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招妖幡被斩成两截，上半截飘入外太空，在月球与大6之间飘荡。另一半被李凡人斩成了碎片，跟在他后面的穿越者一边心疼的问候起李凡人的女性亲属，一边追向招妖幡和百灵斩仙剑的碎片。
在地面等候的漩涡水灵不会让他们轻易离开，要是等这群人恢复实力，想要除掉这群人，就不是这么容易的事情了。
所谓趁他病要他命，漩涡水灵早就布置好了一切，众多忍者驾驶神甲胄突然袭击分散逃窜的穿越者，在付出沉痛代价后，被盯上的穿越者全灭。
漩涡水灵在原地等了三天，明白伍晟无法在短时内回来了，她带着秋道和剩余的忍者返回了水之国。
火之国一役，主神议会彻底瓦解，凡是在上面签了姓名的轮回者全部死亡，穿越者在与因陀罗的战斗中，几乎全灭，他们留下的各种战斗武器被清扫一空，怪异的文明毁之一旦，土著和忍者终于迎来了他们的春天。
没有了穿越者和轮回者，火影忍者的世界格局生了改变，土著们意识到力量的重要性，他们联系上崛起的忍者，建立了忍者村，开始大规模训练忍者。
火之国被灭，偌大的国土空无一人，除了水之国外，其他三的大国开始了漫长的战争。本就不多的人口再次降低，军队的编制一改再改，到了后来，忍者成了主要的战斗力量，地位大幅度提升。
在战火中，皇权在无形中被消弱了，掌权者悲哀的现，他们只有靠忍者才能在世界上立足，在残酷的现实面前，他们的权力日益降低。最终，皇帝成了大名，他们受忍者保护，却没有足够的力量，不得不把一部分权力交给忍者村，换取忍者村的帮助。
忍者村内都是修行的忍者，他们无暇管理国家，只知道不停的修炼再修炼。
在这种怪异的气氛下，国家与忍者村成了相互依存，不可分割的一个整体，火影忍者的世界在不知不觉中，回到了原本的轨迹。
没了穿越者和轮回者的世界，忍者成了主角，忍者家族如雨后春笋般冒了出来，他们为了各种理由加入了国家之间的战争。其中实力最强的一方势力是千手柱间和宇智波斑，他们联手，无任何当。
千手柱间见火之国是战争的根源，他带领众忍者，以绝对力量占领了火之国，并使用各系忍术恢复了火之国的地貌和植被。
强横的实力，独特的魅力，配合九条尾兽的恐怖战力，千手柱间在众多伙伴的协助下，平息了火影忍者世界的战争，并把九条尾兽分给了五个大国。
有兽形核弹在手，五个大国之间暂时安静下来了，为了让火之国强大到足以威震其他国家，千手柱间收容了不少难民，并借助漩涡水户的关系，从涡之国弄来大量的人口。
织田慎吾和沈万里等人战死，涡之**力耗尽，涡巢村只剩下一千人族士兵，当权者又无足够的实力，他们无法阻止千手柱间的暴行。
伍晟培养的几个心腹去了水之国，询问了漩涡水灵的意思，数日后，不少人去了火之国，从新组建了一个朝廷。
隐藏许久的1d叔带领涡巢村的居民乘机融入了新生的火之国，为这个国家带来了大量可以存在的技术，充实了火之国的国力。
当火之国进入正轨后，对政治不怎么感兴趣的千手柱间和宇智波斑一起组建了木叶村，成了整个火影忍者世界实力最强的忍者村。
有人的地方就有争斗，忍者村成立不久后，不少忍者因各种关系，成了叛忍。
叛忍的实力普遍偏高，奈何人数太少，又终日受到忍者村追杀，有不少人躲入五大国之间的小国。
数年后，忍者成了这个世界的主旋律，穿越者和轮回者已逐步淡出人们的记忆。
涡之国几乎被千手柱间搬空，国力降调最低点，当一群叛忍进入涡之国肆虐一番后，漩涡水户向千手柱间提出了辞行，带着一部分忍者返回了涡之国。
对此，千手柱间无力阻止，只能任其离开。
不久，角都袭击千手柱间失败，无脸返回水之国，去了一个小国的忍者村，又受不了和谐的环境，成了一个叛忍，开始为金钱而奋斗。
没了轮回者和穿越者的干扰，火影忍者世界的故事按照原有的剧情进行着，宇智波斑与千手柱间产生了矛盾，两人在终结谷大战一场，最终千手柱间赢了，不久死在病榻之上，宇智波斑炸死，消失无踪。
千手柱间一死，漩涡水户在一瞬间老了许多，她把九尾传给了漩涡玖辛奈后就离开了人世。
没了千手柱间，各大国蠢蠢欲动，数年后第二次忍者大战爆，千手扉间与众多忍者战死，让其他几个大国惊讶的是，火之国没了千手柱间，一样凶猛，它以深厚的底蕴在战斗中屹立不倒，最终赢得了来之不易的胜利，但涡之国就没这么幸运了，它与窝巢村一起成了历史。
漩涡玖辛奈到了木叶村，结识了黄头的小帅哥风波水门，两人演绎了一场可歌可泣的爱情故事。
当风波水门春风得意，事业和爱情双双达到巅峰时，第三次忍者大战在有心的人挑拨下爆了。
同时，新一代的轮回者和穿越者悄悄的来到了火影忍者的世界，他们加入了不同的阵营，书写新的传说。与他们的前辈相比，如今的穿越者和轮回者已无法掌控火影忍者的世界了，各种大威力的忍术日益成熟，影级强者不计其数，上忍多如牛毛。查克拉已成为火影忍者世界内的主力量，凡是兑换的力量在查克拉面前会不同程度受到压制，天赋神通优势不再像以前那么明显，忍者的地位不可动摇。
1d叔没有闲着，他与漩涡水灵早已经退居幕后，两个以伍晟留下的底子，创建了邪神教。
这个教派在暗地里活动，成员大部分都是性格阴暗，对禁术有一定造诣的狂人，如若不然，他们早就老死了。
在展教员的过程中，1d叔找到了段飞，并把它改造成不死之身，虽然这厮对邪神无比虔诚，但性格不怎么好。他杀了几个加入邪神教的新人，与角都走到了一起，踏上命运的旅程。
在忍者为主旋律的世界里，穿越者和轮回者沦为配角，他们想改变世界，却没有这个实力。最终，第三次忍者大战充充结束，火之国诞生了无数强大的忍者，大蛇丸，千手纲手，自来也，卡卡西白牙是中翘楚，风波水门更是威震四方，好不潇洒。
在火影忍者的世界里，有名有姓的忍者注定不得善终，宇智波斑乘风波水门他老婆临产之际，控制九尾妖狐，袭击木叶村。死神终于能名正言顺的登场了，他带走了风波水门和上千轮回者与穿越者的灵魂，漩涡玖辛奈在产下鸣人后也一命归西。
当时一起都尘埃落定时，一个轮回小队降临的火影忍者的世界。其中一人喃喃自语道：“怎么还有一个任务？剿灭邪神教？是创造段飞的那个教派吗？应该会得到不少好东西吧。”
三日后，远在外太空的伍晟终于将招妖幡与自己的精神世界融为一体。
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