11月13日，袁世凯率领着卫队返回北京，正式担任内阁总理大臣，并开始组建内阁。并安排冯国璋接替禁卫军总统，然后把禁卫军以准备出征的名义，调出了北京城，从而牢牢的把北京城控制在自己手里。
不过这时全国已经有18个省都发生了武装起义，其中湖北、湖南、陕西、江西、云南、江苏、贵州、浙江、安徽、广西、福建、广东、四川共十三个省宣布了独立。只有直隶、河南、甘肃、山东、山西5个省控制在袁世凯手中。
12月2日，革命军攻克南京，至此，长江以南全部被革命军控制，而且原本打算进攻武昌的清朝海军也宣布反正，舰队统帅萨镇冰称病赴上海，舰队由黄钟瑛率领，开赴武昌救援。
1912年1月1日，从欧洲赶回国内的孙中山正式在南京宣布担任中华民国临时大总统，而就在第二天，清军将领姜桂题、冯国璋、张勋、张怀芝、曹锟、王占元、陈光远、李纯、王怀庆、张作霖的十五人致电内阁，誓死反对共和，并要求清廷各勋贵大臣们把存在外国银行中的存款提回国内，充当军饷，和南方革命军开战。
而就在这时，驻扎在汉口的北洋军队，却退回了孝感，不再向南进攻。就在南北双方打算坐下来谈判的时候，一颗炸弹却差点要了袁世凯的老命，不过老袁真是命大，十多名卫队包括卫队长都被炸死，而袁世凯基本连轻伤都没受。
长江以北的北洋政府很混乱，有的人支持共和，有的人反对共和，还有人希望皇族重新掌权。而长江以南的革命政府也不消停，眼看着革命取得了成功，而且建立了新的政权，那些在革命中出过力的革命先驱和元老们，内心就开始不平静起来，以前的各种理想、抱负都化成了对权利的无限渴望。于是，这些革命元老们就开始各自打起了自己的小算盘，各种争权夺利的斗争此起彼伏，就连光复会的创建者陶成章，也被人在医院中刺杀身亡。
虽然民国政府占领这南方的十多个省，看起来比北洋政府的5个省要大，不过实际上民国政府对这些省的控制力非常弱，这些省份一分钱都不给南京的民国政府，而北伐的军队军饷，这些省份也是分文不出。
云集在南京的北伐军队，基本是由各省的军队拼凑起来的，这些军队有些是原来的清朝驻军，有些是后来发展的革命武装，但是不管是原来的清军还是后来的武装，在军事素质和武器装备上，都比不上北洋军，南京政府中稍微有点眼光的人，就能看出来，这样的军队无法和袁世凯的北洋军抗衡，所以，他们从袁世凯一出山，就开始和他接触，从开始的策反到后来的议和，都是革命党人在努力避免和袁世凯正面交锋，所以，这次刺杀是南京政府非常不愿意看到的，因为袁世凯一旦出事，群龙无首的北洋军很可能为了报仇和倒向清廷，如果那样的话，最后倒霉的还是南京政府。
但是虽然南方的革命党不希望袁世凯出事，北方的革命党们却恨袁世凯入骨。在武昌起义之初，不仅南方各省的革命势头迅猛，北方很多省也都出现了革命起义，不过随着袁世凯的出山，很快，这些起义就被镇压了下去，原来宣布独立的山西、甘肃、山东都很快又被袁世凯控制在手中，所以北方的革命党把北方革命失败的原因，全都归咎于袁世凯这个军阀身上。
其实，当时各地的一起和独立大多取得成功，不是因为革命党的实力有多强大，而是因为当时清政府对各地的控制力已经非常弱小，各地的官员们其实早就有了独立的念头，只不过借着革命这个幌子，为自己立牌坊而已。但是随着袁世凯的复出，原本就很弱小的革命党，立刻就被北洋军镇压了下去，不过由于老袁当时正忙着逼迫清廷退位，还需要南方的革命党做标靶，才没有大举进攻南方各省。
虽然受到了刺杀，不过袁世凯并没有把怒气发在南京政府身上，南北和谈还是在继续进行中，而且在1月20日，正式通过了清室优待条件，作为清朝皇室自动退位后的生活保证。而且中华民国的临时大总统孙中山正式发表声明，宣布只要袁世凯赞同清帝退位，并努力促成此事，那么在清帝退位以后，自己就立即辞职，把中华民国大总统的位置让给袁世凯。
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袁世凯得到了这个保证，立刻加紧了逼宫的进程，不仅劝说清室中的亲王贝勒，还游说了各国使节，共同向清室施加压力。
在各方的重压之下，隆裕皇太后最终同意了清帝退位，以换取皇室优待条件。而南京政府也经过多次协商，同意了这个条件：
1、大清皇帝尊号不废，民国政府待之以外国君主之礼；
2、民国每年拨出四百万元供皇帝支出；
3、皇帝暂居宫禁，日后移居颐和园；
4、清王室的宗庙陵寝，永远奉祀，并有民国派兵保护；
5、德宗崇陵所有产用经费由民国支出；
6、宫内执事之人，继续留用，唯不得招阉人；
7、皇帝私有财产，有民国派兵保护；
8、禁军编入民国陆军；
除了这8条皇帝辞位后的优待条件之外，还有皇族优待4条和满蒙回藏各族
优待条件7条。
1912年2月12日，隆裕太后代替爱新觉罗溥仪，即宣统帝，颁布了退位诏书，并授权袁世凯组织临时共和政府。这封退位诏书由张骞起草，并由临时参议院通过，不过其中“由袁世凯全权组织临时共和政府”一句，有人说是被人后加上的，真像谁知道呢？
不管是由谁组织共和政府，反正至此大清帝国正式终结，并被中华民国取代和继承，而统治了中国二百六十八年的清朝也正式宣告灭亡，中国两千年来的帝制也宣告灭亡。
就在清帝宣布退位的第二天，孙中山在南京向中华民国政府递交了辞呈，同时向临时参议院推荐袁世凯接任。2月15日，临时参议院选举了袁世凯为临时大总统，但是在袁未到任南京前，还是由孙中山继续执行政务。
袁世凯并没有马上赴南京接任，而是以北京兵变为由，坚持要迁都北京，这点作者深以为然，如果老袁跑到南京去接任，强龙难压地头蛇，弄不好连北京这块根据地也得丢了。
4月初，南京政府无奈，只能答应袁世凯，迁都北京，于是临时参议院搬迁往北京，而孙中山也在南京宣布解职。