文禄三年，6月，战况陷入僵局，加上朝鲜破坏过度，造成瘟疫流行，当地征发粮食不易，以及急于保全占据朝鲜南部四道的战果，遂派使节随同明使沈惟敬由釜山至北京城议和。
7月，朝廷宣诏退兵以进行日本幕府封贡事宜，于是李如松大军撤退，只留刘綎及游击吴惟忠共七千六百人分别扼守要口。但兵部尚书石星一意主和，再撤吴惟忠的部队，结果只留刘綎部队防守。
9月，朝鲜国王李昖虽上表答谢朝廷援救及助其复国，但是暗中对中日议和却排除朝鲜有所不满，此时日军仍然占据朝鲜南部四道，并牢牢握有釜山城。
12月，明朝命蓟辽总督顾养谦兼责打理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松。
万历皇帝下令大兵尽撤，但同时强调：虽然撤兵，但倭情狡诈，未可遽称事完。
在五月八日，武田正信在名古屋城接见了大明议和使臣沈惟敬。他这知道这个人在历史上欺上瞒下，导致谈判破裂，最后自己也死了。
武田正信看着下方的沈惟敬，出言道：“没想到明国会派一个你这样的人过来。”
沈惟敬眼中略微惊讶，他没想到对方是精通汉话的他笑道：“哦？将军殿下是在哪听说过在下的名声？”
武田正信摇摇头道：“你的名声不重要，重要的是，议和的条件，你要是敢敷衍了事，欺上瞒下，不用你们皇帝动手，吾亲自砍下你的头颅！”
使臣中一御史大怒道：“尔乃藩国一王，沈大人是上国使臣，就算有过错，也轮不到尔等管辖！”
武田正信大怒，怒拍桌子，下首原田正行直接拔刀。
那御史有些惊慌，但仍然喝骂道：“尔等意欲何为！我乃上国使臣，你们不但不毕恭毕敬，还想杀了我吗？大明天军就在朝鲜，一旦我身死，大明天军顷刻而至！”
武田正信气急而笑，真是官字两个口，怎么说都有理，可想明朝皇帝是有烦恼了。
武田正信一挥手，道：“哼，吾不想与你们废话，李昖这废物，居然敢辱骂吾派去的使臣，这次打朝鲜就是要给他一个教训。
吾只有三个条件，第一，李昖写上一封国书向吾道歉，第二，李昖必须送三个公主到本国来，要是糊弄吾，幕府将会再度出兵！第三，此番幕府损失，李昖必须赔偿！
这是吾三个条件，只要达成，吾自会让大军撤退，朝鲜不从，那吾只能亲自去取。”
沈惟敬眼皮一跳，他还以为是什么苛刻的条件，现在听了武田正信的三个条件，心里踏实了许多。
毕竟朝鲜现在还在大明庇护下，而武田正信提的条件都是割朝鲜的肉，与大明并没有太多的关系，而且这次出兵都是万历内库掏的钱。
沈惟敬回道：“将军殿下提的条件确实合理，此事待在下传信给兵部尚书石大人，待他准许后，协议便成了。”
10月，日本议和使者本庄秀重与明朝使团一道去北京，本庄秀重也早已与小西行长达成了攻守同盟。
本庄秀重到了北京后，与石星进行了谈判，一口答应了石星提出的三项条款：日军在受封后迅速撤离朝鲜和对马；只册封而不准求贡；与朝鲜修好不得侵犯。
谈好之后，本庄秀重宴请石星，塞了些银钱。
之后是大明，日本，朝鲜三方会谈，朝鲜使臣对于大明已经答应武田幕府的三个条件，大为愤怒，这是私底下把朝鲜卖了。
朝鲜使臣面红耳赤道：“石大人，这三个条件分明就是在折辱我国啊！”
本庄秀重笑道：“你们朝鲜还有什么可以折辱的，要不是有大明宗主国在，你们的京都汉城都还在我军手中！”
朝鲜使臣指着本庄秀重，气的浑身颤抖：“你！你……粗鄙！简直不可理喻！”
本庄秀重冷哼一声：“你们不答应也可以，我军可以再度出兵，打到你们同意，这一次可是朝鲜蓄意破坏和谈，到时候只怕大明宗主国不帮你们了！”
石星在一旁慢悠悠道：“金大人，好汉不吃眼前亏，大明天兵作战也是需要银钱的，之前你们答应的粮草也是缺斤少两，我大明官兵也是一直埋怨呐，金大人要三思啊！”
朝鲜使臣面色悲愤，沉默一会后就把消息传给了李昖，李昖也是发了一通脾气，但是他都在亡国边缘了，还有什么反抗之力，最后还是同意了。
几天之后，三方签订和约，本庄秀重派去几名侍女去检验三位朝鲜翁主的容颜等等。
之后，本庄秀重先行一步，跟随石星回到大明京城，万历皇帝赐下一封册书。
“奉天承运皇帝，制曰：圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当兹盛际，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕来同。北叩万里之关，肯求内附。情既坚于恭顺，恩可靳于柔怀。兹特封尔为日本国王，赐之诰命。于戏龙贲芝函，袭冠裳于海表，风行卉服，固藩卫于天朝，尔其念臣职之当修。恪循要束，感皇恩之已渥。无替款诚，祗服纶言，永尊声教。钦哉！”
随后本庄秀重带着册封书，朝鲜三位翁主以及第一批赔偿乘船归国，在朝鲜的幕府军随后陆续归国。
武田正信选了一名翁主作为新的侍妾，另外两名给了武田阳信和明丸。
之后武田正信大赏三军，挑选精锐之士组成了幕府五万旗本大军，拱卫二条御所。
此事之后，国内一片祥和。
文禄四年，织田市忧郁而亡，武田正信开始追求长生，于是在比叡山上的遗迹上建立了一座登天台。
武田正信已经老了，他是穿越而来，可见长生不老说不定也存在，他还不想死。