李渊看到桥公山和尔朱焕的奏折后，顿时大怒，立即以别的事情为借口，写了亲笔诏书传召李建成，让他前往仁智宫。
李建成这时已从妃嫔处得知，他这时被桥公山和尔朱焕告发了，所以心中害怕，不敢前去。
太子舍人徐师谟这时劝李建成占据京城，发兵起事，但詹事主簿赵弘智却劝李建成免去太子的车驾章服，屏除随从人员，主动到李渊那里去承认罪责。
李建成在思考多时后，最终还是决定前往仁智宫，发兵举事这种事，风险实在太大，在这仓促之下，李建成觉得胜算太小，所以才没有采纳。
还没有走完六十里的路程，李建成便将所属官员，全部留在沿途的堡栅中，只带了十多个人骑马前去进见李渊，向李渊伏地叩头，承认罪责，期间把身子猛然用力撞了出去，弄得几乎晕死过去。
但是，李渊的怒气仍然没有消除。这一天夜里，李渊将他放在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他，派遣司农卿宇文颖速去传召杨文干。
同时，李建成也让殿中监陈福派人向杨文干传信，让杨文干稍安勿躁，等过几天后，他让李渊的怒气消了之后，一切便都好说。李渊的性情如何，李建成的心里是十分清楚的。
然而陈福派去的信使却走在半路之时，将信件莫名的丢失了，所骑之马也被马贼所偷，所以许久后未能到达庆州。
而司农卿宇文颖来到庆州后，将事情的原委全都告诉了杨文干，并向杨文干道：“陛下召杨都督前去仁智宫，肯定是要将杨都督关押候审的，而太子又已被囚禁了，传闻陛下似乎有了废东宫而立晋王的意思，杨都督与东宫的前途已是相当的不妙啊！”
杨文干脸色一阵铁青，然后一拳击在了桌面上，然后叫人将宇文颖带了下去，随后升帐召集将领，沉声道：“陛下昏庸，现在打算行废黜之事，太子地位不保，我们都是从东宫出来的人，不能坐视不理，为今之计，唯有起兵清君之侧了！”
武德四年四月，杨文干于庆州起兵造反。消息传到仁智宫后，李渊立即就先行派遣了左武卫将军钱九陇和灵州都督杨师道进击杨文干。
四月十六日，李渊传召李隐商量杨文干叛乱之事。
李隐道：“杨文干这竖子竟敢做这种狂妄叛逆的勾当，想来他幕府的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如果不是这样，就应当派遣一员将领去讨伐他。”
李渊道：“不能这样，杨文干的事情关连着建成，朕恐怕响应他的人为数众多，你最好亲自前往平叛。”
李隐听后，便答应了下来，准备亲自率兵马去讨伐杨文干。
仁智宫建造在山中，李渊担心杨文干的乱兵会突然发难而至，便连夜率领担任警卫的军队从南面开出山来。
走了数十里地的时候，太子东宫所属的官员相继到来，李渊让大家一概以三十人为一队，分派军队包围、看守着他们，第二天，李渊才又返回仁智宫。
杨文干造反后，突然袭击并攻陷了宁州，驱赶劫掠官吏与百姓出城，占据了百家堡，声势很是不小。
这时的杨文干，有兵马近两万多人，一时间只觉得天下的事情，自己皆可为之。
然而，当李隐亲自的军队来到宁州以后，杨文干的军心便立即动摇了。
李隐是谁？他可是大唐的军神！
薛举、李轨、刘武周、窦建德、王世充这些割据一方，威震天下的人物，可都全都是栽在他的手上的，杨文干能比得了薛举、李轨、刘武周等人？
没有一个人相信杨文干胜得了晋王李隐。
这天，李隐派人到杨文干军营附近喊道：“主动离弃杨文干的，晋王可以既往不咎，若是谁继续执迷不悟的，就将承受晋王的怒火！”
此言落下后，杨文干的军营先是沉默了一小会，接着部众便纷纷溃散，杨文干拼命制止而不得，最后反被自己的部下杀死。
李隐于是就这样没动一兵一卒，就轻松的平定了这场杨文干之乱。
李隐派人将杨文干的头颅传送京城后，接近了被杨文干软禁起来的宇文颖，若不是宇文颖的出言相激，杨文干这家伙也没不会这么草草起兵造反了……
当李隐带兵出发前去平杨文干时，李元吉与宫中的嫔妃轮番替李建成讲情，封德彝又在外朝设法解救李建成。
于是，李渊改变了原意，又让李建成回去驻守京城，只以兄弟关系不睦责备他，将其中的罪责全都推给了太子中允王珪、左卫率韦挺和东宫兵曹参军杜淹，将他们一并流放到了洺州。
杜淹是杜如晦的叔父。
杜如晦的叔父杜淹一开始是在洛阳效忠于王世充的，杜淹与杜如晦兄弟一向不和，还进谗言杀了杜如晦的兄长，之后又把杜如晦的弟弟杜楚客关了起来，几乎饿死，但杜楚客却始终没有怨恨。
待到平定了洛阳，杜淹应当处死，杜楚客痛哭流涕请杜如晦救杜淹，杜如晦不答应。
杜楚客说：“过去叔父已经杀子大哥，如今兄长又要杀叔父，一家人自相残杀而死光，岂不令人痛心！”说着要自杀，于是杜如晦替他向李世民请求，杜淹因此这才免于一死。
而在那之后，杜淹觉得待在洛阳无升迁机会，于是就到了长安，投入了东宫门下，担任东宫兵曹参军一职位，以为从此官途一片光明，谁知却在这时莫名的做了替罪羊。
杨文干事件，虽然最后的结果是不了了之，但李建成的威信却就此大受打击，而且损失了镇守一方的亲信，军事力量也大为减弱，而短时间内，李渊只怕是不会再同意让属于东宫的人镇守在长安附近的了。
而且杨文干事件，也是将李氏兄弟之间你死我活的局面，彻底的摆在了有心人的面前，百官站队党争也开始愈演愈烈了。