取得灵能发射器后，UED联军开始向泰伦帝国动手，由于时间紧急，UED必须在物理实验室和核弹井中选择一个摧毁，最终在UED的抉择下，联军摧毁了泰伦帝国的必要设施，紧接着攻陷了泰伦帝国。就在UED联军要抓住蒙斯克的时候，蒙斯克的旗舰突然消失了，原来是星灵将其传送走了。凯瑞甘为了得到蒙斯克的灵能发射器，跟雷诺、芬尼克斯和泽拉图组成了联盟。蒙斯克的消失令UED联军十分愤怒，派出了最强大的女武神轰炸机，击毁了异虫的前哨战，然后又派大部队击退了星灵。就在击破雷诺指挥中心的那一刻，大批异虫出现，而杜兰又失去了联系。在杜兰仅存的信号中，舰队指挥官阿列克谢·斯托科夫说要去解决点私事，却被指挥官杜加尔上将认为是叛国行为，于是派出杜兰去刺杀斯托科夫。杜兰杀死斯托科夫的前一瞬间斯托科夫说出了杜兰是虫族的，于是杜加尔悔不当初，带领部队冲出了异虫的包围圈，抵达了撤离点。最后，UED发现了新生的虫族主宰，在击溃了虫族的主巢之后，杜加尔派出医疗兵给主宰注入了强力镇定剂，得以困住主宰为己所用。
主宰的死亡导致虫群一片混乱，凯瑞甘不得不派出部队率先拯救一批主巢。在获得一些兵力之后，凯瑞甘从蒙斯克那里借来了灵能发射器，集结了塔桑尼斯星球上的异虫部队，紧接着摧毁了射电中心，进一步得到了异虫的控制权。在凯瑞莫安星球，凯瑞甘和芬尼克斯为了积蓄反攻的力量，采集了大批的晶体矿，并且同化了不少人类的指挥中心。在同化大量人类指挥中心后，克哈的防线出现了裂隙，凯瑞甘撕碎了UED联军和UED异虫的防线，解放了克哈，完成了与蒙斯克的交易。完成交易后的凯瑞甘立刻翻脸不认人，以迅雷不及掩耳之势干掉了自己曾经的盟友杜克和芬尼克斯，然后平息了UED虫族的叛乱，干掉了UED的科学家。为了感染黑暗圣堂武士族长拉莎加尔，凯瑞甘带着杜兰来到萨古拉斯，在杜兰的帮助下，凯瑞甘让五个萨古拉斯的能量中枢超载，并且制造了大停电，趁机感染了拉莎加尔。以拉莎加尔为要挟，让泽拉图去摧毁新生的主宰。在泽拉图率领的黑暗圣堂武士击杀掉主宰以后，凯瑞甘再次翻脸，摧毁了星灵的基地，抓住了拉莎加尔。泽拉图得知拉莎加尔被感染，杀死了拉莎加尔，从此流浪于星际之间。由于凯瑞甘多次翻脸，UED联军、泰伦帝国、阿塔尼斯率领的部队组成了一支由三支舰队组成的联军，可惜，凯瑞甘的力量太强，消灭了三支舰队，阿塔尼斯和蒙斯克逃跑，杜加尔饮弹自尽，UED全灭。至此，星际间的战火告一段落。
四年后，蒙斯克释放了重犯泰凯斯·芬利，给他装上一个可以威胁到生命的发射器，让他到雷诺身边当卧底。雷诺在根据地玛·萨拉摧毁了蒙斯克的后勤运转中心，又趁机夺取了一个帝国挖掘站，得到了一个萨尔那加神器碎片。泰凯斯表示他有一个神秘的买家叫莫比亚斯基金会，同时提供了多个神器碎片的位置。雷诺在蒙莱斯星球取得了另一块神器碎片，又认识了一名幽魂特工加布里埃尔·拖什，帮拖什在红石星收集幽金，又帮拖什在拜舍尔收集地嗪，用于培养幽魂特工。紧接着，雷诺的指挥舰收到了来自阿格瑞亚的求救信号，艾瑞尔·汉森博士和她的平民们受到异虫的袭击，雷诺不顾危险掩护难民撤离，到了第一个难民安置点梅因霍夫，大部分难民都被虫群病毒感染了，变成了异化作战体，这种变异人惧怕梅因霍夫释放的高强度紫外线，因此雷诺白天消灭被感染的建筑，夜里固守基地，终于拯救了难民们，将他们安置到海文。正当雷诺四处寻找萨尔那加神器碎片时，他们意外在塔桑尼斯拦截帝国火车得到了一个旧联邦副官。在和雇佣兵米拉·汉进行一番交易后，雷诺和米拉成功攻破了背弃雇主的雇佣兵奥尔兰的基地，并且俘获了奥尔兰。奥尔兰破解了副官，里面储存着蒙斯克的野心，为了将蒙斯克的野心公布天下，雷诺和泰凯斯抢走了帝国试验机甲奥丁，毁掉了试验基地，并利用奥丁机甲攻破了克哈UNN广播室，把蒙斯克的野心传播了出去，取得了反抗军里程碑式的意义。正当雷诺沾沾自喜时，海文传来了噩耗：星灵的探测器在海文侦测到了虫群病毒，执行官塞兰迪斯率领星灵舰队正在进攻海文。雷诺为了保护海文的人类，奋然与昔日的盟友星灵开战，击退星灵之后，汉森博士留在了海文。击退星灵后，泽拉图突然出现在雷诺的船上，并给了他一块易安记忆水晶，里面记载了关于混合体和主宰的一些消息，得知凯瑞甘是主宰用于对抗堕落萨尔那加的武器，也目睹了世界的灭亡。此时，休伯利安号收到了纳鲁德博士的求救信号，刀锋女王正在搜查他的信息中心。雷诺带兵前去支援，烧毁了储存萨尔那加神器位置的信息中心。刀锋女王看破了纳鲁德博士的伪装，得知他就是堕落的萨尔那加变形者杜兰（纳鲁德是杜兰英文的倒写），所以刀锋女王出面阻拦交易。处理掉纳鲁德博士的事情后，帝国杀手诺娃发来信息，称拖什训练的幽魂有危险。雷诺为了防止自己后门不被捅，配合诺娃摧毁了拖什的幽魂训练设施，然后诺娃杀死了拖什。联系莫比亚斯基金会以后，雷诺发现莫比亚斯基金会的老板正是蒙斯克的儿子——瓦伦里安·蒙斯克，经过一番交火和交流，瓦伦里安表示萨尔那加神器可以净化被感染的凯瑞甘，于是雷诺与瓦伦里安联手，得到了位于萨尔那加战舰上的最后一块神器碎片，紧接着前往查尔。前往查尔的路途很不顺利，人类面对无穷无尽的虫海寡不敌众，多亏雷诺集结了一批散落的部队，救下了坠落于虫群中的沃菲尔德将军。紧接着，雷诺在与沃菲尔德将军商议后，带着一个小队摧毁了位于地下的虫道网络，使异虫的坑道虫无法继续穿行于地下。最终，雷诺在查尔上组装好了萨尔那加神器，经过一段时间的充能后，萨尔那加神器释放了能量新星，净化了刀锋女王，使其变回人类。