横须贺这座城市先是遭受到哥吉拉的入侵导致横须贺毁了大部分的地方，并且灾难重重，忍者和部队是损失惨重，他们和哥吉拉拼死战斗，结果还是没能阻挡住哥吉拉前进的脚步，当他们以为哥斯拉离开之后这座城市及的灾难就结束了，然而沐风等人的到来却让这座城市留守下来的忍者们变成了他们真正的末日。
在这座城堡前面尸横遍野之后沐风三人现在沿着哥吉拉的巨大脚步朝着横滨城前进着，然而在沐风三人的身后还悄悄地跟着一只妖兽，这只妖兽就是九尾妖狐玉藻，但是现在还有一只非常强大的妖怪正在朝着这个方向赶过来，这只妖怪正是九尾白狐，然而九尾白狐身边还有一个非常可爱的少女跟着九尾白狐，而且这个少女却是沐风最熟悉也是最陌生的人，她为何会和九尾白狐在一起这也是一个迷，但是现在横滨城正在进行这一场血的厮杀。
在横滨城外附近的各大忍者大军已经大部分聚集到了这里排兵布阵依次列队正在和哥吉拉进行着殊死的搏斗，目的就是阻挡哥吉拉破坏这座城市：“联合忍术，土遁地陷术！”
这时候哥吉拉正在朝前走去的时候自己的脚下顿时下陷了进去，哥吉拉一下子就掉进了一个非常巨大的巨坑里面，哥吉拉也是大吃一惊，他没想到这些弱小的人类联合起来居然可以做到这个地步，然而哥吉拉使用它的双手朝着前面刨着想要从这个大坑里面走出来。
而现在面对他的则是忍者大军的联合攻击，哥吉拉看到自己的身边现在有无数的黑影集中在他的身前，看着人数而言至少有十万左右，面对如此众多的忍者大军，哥吉拉依然丝毫不畏惧，这就是兽中之王的气质。
然而就在这时候天上顿时聚集起了厚厚的云层，而且云层中还发出了雷电的闪光，并且雷声阵阵好像天就要塌下来一样：“联合忍术雷盾·雷暴术！”
霎那间天上无数道闪电直接朝着哥吉拉劈下来，并且在哥吉拉的身上产生了一连串的爆炸，而哥吉拉这时候也因为疼痛嘶吼了起来，哥吉拉的吼声也是非常响亮，他也是郁闷不已，如今的哥吉拉没想到现在的人们会这样强大，自己居然会遭受到这样的挫折。
可是这些挫折对于哥吉拉而言根本就不算什么，可是这时候成千上万的忍者大军立刻将哥吉拉围的水泄不通，并且不断朝着哥吉拉丢出起爆符在哥吉拉的身上爆炸，站在远处的上忍看到哥吉拉如此轻而易举的就被他们的联合忍术打的如此狼狈顿时就对哥吉拉不屑地说：“传说中的怪兽之王哥吉拉也不过如此，我们上万的忍者大军只是设了一个小小的陷进就如此的不抗一击真是无趣啊，我还以为他能够给我们带来更多的乐趣呢。”
然而在他身边的一个忍者对着他说：“渡边队长，你可别大意，在过去的记录之中哥吉拉可是不止一次攻击东京了，而且每一次的到来力量和体型都会越来越大，现在的哥吉拉已经是一代的三倍高度了，完全超越了以往的哥吉拉的体型了，在力量上也是很强大的，他的力量完全可以九大妖兽抗衡的，不能小看它的。”
这个渡边队长根本就不听身边同伴的劝告便对着身边的忍者大军下达命令说：“所有的忍者立刻准备使绝招将这只巨大的哥吉拉杀死。”
忍者大军听到了自己的队长的命令之后就开始结印准备使用忍术结果掉这只哥吉拉，然而就在这时候从远处的灰尘之中顿时发出了一道非常强烈的蓝光，那个忍者顿时大惊：“是哥吉拉的核能吐息！大家快逃啊！要是被核能吐息烧中，我们立刻就会化为飞灰的！”
忍者大军们听到这个忍者的警示之后纷纷朝着自己的身后退去，然而自己身后却是更多的忍者大军围在这里，他们现在也开始朝着身后退去，可是更远的地方忍者根本就没有听到到底发生了什么事见到前面的忍者拥挤地朝着这边飞奔过来也是郁闷不已，这边的忍者大军不知道情况对于突然朝着他们这边退过来的忍者而言这里顿时就交通拥堵了。
忍者大军们现在拥挤在一起根本就没办法在往后退去了，然而就在这时候哥吉拉立刻朝着自己前方的忍着大军之中吐出了一口非常强烈的核能吐息，霎那间在忍着大军之中顿时产生了非常巨大的蓝色火焰。
被哥吉拉的核能吐息烧中之后的忍者们顿时化为了飞灰，然而身在远处的忍者大军的身上也燃气了蓝色的火焰烧着了全身，忍者大军们顿时满地滚想要扑掉自己身上的火焰，可是哥吉拉的蓝色火焰在他们身上根本就没办法扑灭，这些被烧中的忍者大军在扑火当中就死去了，而且死的非常的惨烈。
渡边队长这时候看到哥吉拉吐出这样强大的核能吐息的时候也是震惊不已，他没想到哥吉拉的力量会是这样强大，而且还超出了渡边队长的想象，渡边队长现在已经完全被吓傻了：“怎么会这样？哥吉拉不是没有那么强大的吗？为何他的核能吐息的力量会这么强大？不可能会这样的！一切不是还在我们的计划之中吗？难道哥吉拉的强大真的超出了我们的想想了吗？”
这时候身边的忍者见到渡边队长喃喃自语的样子立刻就将渡边队长唤醒说：“队长，现在你快点下命令重新组织忍者攻击吧，哥吉拉现在正在朝着地上爬，没过多久就要爬出来了，我们得等哥吉拉出来之前将他杀掉啊！”
渡边队长被自己身边的忍者唤醒之后他看到哥吉拉已经开始朝着坑外面爬了，于是渡边队长立刻下令说：“所有忍者立刻发动土系忍术务必将哥吉拉掩埋在这里！”
忍者大军们听到了渡边队长的命令之后再次结印准备再次发动忍术不让哥吉拉从巨大的坑里爬出来：“土遁·地陷术！”
哥吉拉现在正在朝着地上爬去，然而巨大的大坑再次朝着自己的脚下陷下去，哥吉拉再次大吃一惊，然而就在这时候哥吉拉陷入了一个深达数百米的巨坑之中，哥吉拉也是吃惊不已，他现在很想要从这个巨大的坑中爬出来，可是这时候哥吉拉头顶的图层开始封闭起来了，而且自己身边的土墙也朝着自己合过来，哥吉拉顿时大惊，哥吉拉知道他们这是要将自己埋在地下，然而哥吉拉立刻用他的双手堵住自己前方的土墙不让他闭合起来，可是自己透顶的土墙顿时就封闭了起来，就这样这只巨大的哥吉拉就被掩埋在了地下之中。
忍者大军们见到哥吉拉已经被埋入了地下了顿时就欢呼了起来，因为这场战斗他们胜利了，然而就在这时候大地上产生了非常巨大的震动，忍者大军们顿时震惊了，他们以为哥吉拉被封印在地下就胜利了，但是这时候在忍者大军之中顿时从地上突起了非常巨大的石块将这些忍者全部顶飞了出去。
这时候从地上冒出了一个非常巨大的蜥蜴头，并且发出了王者的吼声，忍者大军们这时候再次震惊了起来，就连渡边队长也是震惊不已，他已经想不到任何办法阻挡哥吉拉破坏他们身后的城市了。
哥吉拉这时候在这些忍者大军吃惊的瞬间已经爬出了地下继续朝着横滨城前进，丝毫没有理会地上的这些忍者大军，这对于渡边队长而言完全就是极大的侮辱，这时候渡边队长知道现在阻挠不了哥吉拉前进，那么他们只能使出最后的王牌了，这时候渡边对着所有的忍者大军下达命令说：“所有忍者全部退到城市边缘开启结界阻挡哥吉拉的到来，传讯忍者立刻向东京总部发出支援信号，请求柳生天羽到来将哥吉拉斩杀！不然的话横滨城必然沦陷，而且东京危机也会更加严重，因为我们的天皇陛下就在那里，所以我们即使拼上性命也要将哥吉拉阻挡在这里！”
忍者听到了渡边队长的命令之后立刻对着东京城发出了请求支援的信号，忍者大军们也全部退居横滨城的城市边缘准备组成防御阵线结成防护大阵结界将哥吉拉阻挡在横滨城外，其余的忍者大军配合着坦克和导弹部队一直对着哥吉拉进行着攻击，而哥吉拉只是讲他脚下的这些高科技的军事武器全部踩碎，然后继续超着前方出发根本就是无视这些弱者的存在。
而忍者大军们也终于全部退到了横滨城的外围开始结成了一张非常巨大的结界准备阻挡哥吉拉前进的步法，哥吉拉现在依然管着自己朝着横滨城的城内走去却没注意到忍者大军门已经开始结成了一张非常巨大的结界将他阻挡在这里了。
哥吉拉正在朝着横滨城前近，然而就在这时候哥吉拉的头突然撞击在了一张巨大的结界上，哥吉拉再次吃惊了，他将双手按在这张结界上面往前推，然而一张无形的力量立刻将哥吉拉反弹回来，哥吉拉也是吃惊不已。
这时候他使用自己的手臂继续往前推，忍着大军之中的忍者们这时候也觉得一股非常强大的力量朝着他们施加了很大的压力，十万的忍者大军也是吃惊不已，他们以为这张结界就可以阻挡哥吉拉前进的步法，然而他们还是低估了哥吉拉巨大的身躯和强大的力量，他们现在也是苦苦支撑着，就连渡边队长也和他们一起结成这张巨大的结界阻挡哥吉拉的前进。
哥吉拉尝试了好几次都没能成功，于是这时候哥吉拉突然转身甩尾，一条非常巨大的尾巴立刻打在了结界上，在结界上面顿时发出了非常巨大的巨响，忍者大军们被这股非常强大的力量打中结界之后他们的结界差点就要消失了，然而渡边队长咬着牙对着忍者大军们说：“你们坚持住，我们的援军马上就要到了，在坚持一会儿！”
哥吉拉的甩尾绝招都没能打破这个巨大的结界，于是哥吉拉准备使用他的核能吐息将这道无形的结界打破，这时候忍者大军们见到哥吉拉的尾巴开始发出蓝色的光芒，并且慢慢的从哥吉拉的背鳍上也发出了蓝色的光芒，而哥吉拉的肚子也在这时候突然胀大了很多，并且在口中也发出了蓝色的光芒。
这时候从哥吉拉的口中顿时吐出了蓝色的核能吐息朝着这张无形的结界上面吐出去，忍者大军这时候顿时倍感压力，然而他们依然继续苦苦支撑着，希望他们的援军能够立刻赶过来，但是哥吉拉的核能吐息实在是太强大，这些忍者大军即使在强大也根本抵挡不了如此强大的力量。
然而这时候这张巨大的结界瞬间奔溃，哥吉拉的核能吐息全部喷在了忍者大军之中，霎那间数百的忍着全部被哥吉拉的核能吐息烧中，并且瞬间就化为了飞灰，忍者大军们的结界破碎之后忍者们顿时大口的喘气，现在已经耗尽了他们所有的力量，已经无法再战斗了。
哥吉拉看到地上黑压压的一片全部都是忍者大军，哥吉拉现在怒视着这些忍者大军，他自从上岸之后就是这些忍者大军阻拦了自己前进的步伐，现在看到这些人哥吉拉也是愤怒不已，于是哥吉拉突然一个转身甩出了自己巨大的尾巴。
霎那间在哥吉拉前方的忍者大军们立刻被哥吉拉巨大的尾巴打中倒飞了出去，并且还摔在了忍者大军之中，忍者大军在这时候也是损伤武术，但是就在这时候忍者大军们听到了一个非常熟悉的声音：“这只巨大的哥吉拉怪兽就由我来对付，你们立刻退后，现在我来阻止他进入城市之中。”
然而忍者们从声音的地方顿时看到了一个手持天羽斩的忍宗高手，此人一身蓝衣面貌大概在中年左右，而且五官清晰，并且留了一身的长发，此人不是别人正是东瀛的三大忍宗高手柳生天羽。