自从湘军收复金陵，太平天国正式灭亡以来，大清不知道出了什么问题，各地的叛乱不仅没有平息迹象，反而还有越演越烈之势。
其中蹦达得最厉害也是最为显眼，无疑就是突然变得疯狂起来的捻匪……
继山东干翻蒙古亲王僧格林沁之后，捻匪又在陕西闹出偌大动静。
高楼寨之战后，捻军继续流动作战，在山东、安徽、河南的广大地区不断打击清军。朝廷命曾国藩部署镇压捻军。
曾国藩先后实施“以静制动”、“聚兵防河”的作战方针，都归于破产。同治四年年中时分，朝廷改任李鸿章为钦差大臣，节制湘淮各军，负责镇压捻军叛乱，遏制捻军扩充影响力和势力。
捻军方面虽然取得了一系列胜利，但长时间不停顿地流动作战，使部队得不到必要的休整和补充，同时又得不到任何友军的支援，战略上的被动局面日益严重，流动作战虽然在激动性方面十分有利但弊端也是明显的。
捻军领袖赖文光等深感“独立难支，孤军难立”，试图改变这一被动局面，于是在同治四年秋季决定将捻军一分为二，由张宗禹、张禹爵、邱远才等率部分捻军西进陕甘，联络陕甘回民叛乱武装，以为犄角之势是为西捻军。
由赖文光、任化邦、李允等率部分捻军留在中原地区，与清军继续周旋是为东捻军。
西捻军约有三万余人。在张宗禹等的率领下，同治四年初秋时分由豫东经许州、洛阳、陕州（今三门峡市西）、阌乡（今灵宝西北），行军一月时间进入陕西华阴县境。
署理陕西巡抚刘蓉当时正率近两万湘军在陕甘交界处堵击回民叛乱武装，在得知捻军入陕后感到形势严重，急忙请求朝廷速派援兵。可惜此时朝廷死处用兵，一时又哪里腾得出兵力来救援陕西？
西捻军进入华阴后，立即西进华州（今华县）、渭南。刘蓉不得不将所部东调对付捻军。同治四年深秋季节陕西提督刘厚基率兵三千人由渭南东进，在赤水镇与捻军遭遇结果一触即溃败退渭南。随后知府唐炯指挥湘军各营，分兵三路再次发动进攻。捻军于华州敖水东面的树林里设伏大败湘军，杀死湘军近千人。
初战获胜后，西捻军乘胜西进，于同治四年初冬进抵西安东面的灞桥镇。然后折向东南，占领蓝田县的泄湖、蓝桥等地。为了调动西安清军后又佯趋商州（今商县）、雒南（今洛南）。待清军东向追击，捻军又北走渭南，并虚造东攻潼关之势。
当湘军北上堵截时，捻军又迅速西进，摆出攻打西安的架势，并在灞桥十里坡周围村庄设下伏兵布好伏击圈，等待清军到来。
同治四年年末，湘军追至临潼东北的新丰镇。捻军派出少数部队诱敌，与湘军且战且退，将湘军诱至十里坡。
清军记名提督杨得胜、总兵萧德扬、提督刘厚基、道员黄鼎等部敌军相继进入伏击圈。捻军诱敌部队立即回马反击，伏军步队从两旁村堡杀出，马队从两翼包抄将湘军团团包围，湘军顿时阵势大乱。
时值风雪弥漫，湘军士卒因连日奔走疲惫不堪，冻饿交加士气低落无心作战，所携火药又被雨雪浇湿不能点放。捻军则士气高昂勇猛冲杀，与湘军展开白刃格斗。半日之内连斩总兵萧德扬、提督杨得胜、萧集山、萧长清、布政使衔候补道萧德纲等湘军将领，歼灭湘军大部三千余人收降数千人，取得了入陕以来最大的一次胜利。
西捻军在十里坡之战中，始终掌握着战场上的主动权。先是运用流动战术，主动出击调动尾随湘军，诱敌追击使尾随湘军疲惫不堪；然后是选择有利战场，预设埋伏，将湘军诱至伏击圈步骑协同将之包围；最后通过白刃格斗大获全胜。
湘军方面则盲目追击处处被动，被捻军牵着鼻子走，战斗力被拖垮最后陷入重围大败于十里坡，刘蓉也因此被革职回籍。
这还算好的，捻匪虽然势大，但专擅流动作战对朝廷统治影响跟太平天国没，法相比，以朝廷的雄厚资本战败一次两次根本算不得什么，怕就怕捻匪突然野心爆棚想要攻州占府自建政权，这才是朝廷最担心的地方。
与此同时持续爆发的陕甘回民叛乱，才是最让朝廷头疼的麻烦。
……
中国自古以来回族大分散、小集中的居住格局，自形成之时就于汉族同处一地，由于生活习俗的不同，使双方的误解隔阂日趋加深。特别是西陕甘地区“回汉杂居，俗尚各别睚眦小忿，本人情所不能无。”
回、汉两族对于这种因习尚绝殊而导致的“龃龉相仇杀，（亦）视为固然者久矣。”咸丰八、九年间，陕甘有些县份就发生大规模的回汉持械殴斗的事件。然而朝廷却利用这种矛盾，采取以汉制回的政策，处处偏袒汉人，“凡争论斗殴，无论曲直皆抑压回民。汉人复持众欺凌不知回性桀骜，亿万同心日积月长仇恨滋深，最后致不可收拾之境。”
虽然中国本部的回民从来没有明确的、文化上得到支持的基础，以便向北京皇帝的权威矢志效忠，但他们已在中国生活了许多个世纪。他们的典籍里虽然保持着对真主的特殊尊崇，但也赞助儒家的三纲（即君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲）。
在传统上，回民也受到历代清朝皇帝的相当优遇，回民能参加科举考试；许多人也能在文武两途出仕，尽管其职位通常并不很高，但从1762年起清帝颁发了歧视他们的严厉的法律。例如陕西和甘肃的回民犯了盗窃和抢，劫罪必须充军到云南和贵州，有时还处以终生戴枷这比其他中国人在犯同类案件时轻科的笞刑要重得多。
这种反回民的法律要比清代最早的重大回民叛乱早约二十年；当然这些回民叛乱又加剧了清朝官员对以清真寺为中心的社会的疑惧。汉民由于十九世纪初年的生活日益困难，就更加把回民看成是土地占有和贸易方面的对手。
汉民和回民打官司的时候，裁决很少对回民持平正态度。汉族官员本人有偏见，满族官员又通常左袒汉民，这让汉回之间的矛盾越发尖锐。
至广西太平天国起事后，各地都兴起了团练，俗称为勇。
清代的勇与兵有严格区分，勇是团练即民兵，兵是正规军。咸丰末年为了对付太平军，河南巡抚严树森曾招募了六百名陕西回勇往开封协防，事毕后回陕遣散，为陕西团练大臣张芾所留用。
适逢太平天国扶王陈得才勾结捻党，在同治元年从河南经由武关入陕西，陕西大乱这批被征的回勇乘乱散走。一批原籍同州、散伙归家的回勇走到华州（今陕西华县）圣山小张村，有个回勇看上了村边的竹子与姓王的园主商定，每斤铜钱20枚购买。正在砍竹子时主人的父亲来了。
老头得知卖竹子的情况后，觉得价钱低了，想反悔。但是，老头不是责怪自己的儿子不会做买卖，而是诬陷砍竹子的回勇是偷竹子，双方发生了冲突。任谁也没想到，这一冲突竟然导致了一场惊天动地的大乱。
只是在钦差大臣多隆阿（1817—1864年）到达以后，清朝才开始转败为胜。多隆阿原来是一名八旗军军官，因胡林翼的提拔而升任湘军将领（在他麾下的那一部分湘军名为楚勇）。1861年多隆阿帮助曾国荃从太平军手中收复了安庆，他自己在1862年攻克了桐陵。
1863年3月，多隆阿的勇营攻占了陕西东部作为东干人主要基地的两个市镇。他在8月间打破了对西安的封锁，把回民赶到了陕西西部。1864年3月他死于对侵犯陕西的四川太平军的战役中，这时他已扑灭了陕西省的回民叛乱。可是大批陕西回民却逃入甘肃，参加了在那里早已叛乱且人数众多的回民部队。
陕西的叛乱显然是汉族官绅挑动起来的，但甘肃的叛乱却是回民首先发难的，马化龙的新教教徒则在其中起了很大的作用。早在1862年10月某些回民领袖就传话，说清朝即将大肆屠杀回民，所以他们组织起来包围了灵州这个位于马化龙基地金积堡以北四十余里的大城市。
与此同时，回民在甘肃东南部攻打了固原，这是横跨一条交通要道的战略冲要城市。驻兰州的总督恩麟发现只有和为上别无他法。在他的建议下，1863年1月北京为甘肃下了一道特旨，重申对回民的不歧视原则。但是甘肃与陕西一样，回汉双方地方队伍都倍蓰增加，冲突与日俱增，所以四年之内除省城和其他少数几个城市外，全甘肃省几乎都被回民部队占领。
这样的状况，是朝廷怎么也不可能接受的，此时又有捻匪人马冲入陕甘等地四吓唬滋扰，朝廷担心陕甘登第彻底失控，急忙调派闽浙总督左宗棠率部前来平乱……