为了苟延残喘，除过格利德之外，其它人造人的贤者之石全部被他们尊敬的父亲大人——瓶中小人所吞噬。
而没有了人造人的牵制，舰娘们的攻势更加猛烈，妄想长生不老，却不知被瓶中小人利用的那些腐朽的军队高层更是兵败如山倒，随着大总统人造人拉斯被瓶中小人吞掉而阵亡，剩下的残党也树倒猢狲散。
“你们只是卑微而渺小的人类而已……只是区区人类，都给我去死吧！”瓶中小人困兽犹斗，仿佛发了疯的野狗似的，疯狂地攻击着周围的一切。
似乎因为重新吸纳了恩维（嫉妒）、拉斯（愤怒）、普莱德（傲慢），这些情绪疯狂地在他的体内滋生出来。
他所有的攻击被琴美、爱德华、阿尔冯斯、伊兹米、霍恩海姆以及一干国家炼金术师尽皆拦下，舰娘猛烈地火力倾泻在了他的身上。
修复的速度，已经渐渐赶不上他所受到的伤害，疯狂也让他失去了冷静，破绽百出。
“呃……”
舰娘的火力一停，瓶中小人的动作忽然一滞，低头看去，一只手穿过了它的胸膛，鲜红的贤者之石被那只手握住。
它感觉到自己的生命正在流失。
“贤者之石……我的贤者之石……”
瓶中小人抬起手，抓向贤者之石，可是还没碰到贤者之石，他的手就已经化为尘埃，烟消云散。
他的眼睛紧紧地盯着贤者之石，直到最后，他的嘴里也一直呢喃着“贤者之石”。
“真是丑陋啊。”被俘虏的金普利，冷漠地望着瓶中小人。
他见识过人造人的强大，知道人造人的国土炼成阵的计划，也看到了最后人造人的败亡。他看到了瓶中小人的无所不能，也看到了瓶中小人此刻那苟延残喘而不得的可怜模样。
阿虚收起了瓶中小人的贤者之石，一切尘埃落定，琴美将地面恢复原状，罗伊也开始接手战后的工作。
大总统是人造人的事情，对普通人来说太过震撼，说出去怕引起新的混乱。况且现在大总统已经死了，于是罗伊索性就宣布大总统是在跟人造人反动派的斗争中力战而死。
罗伊接任大总统之后，将重建和整顿工作交给莉莎和自己的手下，然后就亲自来找阿虚。
“你们究竟是谁？”罗伊非常严肃而慎重地跟阿虚交涉，阿虚等人的力量已经不是强大不强大了，只要阿虚愿意，他能平推掉一个国家——至少罗伊根据目测，他们亚美斯多利斯是挡不住这群怪物的。
虽然阿虚等人自称是外国人，但是他才不信，如果有哪个国家有这等强大的力量的话，那世界早就被统一了。
不过，不管阿虚等人究竟是什么人，他需要了解阿虚等人的态度。如果对方入侵的话，他就准备考虑给自己以及跟随他的手下还有这无数无辜的百姓谋个好出路——俗称“带路党”，毕竟对方太强大了，跟这种战争兵器打，根本没任何希望。
如果对方友善的话，他也得表示一下友善的态度，建立良好的外交关系，如果能得到对方的支援，那就再好不过了……爱德华虽然告诉他让他别做梦了，但是他还是想尝试一下。
“我不是说过了吗？我们是SOS团。”阿虚看到罗伊已经猜出来，但是阿虚却没有正面回复，微笑着说道，从本质上来说，他说的也没错。
他们不是来自某个国家，也不是某个世界，他们就是SOS团！
“需要我们帮你们建立宗教吗？当成国教也未尝不可。”罗伊望着司令部的废墟，对阿虚别有所指地问道。
在国土炼成阵启动之后，他也经历了同样的事情，最后也看到了一个奇怪的图标。他记得阿虚等人曾经说过自己是SOS团，于是立刻就联想到了阿虚等人。拥有强大的力量，突然出现在了这个国家，不求酬劳，不畏辛苦，拯救世界——这不正是那些宗教神话的老套路吗？
尽管他的猜测从本质上来看，似乎并没什么问题，凉宫春日和真理可都是货真价实的世界本源，对于世界来说，就是神。
可是阿虚却摇了摇头，拒绝了罗伊的提议：“不需要。”说完之后，顿了一下，阿虚笑道：“SOS团，可不是这么好加入的。”
不过SOS团可以在其他方面跟他们合作，然后阿虚将SOS团的财务部部长派去跟罗伊进行详细交流。
财务部部长这是阿虚十秒钟之前才刚拍屁股决定出来的职位，由鹤屋兼任——毕竟鹤屋财团就是SOS团的金库，鹤屋财团的实力跟SOS团活动资金水平有密切相关的联系。
炼金术能炼成金子，可是却无法炼成一个完整的贸易体系出来，阿虚正是准备打通两个世界的贸易关系，实现真正意义上的位面商人，以交流推动科技进程——此时虽然落后，但是有SOS团世界作为金大腿来推动的话，这个拥有炼金术的世界的科技发展应该会突飞猛进。
而这个世界隶属于SOS团，它的强大就是SOS团的强大。
“最后问一句，你们为什么要来我们这里？”双方确定了合作关系之后，罗伊放下心，临走前问了一句，又怕引起阿虚地不满，他又补充道：“当然，我只是随便问问，如果有什么不能说的，那就算了。”
阿虚拍了拍罗伊的肩膀，沉声道：“不要把自己太当回事，我们只是迷路，意外来到了这里而已……”
罗伊点了根烟，四十五度角斜望天空，一脸“不要跟我说话”的表情。
战斗结束之后，爱德华以自己为能源，再一次施展了人体炼成，打开了真理之门。
不过，出现在他面前的场面，跟曾经所看到的差距太大了。
尽管还是那个一片白色的未知空间，可是背后的那堵庄严肃穆地真理之门，变成了一个五颜六色的写着“SOS团”的不明标志。
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而那个自称为真理的虚无的家伙，此时却是一个熟人的模样——凉宫春日，尽管只有不到三十厘米的大小，爱德华记得这个好像是阿虚的女儿？
“你是谁？”爱德华愣了半天，嘴角抽动了好几下，才问出来。
“我是被你们称之为世界的存在，或曰宇宙，或曰神……”熟悉的开场白，可是却让爱德华有种想要吐血的冲动。
难道说，阿虚是真理她爹？
一个荒谬的猜测不停在爱德华的脑海中徘徊。
“好了，我知道你想要干什么了。有人给过我代价了，你带你的弟弟回去吧。”真理挥挥小手，对爱德华不耐烦地说道。
“不！我和我弟弟约定过，不利用他人，绝对要用自己的力量找回我们的身体！”爱德华出言制止了真理。
“既然这样，那用你的节操吧。用你全部的节操，也足够换回你弟弟和你自己的身体了。”真理坐在一个跟她身材相符的椅子上，手中还像模像样地拿着一张纸，跟爱德华讨论着。
爱德华总感觉非常非常重要的东西即将离自己而去，于是又赶忙制止：“这个！用这个！”爱德华拍着自己身后的真理之门，“这是我的真理之门，怎么用，应该我说了算吧！我们因为看过了这个失去了身体，作为等价交换，那就用这个换回我们的身体！”
真理抬起头，严肃道：“你确信？没有了真理之门，你将再也无法使用炼金术！你愿意回到普通人吗？”可是可能是现在有了形态，再怎么表现严肃，都显得很逗比。
爱德华微微一笑：“我们，本来就是个普通人啊！”
“你真的不想用自己的节操来换吗？”真理再三确认，似乎不拿走爱德华的节操誓不罢休。
爱德华道：“虽然不知道你想拿走什么，但是我的直觉告诉我，节操比真理更重要。”
“可是你的真理之门只足够换会你弟弟的身体。”真理提醒爱德华。
“足够了，这就足够了。”爱德华拍拍自己的机械义肢，笑道，“如果没有这些的话，某个人会寂寞的。”
“你赢了，炼金术师。”
爱德华以自己的真理之门为代价取回了阿尔冯斯的身体，温莉哭成了泪人，周围的朋友都在为他们兄弟而祝福。他看了眼远处的阿虚，以及跟阿虚站在一起的小凉宫，他对他们感激地深深点了点头，轻声说了声谢谢。
霍恩海姆来找过阿虚，似乎已经知道了阿虚的来历，让阿虚抽走了他体内的贤者之石，最后只留下他一人份的能量。
“人人都想得到长生不老，你却弃之如敝履。”
“如果看着朋友，自己心爱的人，一个个在自己之前老去、死亡，而自己却永远死不了，对我而言，这是地狱。”霍恩海姆伤感地说着。
如果只留下他一人份的灵魂，他很快就会死亡，因为他的灵魂早就应该在几百年前就死去的。
霍恩海姆一心求死，同时也希望在他体内的大家的灵魂得到解脱，于是希望阿虚能拿走它。
阿虚答应了霍恩海姆的请求，拿走了他的贤者之石之后，霍恩海姆没有跟爱德华和阿尔冯斯告别，一个人悄悄地离开。
最后，被温莉的奶奶发现，霍恩海姆一脸幸福地死在了他的妻子特蕾莎·艾尔利克的墓前。