文官方面，郭嘉为骠骑将军府长史，贾诩为将军府主簿，管宁为将军府曹椽，王烈为侍中，兼凉州治中从事，邴原为凉州别驾，徐庶代马超出任护羌校尉，朝廷派来的护羌校尉让彻里吉给炖烫喝了，以后就再也没人敢来了，所以现在羌胡还归马超镇抚，然后就是华佗为从事中郎，主要是当医院的院长，张机不愿意做官，就当了红十字会的会长，总之，所人有全都封了官。
另外就是对自己手里头现有的部队进行改编，全都改成军师旅团营的编制，还有就是设置了军衔，从元帅一直到列兵，内政方面马超作了甩手大掌柜，所有的事情全都丢给管宁，王烈，邴原他们三个高人了，让他们按照自己的意愿来教化万民，治理诸地，这老三位顿时有一种遇到知音的感觉，全都把命卖给马超了，这就是马超高明的地方，把他们卖了，这老几位还帮着很认真的数钱呢！
一切都安排好了，马超点齐了人马，带着五千精兵杀奔金城去汇合皇甫嵩剿灭韩遂，这时候皇甫嵩正在脑袋仁儿疼呢，怎么回事儿啊？原来在一个多月以前，狄道的韩遂受不了了，眼看着官军越聚越多，自己的部队疲惫不堪，所以就退出了狄道准备化整为零退走，这时候，皇甫嵩一看机会来了，于是下令进军追击。
前将军董卓就说了：“现在不能追，兵法有云：‘穷寇勿迫，归众勿追。’现在追他们，万一他们要是急了反击咱们乐子就大了！”皇甫嵩说：“不然，以前我们不进攻，是避其锐气，现在他们要跑，士气已经低落，我们现在所攻击的是疲惫之师，而不是‘归众’，韩遂贼正要逃走，已无斗志，并不是‘穷寇’你不追我追！”于是皇甫嵩独自率军进击，命令董卓作后援。皇甫嵩带人连续进攻，大获全胜，斩杀一万多人，把韩遂赶到了狄道附近，董卓知道了以后大为羞惭恼恨，暗地里可就给皇甫嵩下上绊儿了。
暗中联络韩遂给他通风报信，心说皇甫老家伙，你想独自吞了这份功劳，门儿也没有啊！于是暗中给了韩遂一个机会，韩遂带着人悄悄的去袭取了陈仓，这时候董卓又对皇甫嵩说道：“陈仓弹丸之地，兵危将寡，形势危急，如若被劫，我们的粮道就断了，所以应该马上派人去救！”皇甫嵩说：“不然，百战百胜，不如不战而胜。陈仓虽小，但城垣坚固，守卫严密，不容易攻破。韩遂兵力虽强，但攻不下陈仓，部众必然疲乏，我们乘他们疲乏，发动攻击，必可一鼓而下，何须援救！”
他想的是挺好，也确实有道理，可是结果却让皇甫嵩大吃一惊，韩遂把陈仓攻下来了！等到他们赶来的时候，韩遂早就跑的没影儿了，陈仓被劫掠一空，这时候，董卓就向汉灵帝告皇甫嵩的黑状，说全都是因为他才至于战局由胜转败，再加上十常侍扇风点火这么一煽动，汉灵帝冲冲大怒，让董卓接替了皇甫嵩的总指挥的位子，现在改由董卓指挥皇甫嵩了。
天下没有不透风的墙，很快陈仓失守的原因皇甫嵩就找到了，以前镇守陈仓的是董卓的女婿牛辅，牛辅从陈仓撤出来皇甫嵩的人刚进去韩遂就到了，前前后后一联系，皇甫嵩全都明白了，一定是董胖子故意这么做的，气的他胡子都撅起来了，可是这个时候他明白的有点儿晚了，现在刀把在人家手里头攥着呢，所以皇甫嵩是十分的恼火。