王世充获悉此消息，勃然作色，当下就命令手下将士披甲执锐，攻打含嘉门，围攻宫殿。时已三更，元文都被外面的人喊马嘶声惊醒。他获知王世充发动兵变以诛杀自己，不由得陷入极度恐惶之中。为此，他连忙跑进乾阳殿，召集侍卫保护自己，命令他们紧闭宫门以拒敌。
这时候，王世充已率兵攻入了宫殿之内。元文都感到大事不妙，心想光靠这几个侍卫是无法挡住王世充的进攻。于是沉吟了会儿，他就令将军跋野纲领兵出去抗击王世充的叛军，把他们赶出宫外。然而，跋野纲是个识时务的武夫，他清楚元文都必丧命于王世充手下。因此，他不等王世充与自己交战，就主动下马投降了他。
元文都在宫殿中傻傻等候着跋野纲的好消息，谁知得到的竟是他不战而降的事实。为此，他大动肝火，痛骂了跋野纲一番，然后决定亲率侍卫从玄武门出去攻打王世充军的后头。可宫门紧锁，无法出去。此时右武卫大将军皇甫无逸遣费曜、田阇领兵与王世充激战于太阳门。然终因实力不济而节节败退，最后顾不上宫内的皇泰主和元文都他们，飞马逃出宫城之外了。
在一片厮杀声中，东方露出一缕曙光，天渐渐地亮了起来。这时，元文都从段瑜手中接过了钥匙，将宫门打开。然后，他准备率军从太阳门出战。可刚冲出大门，就被王世充的士卒挡住了去路。元文都自知突不出重围，只得抽身逃回乾阳殿以避刀锋。王世充见太阳门已洞开，就趁机攻入。
进了太阳门，王世充命令自己的手下立即搜捕卢楚、皇甫无逸等异己分子。皇甫无逸见大势已去，当下就抛下老母妻儿，砍破大门，朝长安方向逃亡。卢楚来不及出逃，只好躲藏在太官署，以避乱军搜捕。然终未逃过此劫，不多久就给王世充的部下抓获。大将董浚亲自将卢楚提着到王世充跟前，请他发落。王世充见到卢楚目露凶光，厉声斥责他一顿。卢楚虽外表文弱，可胸中有股凛然正气，因而视死如归。他怒目瞪视着王世充，大骂他为逆贼。王世充怒不可遏，一剑刺向卢楚。
杀掉卢楚，王世充一转身命令手下继续攻打紫微门。他想借此敲打皇泰主，好让他出来与自己谈判。
果然，不一会儿皇泰主杨侗就令鸿胪卿崔善福登上紫微观，质问王世充为何举兵作乱。王世充下马，仰头望着崔善福高声答道：
“臣非作乱，只因元文都、卢楚等反贼对臣横加陷害，为自保不得已而为之。”
“既如此，那就请王将军收兵息事吧！”崔善福扯着粗嗓门对王世充嚷句。
“臣愿息兵，以免再惊皇上。”王世充口气坚定地亮出底牌，“然请杀元文都，臣甘愿受刑罚！”
“王将军何故如此，元大人乃皇上肱股，岂可让皇上折一臂呢？”想了想，崔善福用央求的语气说道，“请王将军网开一面吧！”
“元文都与我乃水火也，不可相容！”王世充挥鞭指着高高立于门墙上的鸿胪卿，斩钉截铁地回答道，“若元文都不死，臣定当率军攻入乾阳殿，手刃仇敌，然后任由皇上处置。此仇不报，本将军誓不罢休！”
崔善福见王世充态度如此强硬，自知多言无益，就下去向杨侗复命。皇泰主听说王世充要杀自己的宠臣元文都，心里自是一百个不乐意。可他也明白如不答应王世充的条件，那他定会派兵攻破乾阳殿，活捉元文都，甚至很有可能会危及到自己的安全和地位。因此为了自保，杨侗似乎只有舍卒保车这条老路可走了。但他内心对元文都充满了顾念之情，因而迟迟不肯下令捉拿自己的爱卿。
这时，段达深知元文都明白真相后不可能束手就擒，因此使出一计，诈称皇上请元文都商议反击王世充之事。元文都一时糊涂，居然信以为真，开门从殿内走了出来。段达见元文都中了自己的计，忍不住仰面哈哈大笑数声，一挥手令手下把元文都绑了。元文都大惊失色，知道自己遭段达等人暗算，然为时已晚。他一边厉声怒骂段达，一边挣扎着朝紫微观走去。
杨侗看见自己的宠臣如此痛苦不堪，不禁悲从中来。他忍不住对着元文都默然垂泪，良久方令将军黄桃树把元文都交出去，任由王世充处置。元文都自知必死无疑，反而冷静了下来。他扑通一声给皇泰主行了个大礼，然后悲声对他说句：
“臣死不足惜，只是臣死之后，王世充必会加害皇上。臣请皇上多加小心啊！”
说罢，元文都充满绝望的眼睛里滚落出两颗泪珠来。接着，他一扭头，带着亲赴刑场的悲怆，跨出了城门。
很快，元文都被黄桃树押解到兴教门。王世充已立在那儿恭候多时了，他瞧见元文都，心间洋溢着无限的欢快，禁不住对着自己的仇家纵声大笑。此刻，元文都已完全将生死置之度外，他用轻蔑的眼光扫视了眼自己的政治对手。沉默片刻，他痛骂了番王世充。
王世充一言不发，嗖地一声拔出剑，用力刺向对方的胸膛。一股殷红的热血如水注般喷射出来，溅在他的面颊上。他咬着牙，伸开手掌擦了把脸上的血迹，两眼死死地盯住缓缓倒下的仇敌，嘴角边露出丝狰狞的冷笑
王世充信守诺言，干掉元文都后，就立马令将士卸甲弃戈。持续了近两个时辰的厮杀终于停止了，宫殿内外一片沉静。王世充警惕性极高，为了预防殿内侍卫行刺自己，在入宫拜见皇泰主之前将他们全部换成自己的人。完毕，王世充方才抬头挺胸，阔步迈向乾阳殿，叩见皇泰主。
皇泰主虽因今日之事对王世充心存芥蒂，可他清楚要保住东都就不能开罪这位兵权在手的大将军。因此，他尽力压制住心中的怒火，用较为温和的语调责问拜伏于地的大臣：
“王世充，你胆大妄为，竟敢不禀奏朕，就擅自举兵诛杀朝廷大臣。你说，这是为臣之道吗？”
王世充知道杨侗不敢对自己怎么样，心生邈视之意，却故作诚惶诚恐之状，伏地哭拜道：
“此乃臣之罪过，请皇上恕罪！臣承蒙先皇厚爱，粉身碎骨也难以报答皇恩，岂敢有二心。今日之事，实为所逼。元文都包藏祸心，欲与李密勾结危害社稷。此贼怕臣不同意，便欲加害于臣。臣迫于求生，来不及禀奏皇上。然臣实无恶意，也不敢忤逆皇上。此心昭昭，日月可鉴，请皇上明察！”
皇泰主也不糊涂，他当然清楚王世充所说非实情，只不过是借此掩盖自己的真实企图。说到底，王世充就是想铲除元文都这股异己势力，以便独揽大权。杨侗自然不想看到王世充专权宰政，这对自己很不利，所以，他暗自支持元文都、卢楚等人与王世充分庭抗礼，甚至消弱他的势力。然而如今元文都完败于老奸巨猾的王世充手上，所有的计划都宣布落空了。为此，杨侗感到很失望，很难受。
但是他又不能将这份怨气撒在王世充头上，这很可能会激怒他，从而使他做出不利于自己的疯狂举动。为今之计，最明知的做法就是想办法稳住这只恶狼，让他尽量服从自己，继续为自己卖命。这么一想，杨侗慢慢地缓和了面色，语气颇为和悦地说：
“爱卿之心，朕自当深察。卿无罪，朕岂能加罪于你！如此，则不寒了天下功臣之心吗？”
“谢皇上不杀之恩！”王世充闻之，叩头拜谢，接着信誓旦旦地说，“皇上对臣有再造之恩，臣愿为皇上肝脑涂地，死而无憾！”
皇泰主对王世充的表白半信半疑，然他深知王世充为人奸诈残暴，又手握东都之重兵，若不重用他，很可能会促使他叛逆自己，甚至置自己于死地。因而，杨侗只能给王世充高官厚禄，以拉拢他替自己卖命。于是，很快皇泰主颁诏，任命王世充为尚书左仆射，专宰朝政。
王世充大权独揽，飞扬跋扈，他大力铲除异己，捕杀赵长文、郭文懿、卢之意等异己者，同时又任用亲信，命兄长王世恽为内史令，监视皇泰主的一举一动，又令儿子和弟弟为军队统领，其余军政部门也安插自己的人主管。如此一来，东都完全掌控在王世充的手中，而身为皇帝的杨侗变成了一个无力主政的傀儡。
在王世充与元文都内斗的同时，李密跟宇文化及正在卫州激战。瓦岗军的确骁勇善战，大战一番之后，终于击败了宇文化及，并获得宇文化及大将王轨、陈智略、樊文超、许敬宗等十余人。然而这一场恶战也使得李密损兵折将，伤亡惨重，直接导致了瓦岗军进一步走向衰败。正因为如此，这场胜利并没有令李密感到多少凯旋的欣喜，他满腹忧伤地带着满营伤兵，朝东都而来，打算入朝主政。
可到温县，噩耗就传到了李密的耳朵里，他的政治盟友元文都、卢楚等人皆为王世充杀掉。这料想不到的变故着实令李密惊慌失措，一时间不知如何是好。李密清楚王世充发动政变杀掉元文都的原因，其目的就是为了主宰朝政，独霸东都。既然如此，那他也就容不下他这个要跟自己争权夺势的异己分子了。而现今东都军权已落入王世充手中，他必定会想方设法阻挠自己入朝主政。如此，东都是进不去了。
这么一想，李密不禁仰天长叹，满腹忧伤与愤懑。他做梦也没想到，自己付出了这么沉重的代价，到头来竹篮子打水一场空。此刻，他有些后悔当初的决定，甚至怀疑这是皇泰主、王世充等人早已设置好的圈套。他很气愤，却又无可奈何，只好带着一身的疲惫与伤痛返回金墉，在那儿屯兵以抗王世充的反击。