此次忍界大战与前三次忍界大战性质不同，是众人为了守护整个忍者世界，联合反抗月之眼计划的战争。也是因为这次战争，包括五大忍村在内的八万忍者前所未有的连成一体。他们也因此渐渐懂得了和平的可贵，更加珍惜彼此之间的羁绊。
战争结束后，漩涡鸣人与宇智波佐助在终结之谷进行了宿命之战，最后二人两败俱伤，各断一臂。佐助认同鸣人的道路并主动认输，两人联手解开了无限月读。
至此！大战结束，忍界恢复昔日的和平。而旗木卡卡西，因为带领第七班成功战胜并封印了终极Boss，成为了木叶村的第六代火影！
因为战胜大同木辉夜拯救世界，第七班成为了众人心中最大的英雄。特别是世界的主角、命运之子漩涡鸣人，获得了忍界所有人的尊敬。相对的，宇智波佐助，因为妄图使用轮回眼的力量操控尾兽、杀死五影以达到镇压忍界和平的目的，被众人视作眼里的罪人，关入了木叶监狱之中。
第四次忍界大战结束第一天，鸣人哀伤与众人哀伤的站在日向宁次墓前，日向雏田与日向花火流淌着泪水，多么希望能回到过去，拯救哥哥……
而这两天以来，木叶村外大门口被彻底堵死，大量的普通人围满出口，纷纷大声呼唤着想要见拯救世界的“英雄”鸣人一面。为了解救昔日的好友，只剩下一只手臂的鸣人准备再次去往火影办公室，向即将就任的六代火影卡卡西求情，希望对方能够放过自己的挚友宇智波佐助。（这时候还没有移植初代手臂）
火影楼内，卡卡西端坐位置上，正在面向三人发布任务：
“因为第四次忍界大战爆发，激烈的战争导致地壳剧烈运动，位于风之国楼兰遗址的地脉出现了暴走现象。传说龙脉是大地的命脉，那里蕴藏着超越大地其他地方的查克拉，如果使用不慎极有可能毁灭整个大地。
木叶历史上曾经多次派出忍者在那里执行任务，包括我在内，其中四代火影曾经彻底封印过那里。不过，根据风影我爱罗那里的情报，四代曾经留下的封印早已经彻底松动。
木叶现在没有多少留守忍者了，因此，我希望纲手前辈您带领弟子春野樱、中忍日向花火三人去往那里执行任务，彻底封印龙脉！”
“只是封印龙脉的话，有我就足够了，加上我的弟子春野樱也算勉强……”前代火影纲手双臂抱胸，瞟了一眼身旁的日向花火道：“可为什么要加上这个乳臭未干的小家伙？”
“咳咳，纲手前辈您作为前任火影，早就彻底掌握了封印之书上大部分的忍术，包括复杂的封印术。春野樱曾经与鸣人、佐井一同执行过龙脉任务，对那里还算熟悉。”说到这里，卡卡西顿了顿继续道：“但是那里的楼兰遗址已经因为忍界大战彻底成了废墟，就连封印之地也被彻底掩埋，必须要有一名强大的日向族人通过白眼能力透视找到遗址准确挖掘位置。现在日向一族之人不是受伤就是外出执行任务，日向花火作为宗家小姐，具备接近上忍实力，相信足矣配合你们完成任务！”
“切！”纲手晃动着硕大圆球，郁闷道：“好不容易退休了，现在又要去做苦力！我看叫上我们师徒，也是因为看上我们的怪力，想要我们去挖那楼兰废墟的石头吧！”
“咳咳……”卡卡西尴尬一笑，他还真是这么想的，不过绝对不能这么说，于是补充解释道：“根据现有资料，和木叶情报分析部门的最新推测……楼兰所在位置，很可能就是十尾前身‘神树’首次扎根的地方！而那附近，也是大筒木辉夜与六道仙人兄弟二人发生决战的地方！！
因为最初远古的大战给大地带来了不可抹平的创伤，所以风之国成了沙漠，土地变得永久贫瘠！而楼兰因为聚集过整个大地的力量，那里依然拥有绿洲。但也成为了整个世界的创口，聚集了大地的无穷力量，喷薄着整个星球核心的宝贵力量。所以封印楼兰也就相当于护卫我们的世界，这种伟大的任务也只有纲手前辈您可以做到呢！”
“哼！”纲手傲娇撇过头去，卡卡西的马屁非常到位，让她感觉很满意。
“那……那个……”就在这时，默不作声的鸣人举起唯一的左手道：“既然是这么重大的责任，其实我觉得我和佐助也应该过去，毕竟我们第七班……”
“你给我闭嘴！”还未等卡卡西回答，纲手就一巴掌呼啸着过去，把鸣人打飞镶嵌在了墙上，看着对方抖动的双腿，咆哮道：“你个臭小子伤还没好，出来嘚瑟什么，医疗部马上就要给你移植祖父细胞的手臂知道吗！？还有，我看你去执行任务是假，为佐助的罪行开脱是真吧？！”
鸣人用力把身体拔出墙体，抱怨道：“说我是个病号，纲手婆婆还下手这么重，一点也不懂得温柔，难怪现在还是单身狗……”
咔咔……
“你说啥？！”纲手接近暴走的边缘，拳头捏的梆梆响。
“咳咳……”卡卡西也起身道：“我记得我已经直接将你破格升职为上忍了吧，你现在这么闲，难道是我给你的资料都学习完毕了？！”
“额……对对！！”鸣人想起那如山的资料就崩溃，还不如一辈子当下忍呢，识相的他二话不说准备跑路……
“等等！”卡卡西叫住了鸣人道：“很奇怪，有关于楼兰的旅程，我总觉得有一部分记忆被封印过，所以好多事情都忘记了。鸣人，听说你是唯一被龙脉能量直接冲击而活下来的忍者，对于那里的情报，你有什么补充吗？”
“额……”鸣人仔细想了想道：“其实我也不太记得了，似乎我的记忆也被封过。不过在获得六道仙人爷爷的阳遁力量后，似乎有了一些印象，那里有个漂亮的红发小姐姐，还有年轻时候的老爸，好年轻的卡卡西老师……”
“出去吧！”卡卡西一指门口，显然觉得鸣人在说胡话来着。
其实他不知道，那里就是另一个平行世界的入口，他曾相遇过另一个时空的鸣人，鸣人也相遇过另一个时空的卡卡西……
（以下为究极风暴4剧情）
任务派遣结束后，离开火影楼的花火暗中跟踪观察鸣人，目的是确认姐姐雏田喜欢的人到底是否是个靠谱的家伙。居然说什么楼兰红头发的漂亮小姐姐，没准就是是外面有“狗”了。
结果她被鸣人发现，逃脱两次之后花火提出与鸣人交手的请求。而鸣人在不知道花火的身份下无奈接受了挑战，花火三次被击败，并因此承认鸣人的实力。
鸣人觉得花火的傲劲很像一个人，花火感慨鸣人的迟钝并说出自己的身份。最后希望鸣人能好好照顾姐姐。鸣人大吃一惊，后来雏田赶到，并害羞表示不用在意花火的说话。
当天下午，在纲手带领下，春野樱、日向花火三人接受了风之国的任务，踏上了前往楼兰的旅程，目标是找到并且彻底封印再次暴走的龙脉！
另一方面，平行时空木叶12年也即将有个队伍踏上楼兰旅程……