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整部电影一共两个小时，而主要的剧情，都集中在强尼他们返回基地之后，
原来，强尼他们一回到基地，就在杰克的帮助下，通过杰克的超高权限，把“布市惨剧”的真相通过军队与公共双网络公布于全世界，包括由杰克提供的巴拉克与军部大佬们诸多犯罪证据，还有杰克这个活生生的人证，所有的一切可以说是铁证如山，
一瞬间，举世哗然！
但巴拉克与军部的反应速度却也不慢，
巴拉克立刻下令逮捕杰克与强尼等人，否认了对自己一切指控，却认定“布市惨剧”就是联邦军部一手策划的，而他也是联邦军部阴谋的受害者。
随后，巴拉克宣布，提康德陆加空中基地正式脱离联邦，进入一级战备状态，要求联邦军政府集体下台，接受军事法庭……当然是提康德陆加军事法庭的审判！
而联邦军政府则宣布一切对联邦军政府的指控都是污蔑，是巴拉克派他的亲信自导自演的闹剧，作为他反叛联邦军政府的借口。
同时联邦军政府也下令，宣布巴拉克为叛国罪，整个联邦进入一级战备，号召提康德陆加基地的所有军人听从联邦军政府的指挥，逮捕巴拉克与他的所有亲信，将他们送回星球接受审判。
就这样，巴拉克与联邦军政府互相指责，互相宣布对方叛国，整个联邦面临分裂，大战一触即发！
从双方的实力对比上，巴拉克虽然只有一个提康德陆加太空基地，却等于整个联邦三分之一的军力，而且是最精锐的那部分，
联邦军政府也不弱，毕竟占据着数量上的优势，而且是在星球大本营，双方可以说势均力敌，
不过联邦军政府手中却有巴拉克没有的一样东西，那就是媒体，
谁掌控了媒体，谁就等于掌控了舆论，
于是在联邦军政府的操控下，全球主要的媒体网络开始了狂轰滥炸式的报道，将巴拉克形容成了一个最无耻，最卑鄙，最残暴的军事独裁者，尤其是以前他那个败类儿子劣迹，简直就连再加工都不需要，直接拿出来就能把民众的肺给气炸！
媒体还不忘连杰克、强尼与蒂斯他们也一块黑掉，在媒体的“挖掘”下，各种无中生有的污蔑像倾盆而下的泔水一样泼向了强尼等人，把他们各个都描绘成了卑鄙无耻之徒，因为这样那样的原因成为巴拉克的走狗叛国。
原本就被联邦军政府洗脑几百年的民众，大部分都相信了联邦军政府的鬼话，报纸上、网络上、电视上，民众对巴拉克的声讨一浪高过一浪。
当然也有清醒者，很多地方爆发了骚乱，尤其布市幸存者聚集的城市，许多愤怒的人们走上街头，游行抗议，要求联邦军政府解释发生在布市的一切。
但他们却遭到了联邦军政府最血腥的镇压，当然，这些都是不会为外界所知的，只是如媒体报道的那样———少数不明真相的民众被违法分子蒙骗，如何如何。
至于军队就更不用说了，一条口头传达的命令瞬间传遍整个联邦军，任何胆敢非议联邦军政府的人，无论军衔、职务、年龄、性别，一经发现，就地枪决！
就这样，在联邦军政府的铁血手腕下，整个人类社会与军队瞬间陷入了一场看不见的血色恐怖之中，
这就是一个独裁的国家机器恐怖的力量！
相对而言，巴拉克就很吃亏了，事情一出，他在星球上所有的势力都被联邦军政府在最短的时间内拔掉了，他也干脆切断了与星球的一切联系，继续下令基地抓紧战备，一副要跟联邦拼个你死我活的架势，
因为这个时候的巴拉克已经差不多已经要疯了，大儿子的死对他已是沉重的打击，而二儿子的死更是粉碎了他所有的希望，当得知这一切都是联邦军政府，与自己最信任的杰克共同制造的一场阴谋，他离奇愤怒直至失去了所有理智，既然无法通过正常手段推翻联邦军政府，那就毁灭所有的一切，让整个联邦来为自己全家陪葬吧！
不过他并不知道，原本牢牢掌控在他手中的太空基地，此时却出现了状况，主要来自他手下的高级将领们，
那些人可都不傻，一个个都是人精，他们全都一眼看出，杰克与那几个大兵说得肯定都是真的。
他们也同时看出，在与联邦政府的较量中，巴拉克已经处于了劣势。因为一个清醒的有理智的巴拉克是恐怖的，哪怕放在几个星期，甚至几天以前，都值得他们为之效忠。但现在的巴拉克已经处于了毫无理智的疯狂之中，他已经失去了对敌人的判断，特别是对自己的控制，这种状态怎么指挥军队跟联邦军政府对抗？结局肯定必败无疑，谁也不愿意陪他一起死。
再说，他们的家眷可都在星球大本营，在联邦军政府的手中，而且联邦军政府也通过秘密通道跟他们取得了联系，所给于的承诺与条件真是想不心动都难。
于是，在这群高级将领的秘密行动下，巴拉克在不知不觉间滑向了被架空的边缘，
而在这一系列的阴谋中，原本就处于漩涡中心的强尼等人又怎能独善其身？他们被关在基地内防守最严密的一处监狱里，巴拉克准备等开战那天拿他们祭旗，那些秘密反叛的高级将领也准备等推翻巴拉克后就处决他们，这是联邦军政府的要求之一。
但谁都没想到，又有一个意外发生了，
巴拉克毕竟掌控提康德陆加基地已经十几年，要说没几个死忠也不可能，就在那群高级将领自以为万事俱备，就准备生擒巴拉克的前夕，他的一个死忠向他报告了这一切，
被逼上绝路的巴拉克决定先发制人，集合还忠于自己的部队，向那群背叛自己的人发动了攻击，
那群将军被打了一个措手不及，损失惨重，不过他们毕竟策划已久，很快就缓过劲来，一边指挥军队展开反击，一边向早已潜伏在四周星系的联邦军发去消息，
提康德罗加基地陷入了一场混战中，
就在这个时候，一伙人突然冲入监狱，救出了强尼等人，里面居然也有强尼的前女友卡门，还有她的现男友山德，
原来，自从强尼他们说出了真相，基地内很多人就相信了，这其中又以来自布市的军人为主，就在他们等待正义得以伸张的时候，随后发生的一切彻底粉碎了他们的所有希望，在基地与星球切断联系之前，亲人们口述的所遭遇的血腥镇压令他们无比悲愤，联邦军政府的黑暗、狡诈与残暴超出了他们的想象！
而巴拉克跟联邦军政府也是一丘之貉，指望他能伸张正义简直是痴心妄想，
在这种情况下，许多布市籍贯的军人，以及许多富有正义感和良知的其他籍贯军人秘密组织起来，准备通过其他手段为布市死难的亲人讨回公道！
而他们所要做的当务之急，就是保住“证据”，也就是强尼等人，
于是趁着基地陷入混乱，他们成功救出了强尼等人，但此时，大势已去的巴拉克居然疯狂到启动了基地自毁程序！
所有人拼命逃离基地，但强尼却决定不逃走，因为他想再试一次，向所有人再讲述一遍他所知道的真相，尽量争取让更多的人不要被联邦军政府的谎言欺骗，
而要这么做，只能通过基地的总控制台才能把直播信号毫无阻拦的在所有军舰、飞船包括逃生舱中播放，可就算他做到了，最后他也肯定没时间再逃离基地了，
这个时候，谁都没想到，杰克站了出来，他表示自己可以替强尼去做这些，他可以将强尼在任何一艘飞船上发来的信号，通过基地的广播强行转发给所有的军舰，甚至包括星球，
“我说过，我是个该死之人，请让我用这种方式赎罪吧！”杰克恳求道，
强尼同意了，并在最后一刻选择宽恕了杰克。
就这样，强尼他们一边驾驶飞船逃离基地，一边在飞船上，由强尼与蒂斯等人再次把自己所知道的一切真相说了出来，先发送给留在基地控制室的杰克，再由他通过基地最高权限传播向整个宇宙，实时的显现在了整个基地，以及将要、正在或已经逃离基地的数百艘军舰与飞船的所有屏幕上，
几十万人在同一时间观看到了这些画面，
而当强尼他们刚刚说完，画面却转变到了杰克身上，只见他眼含热泪，将一张照片展现在屏幕上，说道，“我用我的生命，还有我最爱之人的在天之灵发誓，强尼他们所说的一切都是真的。同胞们，军人们，年轻人们，为了你们的家人不再遭受和我一样的悲剧，为了你们的后代都能生活在一个自由的世界，为了上帝的荣光重新照耀大地，请你们拿起你们手中的武器，跟强尼他们一起战斗吧！”
话音刚落，画面突然消失，紧接着，剧烈如行星爆炸的一幕就发生了，四周的宇宙瞬间宛如白昼，人类历史上最庞大的空中基地在巨大的爆炸中变成了宇宙尘埃，
数百艘大大小小的宇宙战舰停留在宇宙空间中，几十万人目瞪口呆的看着这一幕，回想着不久之前所看到、听到的那些，
就在这时，所有军舰都发现，一支庞大的舰队正在朝这里快速逼近，联邦军要来了！
忽然，一艘军舰调转方向，驶向了茫茫宇宙，但那个方向，并不是家乡，
可是，很快，一艘又一艘军舰也调转方向追了上去，
当联邦军最终来到时，只剩下了不到三分之一的原基地军舰。
几天后，脱下原联邦军军服的强尼等人，宣布成立自由军，以解放全人类为目标，向联邦宣战。
同日，联邦宣布这支军队为叛军，并计划在三个月内将其全部歼灭。
影片，至此结束。