剔除了一些基本的历史性错误之后，萧逸臣开始对原来的《珍珠港》剧本大动手术，对于他来说，那些发生在硝烟中的奇闻轶事更像是一趟特殊的历史课，他说：“珍珠港的那段历史不再抽象，它不再是一种，而是有血有肉的真实故事，萧逸臣首先面临的问题就是让影片的故事如何开始。”
故事的开头萧逸臣还是沿用了原剧本的情节，对雷夫和丹尼的尤其进行了浓墨重彩的渲染，两人从小就是死党，而且对飞行都有着很执着的热情，时值二次大战的期间，两人一起加入了美国的空军队伍，在受训期间，雷夫结识了美丽的护士凯瑟琳，两人迅速坠入爱河。
故事发展到这里都没有太多的改变，随后美国军方决定在欧洲展开一次针对德军秘密行动。这项任务必须挑选精英飞行员来完成，为此军方开始秘密的挑选合适的飞行员。雷夫和丹尼都是美国驻珍珠港某空军基地的王牌飞行员，听说这次挑选的是精英中的精英，两人都跃跃欲试，并且开始暗中较劲。
最后经过层层的挑选，雷夫和丹尼都脱颖而出，这时候负责改项行动的美军长官告诉他们这次行动的危险性，行动一旦失败，能活着回来的机会微乎其微，而这次行动成功的机率很低，要执行这项任务，就必须抱着为国捐躯的决心。尽管两人并没有触碰到有关这项行动真正核心的机密，但是从他们被叫进长官办公室以后，两人中就必须有一个人站出来去完成这项任务。
在残酷的现实面前，雷夫和杰米发生了严重的分歧。雷夫认为从小到大都是自己一直在光照着丹尼，自己已经把他当成了自己的亲人。每次遇到困难，总是雷夫习惯性的顶在前面，这次也应该是他去完成那个任务。但是丹尼却认为自己的飞行技术要比雷夫更好（尽管在别人眼中两人都是旗鼓相当，但是只有他们两人才知道，丹尼沉稳的性格确实要比雷夫更适合飞行，而且雷夫还有一个致命的缺点就是他的视力，当初要不是凯瑟琳帮忙，他根本通不过体检），执行这个任务由他去最合适。
在争辩中丹尼还提到了凯瑟琳，他觉得雷夫现在不只是一个人，他还应该为自己的女朋友考虑。雷夫还有父母健在，但是丹尼却是孤儿，孑然一身无牵无挂。但是这样的理由并没有说服雷夫，两人最后发生了激烈的争吵，在第二天军队长官召见询问他们最后决定意见的时候，两人都互不相让的站了出来，想要去执行这个任务。双方争执不下，但是这个任务只需要一名飞行员，最后长官决定让两人进行一次飞行比试，获胜者就无条件获得这个执行任务的机会。
这对丹尼来说是个好消息，因为他完全有把握在飞行中战胜雷夫，而雷夫却因此闷闷不乐，他知道如果动真格，自己就肯定会输给丹尼。最后是同为两人朋友的另一位飞行员戴维给他出了一个主意，他想要获得胜利很简单，只要让丹尼在比赛那天出现一些小小的“意外”，不能够参加飞行比试，那么雷夫就如愿以偿得到这次机会。
在这个时候，雷夫觉得这确实是一个好主意，他当然不可能真的让丹尼出什么意外，所以他想到了把丹尼灌醉。他假装自己已经放弃这次机会，换取了性格单纯的丹尼的信任。
丹尼当即提出去向长官说明这个问题，但是雷夫故意说他们两个在基地里一直是不相上下的飞行员，现在他们要进行比试的消息整个基地的人都已经知道了，如果自己放弃比赛，那么就会被别人看不起。雷夫告诉丹尼，自己就是输，也要堂堂正正的在天空中输给丹尼。
雷夫的表演很到位，信以为真的丹尼很快被他说服，尽管第二天就是比赛的日期，但是丹尼还是架不住雷夫和其他战友的唆使，在酒吧里被灌得烂醉、不省人事。第二天雷夫找到了军队长官，告诉他丹尼在他的主动劝说下同意放弃参与这项任务的资格，而且他也不会来参加今天的比赛。
果不其然，到了比赛的时间，雷夫已经在自己的飞机上整装待发，而丹尼却迟迟不见踪影，最后基地长官宣布雷夫获胜，而他直接被叫到了基地司令的办公室中，正式的成为那项秘密任务的执行人。
从酒醉中清醒过来的丹尼心急火燎的感到基地，却遇到基地一些飞行员的热嘲冷讽，同时也从他们的口中得知了由于自己的缺席，雷夫获得比赛的胜利，这时候他终于自己上了雷夫的当。他并不在乎基地第一飞行员的虚名，但是他不能够看着自己从小到大的好友去送命，他愤怒的找到了基地司令官，想要向他解释这件事情，可是司令官却告诉他命令已经下达，不可能在更改。
其实在丹尼没有准时的参加比赛，基地的长官们就已经看出了一些端倪，丹尼在平时是一个十分稳重的军人，在这种关键的时候出问题，这其中肯定有问题。但是知道这项任务危险性的司令官更倾向于让雷夫去执行这个人物。因为在雷夫和丹尼之间，他更看中性格沉稳的丹尼，而且他也知道丹尼比雷夫更优秀。他也预感到未来战争可能会波及到美国，所以他希望把更优秀的人才留下来，这样可以在以后的战争中发挥更大的作用。所以对雷夫的小动作，他也就睁一只眼闭一只眼，这也算是他的一点私心。
因为这件事情，丹尼不再把雷夫当朋友，但还是挨不过多年的情谊，在雷夫临行前的晚上，两个好朋友坐在海滩上进行了一番深谈，雷夫并没有将自己要去执行一项危险任务的事情告诉凯瑟琳，一方面是因为保密的需要，另一方面也是不像让她担心。
因为知道自己很可能一去不回，所以雷夫将凯瑟琳托付给了丹尼。他知道一直以来，丹尼都在暗恋凯瑟琳，但是因为自己的缘故，他一直把这份爱埋得很深。如果任务失败，他再也回不来，那么他希望丹尼能够代替他给凯瑟琳幸福。气愤的丹尼狠狠的揍了雷夫一顿，雷夫没有还手，两人冰释前嫌。丹尼告诉雷夫，他必须活着回来，既是为凯瑟琳，也是为他这个好兄弟。
随后的剧情又再次回归原剧本，美军的秘密计划泄露，雷夫任务失败，他的驾驶的飞机被德军飞机在英吉利海峡上空击落，雷夫身亡的消息也随着被军方确定。面对这个消息，凯瑟琳自然是无法接受，在照顾凯瑟琳的同时，丹尼也陷入了深深的自责，本来去执行这次任务的应该是他。一开始是丹尼在安慰凯瑟琳，最后反过来成了凯瑟琳在劝解丹尼要振作起来，她相信雷夫在天堂也不愿意看到丹尼现在这个样子。
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随着接触的增加，凯瑟琳和丹尼之间逐渐摩擦出了爱情的火花，死者需要安息，而活着的人，就应该好好的活下去。在雷夫“意外身亡”后的一年，丹尼和凯瑟琳正式订婚，但就在两人的订婚仪式上，原本已经死去的雷夫奇迹般的出现在了众人的面前。按照原剧本的设定，因为丹尼和凯瑟琳的情感纠缠，丹尼和雷夫之间发生了激烈的争吵，关系一度破裂。
但是在萧逸臣的新版剧本中，雷夫在飞机坠海之后得以逃生，最后被海浪卷到了法国近海，并被一位法国商人的女儿救起，在养伤期间，那位法国女孩对雷夫精心照料，两人之间也在不经意间碰撞出了爱情的火花。由于收留美国人，这个法国家庭遭到了德国纳粹的清洗，雷夫和那个名叫莉雅的女孩侥幸逃脱，并在法国游击队的帮助下，成功的回到了英国。
这个时候雷夫发现爱上了莉雅，在凯瑟琳和莉雅之间他感到很为难。莉雅是一个善解人意的女孩，尽管她心中也对雷夫萌生了难以遏制爱意，但是她知道雷夫心里还有一个在美国女友，所以她虽然同意和雷夫一起返回美国，但是到了美国之后她就不辞而别。雷夫四处寻找，心急如焚，他这时候才知道自己对莉雅的爱已经超过了凯瑟琳，这虽然对凯瑟琳有些不公平，但他必须去寻找莉雅。
回到原驻地的他得知凯瑟琳和丹尼之间的事情之后，虽然一开始有些难以接受，但是最后还是很坦然面对了凯瑟琳，两人得知对方都已经爱上了别人之后，彼此都感到了释然。在解释清楚了所有的问题之后，雷夫和丹尼相约到当初分别时聊天的那个海滩，一边喝酒，一边感慨命运的无常。
雷夫准备退役，然后去寻找莉雅，丹尼没有劝阻，他知道雷夫已经为这个国家牺牲过一次了，他是应该去追求自己的生活。两人大醉一场，然后第二天幸运的避开了日军袭击珍珠港的第一波轰炸，最后的成功的起飞，进行了反击。
萧逸臣删掉了原剧本中最后反击日本的情节，影片到美国总统罗斯福宣布美国参战就落下帷幕，丹尼最后并没有死，也算是给观众留下了一个没有遗憾的结局。