话又说回来，倘若朱元璋全不念这些，像对午门外的宋濂一样毫不容情，李善长又有什么回天之术？他也犯不上低三下四、卑躬屈膝地去求生，反叫朝野上下看不起。由于打定了这样的主意，他便一言不发。
连李善长这样的人都不干净，在胡惟庸反心毕露时都模棱两可，这着实叫朱元璋灰心又伤心，但他确实不能杀李善长，至少现在不能杀。可恼的是他居然不跪下求饶，这同样是对朱元璋皇权的大不敬和侵犯。
朱元璋对李善长说：“因为你有功于社稷，也免李存义一死，发往崇明岛效力，但你侄儿李佑是不能免死的。”
李善长跪在皇帝面前，竟未言谢。朱元璋很生气，敲山震虎地来了一句：“人老了就糊涂，不明事理了吗？”
李善长仍无动于衷甚至有点麻木地跪着，好像真的老糊涂了，根本听不懂朱元璋的话似的。
朱元璋叹息着说：“刘伯温临终时，上了个弹劾胡惟庸的奏疏，还叫他儿子捎话给朕，他希望时间证明胡惟庸是个好人，是他看错了胡惟庸，他说他愿意自己错了，那将是天下人的福气。不幸的是，胡惟庸被刘伯温言中了。朕周围要是能多几个刘伯温，何至如此？”
这话如同鞭子一样抽打在文武百官每个人的心上，不留鞭痕，却叫人惭愧，许多大臣都不敢抬头。
这时刘三吾越位出班，朗声奏道：“据臣所知，叶昇既是胡惟庸死党，蓝玉应当连坐，因为蓝玉和叶昇是亲戚、姻亲。”
朱元璋心里暗骂，刘三吾老儿也很会看风使舵，他必是得到些宫闱中的风声，知道蓝玉勾引惠妃的隐情，他上这个条陈不是正中皇上下怀？岂不知他想错了。朱元璋生怕打草惊蛇，现在蓝玉手握重兵，雄踞边陲，弄不好一扯起反旗，那还得了？所以刘三吾挨了训斥，朱元璋说，蓝玉是他的卫青、霍去病，横扫大漠，捍卫北疆，质问刘三吾说这话是什么意思。
热脸贴了人家的冷屁股，刘三吾讨了个没趣，退了下去。
朱元璋又叫人把宋濂带上来。
值殿官答应着跑出去，朱标满怀希冀地望着朱元璋。
宋濂被带上来了，朱元璋问：“宋先生有什么话可说吗？”
宋濂不卑不亢地说：“我本不应为官，这是咎由自取。”这话说得够远的了，且有点风马牛不相及，朱标为他着急。
朱元璋说：“你不要顾左右而言他。你是教子不严之过，看在你为太子师份上，对你从轻发落。”朱元璋眼睛向屏风上一扫，上面有个大字纸条，写有“茂州盐案”字样，他灵机一动，说了句：“罚你流放四川茂州，下去吧。”朱标松了一口气。
宋濂却说了句：“那就再活几年。”摇摇摆摆地下殿去了。见他如此倨傲，连谢都不谢，朱元璋很生气，但也断无立刻反悔之理，他灵机一动，反倒解嘲外加开脱地说，都是自己宽纵过度，才把臣子宠成这样，赦免了死罪，宋濂不谢，李善长也不谢。
几天后，愁云惨雾的杀戮开始了。这次的杀戮震动了京城，万人空巷，都来观看行刑，那些公侯大臣，每人颈后都插着夺命牌，每人身后站一个赤衣刽子手。
胡惟庸则很特别，五套马车分别朝向五个不同方向，每辆马车后头有一条铁链子，分别绑在胡惟庸的头部和四肢。三声炮响，监斩官徐达、汤和手中的令旗举起来了，五辆马车上的驭手挥鞭打马，先是把胡惟庸从平地上平抬了起来，悬在半空，随后又一声炮响，只见五马拉车，车拼命向不同方向拉去，人们眼前立时血光飞溅，听到一声凄厉的惨叫，人潮汹涌地往后退。随着砍瓜一样的行刑开始，溅起的血水使前面看热闹的人迸了一身，人群渐渐散去。
朱元璋废除丞相制
一个月后，朱元璋下令废除中书省，由自己直接统领六部，并规定此后朝廷不得再立丞相这个职位，所有的权力都集中到他一个人手中。
夜深人静时，他会想三万个头颅装在马车里要拉走，要装多少车？怕要三百辆马车吧？那么运尸身的恐怕要六百辆。九百辆装着尸首的车队从金陵排过去，也许要排到浦口。这念头让朱元璋自己都吓了一跳。
奉先殿里，朱元璋在灯下饮酒，一杯接一杯地喝。他并不是嗜酒的人。坐在一旁的马秀英从来没见他喝这么多酒，劝他别再喝了。
“朕高兴啊！杀了这么多谋逆之臣，朕能不高兴吗？”他苦笑着，突然大放悲声，一边哭一边又往口里倒酒，马秀英夺了酒杯。
“朕今天杀了十侯，夺死去的侯爵十二侯！你说，他们为什么背叛朕？那华云龙、费聚、吴桢、陆仲亨，都是我同县同村的朋友，还有内弟郭兴，我把他们带出来，把他们从一个吃不上饭的平民，举上了公侯大臣的地位，他们还有什么不满？还有什么不知足？你说该不该杀？”
“现在说该不该杀的也都晚了。”马秀英说她记得大明律里规定，“王侯有罪，前三次只是警告，犯第四次才治罪呀！再说，皇上不是一向反对不教而诛吗？”
“你好糊涂！可宽宥三次，那要分是什么罪，谋反罪一次就够杀头了，难道朕应当允许他们每个人造三次反吗？”
马秀英并不相信这些人都是谋反的，“大多数人是受了株连，况且，杀开国功臣，总是叫人心寒的，人家会说陛下忘本。况且他们当中好多人只是与胡惟庸交往多一点，有几个是要造反的！”
朱元璋却并不后悔，他们当中有自恃功高的、有倚老卖老的，造反往往都是这些人，最有危险的也是他们。
马秀英听了这话，很费解，吃惊地望着他。
朱元璋说：“你以为我杀这么多人好受吗？我的心都在哆嗦！”
马秀英认为这些人多是上了胡惟庸的贼船，有的是受了牵连。她就不信，李存义和李善长的儿子也会谋反，他哥哥位极人臣，他侄儿是当朝驸马，他本人是太常寺丞，他就是追随胡惟庸改朝换代，他又能怎么样？他也对不起他哥哥呀！他真若反叛，这不是给李善长脸上抹黑吗？
“李善长也不是什么好东西。”朱元璋说，“胡惟庸怎么起家的？不是他提携的吗？李存义和胡惟庸结成儿女亲家，还不是想借着他的权势往上爬？”朱元璋说他够给李善长的面子了，讲连坐李善长也有罪。
马秀英称道对李善长网开一面还是得人心的。胡惟庸一案几乎席卷了开国功臣一半以上，杀了三万多人，谁听了都倒吸一口凉气。
这时，宫女扶着哭泣的郭宁莲来了，不知是不是吓醒了酒，朱元璋竟站起来让座：“是宁妃，这么晚了还没睡？”
郭宁莲道：“皇上喝庆功酒，我也想喝呀！”
马秀英预感到要坏事，忙拉郭宁莲坐，说：“妹妹，有话好好说，我知道你心里不好过。”郭宁莲不坐，指着朱元璋的鼻子说：“你大义灭亲，灭到我郭家门上了，你杀了我大哥郭兴，为什么不杀我呀！不是灭九族吗？我哥哥有什么罪，他不过与胡惟庸有交往，有礼尚往来，那时胡惟庸并没有谋反啊，皇上早知他有反骨，干吗用他做宰相啊？说陛下也是胡党，这应该吧？”
朱元璋竟哑口无言。郭宁莲哭着说：“你好没良心！你当穷和尚讨饭，昏倒在我家门前，是谁救了你？是谁给你点了坟山？我两个哥哥跟你南征北讨三十年，最后就换来个满门抄斩的结局吗？我父亲刚死，尸骨未寒，你敢到他坟上去说一句吗？”
被骂得狗血喷头的朱元璋忍耐不住了，大喊：“贱人，你越发放肆了！来人！”拥进来几个锦衣卫的人，但没敢动手。
朱元璋发令：“把她捆起来，打入冷宫。”武士们看着马秀英，仍不敢马上下手，马秀英跪下道：“请皇上看在宁妃出生入死跟你打江山的情分上，原谅她吧，人都有感情，她心疼自己的哥哥，也是人之常情啊！”朱元璋把酒壶酒杯全稀里哗啦地摔在地上，气哼哼地走了。
皇觉寺的刺客
朱元璋成功地击垮了达兰和胡惟庸，他自己的精神也被击垮了，一夜之间好像显著地衰老了。他忽然想起了皇觉寺，那里虽也有辛酸，此时想来却充满温馨。
人是很奇怪的，处于逆境时容易想起旧时的欢乐与痛苦，人在巅峰时也一样，忆旧也是一种精神上的自我慰藉吧？不管他内心怎样悒郁、沉重。回故乡的皇觉寺，他必须令万民看出他是衣锦荣归的荣耀。这是洪武十六年的重阳节，坐落在凤阳（濠州）地面上的皇觉寺出尽了风头。五十六岁的朱元璋回来祭庙了，凤阳和临淮两地万人空巷，辉煌的皇觉寺山门内外人山人海，观者如堵。
几百个和尚在住持长老率领下鸣着法器、抬着祭器在山门前接驾。
朱元璋皇帝的卤簿、大驾浩浩荡荡向皇觉寺山门开来。
队伍最前面开路的是老将徐达、汤和率领的五百红、黑甲士方阵，随后是左右各十二面龙旗，北斗旗居前，豹尾旗居后，稍后是左右各六十四面旗，门旗、日旗、月旗、青龙、白虎、风、云、雷、雨及江、河、淮、济旗，还有天马、天禄、白泽、朱雀、玄武及木、火、土、金、水五星旗。
随后跟进的是玉辂，朱元璋乘坐的高一丈三尺九寸五分红黑漆的玉辂居中，左金辂、次革辂、右象辂、次木辂。朱元璋乘坐的玉辂四周罗列着黄麾仗、黄盖、紫方伞、雉扇、朱团扇等，幢节、仪刀、镫仗、画戟等仪仗后面太监们抬着金交椅、金脚踏、水盆、金痰盂等。
在这一片明黄耀眼的队伍中，朱元璋的玉辂车门帘高卷，他踌躇满志地望着他即位后出资重修的皇觉寺，是那样金碧辉煌，称它为天下第一寺毫不过分。
在众和尚中，腮上有疤的一个五十多岁的和尚显得不够安分，他手里击打着木鱼，眼睛却不时地四下溜着，注视着渐渐走近的皇家仪仗，他就是如悟。皇家大乐起，登时盖过了钟鼎木鱼之声。
众和尚全都敛首长揖，目不斜视。疤脸如悟动了一下，手不由自主地在袈裟外面按了一下，可惜没有人注意他。
朱元璋在文武百官的簇拥下，走下玉辂，他眯起眼睛，望望皇觉寺巍峨的正殿檐角和雕得玲珑剔透的兽头，听着悠悠的风铃声，不由得感叹不已。
这就是朕起家的皇觉寺吗？当年若没有这座庙为朕遮风挡雨，有一碗僧粥果腹，若没有佛性大师的开导，会从这里走出一个大明王朝吗？世事沧桑，故我安在？大概由于感慨太多，朱元璋看了身旁的云奇一眼，正要接受长老呈献法器。忽然疤脸如悟从和尚方阵里跳了出来，他扔掉木鱼，从怀中抽出一把寒光闪闪的利刃，向朱元璋扑来。
云奇最先认出了他，惊骇地啊啊大叫，想制止也来不及了。说时迟，那时快，如悟已冲到跟前，左手抓住朱元璋的玉带，右手举刀便刺。在众大臣和校尉、护卫们一片惊呼声中，老将徐达大吼一声“蟊贼勿伤吾主”，凌空跃起，飞起一脚，踢落如悟手中利刃。
立刻拥上一群锦衣卫士兵，把如悟死死击倒在地上，不由分说，刀剑齐下，顿时血光四溅。云奇又惊又痛，闭上了眼睛。和尚们吓坏了，跪倒一大片。惊魂甫定的朱元璋在校尉们扶持下，仓皇地上了玉辂，连平天冠也滚到了车下，幸亏云奇发现，拾了起来，一瘸一拐地追随仓皇回程的大驾而去。
和尚们全都遭了殃，锦衣卫的官兵们对和尚挥舞棍棒，打得僧人满地滚爬，鬼哭狼嚎，看热闹的百姓一哄而散，互相推搡，山门前到处是遗弃的鞋子和杂物。
朱元璋处于严密护卫中，他在晃晃悠悠的玉辂中闭着眼，情绪极为低落。如悟这不是恩将仇报吗？当年如果不听云奇和马皇后的，一刀把他宰了，焉有今日之祸？当年只割了他的舌头留下一条命，本是宽大，宽大的报答是十六年后的行刺！朱元璋灰心到了极点，人人都说他过于重杀戮，这么杀，仍然杀不退铤而走险者，可见还是手软了。