搞生产、抓训练、看演习、做推演、听汇报、做决定，这些基本就是刘芾这几个月的日常工作，一直持续到1894年夏天，从刘铭传处传来消息，朝廷要出兵朝鲜，好像朝鲜有叛乱。刘芾从自己的“金象大药房”也得到情报，朝廷的运兵船已经启程。
“开始了，应该就是朝鲜这次吧。怎么是94年呢？旅游地图上不是说95年日本占领了台湾吗？难道隔了一年日本人才来？”刘芾拿着那份旅游地图册，翻看着他早已看了无数遍的语句，疑惑不解。
“在等等看，如果朝鲜开打，那就是这次了。”刘芾也不分析了，想也白想，能确定的就是甲午战争是从朝鲜开打的，只要打起来，那就没错了。
1894年7月，刘铭传再次接到朝廷里的电报，日本在朝鲜增兵了。老爷子现在是越来越相信刘芾了，日本人果然开始动手了。刘芾却还是不敢动，因为一动就是杀招，就没有退路了，必须确定是开打了。
1894年7月底，刘铭传连续收到北洋水师和朝廷的电报，日本在朝鲜附近海域偷袭了北洋的运兵船，还打沉了一艘英国船。这个消息对于刘芾来说，就很熟悉了，虽然年代记不清了，但是具体过程还是大概能记得。日本人打沉了清朝的运兵船和英国货船，那战争就开始了。刘芾立刻和刘铭传商谈了半宿，决定立刻着手开始备战，不管朝廷答应不答应，反正现在朝廷也顾不上台湾了。
1894年7月31日，刘铭传下令，在全台实施戒严令，所有日本人和日本商社、日本船只均限期5日内离开台湾，过期将予以抓捕和没收。并命令所有海港、炮台、水师都进入备战状态。
当时在台湾，尤其是中南部，有一些日本商社和日本人存在，他们主要是从事榨糖和樟脑生意，当然了，有没有像“玄洋社”这样的间谍机关，也不好说。不过这一个命令，从根子里把日本势力从台湾铲除的干干净净，走的早的算是幸运，走的晚的，还有去当地官府里闹的，全部在命令到期后，被新军士兵抓捕关押，财产予以没收。
刘芾的水师也严阵以待，装配了长波电台的潜艇分批分拨的在台湾东北海域巡逻，主要是琉球一带，刘芾觉得，如果要登陆台湾，估计会用琉球当中转站。
1984年8月1日，朝廷的电报里向日本正式宣战了。当天，刘芾就下令封锁了台湾海峡和外海，只要见到日本船只，立刻打沉，只有在确定不暴露的情况下，才可以俘虏。
在随后的一个多月里，先是淮军在朝鲜被打的节节败退，北洋舰队也和日本联合舰队如期而遇，历史像秒表一样，走的丝毫不差。刘铭传被淮军失利、北洋舰队受创避战的消息给气的不善，看完电报以后就旧病复发，卧床不起。闻讯赶回来的刘芾，看着已经不能说话的刘铭传，握着老爹那哆哆嗦嗦的手，心里很不是滋味，刘铭传那浑浊的眼神里，明显有埋怨和不甘的意思，这个为了大清朝拼了一辈子命的老军人，不忍心看着自己的朝廷被人打的水陆全败。
刘芾是有心去帮忙，可是自己真没有能跑那么远的船，潜艇这个玩意不适合满海面找人打架去，鱼雷快艇更是开都开不到黄海。这两种兵器只能是藏在家门口，趁人不备，上去咬一口，而且这一口咬上就没轻的。
虽然不能去黄海帮忙，但是台湾海峡里还是收获不小，先后10多条日本货船被突然打沉，船上的人员都被射杀。共有4条货船被潜艇俘获，船上的人员全部被关进矿井，至于能不能出来，那要看个人的身体素质和抵抗力了。
刘芾表彰了效率最高的017号艇，这个艇在艇长黄大勇的带领下，击沉7条日本货轮，还跟踪一条日本货船走了半天，直到天完全黑了，四周围看不到其他船只，才上浮起来，用机枪俘虏了它。为此，刘芾升任黄大勇为第一潜艇大队的副队长。
也不能光说吃肉，不说挨揍，在这一个月的猎杀行动中，有2条潜艇由于*作不当，一条被货船擦伤，一条直接搁浅在海峡里了，要不是都装备了长波电台能呼救，估计早就被路过的船只发现了。对于这两艘失误的艇长，刘芾也没手软，回炉从新训练，考核通过再上岗，反正潜艇正源源不断的生产出来，不愁没艇长，就愁没船可开。
现在日本人好像也觉出来了，台湾海峡里基本看不到日本船只。短时间内失踪了这么多船只，不用琢磨，肯定和大清朝有关啊，但是日本人也没功夫管这个事情，只能让日本货船先改道绕航。
战争从8月份的黄海海战，到11月份辽东半岛失陷，一直持续到1895年1月北洋舰队在威海基地全军覆没，刘芾都一直在台湾紧张的关注着，可是一直到了1895年3月双方和谈，也没发现日本人要进攻台湾。
刘铭传的病情在4月份彻底爆发了，从朝廷发来的电报中，刘铭传才知道，朝廷把台湾卖了，割让给日本了，当晚，刘铭传看完电报，吐血而亡，这位晚晴洋务运动中的先行者，提头上阵抗击外掳的冲锋者，被自己的国家给出卖了，而且连商量都没打。
刘芾是事后才知道的消息，匆匆赶回巡抚衙门，办完了丧事，就安排刘福放下手中的一切事情，坐船北上，去北京，把大公子和二公子接回台湾来，顺路再去安徽老家，把还在老家的刘铭传的家人也一并接回来，就用奔丧的名义，所有带不走的家产都不动，人够能多快，就多快的回来，自己在台湾先应付着朝廷，能应付多久就应付多久，实在应付不下去，那也就没辙了。
4月25日，在当年刘铭传率军抗击法国人的淡水港，刘芾和淮军里跟随刘铭传四处征战的老部下们，把刘铭传安葬在一个小山岗上，并且把这座山岗改名为英雄墓园，今后所有在战斗中牺牲的台湾新军，都将在这里被安葬。
办完了刘铭传的后事，刘芾利用手中掌握的几万新军和“冲锋队”，对台湾全境开始了大清洗。凡是朝廷派来的官员一律重新经过鉴别，愿意继续留在台湾的，可以选择留下，但是原职务不保证，听候新的任命。不愿意留在台湾的，一律限期离开，所有家产田地带不走的可以按照市价由刘芾收购。
4月30日，刘芾组建了新的台湾军政府，说服了原台湾总兵于德贵担任台湾军政府的总统，其实这就是一个挂名总统，有建议权，没财权没兵权没人事权，还是给刘芾顶在前面当盾牌的。再以台湾总统府和军政府的名义，向清政府和各领事馆发出通电，宣布台湾独立。并把台湾附近海域设为战争状态，一切来台船只只能在台南的刺桐港进出，剩下的港口全部封闭，一切船只不停警告，台湾将按照敌对船只处理，最后是宣布和日本宣战。
430宣言并没有带来什么很大的波动，大清朝和各国驻清使节对于整个宣言都没有什么表示。大清朝廷估计还在为了战败内部斗争呢，没功夫搭理台湾的什么宣言，而且已经割让给日本了，独立不独立的不关朝廷的事儿了；各国使节看到整个大清朝都失败了，一个小岛能有什么能力继续打下去，就当它是一些政客来博取眼球的手段吧，估计等日本兵船一登陆，也就烟消云散了。
刘芾不关他们关注不关注，这个宣言主要是为了岛内的思想统一和以后的战斗目标而已，总不能什么都不为，就让大家跟着你去打仗吧。