魏长生连同墨筠秀降临药王谷，而滴血堂的三位太上长老已经驾驭天仙人皮等候，三大魔门齐齐攻杀向药王谷。
天魔宫奸细出手，里应外合之下，药王谷大阵不多时就告破，一时间危在旦夕！
正当魏长生等人攻进核心，欲要夺取魔鼎之时，发现药王谷谷主已经等在了那里。
与此同时，春秋书院季夫子连同上清道长庚剑仙陈太宵出现于药王谷内，药王谷被破开的大阵同时恢复完毕，困住了魔门众人，原来这是一步正道下的大棋，药王谷在之前已经通过姜晨得知了一些消息，知道魔门要声东击西，设下了埋伏。
最后滴血堂三位太上长老连同天仙人皮尽数沦丧，墨筠秀激活无生老母一点真灵，回归真空家乡，魏长生舍弃一件天魔宫重宝逃生。
而在天心岛外，姜晨出手，重创了大光明神尊，大光明神尊直接逃跑，两方战力对比平衡被打破，魔门见事不可为，抽身撤退，而那位天魔宫主原来是妖族六耳猕猴妖神变化而出，妖魔合流的事实被发现。
正魔二道对峙，魔门最后服软，交出之所以大举进攻的密辛——进入天庭遗迹的方法。
正道和魔门一同进入天庭遗迹，各有收获，姜晨遇到大自在天子的陨落残象，从他不甘的执念之中得到了一些东西、一些密辛，并借此控制少许天庭残余的力量，将魔门众人暂时困在天庭之中。
出来以后，正道众人齐齐动手，犁庭扫穴灭掉了姒族，只剩姒族老祖带着少许底蕴和重要子弟逃生，地仙都陨落了大半。
草原大单于突破天仙第三境，勾结魔门南下，北齐陷入战火之中。
季夫子带春秋书院门人驰援北齐，在北方大草原同时战草原左贤王、魔门血海头陀两人，舍生取义，化三千里锦绣河山镇压。
陈太宵起上清道底蕴，以诛仙四剑的仙器级仿品布下剑阵，震慑群魔，姜晨突破天仙，大赤天主之名威震神州。
南荒妖族同时作乱，赵恒化天帝之身，封神榜现世，一举镇压十万妖族，妖神毕方陨落，妖族被迫撤退。
中原大胜。
时代再变，无生老母、大天魔尊等一一自自己预定的锚上苏醒，辰散人在姜晨的帮助下，迈入时间长河，成功晋升大罗、觉醒前世今生，原来是东华帝君吕祖的转世身。
秦宇姜璃再现，姜家内部镇压的祸乱发生，姜晨等人前去商议对策，姜晨误入时光长河，化身“赤帝”，承接了人祖因果。
从过去归来，他开始考虑打破系统控制，于回归的大能之间辗转腾挪，最后抓住天帝重生的时机，连同吕祖、黎山老母、赵恒等，一举打破控制。
赵氏皇族原来是天帝留下的手段，一族供奉玉皇大帝，都只是为了为了天帝的目的。
天帝虽然是三界之主、第一大罗，但这个位置成就了他，也限制了他，所以在众圣登门，欲要毁掉天庭让末劫降临，谋求超脱机会之时，他答应了。
以他的能力，只要脱离天帝之位，就足以登临混元层次，但他同时也不想放弃天帝的位格，于是化出玉皇大帝为第二化身，想要让玉皇大帝登临天帝位，同时成为混元和天帝。
但最后这一结局在赵恒和姜晨等人的努力下破产，玉皇大帝成为象征神祇没有自我意识，犹如计算机一般管理三界，重生的天帝虽然摆脱了束缚，但也失去了第一大罗堪比混元的力量，在吕祖等人的对峙下选择离开。
姜晨晋级金仙。
局势愈发恶劣，各脉的上古大能逐渐复苏，欲要夺取末劫的中心——神州中原。
愿意襄助人族的大神通者屈指可数，远远比不上敌手，危机之际，柳神降临，姜晨赤帝化身自过去的历史中走来，古今一体，为神农氏、为炎帝、为大赤天主，登临大罗。
借着他激荡时空，人族大神通者回归，第一批为轩辕黄帝、燧人氏、祝融火正重黎、周文王、黑帝颛顼。（包栖氏虽然积累最深，在大罗之中能排进前三，但由于人祖上古消失，人族岌岌可危之际仓促突破，导致了失败。）
战争白热化，混元未归，一个个没有后台的大神通者都开始尝试登临混元，以求末劫一线生机。
最后，以原始之后第一魔、统领当今魔道的天魔之祖大天魔尊突破混元失败，在“名唤日月、暗还虚空”的劫数之中，以一句“生不道果成、死亦道果烹”为自身百万寿元的终结。
开天辟地的三清道尊抢去超脱先机，在末劫真正降临前不再现世，得到了他们因果、注定能晋升混元的姜晨成为了众矢之的，一番决战，姜晨身边尽寥落，一位位弟子、亲友为了他献出了生命，终于拖延出了足够的时间，让他晋级到了混元。
末劫终至，身死天庭的原始魔主卷土重来，原来他攻伐天庭所为的只是让自身彻底毁灭于历史之中，等待末劫，而非之前众人猜测的想要让末劫提前降临，但最后依旧是偷鸡不成蚀把米，天机被三清道祖得到。
而神秘的人祖也终于出现，他竟然不需要天机，就能直接超脱，而姜晨所继承的赤帝位，原来也是人祖的化身。
姜晨成为第一混元，再开天地，传道诸天，既是人皇、亦是道祖。