关于钟南在苏州之后的经历，锦衣卫们早就有相关报告呈送案头，所以朱翊钧并不在意对方的充军身份，他感兴趣的是钟南年少时的故事。钟南又挑了些自己小时候的趣事说给皇帝听，大多都是被母亲和先生责罚的片段，皇帝听完后，很是感慨，他问钟南：“你对你的母亲和先生，有过怨言吗？”
“启禀皇上，何止是怨言，当时我对他们简直可以说是恨，”钟南笑着说到，“可是后来我从军后才明白，我娘和教书的先生都是为了我好，要是我努力读书，说不定能考个举人甚至进士了！”
“你现在不是也当上了游击将军吗？”朱翊钧问道，“现在这样你觉得不好？”
“启禀皇上，不是说现在不好，只是我要是听我娘和先生的教诲，肯定会比现在更好，”钟南斟酌着用词，“到我从军后才逐渐明白，不管是我娘还是教我的先生，他们才是对我最关心的，虽然做法可能严厉了些，可那是‘恨铁不成钢’啊！”
“好一个‘恨铁不成钢’，”朱翊钧沉思中不禁喃喃自语地说着，“很好，很好！”
钟南看见皇帝是真的听进去了他的“故事”，心里的石头才落了地，他之所以半真实半编撰地讲这样一个故事，除了拉近两人的距离外，更是不想大明王朝被皇帝折腾——此时的朝廷里，大太监冯保已经被万历扳倒，发配到了应天府；而且也有了清算张居正的苗头，钟南不希望才中兴不久的王朝又快速地沉沦下去。
整个御书房里一片安静，不管是太监还是钟南都没有打扰朱翊钧，太监没出声是因为他知道这位万岁爷的脾性，皇帝这个时候需要的是安静；钟南没有说话却是为了让万历皇帝自己体会，有效的心理疏导不是什么都要全部说出来，更重要的是要让他自己去领悟。
直到身后的太监重新端上热过的饭菜，朱翊钧才回过神来，他见天色已经很晚了，便下旨让钟南在宫外就寝，明日一早再来御书房一趟。
钟南很吃惊，原因一是没想到朱翊钧很节俭，热过的饭菜还吃得津津有味，看来老朱家的节约基因很强大；二是皇帝居然还要召见自己，原本他以为皇帝召见自己是图个新鲜，内容无非就是勉励几句，随意说几句不痛不痒的话。由此看来，皇帝召见他是真的有事情，不过，会是什么国事呢？
钟南想了一阵，不过毫无头绪，索性不再胡乱猜测，反正过了今晚就能知道，他何须自扰，不如安安心心地睡觉，于是没多久便和周公约会去了。钟南睡得是很香甜很惬意，哪里知道当晚整个朝廷上下的大部分人，却是睡不着了——皇帝是多久没有和大臣共进晚餐了？皇帝又是多久没有让大臣在宫外就寝，方便次日二次进宫面圣了？谁成想一个小小的游击将军，今晚却把这两样全都占齐了，这说明什么还不清楚吗？
在封建社会里，君臣关系甚至会高于父子的血缘关系，古语有云“君叫臣死，臣不得不死”，由此可见帝王权势何其滔天。虽然到了明朝，文官们的权利和地位比之前高上许多，可是除了个别时段，他们仍然是无法撼动皇权的。所以皇帝要是看好哪个人，就基本可以预见其前程似锦，同理，皇帝要是讨厌你，那也就别想在仕途上能进步了。
第二日早朝过后，万历皇帝找了个间隙再次召见钟南，这一次皇帝单刀直入，让钟南谈谈对倭国的看法，因为他是这次抗倭战争的亲身参与者，理应更有发言权。
“启禀皇上，倭国人是那种不被打怕就不知道痛的民族，虽然此次答应和我们和谈，微臣以为这只是缓兵之计，说不定哪天又会卷土重来！”钟南确实对倭人印象不怎样。
“哦，你的意思是和倭国之间还会爆发战争？”朱翊钧皱着眉头，深深思虑着，“那你觉得大概时间会是？”
“三到五年！”钟南语气肯定，这是因为他知道原本的第二次援朝战争发生在第一次之后的第五年，虽然如今第一次援朝战争推迟了一年，想来第二次的时间也不会相差很远。
“这么肯定？”皇帝没想到钟南的回答如此笃定，完全不像那些官场油子，他们只会说着模凌两可的话，什么都不敢确定。
钟南又把这次援朝战争中的一些事件讲述给朱翊钧，同时介绍了一下倭国的国内情况，并且“大胆分析和预测”了一些倭国军政走向，朱翊钧很是叹服，连道把钟南放在东昌府太大材小用了。
随后两人又对如今大明王朝的周边局势做了简单地探讨，按理说钟南是没资格和皇帝讨论此类话题的，只是看样子，朱翊钧对钟南有些偏爱。原本只是打算利用早朝后的间隙时间和钟南简单聊聊的朱翊钧，最后竟然谈了近两个小时，将之前安排召见的内阁大臣晾在一边，直到太监通报了三次才结束了会谈。
接下来的几天是钟南穿越后过得最开心的日子，由于山东使团的计划是在京师留到元宵节后，所以他带着秋香，逛遍了京师有名的大街小巷，只要是秋香想逛的场所，想吃的食物，想买的东西，钟南是毫不吝啬。
因为即将过春节，整个京师热闹非凡，17世纪的东方大国，可以说是整个世界的中心，天朝上国的经济之繁荣、文化之瑰丽、生活之富饶都是令异邦他国向往的，所以此时的京师汇聚了来自****的人，他们身份各异，诸如商人、传教士、官员、艺妓等等，让此时的中国人民足不出户就能感受到异域风情和别样的文明。
钟南和秋香此刻就在京师的天桥附近观看着各种表演：左前方伴随着音乐，一群来自波斯湾的几个小姑娘跳着明朝人从未见过的舞蹈；另外一边，几个蓝眼睛大鼻子的北欧壮汉，拿着水晶球正在变魔术……整个天桥仿佛变成了后世的“欢乐谷乐园”，无论中国人还是外国人，都可以在这段特殊的日子里，暂时忘却烦恼，徜徉在这片欢乐的海洋里。
秋香的兴奋之情感染了钟南，原本他对这些表演是不太感冒的，原因无他——在原本时空中已看得太多。只是看到秋香高兴得像个小孩子一般，他的心情也跟着明亮了起来。
除了天桥一带的各种表演，春节期间，京师还举办了各种大型的灯会。中国自古就有赏花灯的习俗，传说这起源于汉武帝时期，当时有一宫女，正月里甚是想念家中父母，无奈后宫禁严无法外出，怎么办呢？后来东方朔出了个主意，他先散布谣言，说火神君将派员火烧长安城，宫里一片恐慌。汉武帝知晓后，允诺宫女们在元宵节这天可以与家人相会，于是众人闹了一夜，不过长安城安然无恙，并没有被火烧。
之后，汉武帝便下令，每年正月十五都要放灯，此后逐渐形成了赏花灯的习俗。不过据文献记载，早在南朝伊始，国都南京城内就举办过元宵灯会，是中国最早记载的灯会。为了祈求风调雨顺、家庭美满和天下太平，这种张灯结彩的盛况况，逐渐从深宫禁苑、宗教场所走向民间大众，慢慢形成了各地规模不一的灯会，或官方或民间不一而足，都在正月初一至十五这段时间里。
明朝的灯会相比之前的朝代，更多了些商业意味，灯会期间，全国各地的商家和能工巧匠们都会云集京师，将自己制作的花灯拿到东安门外的北大街售卖。在这短短的数天里，不仅是花灯制作工艺的比拼，也是经商实力的比拼。他们带来的花灯不仅仅是供大众观赏，还会出售给王公贵族或达官显贵，有时价格高的灯，一盏就要卖出上千两银子。这些灯的式样和工艺也是新颖繁多，有镶嵌珍玩珠宝的灯，也有从邻国或海外贩回来的灯，引来的观赏者络绎不绝。当时的工部还征召了大量的民间工匠，为皇家制作各种美轮美奂的灯具，琉璃灯就是从灯会上发现的。
在京期间，钟南还参加了皇帝在正月举行的盛大庆典，全国各地的重要官员、各藩属国的特使、部分欧亚各国的代表使节等等齐聚紫禁城。当山呼海啸般的欢呼声响起时，钟南感受到了自己作为一个中国人的自豪之情，也由衷地希望大明王朝能更加繁荣昌盛，“天下兴亡匹，夫有责”的使命感第一次在他的内心深处蔓延开来。
京师的美好时光让人无比享受，哪知还没过正月十五，山东就传来了白莲教死灰复燃的消息，惊得巡抚大人伍修凯召集了所属山东官员连夜返回济南府，钟南也不得不结束了他和秋香的京师之旅。