1909年11月12日，刘芾的舰队从欧洲返回了台湾，对于这次访问，英国报纸和法国报纸都做了详细的报道，并且登出了刘芾与乔治亲王和刘芾与法国总统阿尔芒.法利埃的合影，并给予了高度的评价，称这是台湾作为一个远东国家，正式融入国际社会的良好开端；而德国报纸只是泛泛的写了一下有个远东国家的总统，访问了德国皇室，并得到威廉皇帝的接见等等，反倒是刘芾并没有访问的丹麦和荷兰报纸，纷纷报道了由于身体原因，刘芾中断了这次欧洲的访问，匆匆返回了台湾。
对于这些评论，刘芾只是听内务部大概汇报了一下，并没有往心里去，人家怎么看是人家的事情，自己有多大实力，别人就会对你有多高的尊敬，现在还是努力提高自己的力量吧。
刘芾回到台湾的第一件事情，就是听取了内务部和政府各部门的工作汇报，对于自己离开台湾这半年多的时间里，台湾的大概情况，做了一个了解。
经过这半年的时间，台湾的工业和化工产品的出口量，已经比半年前增长了3倍多，而且主要是销往了美国，欧洲的销路不是不好，而是台湾的产量受制于工业基础的薄弱，短时间内无法大规模提高产量，无法承接欧洲的订单。不过再过1年左右，等到这些刚刚迈入工业化生产的私人工厂和公司逐渐掌握了新式机械技术和新的生产方式以后，产量将会达到现在的10倍以上，基本可以满足大部分出口美国和欧洲的的订单数量。
除了工业和经济的发展比较迅猛，台湾军事上也按照计划，有了好的势头，被派往棉兰老岛的那支秘密武装，在这一年多的时间里，不仅依靠台湾在当地驻军的秘密补给而存活了下来，并且完成了充当游击队的角色，还依靠着越来越大的名气和完善的指挥战斗能力，吸引了不少当地的反抗组织加入。当初这只500多人的部队，到了现在，已经发展成为一支拥有2000多名战士，3000多名外围成员的大型武装力量，而且这只武装力量的控制权，被牢牢的掌握在内务部派遣人员手里。
这只游击队的战斗策略也很灵活，他们很少去袭击当地的台湾驻军，主要是以那些亲美的势力为目标，而且他们提出的“赶走白人，才能谈菲律宾自治”的口号获得了岛上很大部分人的认同，再加上台湾驻军并不祸害岛上的各族居民，就算是和这只游击队配合好一起演戏，也是打着帮助美军，打击独立份子的幌子去进行，所以，台湾驻军再棉兰老岛上的仇恨值并不高。
这几年台湾驻军一直致力于岛上的开发和建设，并且用合理的价格从岛上收购马尼拉麻、棉花、铁矿石等，还利用台湾银行的贷款，为当地渔民提供台湾产的小型机动渔船，而且还款比较灵活，不仅可以使用金、银等贵金属还款，还可以使用木材、矿产还贷，这使得当地很多贫苦居民可以利用当地丰富的木材和矿产资源，为自己的家庭购置一条渔船，从而过上稍微好一点的生活。
而由岛上三条纵向公路慢慢演化而来的交通网，在很大程度上解决了运输和贸易问题，使得原来很难运输出来的矿产和贵重木材都可以通过公路运抵附近的港口，然后换成各种台湾商品，再流入到深山老林中去。
经过近两年建设，棉兰老岛上的居民虽然对于美军的仇恨依然很深，对于独立的愿望也一点没减少，但是对于帮助他们改变生活的台湾驻军并没有很大的排斥感，而对于那支打击美军和亲美势力，而又神出鬼没的游击队，则全是崇敬和祝福，很多偏远的乡村里，都有游击队固定的驻扎点和补给点，而游击队也从不白拿当地百姓的东西，一般都使用食盐、药品、工具等物品进行等价交换。
就在刘芾启程去欧洲的时候，菲律宾南部的几个岛，包括萨马岛、班乃岛、宿务岛、莱特岛、内格罗斯岛、棉兰老岛上的大部分游击队应棉兰老岛游击队的邀请在棉兰老岛上的哈萨安附近召开了一个集会，在这次集会中，大家一致推选棉兰老岛游击队的负责人费尔南多.冈萨雷斯（其实是内务部发展的菲律宾裔特工），为新的独立组织“菲律宾人”的第一任主席，这个组织就是这些游击队和他们所拥有的势力所组成的，组织的宗旨就是赶走一切白人，菲律宾独立。这个组织按照各个游击队的大小和势力范围，总共挑选出21人成立一个委员会，而这个委员会的基本功能就是确定游击队的一切行动和推选、罢免委员会的主席，委员会的主席则负责游击队的具体指挥工作和日常事务。
棉兰老岛游击队由于规模最大，势力最强，在第一届委员会中，占据了11席，再加上主席，占据了委员会的大半壁江山，而且，按照内务部的计划，剩下的这些委员中，也会逐步在某些战斗中被击毙或者突袭，渐渐的，他们的席位会被亲棉兰老岛游击队的人占据，而他们的队伍会被打散、整编，逐步被消化吸收，按照计划，在未来2年中，菲律宾南部的这些岛屿上，将只有一个声音，那就是完全由台湾驻军和内务部控制的“菲律宾人”组织的声音。
而在未来2年中，“菲律宾人”组织将逐步向菲律宾的主岛吕宋岛扩散，一边打击当地的美军，一边联合、吸纳和瓦解当地的抵抗组织，争取在第三年，在吕宋岛上站稳脚跟，以便配合将来夺取菲律宾的目的。
对于菲律宾，刘芾盯上不是一天两天了，由于台湾的地理位置所限，向北是清朝政府控制的大陆，这个刘芾一直也没打算去碰，太大，玩不转；向东是琉球和日本，这里刘芾也没打算去占领，哪里没啥资源，日本人自己都活不舒服，咱去了也是要饭的命；向西则是越南、老挝、柬埔寨等印度次大陆，这里虽然资源丰富，但是已经都是有主的地了，如果不发生重大事件，刘芾还不敢去随便动，这一块是欧洲列强的私人花园；而往南，就是菲律宾了，现在的菲律宾虽然让美国人占了，但是一直都没有安定下来，美国人在当地的投入也不算很多，所以只能拿这里当做突破口了，只要拿下菲律宾群岛，那么向南的大门就算打开了，往后是向去印尼还是争夺马六甲，都非常方便。
至于如何夺取菲律宾，光靠武力强行占领是下下之策，就算打沉了美国在菲律宾所有的军舰，干光菲律宾岛上的所有美军，台湾也禁不住美国人的报复，而且美国人一动，势必拉着英国、法国一起上，打赢的成本太高了。所以，刘芾不打算和美国人硬拼，后世里美国作为一个超级大国，曾经很成功的策划一场战争，并且把当时也很强大的苏联给拖的够呛，这场战争就是阿富汗战争，虽然年代隔了很久，但是道理差不多，刘芾打算拿来借鉴一下。