半夜的熊熊火焰，在山下的坂本城可是看的一清二楚，整个比叡山化作一片通红的火海，仿佛地狱中描写刀山火海的可怕静香，山上隐隐传来的哭号声将睡梦的町民唤醒，包括远处的大津、坚田乃至京都都可以看到这团火焰之山。
无论是何信仰的人们都在默默的为山上枉死的生灵祈祷，没多久就看到从大火与屠杀中侥幸逃脱的延历寺僧众连滚带爬的跑下山，这些僧众一到町内就被迅速控制，倍受惊吓的僧众们也说不清到底发生了什么，除了形容火海和杀戮的一揆军之外什么也说不出来，这场灾难来的太快太急远远出乎他们的预料。
吉良家早在一向一揆军蜂起的之前就已经明确得知情报，在一向一揆军前脚坚田，吉良家的军势就赶到他们的大本营，把其中的钱粮物资、武器装备等查抄一空，留守老巢的一揆众的亲眷及所有涉案的人员通通异地关押，同时命令星野传令高岛国人警戒高岛郡方向一向一揆军逃窜乱入。
而坂本町附近则被吉良军势团团围住，就连町民们也自发加入保卫城下町的防卫中，刚到三更时分比睿山就亮起一片红光开始，吉良家的军民紧张的盯着山上的动静，随着火势越来越旺喊杀声也越来越响，这次连坂本町附近的港口内暂居的商旅们也被惊醒，包括来往一些文化人聚集在町内小声议论到底发生什么事。
经过一个多时辰的喊杀山上的动静越来越近，从日吉大社下山的参道上陆续出现不明人员向坂本逃窜。吉良军势当即擒下这些不明身份的人员，又过半个时辰出现一支数百人的队伍。他们也看到满是火把的坂本町严阵以待，这群军势二话不说掉头向北逃窜，吉良军也没有盲目追击，仍然选择町下待机。
直到凌晨四点左右，一堆溃兵从谷内逃出，他们中有些人还举着“厌离秽土,欣求净土”，“南无阿弥陀佛”或者“卍”字旗，这些溃兵似乎想朝坂本城方向靠拢。但还没走多远就城下町布置的铁炮队一通齐射吓回去，于是这群溃兵也跟着调转方向朝北逃窜。
在溃兵向北逃窜的同时，一长串火把逐次出现在山谷口，他们看到坂本城外的吉良军势稍稍停顿一下，立刻就有一名武僧跑过来气势汹汹的喝道：“你们看到逃兵往哪退散的？”
吉良军势对此显得很淡定，随手指着北方渐渐消失的火光回答道：“北面！你们还能看到火把！现在追还来得及！我们还抓了许多不明身份的人，也一并交给你们！”
这名武僧摆摆手一路小跑着回去传令。不过片刻比叡山的僧兵就朝北方追过去，又过了会儿才有一对僧兵过来接收吉良家扣押的不明人员，吉良军也随之就地解散回去继续休息，吉良义时甚至根本没出天守阁，只是揉着眼看会儿比叡山的火势就躺倒继续睡。
直到在当天下午才陆续传来消息，近江的一向一揆军在北岭比叡山延历寺放了一把火。烧死多少人暂时还没统计出来，但是预计死亡人数将突破两千人，而一揆军也丢下了八百具尸体向北近江逃窜，延历寺东塔过火面积超过近百町，大火一直烧到中午才基本扑灭。
当然这一切与吉良义时的关系不大。他只是派人去慰问一下，送出了价值几百贯的药品和食物然后就没下文。此次事件的影响力可以说是巨大的，这被视作是一向宗对近畿五山的挑衅行为，对“佛教母山”延历寺的烧讨简直堪比杀死足利义教一般在近畿地区立刻引起一场大地震。
天台座主尧尊法亲王出离的愤怒，这简直是奇耻大辱，就算当年足利义教也不敢烧掉延历寺，这群无法无天的一揆军竟然真敢冒天下之大不韪，天台宗的一干僧众也坐不住了，他们瞟一眼根本中堂内空置的位置，这些座位的主人昨日还和他们一同谈笑，今天就葬身火海或被一向宗暴徒讨死，这让他们不禁生出物伤其类的感觉。
于是天台宗有史以来最快的一次决议只用一刻钟就被拟定，尧尊法亲王以天台座主的名义下达讨伐一向宗的法旨，畿内所有一向宗势力均在打击范围之内，石山御坊的本愿寺证如躺着中枪，这也是继他的曾祖父本愿寺莲如之来，一向宗再次被指为“佛敌”。
不仅如此，尧尊法亲王还亲自出山，带着一干僧兵抬着山王权限的神舆强诉朝廷幕府，强硬的要求幕府出兵剿灭石山本愿寺，京都震动近畿震动，不到几日时间延历寺遭一向一揆无故烧讨的事件如长了翅膀一样传遍天下。
畿内的天台宗国人也随之蜂起，他们打出尊法讨逆的旗号，兴起天台一揆军，近江国瞬间蜂起上万大军，山城国也有近万一揆土民加入，声势浩大的一揆眨眼间云集，差点吓尿本愿寺一干僧众，尧尊法亲王的法旨遍发畿内，就连在三好长庆与畠山高政也接到法旨，只不过这两家正对掐的高兴，没功夫搭理这事。
本愿寺证如上书自辩，他请来自己宗家日野権大納言晴光从中说和，但是看起来效果并不怎么好，虽然天皇对本愿寺证如的印象很好，但是那边是愤怒的延历寺，还有同仇敌忾的五山大寺，甚至连死敌兴福寺也表示支持，延历寺怎么说也是天下闻名的山门，就这么说烧就烧掉，那以后这些京都佛寺以后该怎么办？畿内的寺院一下子全站到延历寺一方，这时候任谁也知道该怎么处理。
不过本愿寺也不是吃素的，以本愿寺的强大网络立刻就查出其中的来龙去脉，加贺一向宗偏偏跑到近江坚田活动，这其中透着多少诡异他们已经没功夫管，只能顺势把责任推给了加贺一向宗不尊号令擅自进入畿内，烧毁日本佛教母山大伽蓝简直罪大恶极。
于是本愿寺立刻向向加贺一向宗全体寺院下达总破门令，同时还点名斥责越前、甲贺、越中一向一揆屡次三番违反本愿寺号令，违反莲如上人的“三法令”，并命令越前、越中地方的部分寺院一并破门，以上诸寺聚集的非法一揆军当即解散不得有误。
这一下事情就闹的改变性质，加贺一向一揆在加贺闹闹京都的贵族文化人们也管不着，但他们竟然丧心病狂的跑到比叡山杀人放火，长此以往朝廷和幕府的威严何在？谁都来烧一把，今天烧比叡山，明天烧瓜生山，后天就烧京都，近畿的各大山门脸面何在？
后知后觉的京都贵族们这才发怒，把昔年加贺一向一揆杀死守护富樫一族，自立为百姓把持之国的老账翻出来，使得加贺国成为一个独立于幕府的人间佛国，并要求朝廷与幕府严厉惩罚这群匪徒。
以前谁会在意一个远国的土豪与农民到底闹出什么事情，加贺国的一揆暴动也好，越前朝仓家打的九头龙川合战也好，可能连茶余饭后的谈资都算不上，哪里能与谈古说今，研究歌道，茶道，或者汉诗，书画来的美妙。
这次变的不一样，不管是不是天台宗信众大家都很关心比叡山被烧事件，何况京都的天台宗信众有一大半来自朝廷的公卿、皇族，一旦事情落在他们自己身上，这些贵族就觉得一向宗所作所为是如此的肮脏，反复利用土民的力量发动一揆，是个卑鄙肮脏的宗派。
无奈之下，石山本愿寺值得再三表示自己被蒙在鼓里，但本愿寺还是负有不可推卸的责任，尤其是他们的教义竟然鼓动不读佛经念佛号即可成佛，这简直是谬论中的谬论，以前就被朝廷流放过，这次的延历寺烧讨事件成为导火索，声讨本愿寺的浪潮一浪高过一浪。
这下一向宗也慌了，开始四处求人说情却鲜有收效，有些脑袋不清醒的坊官扯着嗓子喊出：“要不发动一揆吧！”本愿寺证如差点被这夯货给气死，这个时候还发动个屁一揆啊，再发动那可坐实了邪教的名声，以后别说发动信众了不被武士们撵道海里喂鱼就不错了。
本愿寺证如的危机公关还是确实起一定的效用，京都里有些人很同情他石山本愿寺，其中就有许多公卿与本愿寺证如有来往，平时也收过本愿寺的不少礼物馈赠，觉得这家寺院的人品还不错，而且佛门经典讲的天花乱坠丝毫看不出哪里有邪教的趋势，当然这话不能明说，只能通过帮他们说好话慢慢扭转局势。
这场巨大的“比叡山法难”经过一段时间的沉淀余波还未散尽，无故中枪的一向宗到处申诉还是得到正面回应，经过半个多月的危机公关，外加本愿寺大谷家的宗家，日野晴光在其中跑前跑后的中介，朝廷决定对石山本愿寺应当网开一面，高高举起轻轻放下，本愿寺家再遭毁灭的危机逐渐消弭。
看在朝廷的面子上尧尊法亲王决定饶过一向宗，但是天台座主还是不打算轻饶了他们，尧尊法亲王首先要求一向宗给予赔偿，随后开出一份价值三十万贯永乐钱的巨额罚单，同时本愿寺证如自烧石山本愿寺伽蓝并立即退出近畿，高调宣布一向宗严禁在畿内从事传道活动，否则天台宗必讨之。
本愿寺证如真是无辜中枪中到死，可是他有什么办法，北岭延历寺实在太强大他也不敢惹，当年莲如上人就被天台宗指了一次“佛敌”，然后才跑出近畿到北陆的穷乡僻壤传教，他不想重蹈曾祖父的覆辙再去北陆躲着。。)