收服了慈航静斋以后，林峰马上用道魔种心大法复活了很多被杀死的慈航静斋的弟子。这些弟子自然对林峰感恩戴德，有了这个小插曲，再加上慈航静斋最杰出的大弟子和门主都做了林峰的女人，所以很多慈航静斋弟子都默认了林峰合并魔门和慈航静斋。
林峰收服了魔门，还有加上慈航静斋的倒戈一击，使得北方各地原本明军指使的大大小小的叛乱陆续被镇压。因为林峰在北地叛乱的关系，朱元璋上朝之时十分光火，对着很多立下汗马功劳且拥兵自重的武将已经起了防备之心。他对很多色目人将领和张士诚、陈友谅那边投靠的将领进行了大规模清洗，这更加使得很多明军将领和朱元璋离心离德。另外，南方的局势对于朱元璋也并不乐观。林峰的叛乱导致大部分南方世家对朱元璋的态度也已经变得模棱两可了起来，很多义军首领甚至已经开始怀疑起来朱元璋的领导能力。还有部分起义军和陈友谅、张士诚旧部相勾结，本来统一的南方现在重新变成了一盘散沙。再加上朱元璋任用了大量了前朝官员，这些前朝官员各种栽赃陷害忠良之人，导致大量武将被削去了官职。在这种情况下，白莲教煽动百姓展开了一次次的起义。
朱元璋也是顾此失彼，他怎么会想到自己当初只是想打压一下武将的势力，哪知道现在局面竟然崩坏到这个样子。他不得已，只好再次启用大量被罢免的武将。但是，这些武将和朱元璋之间已经生了裂隙。朱元璋现在知道要是不尽快平定林峰叛乱的话，南方也会必定会有人成为第二个林峰。所以，朱元璋决定和林峰展开决战，一举歼灭林峰。
林峰也知道，自己要一统寰宇必然要打败朱元璋。这样，才能成就万世不倒的基业。所以，林峰和朱元璋的这一战无可避免。赢者将会一统天下，输者将会失去一切。林峰回去仔细研究了两卷天魔策，更加使得自己的武功变得更加精深。邪极宗密室另有兵书两卷和各种机关要术，邪极宗一直是魔门统领，每一代的邪极宗邪帝都惊才艳艳，魔门各派都是默认邪极宗邪帝为魔门领袖。林峰吸干了庞斑的武功和精气，自然庞斑的记忆也便宜了林峰，林峰看起来这些兵书也轻松了很多了。而且，前世之时林峰对于兵法和这些奇门遁甲最感兴趣，常会看一些玄学书籍。
过了几天，明军和林峰率领的军队便交上了手。林峰自居大军之中，说道：
“朱元璋，我本以为你乃是明君。我伐元路上以命相博，一路过来我披荆斩棘。我枪挑达克鲁、智取邯郸城、击杀蒙赤行，我本欲上复汉家江山，下立万世不倒之功业。结果，我却惨遭小人陷害，要不是众将拼命相救，我已经命丧黄泉。朱元璋你任用小人，必将重覆暴元后程。”
朱元璋说道：“林峰我待你不薄，你为何要起兵谋反。你才不过弱冠之年，我便封你为六路军统领，我对你如此器重，你却纵兵反叛。你是早有野心，妄图称霸天下。”
林峰说道：“你害怕众武将拥兵自重，故而你放任那些奸佞小人栽赃陷害我等武将。你这样做，迟早会重覆当年靖康之耻、崖山之祸，使我汉家大好河山落入异族之手。”
双方口中交战了好几个回合，终于两军开始绞杀在了一起，两人都是惊才艳艳之辈。故而两军对战，战的不分胜败。此刻，林峰命令大军后撤四十里路，佯装败退之象。但朱元璋又不是傻子，怎会轻易追击。
就这样，双方僵持了下去。林峰为了显得自己愚蠢，故意让自己大军的粮草被朱元璋部给截断。其实，林峰早就在后方峡谷之处造出来了很多机械，通过山路运来很多粮食。林峰后来又自导自演一场军中哗变，明军果然上当，全军追了过来，林峰命令大军马上后撤。明军在后面一直追，林峰大军就一路逃跑。就这样，林峰所部将明军引到了一处峡谷之中。这时，后方一声轰隆的响声，原来林峰还是故技重施，将明军困在了峡谷之中。此刻，峡谷两侧出现了大量弓箭手对着明军就是一阵阵万箭齐发，期间还有很多滚木雷石和易燃的松油。等到松油讲整个峡谷溢满之时，林峰下令将火把全部丢下去，霎时大火燃遍了整个峡谷。林峰还根据空气枪和火药枪的原理研制出来了大量半自动火器，林峰命令火枪队和弓箭队封锁整个峡谷出口。十万明军精锐在林峰的精心谋划之下全部战死，连一个活着逃出来的都没有。