和历史上的太平天国南京大决战一样，太平军十分重视南京北大门九洑洲的战略地位，李秀成还没有回师南京之前，洪秀全和蒙得恩就已经派遣南京城中最会打水战的敛天义梁凤超率领一万多精锐驻守九洑洲，数量不多的南京太平军战船和大量强征来的民船也全部转移到了狭窄的九洑洲北航道中，以此确保南京太平军和长江北岸的联络。
梁凤超也没让洪秀全等人失望，那怕是在吴军水师徐来部屯兵大胜关期间，由梁凤超负责指挥的太平军水师仍然还是没有让南京太平军和江北太平军失去联系，还多次冒险护送运兵运粮船只横渡长江，在吴军水师的眼皮子底下给南京战场送来了不少的江北粮食。吴军冯三保部一度北上佯攻江浦时，梁凤超所部也以严密的防守让吴军水师知难而退，没敢乘势向九洑洲发起进攻。
当然，这些也和当时的吴军战略目的有关，当时吴军最大的目的是向南京太平军施压，逼着李秀成尽快回师南京为上海吴军分担压力，没兴趣也没精力时间去收拾九洑洲太平军，不然的话，以吴军当时的水陆实力，一定要拿下九洑洲也不是绝对做不到。
不过吴军的暂时忍让又造成了一个后果，就是让梁凤超认为自己有足够的把握可以守得住九洑洲，用不着再让人来插手九洑洲重地，所以李秀成派遣部将桂天义傅正纲率军来九洑洲给梁凤超帮忙时，梁凤超不但没有感激，相反还觉得李秀成是多此一举，给自己添麻烦。——因为傅正纲带着两万江浙太平军登上九洑洲后，九洑洲上的太平军不但要面临重新调整营地布防等等烦琐问题，还出现了一岛二军两个老大的麻烦问题，梁凤超和傅正纲互不统属，互相谁也无法指挥谁，也互相之间都有些对对方不服气。
“一群旱鸭子，不会打水战跑来九洑洲，能起什么作用？”
这是梁凤超在傅正纲军登岛时悄悄发出的抱怨，但还好，梁凤超的性格也不算太固执，又知道李秀成也是一片好意，所以梁凤超还是满面笑容的欢迎了傅正纲军的到来，调整营地腾出空间让傅正纲立营，又和傅正纲约定遇事商议而行。然后到了确认吴军水师已经从芜湖出发东进后，梁凤超也和傅正纲在第一时间商定，决定由梁凤超军负责打水战和守炮台，由傅正纲军负责阻击吴军水师登陆，还有负责保护九洑洲北航道上的十条浮桥。
水上行军当然远比陆上为快，那怕吴军水师没有连夜赶路，到了吴军曹炎忠部大战秣陵关的当天上午时，吴军水师还是从容开抵到了九洑洲上游，自东征以来首次以最强阵容出现在太平军面前，也马上先声夺人，让太平军上下未战先怯，心惊胆战。
厚积薄发的吴军水师已经强过了太平军水师太多太多，光蒸汽明轮炮船就有八条之多，其中两条还是目前世界上最先进的铁壳蒸汽炮船，又有六条形同水上炮台的风帆战船和十六条红单船助阵，舷炮超过八百门，又有四百多条军用舢板保护近舷，浩浩荡荡连绵数里，实力足以碾压最鼎盛时期的太平军水师。所以在望远镜中看到了吴军水师的庞大舰队之后，不要说首当其冲的梁凤超脸色发白，就连只负责打陆战的傅正纲也失声惊叫，“天！妖兵的水师怎么有这么多炮船？这仗怎么打？”
再怎么心惊胆战也得打，乘着吴军水师还在调整队形准备发起进攻，负责炮台和水师的梁凤超赶紧命令军队准备作战，炮台守军全部就位并且提前安排好轮换军队，水师大船和没有武装的渡船货船全部转移到九洑洲的北航道出水口躲藏，小船则尽数布置在九洑洲北航道的入水口，帮助傅正纲军保护浮桥。同时匆匆联络江浦和浦口的太平军，让他们做好随时出兵增援的准备。
在此期间，梁凤超和傅正纲发生了一次争执，梁凤超要求傅正纲的军队提前进入阵地，以便随时阻击吴军登陆，傅正纲却害怕自己的军队过于靠近江岸，被吴军水师的炮火覆盖伤亡惨重，坚持要等吴军开始登陆时再出兵拦截，梁凤超担心这么做会贻误战机和傅正纲争辩，然后直接斗上了口。最后在旁人的劝解下梁傅二人虽然各让一步，傅正纲同意让部分兵力提前进入阻击阵地，但两人的心里都极不痛快，互相觉得对方过于自私，也互相对对方大为不满。
斗嘴的气还没消，吴军的水师就已经开始动手了，六条体积庞大的风帆战船在军用舢板保护下排成纵队，率先向着保护九洑洲北航道入水口的西南炮台杀来，八条蒸汽炮船以菱形阵紧随其后，太平军炮台不敢怠慢，吴军船队才刚进入射程就抢先开炮，率先打响了这场水陆大战的第一枪。
还是吃亏在技术不够，野路子出身的太平军炮手开炮全靠经验，命中率一向不高，打水上移动靶更是一半靠蒙一半靠运气，所以即便太平军在北航道入水口这个险要位置布置了三十多门火炮又一起开火，却仅仅只有四枚炮弹打中吴军的风帆战船——还全都是实心弹，其中三枚还是直接打在吴军风帆战船的船舷装甲上，对吴军战船造成的破坏小得可怜。
先挨了打的吴军风帆战船十分从容，始终没有急着开炮还击，还是在太平军岸炮纷纷打出了第二炮后，吴军风帆战船距离太平军炮台已经普遍在半里之内后，吴军风帆战船才一起开火，以钟摆**流开炮，把一枚枚实心炮弹轰向太平军炮台，后面的吴军蒸汽炮船也纷纷以大口径的船首炮开火，把黑火药开花炮弹轰向敌人的炮位所在。
使用实心炮弹和黑火药开花炮弹，是因为吴军的风帆战船款式和装备老旧，没有办法使用开花炮弹，蒸汽炮船则是因为英国方面对全世界封锁大口径后装膛线炮的技术，吴军的三磅后膛炮口径太小，如果用来装备在蒸汽炮船最重要的船首位置，未免过于浪费吨位和火力，所以吴军的蒸汽炮船装备的都是二十四磅炮或者三十二磅炮，只能使用黑火药炮弹，三磅后装膛线炮则被装备在了船舷用于水上作战，这个时候吴军的蒸汽炮船是船头对着太平军炮台，也就只能打出黑火药开花炮弹了。
火炮和炮弹的技术虽然有些落后和陈旧，但是没关系，历史上湘军用长龙快蟹这些古董船和军用舢板都能拿下九洑洲，这会吴军用风帆战舰和蒸汽炮船来打九洑洲，实际上照样等于是牛刀杀鸡，大材小用。
太平军的九洑洲炮台修得很坚固，然而和吴军的炮台一样，吃亏在建筑技术已经远远落后于西方，太平军的炮台同样是没有石顶或者铁顶保护的露天炮台，结果这一点也注定了太平军炮台要在远程炮战中伤亡惨重。吴军的大小炮弹呼啸肆虐，不断落地爆炸或者弹跳，头顶上空没有保护的太平军炮手一旦被开花炮弹的爆炸波及，即便不死也会被炸成重伤——毕竟吴军蒸汽炮船的船首炮不是三十二磅口径，就是二十四磅口径，装药量相当不小。而一旦被实心炮弹直接命中或者弹跳打中，那么太平军炮手最轻也是筋断骨折的下场，重的话甚至直接五脏破裂！
轰隆！轰隆！炮声连绵，形同水上炮台一般的吴军风帆战船以舷炮轮流开火，依次把炮弹接连轰向太平军炮台固定靶，第一排炮打完，第二排马上跟着开火，毫无间歇，直把太平军的炮台轰得是千疮百孔，尘烟弥漫，又有开花炮弹不时落地爆炸，在太平军炮台上溅起团团火光，让太平军炮手如同身处铁火地狱，伤亡数字迅速上升。
当然，太平军的炮手也在奋勇开炮还击，但是他们既没有接受过专业培训，不懂校正炮位和调整射角，又是站在固定地点打水上的移动靶，命中率自然低得相当可怜，所谓的还击根本起不到任何效果，开炮射击能够起到的最大作用，还只是让吴军炮手可以看到他们的炮位所在，更加准确的轰击他们的火炮位置。
“快开炮！开炮！”
“妖兵的炮弹来了，快趴下！”
“啊！救命啊！我的腿！我的腿！谁来救救我！”
“炸炮！快躲！躲！”
类似的惨叫声一直在太平军的炮台上回荡，慌乱的太平军炮手也一直在烈火硝烟中奔走逃避，而当吴军蒸汽炮船调整船位，开始用船舷处的后膛炮打出苦味酸炮弹后，太平军炮手的绝望惨叫也随之达到了顶点，“妖火炮弹！妖火炮弹来了！快想办法躲！快想办法躲啊！”
苦味酸的坑爹燃烧效果坑苦了露天作战的太平军炮弹，也几次引燃了太平军炮手正在装填的火药，造成二次爆炸，也造成了好几门的太平军火炮殉爆，炮击才半个多小时，太平军的火炮就已经哑火近半，炮手的伤亡更是惨重无比，逼得梁凤超只能是早早就动用轮换炮手，可惜这么做却依然起不到任何作用，相反还只是让太平军的炮手死得更多更快。
炮击一个多小时后，九洑洲太平军的西南炮台基本变成了一片残垣废墟，三十多门火炮只剩下五六门还在偶尔开炮，到处都是烈火浓烟，也到处都是伤兵和尸体，再也无法起到拦截作用。吴军水师也这才从容东下，开始向着九洑洲的沿江阵地倾泻炮火，被梁凤超逼着提前进入阵地的太平军傅正纲所部士卒被炮火覆盖，伤亡迅速上升，傅正纲也开始破口大骂，一骂梁凤超麾下的炮手无能，二骂梁凤超不肯听自己的正确意见，导致自己的军队白白挨吴军炮打。
吴军炮船顺江而下，目标当然是躲藏在九洑洲北航道出水口处的太平军水师大船和运输船，结果保护出水口的太平军炮台虽然比入水口炮台多支撑了一点时间，却还是在短短两个小时内就被吴军的猛烈炮火轰成了一片废墟，躲在炮台后方的太平军船队别无选择，只能是仓促逃进狭窄的九洑洲北航道中，期间船乱人乱互相碰撞，多条船只倾翻沉没或者搁浅，也有许多被太平军强征来的民间水手乘机逃命，然后还密密麻麻的拥堵在狭窄水道中，彻底失去机动力只能被动挨打。
对太平军水师来说还好，九洑洲的北航道实在过于狭窄，吴军的大型战船不敢随随便便就冲进来追杀，所以水师船队逃到了吴军战船的炮火范围之外后，吴军水师也就暂时没了办法对付太平军的船队，受命统率太平军水师的梁凤超也长长松了口气，擦着冷汗说道：“还好，还能保得住船队。”
梁凤超实在太低估了一些吴军水师的疯狂和嚣张，把太平军船队逼近了九洑洲北航道中，吴军那两条小型铁壳蒸汽炮船突然掉头回航，回到了九洑洲北航道的入水口处与后军会合，然后在两条红单船、四十条军用舢板和二十条斥候快船的簇拥保护下，一条小型铁壳蒸汽炮船竟然毫不犹豫的冲进了狭窄的九洑洲北航道，先声夺人对着躲藏在北航道中的太平军水师小船猛烈开火。
“妖兵的火轮船竟然敢冲进来？！”
失声惊叫的同时，梁凤超又马上明白自己的机会可能来了，除了命令水师小船迎上去打近舷战外，又火速派人与傅正纲联络，要求傅正纲赶紧派军队上前，帮助自军水师小船对付冒险冲进狭窄水道的吴军船只。而傅正纲也还算有点大局观，即便明知道这么打肯定伤亡不小，却还是派遣军队冲到九洑洲的北岸，对着吴军船队开枪开炮。
九洑洲大战也因此进入了白热化，在带队将领的逼迫下，火力薄弱的太平军小船如同飞蛾扑火一般，嚎叫呐喊着摇噜划桨冲向吴军大船，妄图近舷纵火焚烧吴军的蒸汽炮船和红单船。负责保护大船近舷的吴军舢板也毫不犹豫的迎上，以火枪和手雷迎战来敌，狭窄的水面上枪来炮往，厮杀得不可开交。
再接着，傅正纲所部的太平军也冲到了九洑洲岸边开始加入战斗，但是很可惜，列队开枪的太平军士兵却马上遭到了吴军舷炮的猛烈轰击，红单船的实心炮弹和蒸汽炮船的苦味酸炮弹呼啸轰鸣，不断砸进太平军人群中，带去满天血浪，也炸出朵朵血花，太平军士卒鬼哭狼嚎，队形迅速大乱。
与此同时，吴军蒸汽炮船的大口径船首炮也在对一直着太平军的浮桥开火，结果靠着吴军炮手的精湛技术和短距离射击的命中率加成，第一道太平军浮桥迅速断裂落水，接着第二道浮桥也被吴军蒸汽炮船二十四磅炮弹直接命中，直接炸得粉碎，守卫在桥上的太平军士兵落水不断，惨叫着飘得到处都是。
更狠的还在后面，随着太平军小船的不断密集，之前一直躲在军用舢板后方的吴军快船突然出手，带着袅袅青烟冲进了太平军船队的密集处，船上的吴军水手抢先跳水逃命，太平军水师的士兵发现情况不妙也赶紧跳水，却还是改变不了吴军快船冲进他们的船队密集处爆炸的后果，吴军水师只动用了一条满载达纳炸药的蚱蜢快船，就炸沉炸翻了近二十条太平军的小船，吴军舢板船队所蒙受的压力也随之大减。而再接着，又有两条吴军快船冲向敌人船群爆炸，又炸沉炸翻了更多的太平军小船，太平军小船船队彻底大乱，更加无法对吴军大船形成威胁。
第三道和第四道的太平军浮桥被吴军轰断后，另一条吴军铁壳蒸汽船也在之前同样数量的小船保护下冲进了九洑洲北航道，一前一后义无反顾的冲击太平军的浮桥，之前布置在北航道中的太平军小船船队则早已在激战中元气大伤，不但再没力量阻拦，相反还被吴军水师生力军的撵着打追着砍，被迫逃向两岸，船只倾翻士卒落水不断，防御力极强的吴军铁壳蒸汽船则是势如破竹，不断以大口径的船首炮轰击敌人，逐条捣毁太平军的水上浮桥，切断九洑洲太平军和北岸的直接连续。
吴军水师的疯狂战术彻底惊呆了九洑洲太平军，也彻底粉碎了梁凤超还想保全船队的美梦，为了不让拥挤在一起的太平军船队被吴军一把火烧光，梁凤超只能是乘着上游杀来的吴军船队暂时还被浮桥阻拦，赶紧命令自军船队冲出北航道逃往下游，尽力保全船只——没了船，九洑洲太平军就是想逃回两岸都难。同时梁凤超又赶紧派人南下去和李秀成联系，明确告诉李秀成说除非吴军水师撤走，否则自己将无法再保证南京太平军和江北太平军的联络畅通，而如果吴军水师再在九洑洲附近夺得一块立足地后，九洑洲太平军还有很大可能被彻底困死在岛上！
也是凑巧，梁凤超的告急使者见到李秀成时，正好李明成的告急使者也来到了李秀成的面前求援，闻知九洑洲和秣陵关两个战场同时告急的噩耗，李秀成脸色铁青了许久才做出一个艰难决定，道：“让梁凤超和傅正纲死守九洑洲！先救秣陵关！水上没指望了，只有保住秣陵关，我们的的粮草弹药才可以通过陆路补充！”