虽然王保保在第一时间就收到了皇太子爱猷识理达腊下达的反攻元大都的命令，不过王保保直到至正二十五年（公元1365年）三月才率主力北上。
是什么事儿让王保保耽搁了近一个月的时间呢？
那是因为他的生父赛因赤答忽刚刚在洛阳病故。
元朝的丁忧制度是受汉人影响，虽然没有汉人当政时那么严格，但祖父母、父母亡故，一个月的假期还是必须要有的。因此，王保保的生父病故，他处理完后事再出兵，皇太子爱猷识理达腊也不能说他什么。
由于王保保的大军加入战斗，皇太子爱猷识理达腊组织的联合部队迅速攻占了元上都（今内蒙古自治区锡林郭勒盟）、大同等战略要地。孛罗帖木儿的大军迅速陷入了被动的局面。
紧接着，对孛罗帖木儿更加不利的事情接踵而至地迅速发生了。
首先是对孛罗帖木儿心生怨恨的也速再度反水，带兵向皇太子爱猷识理达腊投诚了。
得知也速再度反水，孛罗帖木儿恼羞成怒，立即命令麾下爱将姚伯颜不花率兵前去征讨也速部。
姚伯颜不花是员猛将，号称孛罗帖木儿麾下的“金牌打手”，根本就没将也速放在眼里。当他的大军到达通州（北通州，今北京通州）时，天降大雨，河水暴涨，大军无法通行。姚伯颜不花只得下令让大军暂时就地驻扎，待雨停之后再继续前进。由于对也速太过轻视，姚伯颜不花并未防备也速部会来偷袭他。
面对姚伯颜不花的轻视，也速岂肯放过这个立功的大好机会。他立即率兵偷袭姚伯颜不花不部，不仅大败其兵，还擒获了姚伯颜不花。
皇太子爱猷识理达腊得知也速擒获姚伯颜不花，并大败其军，十分高兴。为了从心理上打击孛罗帖木儿，皇太子爱猷识理达腊命令也速将姚伯颜不花就地斩首。
得知爱将姚伯颜不花被杀，孛罗帖木儿大为震惊，他亲率大军前来讨伐也速，欲为爱将姚伯颜不花报仇。谁知大军行至通州，再度遇上连日暴雨。
由于顾忌元大都内有人图谋不轨，孛罗帖木儿不敢在外多作停留，只得撤兵。回到元大都后，孛罗帖木儿迅速收缩兵力，决心凭借元大都的城坚池深，与皇太子爱猷识理达腊的联军决一死战。
可是上天没有给孛罗帖木儿与皇太子爱猷识理达腊的联军决一死战的机会。就在七月，已对孛罗帖木儿深恶痛绝的元顺帝终于出手了。他安排心腹死士刺杀了孛罗帖木儿，并将其脑袋割下来装在一个匣子里，派人送给了皇太子爱猷识理达腊。
元顺帝这一举动，无疑是在向皇太子爱猷识理达腊示好。
对于父亲的示好，皇太子爱猷识理达腊自然是有自己的打算。他决定利用这个难得的机会，让自己的战略合作伙伴王保保迅速带兵入元大都，控制住元顺帝。是时候让父亲禅位于自己了……
当孛罗帖木儿被杀的消息传到应天的时候，朱元璋震惊了。虽然王保保与自己达成了停战协定，但那个停战协定之所以能够顺利达成，是因为王保保要将主要精力放在对付孛罗帖木儿身上，无暇顾及南边的起义军。
现在，孛罗帖木儿死了，王保保最大的政敌被除去了。他是不是又可以腾出双手，转头来对付自己了呢？
想到了这些，朱元璋立即展开了行动。他让徐达率兵到淮北一带、常遇春率兵到皖东一带，做好元军南下进攻的各项防御准备工作。
再来说说王保保这边。当奇皇后和皇太子爱猷识理达腊找到了王保保，说出了让他带兵入元大都，逼迫元顺帝禅位的计划后，王保保陷入了沉思。
王保保从孛罗帖木儿的下场中看到，自己跟孛罗帖木儿一样，无非也就是元顺帝父子宫廷斗争中的一枚棋子。如果真的答应了奇皇后与皇太子，不管这事儿能不能成功，自己都得背上一个弑君篡位的千古骂名。
从好的方面想，这事儿成功了，自己即使成了皇太子爱猷识理达腊篡位的首席功臣，很可能将来也会遭到爱猷识理达腊的清算。因为爱猷识理达腊一旦登上帝位，必然会想办法洗白他的名声，将自己给杀了，然后把一切罪责都推到自己身上。
如果从不好的方面想，这事儿失败了，元顺帝肯定会灭了自己的九族。
正是因为基于这个考虑，尽管奇皇后和皇太子对王保保许以右丞相的官位，王保保也没有心动。
当然，王保保也不可能硬生生地拒绝奇皇后和皇太子，毕竟他们是自己的战略合作伙伴嘛！王保保只是告诉他们二人，这事儿事关重大，他得仔细琢磨。
对于王保保的这个答复，奇皇后和皇太子爱猷识理达腊基本还是很满意的。因为他们相信，有右丞相这个官位的巨大诱惑，王保保一定不会拒绝的。
九月初，奇皇后和皇太子爱猷识理达腊在王保保大军的护送下，离元大都只有约三十里了。就在奇皇后和皇太子爱猷识理达腊认为王保保即将率大军入城，帮助他们逼迫元顺帝禅位之时，王保保自编自演的一出好戏上演了。
就在此时，王保保忽然收到多封紧急军报，说是南边的农民起义军分三路北上，目标直指信阳、颖州（今安徽阜阳）、峄州（今山东枣庄）三地。
接到三地告急的紧急军情，王保保迅速命令大军南返去抗击农民起义军。大军掉头开拨之后，王保保立即去请示奇皇后和皇太子爱猷识理达腊，他将与大军一道南返。眼下离大都已经很近了，他就不继续护送二位了。
奇皇后和皇太子爱猷识理达腊一时也无法分辨消息的真假，眼看着好事就要成了，忽然出了这么个意外，二人当然是十分不爽。
大军已经南返了，眼下去追回来也不现实，而且也没有道理。但是奇皇后和皇太子爱猷识理达腊不想就此放王保保南归，他们坚称要王保保送他们入城，并请示元顺帝好好犒赏他。
想想大军已经南返了，即使自己入了元大都，也没有兵力去帮助奇皇后和皇太子爱猷识理达腊发动政变了，王保保就答应了送他们二人入元大都的请求。
入朝之后，元顺帝封王保保为左丞相。虽然王保保得以加官进爵，但他在大都过得并不开心，因为奇皇后和皇太子爱猷识理达腊在不久之后便得知了事情的真相，农民起义军根本就没有任何北上的举动。
自此，奇皇后和皇太子爱猷识理达腊开始怨恨上王保保了。
本来，在皇权的争斗中，王保保是皇太子爱猷识理达腊一派的。虽然元顺帝封王保保当了左丞相，但拥护元顺帝的朝中势力并不待见王保保，毕竟大家是敌对的双方嘛！
而由于奇皇后和皇太子爱猷识理达腊的怨恨，拥护皇太子爱猷识理达腊的势力现在也不待见王保保了。就这样，王保保落得了一个里外不是人的局面。
到了十月，王保保多次请求元顺帝，让他回河南。因为朱元璋的势力越来越强大了，必须迅速将其打压下去。
元顺帝虽然不是一个好皇帝，但他并不是傻子，相反他精明得很。不久，他也知道了王保保在入大都之前，将大军遣返的真实内幕。元顺帝认为，既然奇皇后和皇太子爱猷识理达腊恨上了王保保，那我就得支持一下王保保。
就这样，元顺帝不仅答应了王保保的请求，还封他为河南王，让其迅速南归，统领兵马肃清江淮。
当王保保回到河南之后，发现朱元璋早已有了应对，想攻取朱元璋的地盘儿已是非常困难了。
关键是现在他夹在元顺帝与皇太子之间非常难受，眼下自己能加官进爵得益于自己手中有强大的兵力保证。如果自己跟起义军拼命，把老本儿赔得差不多了，估计元顺帝和皇太子都会想法子收拾自己了。
也就是说，眼下自己最好的办法就是拥兵自重，保存实力。如果能够再兼并一些其他地方势力，那是再好不过了。
正是基于这些考虑，尽管元顺帝多次派人来催促王保保与朱元璋开干，但王保保总是雷声大、雨点儿小。
为了达到不断兼并其他地方武装的目的，王保保将主意打到了关中。
当时的关中有李思齐、张良弼、孔兴、脱列伯四支地方武装力量。王保保便拿出自己左丞相、河南王的身份，说是奉皇上之命肃清江淮，要求这四支地方武装立即开赴到河南来，配合他作战。
既然王保保经过对天下局势的分析，有了拥兵自重之心，那这关中四人肯定也能相通这番道理。王保保借着肃清江淮的口号，企图吞并他们的兵力，他们自然是不会干的。
虽然这四人的实力无论是那一个，都比王保保差很多，但是他们四人联合起来，又占了地利的优势，王保保一时也拿他们没办法。