战争带来的破坏是巨大的。王梓统计了整个国境内的损失情况。龟兹国死伤军民4469人，几乎涉及了五分之一的家庭，其中积累了多大的仇恨。要想在这样的国家站住脚，难度可想而知。而且由于国王白商的被杀，将来对于攻占其他国家也造成了很大困难。因此，诸葛均让吕秉和覃兵去攻打危须国时，要求他们尽量少杀人，要保住国王极其家人的性命。
诸葛均根据后世的经验，在龟兹国采取了分化矛盾的方法，将国家之间的矛盾转化成阶级之间的矛盾。具体办法是，解放奴隶和土地改革。
龟兹国民族众多，各民族之间的矛盾也很大，国王白商的死也有一个好处，就是国内想要形成较大的有组织的反抗，十分困难。因此龟兹国内的叛乱较少，诸葛均的力量足够维持他推行改革的需要。他的办法简答有效，迅速得到了广大民众的支持，从而站稳了脚跟。
校尉城郊20里的一个名叫马启的村子，实行土改的例子 就很典型。
一天早晨，一队约200人的骑兵突然包围了马启村，他们没有立即进村，而是派了一个本村的人进去找到村里的头人，叫他们把村民都集中在村子的打谷场上。
他们将村子里有三十亩地以上的人，集中在一起，二十到三十亩地的人就地解散回家。其余的人集中在一起。结果是地主富农一共11家，被集中关押起来。由一个工作组做工作。其余的人共146户，457人。
这457名贫雇农和奴隶，看着周围拿着刀的士兵，吓得不知所措，不知道会有什么厄运降临到自己头上。一个官府模样的人站在石碾子上面，向他们宣布官府的决定。
内容是，自今日起：
一，所有奴隶全部解放，成为平民。官府将为他们办理公民登记。
二，所有人所欠国家和地主的债务一笔勾销。
三，地主和富农除了留下30亩地以外，其余的土地全部充公，平分给这457人。
四，所有人都享有公民权利，可以读书，做官，从军。
五，国家对于他们以上的权利给予保护。
听完官员的公告，台下一片寂静。没有人相信这是真的。这时，一个从焉耆来的原来的奴隶，现在的国防军班长，现身说法，讲解了他的际遇。人们终于相信了，台下一片哭声，随即爆发出一片欢呼声。
奴隶老嘎原来是一个官员子弟，因为父亲获罪，全家被卖为奴，已经12年了，心想着就这样终老一生了。没想到还有成为公民的一天，他跪在地上嚎啕大哭，喊着：“父亲，母亲，我自由了。”接着站起身来，问士兵们到：“我的母亲和姐姐她们在校尉城里为奴，也能成为公民吗？”士兵们肯定地答复他到：“能，你可以去找他们。”
村子里留下几名士兵和一个指导员，在村子里选举了村长，成立了村民协会，进行土地分配。
类似的情况在龟兹各地到处都是，官府迅速得到了广大的人民的拥护。
关于奴隶主，地主，富农们的改造，王梓想出了一个办法：办学习班。学习班的课程，一是讲解国家的法律法规，二是讲解新型的工商业知识。
其实，对于焉耆的情况，这些奴隶主，地主，富农们已经早有耳闻，知道自己的利益有一定的保障，因此抵触情绪不是太大。为了让他们更好地理解新型的工商业知识，在学习班结束时，在他们中间选了一些代表到焉耆参观。
焉耆资源丰富，拥有石油、天然气、铜矿、煤矿、金矿、红柱石、绿柱石等丰富的矿产资源，在黄月英的主持下，已经得到了开发利用。经过合理规划，现在焉耆到处是整齐的工业区。各种厂矿，学校，医院，新式住宅。让那些前来参观的土老帽们，大开眼界。
整体来说，国家的变革成果是良好的，权利机构从原来的氏族管理，改造成了国家管理。
经过一个月的整理，国家管理走上了正轨。全国划分成了五个县，焉耆，危须，轮台，盐城，山国县。国都仍然在博格达沁城，国号还沿用焉耆。国防军扩大为一个军，三个师，共计18500人，军长吕秉，三个师长覃兵，甘易和刘汉。
国家的发展势头良好，可是诸葛均的心里却忐忑不安，二哥诸葛亮一直没有消息，也不知道是怎么回事？
忽然，廖洪来到了博格达沁城，诸葛均心里咯噔一下，感觉很不好。果然，廖洪见到诸葛均，哭丧着脸说到：“我王，出事了，军师被曹操的人抓走啦。”
原来，襄阳守军大将夏侯淳接到一个消息，说诸葛亮要经过襄阳，有可能要回他的岳父黄承彦家。夏侯淳得到这个消息非常重视，立即亲自布置了对诸葛亮的抓捕计划。
因为没有人认识诸葛亮，只知道大约30岁左右，身高八尺。为了保险起见，他安排人秘密监视黄承彦的住处，并在通往西北的边境上严密布防，凡是见到这个摸样的人都要严加盘查。正在这时，一个陌生人送来了一幅诸葛亮的画像。
夏侯淳立即命人临摹了许多份，发到了官兵们的手里。
诸葛亮在进入黄承彦家之前，化妆成了一个郎中摸样的人，脸上沾着胡子，还贴了膏药。但是许多捕快经验丰富，根据身高等条件，感觉此人可疑。后来黄承彦家又陆续来了不少陌生人，基本上断定是诸葛了来了。
第二天，黄承宗来了，还带着一个商队。从黄承彦家出来出来几个人，和商队一起出发了。
他们走出了大约十几里，突然被一大队官兵包围了，他们检查了黄承彦身边的人，没有发现诸葛亮，这时，一个军官走向最前面那个驼背的牵马人，认出来化妆的诸葛亮。廖洪没有上前，知道这样没有用。官兵们一阵欢呼，没有理会其他人，带着诸葛亮走了。廖洪留下人跟踪着官兵们，自己就跑来报信了。
诸葛均听到这里，身子一阵摇晃。心道：“都是自己不好，如果不是自己破坏诸葛亮的计划，他在刘备哪里呆的好好的，怎么会被曹军抓走呢？”他痛苦万分，不知道如何向黄月英交代。