在围困南昌的同时，明军派出魏君重所部，由南昌北上，攻取九江，截断武昌至南昌的增援之路。魏君重名义上是率领的灭朔军的一个师，其实他这个师屡经战斗，已经扩充至近三万余人。朱永兴的意思很明显，魏君重所部是早晚要独成一军的。他的这个想法也早通报了魏王马宝，让马宝再从闽省和赣省百姓中招募一师，补足灭朔军的差额。
若论明清两国的地域，明朝还是处于劣势；但要论动员能力，以及民众参与支坚的热情，清朝则是远远不及。湖广士绅捐输的粮食，光复区百姓的踊跃支前，使明军的后勤压力大为减轻，且士气高涨。
永历十六年，康熙元年，公元1662年十二月二十一，在沿途民众的倾力相助下，三十余门重炮运抵南昌城下；十二月二十二，坑道施工业已完成，开始填装火药。
十二月二十三日凌晨，南昌西城墙在两声轰然巨响中垮塌，严阵以待的明军立刻呐喊冲锋，从两个缺口处蜂拥入城。激战至下午三时许，南昌城内的清军被全部肃清，都统穆占被击毙，所带满蒙兵将被尽数斩杀。
十二月二十四日，朱永兴在南昌城内接到了魏君重的急报，九江已下。至此，武昌的上游、下游皆被明军所控，基本上失去了重地的意义。
而明军绕过武昌的战略行动获得了巨大成功，沿江东进便是南直隶的上游咽喉——安庆，只需拿下安庆，便可控制长江及准河，是以取南京必先得安庆。
当年郑成功由长江入攻南京，主力攻下镇江后屯于南京城下，以张煌言率偏师往攻安庆。张煌言船不足百，兵只两千，除了收复安庆之外，周围四府十余县亦尽落入他手，一时间局面大好，只可惜郑军主力一败，安庆等地亦不可守，也只得急忙后撤，将这些府县归还于清兵之手。
一道道谕令从南昌飞出，快马加鞭送往各处。各部明军纷纷而动，大决战终于拉开了帷幕。
十二月二十六，经过两日休整的荡朔、殄朔两军由南昌出发，走九江，东进下游的重镇安庆。
十二月二十七，魏君重率部由九江西进，兵逼武昌；同时，岳州的征朔军，荆州新成的讨朔军，以及长江水师，一并向武昌压去，合击已被孤立的这一清军集团。
十二月二十九，闽省灭朔军兵出分水关，由苍南、平阳、瑞安直取温州；靖海侯邓耀率分舰队开至温州外海，并于温州以北的乐清佯攻登陆，予以配合。
永历十七年，康熙二年，公元1663年一月二日，镇海伯杨彦迪、建平伯郑缵绪率两千余艘战船由崇明出动，直入长江。在南通江面，破朔军借船南渡长江，水陆大军直指清军第一道江防——江阴。
一月五日，明军进至江阴，清朝文武官员凭城扼守。明军水师先破江上工事，然后驶近城池予以炮轰，破朔军趁势猛攻，江阴小县，一日而下；八日，明军进抵瓜州，阵斩清游击一名，败敌满汉兵马数千，炸断拦江铁索，摧毁锁江防线“滚江龙”，焚毁清军江上浮营（又称木城）三座，使清方苦心经营的江防工事全部瓦解。同一天，明军攻克瓜州，清操江巡抚投降。
一月六日，西路明军一改几日来不急不缓的推进速度，昼夜倍道，兼程而进，直逼安庆。而作为奇兵突出的一部明军骑兵，事先化装成清兵模样，由高得捷率领，先于大军诈开城门，安庆清军惊慌失措，在敌情不明的情况下，数千之众竟出东门仓惶而逃，安庆乃下。
一月十日，西路明军正继续东进，已有芜湖等地官绅派人送来密信，通报纳降归附的消息；明军以不足一千的骑兵先行，于一月九日收复芜湖；一月十日，长江水师一部冲破武昌江面，前来会合，并通报武昌正被三路明军围攻，城内清军有弃城北窜的迹象。
一月十一日，明水陆大军在镇江银山大破清江宁派来的援兵，清镇江守将与知府献城投降。十三日，先锋舟舰已进抵南京城下。
一月十五日，明军西线军团于当涂与东线哨船会合，从而基本上形成了东西会师，截断长江，合击南京的战略意图。
从攻克南昌到东西会师，不到一个月的时间里明军长驱直进，几乎没有经过什么大战。
按后来的历史记载：“帝御驾亲征，王师所至，江之南北相率来归。郡则太平、宁国、池州、徽州；县则当涂、芜湖、繁昌、宣城、宁国、南陵、南宁、太平、旌德、贵池、铜陵、东流、建德、青阳、石埭、泾县、巢县、含山、舒城、庐江、高淳、溧水、溧阳、建平；州则广德、无为以及和阳，或招降，或克复，凡得府四、州三，县则二十四焉。”。
取得这样巨大的成果，原因主要有三个：一是清军在长江下游的兵力单薄，三个重兵集团一在南昌被歼灭，一在武昌被围攻，一在江浙被灭朔军牵制；二是当时反清复明势力的社会基础还相当大，各地绅衿百姓不忘明室，明军于西南崛起并屡战屡胜，使他们重燃希望，盼之久矣；三是明军纪律严明，所到之处秋毫无犯，使士绅百姓箪食壶浆，倾力相助。
而明军的战斗力，以及动用的大军，更是远超当年郑成功所发动的长江之役。不算其他战场予以配合的明军，东西会师之后，陆军便有殄朔、荡朔、破朔三个军，以及一直担任朱永兴近卫师的靖朔军第一师，再加上水师陆战队，已经超过了十三万之众；水师更是有两千余艘大小船只，官兵两万余人。在装备上，明军拥有的火枪火炮的数量和威力更不是当年的郑军可比。
此时明军兵抵南京，形势与郑成功长江之役时又大不相同。上游州县、水路多为明军所控，不必象当年郑军，担心清军由这个方向赶来增援；明军水师更为强大，炮火更猛，清廷想从北方增援，如何渡江，便是一个难以逾越的障碍；而江浙清军固然能够回援，却要面临被灭朔军衔尾追击的危险，且要尽弃江浙要地。
这个时候便看出之前稳步进取的好处了，周边无强敌，进抵南京城下的明军可以说是后顾无忧。当然，清廷在江浙不断投入兵力，此时南京的清军数量也要多于长江之役时，有一万有余。而在明军势如破竹般向南京逼进的时候，为了保卫南京，南京的江南总督郎廷佐不惜以放弃部分州县为代价，从附近地区调集一切可用的军队，同时向清廷发出十万火急的求援奏疏。
“自海逆于京口得志后，贼势大盛，于十三日，已溯江逼近江宁。时因城大兵分，力薄难支，恳请速从京师调遣大兵前来，方可恢复，大江两岸城池亦不致失守。”
“贼兵水陆二十余万、战船两千余艘，猖獗之势更胜郑逆。现攻下镇江、太平、宁国等府，浦口、六合、丹涂（当作丹徒）等州，欲攻围南都，危如垒卵，乞发大兵南下救援扑灭，免致燎原焰天”。
郎廷佐的奏疏或有夸大之嫌，但此次明军进攻南京的兵力和气势确实强大，使其惶恐难安，以致在奏疏中发出窘迫之语。
但些时求援已经晚了，朱永兴不会犯郑成功那样的错误，更知道太平军是如何攻破武昌和南京的。城墙虽高大坚固，依然难挡爆破之术。
一月十九日，朱永兴驾临南京城下。此时，殄朔军在狮子山立营，荡朔军于雨花台驻扎，破朔军屯扎西南角，并没有四面合围南京。这是吸取了郑成功失败的教训，十余万大军虽然占据压倒性优势，但明代的南京城垣周围非常广大，要将南京包围得水泄不通，是有困难的。且分兵则势弱，当初郑军分营围城，便是被清军分头击破的。
最多七天破城，能有多少清军入城增援？朱永兴赶至狮子山，立刻召集各军将领进行了战役部署，命令各军工兵集中起来，全力由静海寺、天后宫开挖地道，突破口即是城北仪凤门。同时在城南雨花台附近架设炮兵阵地，作为佯攻掩护。又命水师和陆战队并陆军一部进攻江北的江浦、浦口，阻遏江北清军的增援。
为什么要急着攻破南京？在朱永兴与参谋们的推演中，还有一个方案，便是故意拖延，待江南之敌全聚于南京后再一鼓全歼。但朱永兴记得一句话，叫夜长梦多。
如果能尽快攻取南京，不仅是军事上的胜利，而且在政治意义上有巨大的影响。南京一下，然后分兵四出，仍在观望之中的清绿营官兵和更多的汉族官绅必然反正来归，顽固不化者则聚而歼之，明军即可迅速占领江南，从而形成与清廷一轮新的对峙。
该缓时缓，该急时急。朱永兴要在开春前解决江南战事，不耽误春季耕种，以备明年大举北伐。所以，在有利态势达成之后，立刻兵行如火，展开了雷霆万钧，并是蓄谋已久的推进和攻势。
可以说，到目前为止，明军各部在接到谕令后的配合是默契的，都在发挥着作用。如果因为要追求过度完美，而丧失了最后的胜利，那朱永兴是永远不会原谅自己的。
军议已毕，朱永兴带着几名高级将领和亲卫登上狮子山眺望，不禁慨叹道：“虎踞龙盘？莫不是诸葛亮虚言欺骗孙权？看这山，既不高，且山势多平缓，易攻难守。北面被视作天险的长江又是江面开阔，流势亦不急。若是在此山上架起重炮，轰到城内当无问题吧？”
从军事角度来说,城外的山、河对保卫南京作用不大。宋朝时挡不住赵匡胤的大军；在明朝也挡不住清军的攻取，这在一定程度上也是造成“一片隆幡出石头”的原因吧！
叙国公马惟兴也仔细观察了一番，点头赞同朱永兴的品评，“这南京城啊，只是城墙高且厚，却无其他可守之处。不过，风景很好，听说有很多游玩之处。”
南京可以说是古今文化荟萃之地，自然景观、人文古迹点缀其中，用“城在园中”一词形容最为恰当。南京古城中有玄武湖；城东有明孝陵、灵谷寺等；城南有夫子庙、乌衣巷、瞻园等；城西则有清凉山、石头城、莫愁湖。
“待江南战事一了，汝自可畅游一番。”朱永兴笑着点了点头，说道：“首先破城的荣誉呢，就交给殄朔军了。”
“殿下放心，克属神京，非我军莫属。”马惟兴用力地挥了下手臂，笑道：“闲的太久了，倒让小辈出尽了风头，连这殄朔军的名头也不响亮。呵呵，末将这般年纪，说大不大，说小不小，可得抓紧时间哪！”
“这话说得不对。”朱永兴环视了一圈周围的高级将领，淡淡地笑了笑，说道：“你们也是如此想吗？”
“回殿下。”胡国柱拱手道：“江南胜局已定，北方的鞑虏失去了财赋之地，又能蹦跶几时？末将等想建功立业，便要趁早趁快。”
“鞑虏之灭不过两三年的时间，这点说得不差。”朱永兴点了点头，正色说道：“但国家就此便安定了？西北有蒙古诸部，颇有些野心勃勃的家伙；东北有沙俄觊觎，蚕食我大明疆土；海外吕宋，西班牙人屠我同胞。国战若胜，也不是刀枪入库，马放南山的时候。你们哪，眼光要放长远，为国征战的机会多着呢！”
蒙古诸部，众人倒能理解，至于沙俄和西班牙，则知者寥寥。但朱永兴的意思很明显，打败鞑虏并不是结束，开疆拓土，四处征战是肯定的战略。也就是说，武人建功立业的时候长远着哪，不必急于一时之功。
“你们哪，多读读书，长知识，也开眼界。”朱永兴看众人的表情，不由无奈地摇了摇头，“孤会让讲武堂编辑一本关于地理和国家知识的书，到时候，你们都要好好看看。”
“殿下高瞻远瞩，末将等万万不及。以后定好好学习，多多读书。”翼国公马自德恭维了一句，他在讲武堂学习过，对沙俄和西班牙都有所了解，但在众人面前也不想显摆。
朱永兴笑着摆了摆手，说道：“什么高瞻远瞩，什么英明神武，这些话以后便不要说了。人有所长，亦有所短。便说这战阵厮杀，还是你们更有经验，更能指挥若定。所以啊，日后这抵御外侮，开疆拓土，便要辛苦你们了。”
“殿下言重了。为国征战，武人本份，何谈辛苦二字？便是那天涯海角，只要殿下所指，末将等便去将其占领，使其成为我大明疆土。”平北侯夏国相正色说道。
“这可是你说的。”朱永兴笑着调侃道：“在极北之地，有毛皮白色的熊，叫做北极熊，你去给孤抓几头来；在南面千里的大海中，有一大岛，上面有肚子上有口袋的动物，你去给孤捕来。”
“白色的熊，没问题。”夏国相先是肯定地点头，随后又疑惑地问道：“肚子上有口袋，那是什么动物，竟然会针线活儿？”
“哈哈哈哈。”朱永兴开了玩笑，却反倒被逗得开怀大笑，指着夏国相咳嗽不已。
众将不知其故，待朱永兴喘息方定，大概解说了袋鼠的生理结构，众人才恍然大悟。纷纷议论天地之大，无奇不有，转过头又取笑夏国相自作聪明，竟把动物当裁缝。
“那座大岛地域广阔，物产丰富，比我中华小亦有限。”朱永兴指着南方，充满着憧憬，“而今却是荒蛮，只有少量土著居住。如果孤在有生之年能够将此岛纳入我大明版图，哪怕是由汉人占据，自称为王，孤亦感欣慰。”
“末将愿为殿下达成此心愿，虽波涛万里，亦在所不辞。”郑缵绪海上生涯，一听是个话头，忙拱手请缨。
“好，有此雄心，便不愁大事不成。”朱永兴赞赏地连连颌首，手划了一圈，指着众将说道：“都好好保重身体，好好活着。孤日后用你们的地方还多着呢，可别未老先衰，只能趴在床上空自叹息啊！”
“殿下身体康健，方是我大明之福。”叙国公马惟兴拱手道：“末将亦遵殿下吉言，留着这身体为殿下永远效力。”
“愿为殿下永远效力。”众人都齐声说道。
“那就让咱们叙写一段君——这个佳话吧！哈哈。”朱永兴及时收住了口，但众人都心中明白。
一个小军官从山下跑了上来，施礼报告道：“南京城内派来使者，书信在此，请殿下览阅。”
早有亲卫接过书信，检视无虞后方呈给了朱永兴。
“……大王到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞大王宽三十日之限，即当开门迎降……”
朱永兴随手将书信交给众将传阅，冷笑道：“故伎重施？嘿嘿，真当孤如延平王那般自大？”R1152