通过前面的和另外大量的例子，我们就要提出这样的疑问，要怎么去弄清楚这种繁杂的逐步分级步骤与通过种种办法来获得同样的目的呢？答案自然就是我们前面已经谈到的，相互间有点差别的两种类型在出现变异的时候，其变异的性质不是完全相同的，就算是为了相同的普遍目的，在经过自然选择的作用之后，所获得的结果也不会是一样的。我们还应该明白：所有非常发达的生物可能一次比一次更进步，因为它们全部都经历过诸多变化，所有经过变异的构造都被传递下去，而且不可能很容易地失掉。所以，构成物种的所有构造，都是该物种在不断适应习性和生活条件的变化中获得的，不管它的服务目的是什么，它们全部是众多遗传变异的综合结果。
最后，我们现在看到的存在的与已知的类型和灭绝的与未知的类型相比，前者的数量极其少，然而让我感到奇怪的是，我很难列举出一种没有经过过渡时期而构成的器官，尽管在诸多情况下，就算是要推测经历何种过渡状态器官才能达到现今的状态也是很不容易的。实际情况自然是这样的，在所有生物里，为了某种特殊目的而创造新器官的情况是不常出现或者没有出现过的——正像自然史所说的那样，“自然界里没有飞跃”，虽然这句格言是久远的且略显夸大的。
这句格言差不多被每个有经验的博物学家的著述所接受；但也可能像米尔恩·爱德华曾经说过的，“自然界”在革新方面是缓慢的，即使在变化方面是巨大的。倘若特创论的结论是正确的，那么变异如此多，而真正新颖的东西却如此少该如何解释呢？既然众多独立生物是为了适应于自然界的某个位置而被分别创造出来的，那么其所有部分和器官如此普遍地被逐步分级的多个步骤联系在一块儿又要怎么解释呢？“自然界”在从这一构造到另一构造时，为什么不进行突兀的飞跃呢？但是我们按照自然选择的学说就可以清楚地解释为什么“自然界”不应当如此；因为自然选择的飞跃永远不会是巨大而突兀的，其发展步伐必定是短暂的、实在的，显得有些缓慢的，因为它发挥作用仅仅是通过运用细微的、接连不断的变异。
看上去较次要的器官受到自然选择的作用
我偶尔会觉得，在研究较次要的部分的起源或成就的时候极不容易，就像了解最完善的和最繁复的器官时的情况一样，虽然这类困难迥乎不同，因为自然选择在发挥其作用时，是通过死亡或者生存，即让较不适合者灭亡，让最适合者生存。
首先，我们还不能够解释哪种微细变化是重要的或是次要的，因为我们还不是很了解关于生物的一切机构。通过前面一章里我列举出的有关细微性状的几个事例，我们发现真正会受到自然选择作用的，是那些和体质的差别有关，或者与决定昆虫是不是会进攻有关的要素，比如四足兽的皮与毛的色彩，果实上长的茸毛，果肉的色彩。乍一看，大概无法令你相信，长颈鹿那个长得极像人工制造的蝇拂的尾巴，是为了适合于类似赶走苍蝇之类的烦琐之事，它是经过了不断的、细小的变异，而且每回的变异都是为了更加适应诸如上述琐事；我们知道，南美洲的牛与别的动物的生存和分布完全取决于抵抗昆虫进攻的能力，因此即使在上述情况之下，在作出肯定回答之前，也要经过一定的思考；因此，要想使某种个体延伸到新牧场，这种个体就要有能避免这类小敌害的重大优势。事实上，并非是苍蝇消灭掉了此类大的四足兽（除了一些不多的例子外），而是由于在不断地被打扰的过程中，四足兽的体力降低了，而且更容易患病，导致它们不能有效地逃脱食肉兽的攻击，或者不能在饥荒来临的时候寻找到食物。
在某些情况之下，有些器官在某段时间内缓慢地完善化了以后，可能在现今的用处已经很少了，在目前来说是比较次要的器官，但是对古代的祖先而言也许是极其重要的，在现在生存着的物种体内，仍然以差不多同样的状态存在着；但是自然选择也会阻止它们在构造上的任何事实上的有害偏离。我们知道尾巴对大部分水栖动物来说，是一种至关重要的运动器官，我们可以运用上述理论去解释它在大部分陆栖动物（能够证明它们的起源是水栖的是从肺或是发生了变异的鳔）身上的一般存在和许多功用。如果在一种水栖动物身上形成了一条充分发展的尾巴，它的功用可能多种多样，比如用作蝇拂，用作持握器官，或者如狗尾巴那样地用来转弯，尽管尾巴对转弯的帮助作用不太大，因为山兔能够更快地转弯，但是它近于没有尾巴。
其次，我们很容易错误地认为某些形状是经过自然选择形成的，这样就很容易错误地判断它的重要性。我们不能忽略的一点是：相关作用、补偿作用、一部分逼迫另一部分等复杂的成长法则所引发的结果，是恢复早已丢失的性状的趋向所造成的结果；所谓自发变异是好像和外部环境很少发生联系的变异所导致的结果；是改变了的生活条件的一定影响所造成的结果；还有性选择所造成的结果，尽管这些性状的改变对另一性来说没有丝毫作用，但是经过这一选择，它们能够或多或少地将这一性传播给另外一性，并且经常得到它的有用性状。对于一个物种来说，尽管如此间接得到的构造在早先并没有显现更多的益处，但是在新得到的习性中和新的生活环境下，却会被它的变异了的后代更好地加以利用。
假如我们不知道还有好多种杂色的和黑色的啄木鸟的存在，而仅仅认为有绿色的啄木鸟的存在，那我们必定会认为绿色是为了让这种频频来往于树木之间的鸟能够在敌人面前隐藏好自己，是一种美好的适应，所以就会觉得这是自然选择的结果，这种性状是十分必要的，虽然实际上可能主要是经过性选择的结果。
有一种生长在马来群岛上的藤棕榈，它的枝尖丛生着构造精妙的钩，这类装置，对于这植物是非常有用的，可以用来攀附高耸的树木；但是从非洲和南美洲长刺物种的分布情况来看，我们可以在大量非攀缘性的树上看到很相像的钩，可以认定这些钩原来的作用是预防抵御草食兽的，可能藤棕榈的刺的形成起先也是为了此目的，但是刺的作用被改进和利用了，因为那植物经过进一步的变异发展成攀缘植物了。一般认为，为了直接适应沉溺于物，秃鹫头上的脑皮是**的，但是也有另外一种可能，就是物质的直接作用导致了上述结果；我们如此的推断不适用于雄火鸡，虽然它是吃清洁干净的食物的，但是它的头皮也是**的。我们曾经解释年幼哺乳动物的颅骨上的缝隙，是为了对产出提供更大的帮助，的确，这可能是生产所必须的，因为它可以使生产变得容易；然而，刚从裂开缝隙的蛋壳里爬出来的年幼的鸟和爬虫，它们的头骨也有缝隙，因此我们推测，是因为生长法则导致这种构造的出现，只不过是高级动物将其应用在生产上而已。
还有一些有关个体差别或每个细微变化的原因是我们丝毫不知道的；只要我们想一想不同地方家养动物种类之间的差别，特别是在文明较低的国家里，那儿有计划的选择被利用得很少，我们马上就会明白上述论点。在一定程度上，各地未开化人所饲养的动物受自然选择作用更多，在不同的气候条件下，稍有不同体质的个体更易在生存斗争中获得成功。有的时候，就算是颜色亦是自然选择作用的结果，例如牛对苍蝇的进攻的感受性，就是与身体肤色相关，就像对有的植物的毒性的感受性。有的观察者认为角与毛有关系，而且潮湿气候可能影响毛的生长。
低地种类与高山种类之间存在差别，由于多山的地区使用后腿机会较多，可能受影响更多的是后腿，但是骨盘的形状也可能因此受到影响；这样，其影响可能涉及前肢和头部，这是根据同源变异法则得出的结论。此外，由于压力作用，子宫中小牛有的部分的形状可能受到骨盘的形状的影响。我们完全可以推想，高的地区的动物的胸部有增大趋势，因为在那里需要用力地呼吸；并且在此产生效果的还有相关作用。对整个体制的影响更大的可能是不经常运动和大量的食物，可以确定地说，这是猪的种类产生巨大变化的一个至关重要的原因，关于这点在冯那修西亚斯近来的优秀论文里曾经阐述过。然而我们无法对关于变异的未知原因和一些已知原因的相对重要性进行思考，因为我们知道的确实太少；我只是想要表明这样的论点，假使我们不能将物种间形状差别的缘由说得非常清楚，那么能不能懂得实际物种之间细微的类似差别的真正缘由，就没必要太放在心上了，即使若干家养品种被普遍认为是从一个或者几个亲种经历特殊的世代而出现的。
功利说在多大程度上具有真实性：美是如何获得的
近来，关于功利说认为的构造每一细微方面的出现都是为其所有者的利益服务的观点，有的博物学者不接受，据前面的论点，我再简略地谈一谈这种反对意见。他们已经研讨过的看法是，为了只增加样式，或是让人或“造物主”看着好看而喜爱（在科学讨论范围之外的是“造物主”），许多的构造被创制出来。如果这些观点是正确的，我的主张就彻底不能成立。我也认为，目前有不少构造对于它的所有者来说，确实没有直接功用，而且可能对其祖先也不曾有过什么用处，但这并不能使我们相信它们完全是为了美或样式而产生的，前面列举出的种种导致变异的原因，还有确实改变了的外部条件的某些作用，不论能不能从中得到好处，全部都是可以获得效果的，甚至是不小的效果。
虽然每个生物目前的不少构造和生活习性之间确实没有非常紧密和直接的联系，但是每个生物对于它在大自然中的位置的确是非常适合的；然而更要紧的一条理由就是，所有生物的体制的主要组成部分都是由传承而获得的。我们完全可以将一些构造归于遗传，比如高地鹅与军舰鸟的蹼脚，虽然我们不认为它们有什么特殊的用途；再比如在猴子的臂里、马的前腿里、蝙蝠的翅膀里、海豹的鳍脚里存在类似的骨的构造，即使我们不认为对于这些动物来说这种构造存在哪些特殊的用途。不过对于高地鹅与军舰鸟的祖先来说，蹼脚一定是有作用的，就像对于现有的大部分水鸟蹼脚是有作用的一样。因此我们不妨认为，为了适合于走或抓握，豹的祖先的脚其实是长着五个趾的，而没有鳍脚；我们仍能进一步大胆推断，为了功利的目的，哺乳纲的个别古代鱼形祖先鳍内的大部分骨头减少以后，可能会形成猴子、马及蝙蝠的四肢内的一些骨头。可是对于特殊的变化，如所谓的自发变异、成长的繁复法则以及外部条件的一定程度的作用等，我们还无法裁决到底应该如何评价其原因；不过在这些要紧的例子之外，我们尚可推论说，对于其所有者来说，不论是现在还是过去，所有生物的构造都有着某些直接抑或间接的用途。
有的人认为，我的一切学说都能够被为了让人喜爱就将生物创造得漂亮这一看法推翻，我首先要指出的是，美的感受与被欣赏物的任何真实性质没有关系，而且审美的观念也不是不可以改变的或与生俱来的，很明显它是由心理的性质决定的。比如，我们发现，对女子的评美标准不同种族的男人之间有着迥异的差别。假使为了让人鉴赏才创制出全部的美的东西，那么我们要确实地说明，人类登上舞台之后，地面必定比人类出现之前更美。产生于始新世的漂亮的圆锥形与螺旋形的贝壳和产生于第二纪的有精美刻纹的鹦鹉螺化石，难道它们是为了在多年之后人们能够在室内欣赏它们而出现的吗？矽藻的细微矽壳是最好看的，几乎没有什么能够比得上；它们被创造出来难道只是为了在高倍显微镜下观察和鉴赏吗？之所以觉得矽藻和别的不少东西很美丽，全然是生长得对称。大自然最漂亮的产物——花，它们易于被昆虫发现，因为它们在和绿叶相映衬时，看上去很美，很引人注目。