保安司令部的编制，取消士兵超加的口粮（仍减至每日斤半），对雷中田、高振邦的兵额，也限制在原有数目上，不许增加。他的这个要求，起初尚能表面上执行，以后由于他自己实力不够，收编了临洮张彦明股匪，雷、高即以为口实，大肆招兵买马，增粮增饷。他又以亲自批领条来控制，也行不通。只好眼睁睁任雷扩编三个师、高扩编几个大队。对于机关的裁员，当时因人设事，冗员甚多，但一经摸底，都有来头，一个也动不得。又转向中下层职员开刀，用考试办法，裁汰了一大批，却转而造成他们生活无着，形成社会问题，为舆论所不满。所以“精兵简政”，毫无所得。在澄清吏治、用人唯贤方面，他采取考试办法，并亲任主考，以厅长、知名人士“陪考”。他随口提问，令应考者回答，内容庸俗，形同儿戏。他曾派出四人当县长，其中二人是他的蒙师，一人是他部下的亲戚，一人是马麟推荐的，都没经过考试，与“贤”字不相干，因而引起知识界的指责。在团结各族、庶政公开方面，他不仅没有什么具体措施，而且也做了些不合乎人情的事。如他就任之初，各坊寺、门宦、部落头面人物，按少数民族风习前来道喜，他一律拒绝，给以“闭门羹”，结果这些人回去传说“马主席不认乡亲”。一次，五泉山东龙口八卦台建成，马麟遍请官绅头面人物吃手抓羊肉，他不但不去参加，而且在给他的请柬上写“应办事情很多，哪有闲工夫作此无谓应酬”。马麟认为他有意奚落，更加离心离德。孙中山先生纪念周，每月在省政府中山堂举行一次，这在当时是不可少的由最高长官主持的例会，他一次也没有主持过。所以他的施政方针不仅形成泡影，而且开罪于人，得不偿失。他来兰时没带干部班底，只带一个亲戚作“内秘书”，二儿马敦信作内外联络员。让各机关人员照旧工作，以示“大公无私”，但又不肯信任人家，使大部人员不安于位。他为巴结上司曾向南京送马，拟给蒋介石4匹，何应钦2匹，张学良2匹，邵力子1匹。派人送到南京，先请示马福祥审阅致各要人的信件，马认为措辞不当，另行改写。又看所送之马，经长途跋涉，毛皮干燥，膘体不肥，已成下驷，无法赠送。马福祥遂对马鸿宾大加申斥。马鸿宾在宦海的波涛中，是一名劣等船工，船的危殆是可以想见的。斯时冯玉祥身在晋南，心存陇上。他为了反蒋，要先恢复甘肃以至西北这块根据地，让雷中田除掉马鸿宾，“在甘肃做一番轰轰烈烈的革命事业”，并要在汉中的王志远、邠州的苏雨生配合行动。他令李世军到陕甘向雷中田、苏雨生传达他的计划。雷中田有了这个背景，与马鸿宾的矛盾就无法调和了。而且二人相处几个月中，关系也越来越紧张。雷中田曾收编了通渭的董老二（恶霸地主）为地方民团，遭到马廷贤部的袭击，雷认为马廷贤与马鸿宾虽然表面上对立，但毕竟都是回军，难免一个鼻孔出气；设若两马合流，自己便很危险。8月7日南京政府发布命令，任命马鸿宾、杨思、谭克敏、马文车、张维、李朝杰、贾缵绪、水梓、喇世俊为甘肃省政府委员，以马鸿宾为甘肃省政府主席，杨思为民政厅长，谭克敏为财政厅长，张维为建设厅长，水梓为教育厅长。这一命令不仅使连个委员也没捞到的雷中田更加不满，也使马文车醋意大发。原来马文车一直垂涎财政厅长这个肥缺，而马鸿宾则以贵州籍的谭克敏是何应钦的人，便于向中央要钱，将财政厅长一职给了谭克敏。于是，马文车遂与雷中田勾结起来，共同进行倒马活动。他们也曾向甘肃士绅间活动。有个说法：事变前夕，雷中田到甘肃士绅领袖人物杨思住处密谈约一小时。事变后，雷中田生日，杨思赠联云：“龙泉太阿，气味自合；浑金璞玉，福寿所基。”可见是相互默契的。雷中田曾派人与苏雨生联系，商定由苏雨生设法摆脱杨虎城，直扑宁夏，雷则在兰州扣押马鸿宾，一举推翻马福祥在甘、宁的统治。不久，苏雨生因扣留青海购运的物资，抗不发还，杨虎城派兵进攻，苏即乘机向宁夏转进。雷中田于8月24日晚上对高振邦、潘振云说：“苏雨生撤离邠县已20多天了，按时间计算，应该早到宁夏了。为什么还没有消息？不要叫人家封锁消息，让苏雨生吃了亏。”于是决定次日动手。25日下午，马鸿宾进城到省政府办公，雷得报告后，即下令关闭城门，派他的副官曹某率手枪队20余人去捉马鸿宾，但马已事先风闻，翻墙逃到城隍庙内隐藏，继又逃到道升巷某职员家中。斯时兰州全城戒严，岗卡林立，城外枪声大作。26日中午，街道贴出雷中田的布告，原文是：
为布告事，照得军阀马福祥、马鸿宾夙蓄扩张地盘之阴谋，冀填自私自利之欲壑，蒙蔽中央，把持甘政，蔑视全陇汉回蒙番，重兴帝国主义，实与先总理革命宗旨大相违背。溯自马鸿宾攫代甘肃省政府主席以还，所为罪恶，罄竹难书，举其大者如：（一）庇匪殃民，（二）把持财政，（三）私运枪械，（四）操纵金融，（五）侵吞公款。已属罪无可逭，还复招收土匪，且外引马廷贤率部北犯，扰乱治安。中田驻师是邦，除暴安良，自属天职。兹遵从中央视察员马心竹暨陕甘边防督办代表赵晚江之协商，重以全省党政军学农工各界大义之责请，不得不随诸父老兄弟之后，先事预防，共维甘局。凡我汉回蒙番同胞，自当一视同仁，无分畛域。除呈报中央外，为此布告周知，其各安居乐业，无得自相惊扰，致贻伊戚，切切此布。
透过冠冕堂皇的言词，我们从这张布告中可以看出，雷中田此时反马不公开反蒋；捉马未经南京政府同意，有马文车同谋，且有赵晚江（杨虎城的代表）插手。26日清晨，马鸿宾为了地方免遭糜烂，自己走上街头，向警察说明身份，要求见高局长（振邦）。高振邦接到电话，从攻马鸿宾部的前线赶来，亲自将马鸿宾带走，安置在道升巷李朝杰厅长家中（后来怕不保险，又安置在警察局内）。而雷中田对马鸿宾部队的攻击，先始于黄河北，经过8小时战斗，解除了马部一个营的武装，营长马云奇受伤被俘；并击溃张彦明的骑兵部队。后在小西湖一带攻击马部军队，急切未下。马鸿宾让喇世俊持其亲笔信进行调停，双方停火，军事行动暂告一段落。雷、马即发出通电，改组省政府，推举马文车、雷中田、杨思、李朝杰、赵晚江、李克明、陈珪璋、鲁大昌、王家曾、喇世俊、马锡武、慕寿祺、裴建准等13人为临时省政府委员；由马文车兼代省主席、杨思兼民政、李朝杰兼财政、马文车兼教育、喇世俊兼建设、雷中田任全省保安总司令。其中杨思、李克明、喇世俊、裴建准、马锡武、慕寿祺是甘肃士绅。陈珪璋、鲁大昌是地方军阀，均未来兰。雷中田、李朝杰、王家曾是国民军残余。赵晚江是杨虎城的代表，不久被人刺杀。雷乘机积极扩充部队，以潘振云为“中央陆军新编第八师师长”。但苏雨生部进入宁夏，被马鸿宾部冶成章旅击溃，失去联络，夺取宁夏计划落空。
扣押马鸿宾是一个政治信号，它引起各种势力的反应和斗争。杨虎城提出派兵入甘“戡乱”的主张，在国民党中央的陕人于右任极力促其实现；马福祥坚决反对陕军入甘，力主和平解决；马鸿逵也从泰安致电雷中田主张和平解决，并说“什么条件都可商量”。马麟则带骑兵两千人撤离兰州城区，驻扎河口，虽致函雷中田表示愿作调人，雷亦复信欢迎，但开始却旁观敷衍。刘郁芬曾派代表到兰，表示愿回甘肃，但遭到雷中田的断然拒绝，决断地表示“他来我走”。雷意希望吉鸿昌来甘。甘肃本省各界上层人士都希望避免战祸，和平解决。而雷中田、高振邦之间也存在很大矛盾，雷主杀马，并已下令枪杀了马部的张彦明。高则偏重于放马，现虽将马押在警察局内却给以优待，他的儿子马敦信常去探视。雷对此深表不满，高亦有意避免与雷见面。蒋介石原来认为马福祥的力量可以为他控制西北，至此已发生动摇。但为制止杨虎城在西北的发展，又想杨、马并存，互相牵制。马福祥在南京积极活动，向蒋为其侄辩诬。并且向报界发表谈话，一方面表示听候中央处理，一方面攻击雷中田“原系冯玉祥旧部，月前石友三叛变，雷曾受委某军军长，此次事变之先与陇东之陈珪璋、鲁大昌勾结”。还有挟势威胁的口吻：“至政变后驻宁夏之马福寿，肃州、凉州、甘州之马步青，西宁之马麟各部，亦不出兵向兰州前进，惟有听候中央办理。”蒋介石于8月30日电雷中田转马文车，查询事变真相，对扣押马鸿宾斥为“实属反叛中央，目无法纪”。马文车则篡改电报内容后，向省务会议报告。之后，蒋介石又给雷、高来电报说：
甘肃视察马文车擅作威福，构成政变，将省政府主席马鸿宾私自扣留，经中央严令立将马主席恢复自由，行使职权，并未遵令办理。似此坏法乱纪，非严惩祸首，何以肃法纪而遏乱萌。电到仰该师长等即将视察员马文车拿解来京究办，并遵令转知马鸿宾即日召集各委员行使职权。
这封电报其实是官样文章，意在敷衍而已。以祸首雷中田“拿解”同案祸首马文车，这不是很滑稽吗？但蒋介石这时还不想换马，尽管马福祥家族为他守西北守得不那么好，但他还要用这股势力挟制诸如杨虎城之类的势力，不使西北出现一个拥有强力与他对峙的西北王。蒋的这个态度，使马文车、雷中田慌了手脚，缚虎容易放虎难，自己已坐在热火炉上，进退不得。
9月上旬，甘肃士绅刘尔炘，联合千人发表《告雷中田利害书》，大意是：你们把马鸿宾扣住，想做主席，恐难坐稳，若因此而挑起一场回汉之争，你们有何能力以善其后？这一政治炸弹，更使雷中田等心神不安。高振邦已更快地转向，进一步向马鸿宾表示好感。这时，临时省政府委员杨思、李朝杰及青海代表马崑山等也出面调停，雷中田提出三个条件：（1）马鸿宾私宅财物的损失，概不补赔；（2）下命令叫马驻在靖远、新城两地的队伍一律缴械；（3）马自行电中央辞退委员、主席职务。马回答得主动而干脆：（1）不要补赔，只要兰州和全省人民无损失，本人私产无甚关系；（2）所部缴械命令当由我下，服从与否，不能保证；（3）辞职一层，何用他提，本人从来未尝如此厚颜。但雷接到此一答复，也无表示，调停搁浅。马麟又到新城调停。马鸿宾的第七师提出：“要临时省政府的负责人和马鸿宾主席同时辞职，马鸿宾恢复自由后，省政府主席由第三者担任。”雷中田虽表示同意，但“第三者”一时很难选出来。最后马麟以其名义向南京发电报，请把马鸿宾调回宁夏。但电文发出后，未见答复。
谁也没想到，这时却跳出来一只复苏的死虎！蛰居四川的北洋军阀吴佩孚，大概看到变乱中的甘肃有机可乘。忽然以游览为名，携带妻子儿女，以及残部200多人，打起“兴总司令”的招牌，由川入甘，经过文县、武都、成县，一路招摇撞骗，10月8日到天水，受到霸占天水的马廷贤的欢迎。吴佩孚委任马廷贤为“骑兵警卫军总司令兼陇南护军使”，还委了大批廉价的军、师、旅长、顾问、参议之类。兰州听到吴要到来的消息，在对吴的态度上有分歧，据熟悉内幕的李世军回忆：冯玉祥坚决主张杀马驱吴，雷中田听命，但高振邦却相反。因高及其部下与吴有历史关系，想利用吴这块招牌缓和各方。而且甘肃地方军阀陈珪璋、鲁大昌和马麟都不愿马文车、雷中田成功，又怕冯玉祥重来，所以要迎吴。雷中田等在这种情况下，也不得不迎吴，于是连忙筹备欢迎大典，拨款2万元，为之设“吴上将军行辕”。11月7日，吴抵兰州，文武军警列队欢迎，纷纷送上名片，将吴接入“行辕”，稍事休息，即以一辆东洋车将马鸿宾接来。马向吴提出要回防地安顿部队，吴满口答应，并且说：“在走以前，我打算让你和雷见见面，甘肃的事还得你来主持才成。”据在场随行人员说，顺手也给了马一个委任状，但马并没有看。并叹息说：“这时候还搞这种名堂！”第二天，马、雷在吴处会面，雷连连说：“很对不起主席。”吴则和稀泥，说什么不打不成交，说什么“将相和”。最后调停的具体办法是：放马鸿宾出兰州，其部队回宁夏；由吴担保，对雷不作军事行动。吴于9日下午欢宴各界要人，特邀马鸿宾参加，宴席上马鸿宾说了几句讥讽的话：“马进士的后人是良民，没有反过，今后仍不做非法的事。”雷中田当场神色不安，但对释马又有悔意。有人向马通了消息，当晚马向高振邦提出出走的安全问题，高以此去西关一带都是他的人，绝对保证。午夜3时多，马鸿宾乘1辆轿车出西门，直奔新城，到了他的部队里，才算脱险，被扣总计77天。之后报上发表了马鸿宾的公开启示，检讨了自己主甘以来及此次事变中的揪心六事之后说：“至于以后甘政，惟望兰波（雷中田）与心竹（马文车）两兄，视民事为家事，爱民身如己身，则宾之退让，庶有代价。”