网络管理局下属的特别研究小组迎来了一名新人，甫一加入就成为小组组长。
“李镇宇先生，你终于做出了正确的决定！”山木满雄得意地伸出右手，和李镇宇紧紧握在一起。
“我只是……想弥补当年犯下的错误。”李镇宇语气低沉。经历东京之战后，他返回香港，在理想与现实之间挣扎，原本想再也不介入数码兽与人类之间的事情，直到网络管理局通过巴别找到他。几经波折，李镇宇终于决定加入特别研究小组。他不希望，人类因为自己当年所做的事情，一再面临灾难。
“的确如此，我可不想总是为你们的错误收拾烂摊子。”山木满雄满不在乎地扭头。
李镇宇一一和特别研究小组的组员打招呼，巴别、科莉，还有一些新加入的研究员。
“既然数码兽已经发展到难以遏制的程度，那么就从根本上将它们消灭！彻底的，消灭~！”山木满雄暗暗道。
因为陆峰的早早出手，野生动物研究小组成员有一半已经归入巴别之塔，特别研究小组的研究进度恐怕会比动画中慢上很多。
李镇宇一家回到日本，李建良也同时转学到大阪都平野小学，李连杰、李嘉玲也重新踏足日本。随李连杰同来的，还有毁灭龙兽与龙族少主……
如果这不是天意，那就必定是个阴谋。对于基尔兽表现出的神异，陆峰如此判断。可究竟是来自哪一方的阴谋，就无从判断了。
黑崎美树、泉光子郎、大门大、野口郁人、大门知香、爱丽丝、加门健太郎、基思·麦考伊，陆峰这次叫来的人着实不少。
“还是没有找到牧野留美子的通关记录吗？”陆峰着急道。
基思摇头，他黑进了美国出入境管理机构的内部资料库，没有丝毫发现。
“或许对方是直接将留美子小姐带走的，如果一路上都是数码兽负责，不会留下丝毫记录。”黑崎美树提出了一个可能性更大的途径。
“这样一来，想要知道对方把牧野留美子藏在哪里完全是不可能的，只能照着对方的吩咐去做了……”陆峰隐隐有些不安。
短短两天里，牧野留姬收到了数封电子邮件。有数码VT公司的种种招揽与威胁，也有华原翔充满革/命热情的信件，在署名栏里，陆峰看到了“梅克斯真理教”的名字。由此他才知道日本如今宗教形式的纷杂汹涌。
陆峰不明白的是，为何彩羽尼奥如此希望牧野留姬加入数码VT公司，用这样的手段，他就不怕牧野留姬阳奉阴违，暗藏祸心？
“只是一个有点小聪明的小女孩，你为什么一定要得到她呢？”彩羽尼奥视察洛塞勒摩斯研究所时，仓田明宏提出了自己的疑惑。
彩羽尼奥沉默了一下，说道：“数码VT公司需要新的明星，阳极驯兽师大赛的优胜者，数码宝贝皇后，无疑是最好的选择。”
“填补藤本秀人的空缺？不知道西格尔知道这件事后会不会有什么想法！”仓田明宏恶意地笑着。
彩羽尼奥神色不虞，藤本秀人在托马之后突然离去让他大为愤怒。所以才想到要让自家公司组织的比赛的冠军来填补空缺。这几天冷静下来，他也察觉之前的想法错漏百出。不过，彩羽尼奥很快又有了新的想法。
从意大利飞往日本的飞机上，三个美丽的女孩窃窃私语着。
金色的长发波浪般起伏，白皙的皮肤如水晶般剔透，让女孩纯净无暇，这是托马的妹妹，莉莉娜·H·诺尔修坦。一直洋溢快乐的笑容，有着柔和的外表，却透着几分坚强的，是彩羽尼奥的妹妹，彩羽丽。还有同样金发飘扬，戴着紫色绒帽，身穿紫色线衣的织本泉，利落飒爽。
彩羽丽和莉莉娜在意大利游玩时，因为数码兽在人类世界实体化而与织本泉相遇。两女对织本泉的武装进化非常感兴趣，一来二去就成了好朋友。
在三女座位的对面，藤本秀人满腹心事的坐着。他知道自己的离开会让彩羽尼奥极为生气，不知道将会面临怎样的遭遇。在那之前，他离开数码VT公司的目的，已经达到了，只要能和彩羽丽在一起，哪怕是片刻的宁静也好。虽然很快，他们就将踏入下一个漩涡。
这次返回日本是织本泉的提议。织本泉一直为陆峰对自己不理不睬耿耿于怀。上次超究极体与NEO之间的大战，她只能焦急地在巴别之塔坐看，战斗结束后，也没有人想起她。一气之下，她径直回了意大利。当然，这里面最重要的原因还是织本泉的父母认为日本最近比较动荡，为了她的安全发出强力召唤技能。
陆峰与时空迷宫的事情一直神神秘秘，等这些告一段落，凭着和武之内素娜良好的关系得知陆峰的动向，顿时兴冲冲和彩羽丽、莉莉娜相约返回日本。
“啊哈~~~~~~~~”被窗外的阳光惊醒，陆峰懒洋洋地起床洗漱，每日一蹲。面对关着门的卫生间，陆峰重重地叹了口气。“”唉……
好不容易和武之内素娜单独出来，还租了一间带院子的房子。结果还没住上一天就变成九个人的合租。连卧室都得和大门大分享，真是杯具。
“我追踪到梅克斯真理教的地址了~！”一大早泉光子郎就有了最新发现，对于华原翔的追索，他当真是不遗余力。超比多兽的仇恨，始终没有在他心中淡去。
距离牧野留美子失踪已经过去三天。松田启人的班上出现了一名来自香港的转校生，名叫李建良。中央公园附近也出现了小妖兽的踪迹。虽然很多东西不一样，但剧情的强大惯性依然整个故事的要素逐一凑齐。
叮咚……
门铃响了。
是牧野留姬和妖狐兽。
听到响动的大家都快速收拾东西，躲到庭院西边的库房里。唯有大门大和野口郁人两个愣头青不为所动：“你们在做什么？有客人来，怎么不去迎接？”
大门知香包子脸瞬间闪现，揪着哥哥和野口郁人，把他们拖进了库房。
虽然不是什么隐秘的事情，但一间房子里住着九个小孩，会比较奇怪吧……
武之内素娜给牧野留姬两人泡茶。在客厅，牧野留姬也注意到生活器具超乎寻常的多，但这不是她今天来的重点。
“我想知道，你的迷幻兽，究竟是什么进化的！”牧野留姬冷冷道。开门见山，她独自一人思索了三天，一无所得。牧野留美子的失踪像座大山一样压在她身上。想来想去，只有一个方法：让妖狐兽进化！进化到能够打败所有敌人的程度！
“进化~？”早已知道牧野留姬会问这个问题，她与妖狐兽之间，本就是以“进化”“变强”为纽带联系。“你的妖狐兽，是不可能进化的！”
“什么！？”不仅牧野留姬，妖狐兽同样被陆峰的话震惊到了，甚至露出强烈的杀意。
蓬~
紫色的数码之魂爆裂开来，将妖狐兽的气势一扫而空。
“好强~！”妖狐兽重新坐回椅子。
“好好听我说！”陆峰抿了一口花茶，“数码兽要进化，有两条途径。一种是打败强大的敌人，吸收对方的资料，当数据量达到一定程度，自然能够进化。第二种，是激发‘心’的力量，为了信念而战斗的时候，所爆发出来的力量是近乎无限的！但这两条都有一个前提！”
“是什么？”牧野留姬追问。
“数码世界，或者说数码兽的天道要允许它进化！”不想解释数码世界的复杂构成，陆峰选取了一个相近的描述。
深受中华文化影响的泥轰国子民对“天道”这个词倒不是那么陌生。“你的意思是……”
“数码世界现在已经不允许数码兽进化了。”
“那你的迷幻兽为什么能进化成古鲁鲁兽，甚至进化成究极体！？”牧野留姬啪得一声站起来，她感觉自己被敷衍了。
“那当然是因为……”十二颗紫色数码核缓缓浮现，在熊熊数码之魂中环绕陆峰沉浮。“…我的力量！”
“这是…释迦兽！？不，完全不一样……更像是，四圣兽？”妖狐兽双眼圆睁，显是是陷入了极度震惊。听到妖狐兽的话语，陆峰亦是眉头微挑，她居然知道释迦兽和四圣兽？
“现在想要进化，只有得到能够替代‘进化’的力量。”十二颗数码核分开，其中一颗飞出，停在牧野留姬面前。
“这是给我的？”牧野留姬诧异地看着眼前散发荧光的数码核。
陆峰点头，因为彩羽尼奥和华原翔的介入，牧野留姬需要力量自保。期望她按照剧情一样了解“伙伴”的意义太慢，从结果看，也不会比直接获得力量强。