去北洋组阁。
方剑雄在这个时候，已经基本完成了各部队的集结。与此同时，北洋新编三个步兵师也建成，一色的日制装备，从东北调山东的原第二十镇，扩编为两个步兵师，师长分别为武祥帧、卢永祥，这是老袁的手段了，分化瓦解，吞掉了第二十师。扩编部队也都是日械，同时北洋利用善后大借款，编了两个重炮团，装备日制105野炮。这一番扩军，让两头卖军火的小日本挣了不少钱。
宋教仁北上组阁，黄兴、廖仲恺、于右任送行，在上海火车站的人流中，意气风发的宋教仁一再道：“留步，留步。”
黄兴想起方剑雄说的话，提醒一句道：“渔父，方扶国让我提醒你，不要忘记吴禄贞之死。”宋教仁不以为然的摆摆手道：“如此冒天下之大不韪，项城不敢为也。”
说完宋教仁就上火车，刚迈出一只脚，里头突然出现一个矮个军装汉子，对着宋教仁开了一枪，宋应声捂着腰，坚持了一下没坚持住，摇摇晃晃的倒下，血从指间溢出，浸湿了精心准备的礼服。这一幕就发生在眼前，黄兴直接呆掉了，眼睁睁的看着现场大乱，都忘记上前去扶。最后还是廖仲恺先回过神来，大声疾呼：“快救人。”
一行人七手八脚把宋教仁抬上汽车，就近送到靶子路的沪宁铁路医院抢救，宋教仁腰眼中枪，取出子弹后发现弹头有毒。宋清醒后留遗言：“余北上之目的，在于协调南北意见，集中全国力量一致对外。又称：望总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会确立不拔之宪法，则仁虽死犹生。”
31岁的宋教仁，留下遗嘱后就死了。政党宪政的道路中断，留下一地的鲜血。
15日，孙与陈其美自日本返回上海，此惊天血案，意外的很快有了结果。一贯低效率的上海政府，一改过去的拖沓，案发三日之后便抓到了凶手。此时，恰好孙、陈至上海。
经查，组织者为上海大流氓应桂馨，同谋内应为内务部秘书洪述祖，凶手武士英，主谋为唐绍仪去职后的新任内阁总理赵秉钧。（此处，依照正史而说，说个大概就是了，具体的大家去百度吧。还有一种说法，跟孙有关，这里就不采信了，史家公认的东西，没有明确证据，最好不要去质疑。）因为从应桂馨家中搜出凶器和密码本，可以说是铁证如山。
武士英欲把杀人一案全部抗下，不了应桂馨落网后，查处诸多铁证。此事被报界捅出去，天下哗然。北洋临时政府内阁，对此居然做出了一件让人哭笑不得的事情。
17日，赵秉钧在案件被捅出来，全国皆知后，通电称：沪上发现一种监督政府、政党之裁判机关，宣告宋教仁、袁世凯、梁启超、赵秉钧、王荣宝等人之罪状，特先判宋教仁之死刑，即时执行。这是恐怖组织中华共进会，会长是应桂馨。该组织，专门以暗杀政要为手段，以求达到政治目的。并称，昔日同盟会以刺杀手段达到政治目的，开了恶例。
回到上海的孙立刻致电方剑雄，称：袁世凯暴露出独裁者的真面目，当以武力讨伐之。
方剑雄回电称：早有预料，一语陈箴。即准备起兵讨袁事宜。
这一时期的民党，军事力量上拜方剑雄所赐，可用之兵有四个完整的步兵师，比历史上要强大很多，一干师长都是国民党的人。也许是因为有方剑雄的存在，历史上瞻前顾后的民军，在一次意外的坚定。
得到方剑雄的回答后，孙通电全国：“袁世凯破坏共和，为全国之罪人。呼吁各省，起兵讨袁。”