因此后来占据了濠州后，朱元璋不但特意将朱六九之子带在了身边；而且还应其所请，将朱桓认作了义子……正是说曹操曹操到！思忖间，得知朱六九已赶来求见后；不敢迟疑，朱元璋立时便赶往了来处相迎。‘重八哇，当年我果然没看走眼！你果然大有作为，为祖宗挣足了脸面！只是做梦也没想到，我家转眼间便要家破人亡……’少时兄弟见面后，只稍一寒暄；那朱六九便开始声泪涕下哭诉了起来。
‘皇兄莫急！莫急，休要上火……’看其老泪纵横之状，朱元璋虽然有心宽慰；但想到了郑士元所讲情形后，还是就此打住开始沉吟了起来。‘重八哇，原以为咱们老朱家只要有你照应，我便能衣食无忧，安享晚年！没成想，却还是没能躲过白发人送黑发人的下场啊……’看朱元璋背过身去久久不语，朱六九一阵磕头如捣蒜般地求告后立时便要亲自前去为儿子送行。‘皇兄稍安勿躁！此事或有转机……’看其叩首不止血流满面之状，朱元璋心中一动，这才起身返回了大堂。
‘此人既已认罪画押，依律当斩！来人呐……’少时看看各处俱已准备停当，朱元璋一句话说出；立时便在随行的中书省参知政事胡惟庸面上注目打量了起来。看朱元璋神色，胡惟庸会意。遂当即说道‘启奏圣上：此人虽然罪大恶极，但我大明立国未久；先杀功臣，只恐不祥啊！’‘话虽有理！但偌大个国家，无故宽宥，只怕也未必立的长久哇。’闻言，朱元璋应声一叹后，随即便又在堂上之人面上开始扫视了起来。‘启奏陛下：此人虽然罪行昭彰，但臣以为；作为曾与社稷有功之人，至少也应该为其留下全尸！以免朝廷颜面有损……’朱元璋一番扫视下来，眼看无人附议；胡惟庸再次上奏后，遂当即便命人将行刑之人换成弓箭手并暗暗如此这般交待了起来。
此时的朱元璋虽然心有不甘，但眼见行刑之人已重新就位；却也只能横下心来，只待此事尘埃落定。却不料！少时行刑以后，弓箭不是射失准头；便是偏离了方向，一连多次全都没能射中要害！‘这却何故？’眼见连中数箭的朱桓哀嚎不止，心生不忍的朱元璋脱口问道。‘启奏陛下：应当是此人命不该绝！臣以为，此乃天意也！’看朱元璋神色，胡惟庸应声上前后；遂当即便命人停止了行刑将弓箭手也全部都撤了下来。‘难怪丞相说此人足堪大用！临机决断，确实甚合朕意’见状，朱元璋暗忖。
甫料念头刚起，还没等他心中石头落地；随即便又听到了郑士元大呼道‘古人云：王子犯法，与庶民同罪！此人罪证确凿，却网开一面；长此下去，必将掏空财政，国之不国！试问朝廷还有何颜面？乃至礼法天下？’越说越气，以致于高亢激昂的语调就连法场之外也清晰可闻。‘朕若如你这般迂腐！又怎能打下这偌大一座江山？’
看那郑士元声嘶力竭之状，朱元璋虽然稍觉可笑；但见其话中之意颇为有理，还是重新唤来侩子手将那朱桓枭首示众。同时下令严查全国州县，但凡涉及空印者；除主印之人一律处死外，其副手皆杖责一百充军流放！一时间，随着成批成批的人头滚滚落地；数百上千的地方官官员却也不得不拖着伤残的身躯踏上了流放充军之路……由于此乃明朝首次整饬吏治，所以坊间便将此案称作了明初第一大案；史称‘空印案’