日军凭借着函馆山要塞和函馆市区构成的防御体系，企图阻挡住苏军前进的道路。但科涅夫深信，日本人根本无法阻挡苏军铁甲洪流推进的步伐。至于什么函馆山要塞之类的，完全可以通过“特殊手段”来解决。
“什么？使用特殊武器？”身边的参谋军官听了科涅夫的话，都吓了一跳。
科涅夫冷笑一声：“对付这些日本战犯，不管使用什么样的武器，都不受谴责的！因为他们根本不是人，充其量是两条腿的野兽！”
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所谓的“特殊武器”，事实上就是生化武器。
科涅夫的电报发到位于本州岛上的中国军队指挥部，肖柏立即回电：“可以使用特殊武器攻击！记得不要给美国佬留下话柄！”
苏联人自然不会给美国人留下借题发挥的话柄，这也就是之所以科涅夫可以在北海道使用任何一种杀人武器，却并不打算在本州岛使用一样。在北海道用了，函馆山要塞和函馆市区的日本人估计一个都跑不掉，除去死亡的，其他的也就当了俘虏。而且俄国人根本没有善待俘虏的习惯，被俘的日本人也不可能活着回去的，那么动用化学武器对函馆要塞发起攻击的事情，将会变成一个只有苏联人和中国人知道的秘密。
随着科涅夫一声令下，苏军做好了化学武器攻击的准备。
库页岛各苏军机场，苏联空军地勤人员们把不久前刚刚空运过来的毒气炸弹挂在图-16轰炸机的弹舱中，并给轰炸机加满燃油。
攻击行动发起，苏军的俯冲轰炸机群抵达函馆要塞上空，向地面要塞发起攻击。
俯冲轰炸机带着刺耳的呼啸声向地面扎下，一枚接一枚一吨重的重磅炸弹离开挂架，向日军要塞的顶部狠狠砸下，成片的山头顿时笼罩在浓烟烈火中，整个函馆山要塞都在颤抖，坚固的工事群和炮台被砸开一个个天窗，变成了喷发的火山口，躲藏在地表工事中的日本人顷刻之间就被强大的压力碾成了粉末。
随后到来的，是携带着低阻钻地炸弹的苏军喷气式战斗机。
一架接一架战斗机呼啸着掠过日军要塞上空，细长的炸弹落下，对那些地表被蹂躏了一遍的日军要塞头顶砸落。
钻地炸弹扎在地面，钻出一个个破洞，炸弹钻入土层，又撕开了地下坑道上方的钢筋水泥混凝土层，钻入坑道内爆炸，顿时引起了大片的坑道坍塌，不少躲藏在里面的日本人不是被爆炸的炸弹撕成碎片，就是被倒塌的坑道掩埋在地下。
不过函馆山要塞不愧是日本人苦心经营多年的坚固工事群，一些深藏在山体中，埋深达到数百米的地下坑道极为坚固，即便是后世美国人的常规钻地炸弹都无法摧毁，更不用说这个年代的钻地炸弹了。
事实上，后世美国人的钻地炸弹也不过只能钻入地下三十米深，碰到一些埋深达到数百米的山洞，钻地炸弹最多只能摧毁洞口部分，造出部分隧道坍塌，而无法完全摧毁。而这个年代苏军的钻地炸弹，钻地深度不过十七八米，无法完全摧毁函馆山地下工事群，只能破坏洞口，摧毁外层的工事体系。
躲藏在深层地下的日本人几乎是没有受到什么损失，在苏军轰炸停息之后，那些日本人派遣出一批观察哨钻出地面。
不过轰炸造出了通气管道的损坏，一部分通气管道被苏军炸毁，使得一部分通气管的过滤系统失去效果，将无法抵挡毒气的渗透。接下来，苏军的“特殊炸弹”攻击，必然给日本人带来毁灭性的灾难！
天空中，一架装有红外探测仪的苏军侦察机盘旋，观察轰炸效果。
“看，这里是鬼子的通气管道，我们的轰炸，对这些通气管造出了破坏！”空中的苏军飞行员看着屏幕说道。
一名苏军军官道：“那边还有几处通气管，让战斗机再投几枚炸弹，多破坏几处，这样我们的特殊炸弹才能发挥更好的效果！”
十多分钟后，六架携带着制导炸弹的苏军米格-17战斗机赶来，根据侦察机所发现的目标投下了制导炸弹。
精确制导炸弹从通气管钻入，进入地下深处爆炸，不仅引发了一大段的隧道坍塌，而且彻底破坏了这几处的通气设备，迫使日本人只能打开其他几处已经被破坏了过滤系统的通气设备，以保证地下坑道内的日军能够呼吸到氧气。
一切准备就绪，苏军开始发起“特殊炸弹”的攻击。
苏军庞大的轰炸机群从日军要塞上空轰鸣着飞过，一排排毒气弹离开挂架，向支离破碎的日军阵地上砸下。
“轰轰”地面响起了一声接一声沉闷的爆炸声，五颜六色的毒气从爆裂的弹体中冒出，迅速在日军阵地上方蔓延开。有毒的其他顺着过滤系统被破坏的通气管进入地下，在鼓风机的作用下迅速被送到坑道的各个位置。
这里的日军，大部分都没有防毒面具。
毒气沿着管道到处蔓延，顿时日军的隧道内充满了有毒的气体。
苏联人就像是用杀虫剂毒杀害虫一样使用毒气，不计其数的日本人被毒气杀死，没死的日本人也都吸入毒气而中毒，失去战斗力。只有极少数原本的精锐师团的日军，因为配备有防毒面具幸免。
苏军的毒气弹攻击并非是单纯的毒气弹攻击，而是在投下毒气弹不久之后，就迅速向函馆要塞上空投下了伞兵，机降了大批机降空降兵，趁着地下坑道里的日本人受到惨重损失，幸存者尚未恢复战斗力的机会发起攻击。
苏军空降兵落地之后，趁着地面的日本人晕头转向的机会，迅速发起攻击。
在烈性炸药、火焰喷射器、火箭筒、无后坐力炮和毒气的攻击之下，苏军从地面杀到地下，躲藏在函馆山要塞内的残余的日本人被一片片的杀死。
最后残余的五百多名日军引爆了弹药库，函馆山要塞发生了剧烈的大爆炸，整个山头都在抖动，巨大的山石山崩地裂一样纷纷滚落到山下。一连串巨响中，山头就像是火山爆发一样喷出了烈焰，成片的隧道坍塌，早成地面大面积的陷落。
苏军以一百多人伤亡的代价，轻松拿下了被日本人吹嘘为“固若金汤”的函馆山要塞，歼灭了躲藏在要塞内的一万多日军。
夺取了要塞之后，苏军向函馆市区发起猛烈进攻。
驻守函馆市区的日军都是一些临时组建的杂牌军队，他们的精锐部队都在函馆山要塞被苏联人用“特殊武器”所歼灭。日本人想要凭借着市区那些三四流的军队同苏军巷战，阻挡苏军前进简直是无法想象的事情。
对市区的攻击，苏军采取常规手段进攻。
经过了重炮和火箭炮的覆盖之后，大批苏军在坦克和装甲车的配合下，轻松撕开了日军外围防线，涌入函馆市区。
苏联人的推进速度，简直就和平时的演习一样，而且打得十分轻松，在部队推进到市区的时候，地面攻击的部队仅仅出现七十三人伤亡，一辆坦克被摧毁的损失，而日军却损失了三千多人。
“乌拉！”大批苏军士兵冲入函馆市区。
进入市区之后，擅长巷战的苏军士兵迅速分散，以连排为单位，去抢占各条街道，去占领一栋栋建筑物，采取了逐步推进的手段，一点点压缩日本人的活动范围，对城内的日军进行分割消灭。
城内，日本人布置下了六个准备用来歼灭苏军的口袋。但因为人员素质太差，而且苏联人又擅长巷战，结果日军布置的这些口袋不仅没有把苏联人装进去，反而被苏联人从外围撕破了日军的口袋。
驻守城内的日军不是一些少年兵，就是老弱病残，根本就无法阻挡苏军进攻。
有不少日军的孩子兵躲藏在废墟中，向进攻的苏军打冷枪。但这些日本小孩的枪法不是很准，毕竟他们不是正式的士兵。
苏军报复的子弹横扫而过，这些顽抗的日本小孩连续被击毙。
当年北海道上，几乎没有什么钢筋水泥的大楼，都是一些砖木结构的平房，或者是木头结构小房子。这样的建筑物，在苏军进攻之下简直是不堪一击。
苏军重炮轰击一阵，那些砖木结构和木头结构的房子纷纷倒塌。坦克开进城内，碰到平房就直接撞上去，撞塌了后，坦克从废墟上碾压而过。
“我们挡不住了！”有日军的少年兵哭喊着说。
“我们投降吧！”有人提议道。
那些日军的少年兵，还有一些被强征入伍的女兵，纷纷开始投降。
随着苏军的推进，日军成建制的向苏军投降。这些日军抵抗也不是很顽强，战斗力更是差得不行。
在苏军凌厉的攻势之下，大部分的日军都挂出白旗投降。
有少数“不识时务”哲进行了顽抗，他们才很悲哀的发现，自己手中的火箭筒和无后坐力炮根本无法击穿苏军的重型坦克。
is-2和is-3重型坦克在城内横冲直撞，有日军的火箭筒和无后坐力炮击中了苏军那些钢铁巨兽般的坦克，毫发无损的坦克继续推进，并用在步兵配合下，歼灭了躲藏在建筑物中的日军反坦克组。
经过二十四个小时的激战，苏军占领了函馆市区。
这时候，北海道岛上的日军基本上全部被歼灭殆尽，只剩下少数躲在山区的日军还在负隅顽抗。接下来，苏联人要做的事情是踏上本州岛。