作为邻居，云南又与广西接壤，吴可怎么可能忽视云南境内发生的战事？
先不说吴可跟劳崇光之间的龌龊，单单防止云南乱象波及到广西这个理由，便足以两广清军派出一支精锐人马，堵在云南与广西交界之处。
更何况云南同时还与缅甸以及安南接壤，两广若是想将影响力在这两处藩属国扩散的话，必须得有云贵两地的鼎力支持不可。
眼下对吴可来说，云贵总督劳崇光越倒霉越好，这样两广若有需要的时候，劳大总督也没胆子拒绝两广的提议。
所以，尽管朝廷下旨要求两广清军出兵云南，帮助云贵总督解决境内叛乱问题，吴可一边派兵堵在云南与广西交界之处，一边坐山观虎斗谁也不好多说什么。
……
1868年2月19日，回民叛军杨荣等部北路军攻陷富民，西路军占领安宁。20日，上述两路叛军人马进至昆明城郊：北路军由富民进占昆明西北的团山、大普吉、梨烟村、夏家窑一带；西路军由安宁攻占昆明西面的碧鸡关、高嶢、梁家河、普坪等村寨，气势逼人清军根本无从抵挡。
28日，南路军攻陷易门。杜文秀部叛军东征的节节胜利，使清军中的许多回族将领备受鼓舞，昆阳杨振鹏、新兴田庆余、澂江张元林、曲靖马天顺、寻甸马世德等，“悉举所据地方响应”，杜文秀见机扩大声势均授予大司之职。
不得不说，杜文秀这厮确实文武双全，并且在掌控大局以及寻觅战机方面是一把好手，起码表现比北方的同行捻军首领要强得多。
3月9日、10日，在杨振鹏、田庆余等配合下，南路叛军袭占了晋宁、呈贡，随后即进占昆明城南的西岳庙、五华寺等处。至此叛军从北、西、南三面包围了省城昆明，难怪云贵总督劳崇光惊呼：“人心惊惶，省城危在旦夕”。
朝廷令云南巡抚刘岳昭率领所部湘军火速由黔入滇，以解昆明之围。在刘岳昭到达之前，防守昆明的署理提督马如龙因在城外作战屡败，退入城内采取“以防为剿”的方针坚守不出，等待援军达到。
他以“谋叛”的罪名捕杀了总兵合国安等数名回族将领，设立巡防总局强迫军民日夜登城防守，并以自己和劝捐得来的资财充当军饷以安定军心。
在如此有利的形势下，兵力居于优势的围城叛军不是一鼓作气向昆明城发动猛攻，而是列兵城下利用附城的寺庙、堡寨，筑墙挖壕，企图凭借坚固的营垒“坐困”城中清军。
这种持久围困的方针，使清军争得了时间，以调整力量调派援军向叛军反扑。无疑这种局势，对于远离根据地的叛军是极为不利的。
而且，十万叛军虽然包围了昆明，但对城东封锁不严，金马寺至宜良的通道没有完全截断，城内清军仍可由此得到粮食接济以苟延残喘。
十万叛军为阻截云南布政使岑毓英的援兵，曾准备控制曲靖，可惜由于行动不迅速果断此计未行，而岑毓英的援军已进到昆明城下，从而使围城形势变得扑朔迷离复杂起来。
从这其中，便可看出回民叛军的不成熟来。
为此，吴可还特意招来军中将校进行分析，一致认为回民叛军放着大好人数优势不紧急攻城，反而还玩围城这种伤敌一千自损五百的手段，这表现就很不如人意，根本就没有利用好叛军高涨的士气和如虹的斗志。
究其原因，还是杜文秀部上下没能达成一致意见，或者说杜文秀坐镇后方不能第一时间掌握前线局势，以致错失作战良机。
为了让小弟们记住教训，吴可特意将此战例作为反面教材，加入军官培训班的课程之中，让小弟们明白抓住战机的重要性。
1868年3月6日，云南布政使岑毓英督率三万余清军，由曲靖赴援昆明：游击杨玉科率兵一部绕道四川会理，出奇兵抄袭围城清军后路；岑毓英自率主力，进攻昆明城外的叛军一部。
为了达成进攻的突然性，岑毓英扬言师出陆凉（今陆良），实际取道马龙、宜良，于3月14日秘密地进至离昆明七十里的七甸。随即指挥清军由黄土坡、水海子一带向叛军一部发起进攻，数日之内即占领了大小石坝、小板桥、官渡等地，切断了呈贡和江右馆叛军大营之间的联系。
为了夺回小板桥要隘，叛军扬威大都督蔡廷栋、大司戎马国春会同大司略杨振鹏、大司抚田庆余等率领数万叛军部队，于3月25日由呈贡猛攻该处清军。
清军则扼守要隘以逸待劳，顶住了叛军发起的一波波锐利攻势。待叛军人马疲惫之时清军猛然出击，将措不及防的叛军击败。
接着，清军又攻占了昆明城东金马寺、古庭庵、大树营等地。这时岑毓英部副将杨国发等亦在杨林、大板桥等地扎营，准备进攻嵩明、寻甸。这样清军就打通了省城东面的通道，保证了城内外清军的粮饷供给。
之后岑毓英指挥清军继续向江右馆、石虎冈等叛军据点进攻。叛军凭借坚固的工事顽强抵抗，由于这些据点挖有地窖、交通壕和池塘，清军开花大炮的威力无法充分发挥，因此进攻难以奏效。
同时，为了牵制进攻的清军，并重新控制滇东通道，切断清军的粮食补给，驻守晋宁的叛军大司治张元林在击败临安兵练之后，乘胜进攻呈贡清军军营；蔡廷栋、李芳园联合寻甸、嵩明等地叛军，猛攻岑毓英部清军占据的杨林。
呈贡、杨林同时吃紧，云南布政使岑毓英不得不“以杨林为东路咽喉”，只得“先其所急”，于5月7日亲自率部增援杨林。
5月上旬，新任云南巡抚刘岳昭率二万余清军由贵州毕节到达曲靖，他认为“心须进攻寻甸，方可早解省围，争保东路”，因而决定亲率所部湘军往攻寻甸，令云南布政使岑毓英配合马如龙解昆明之围。
岑毓英在勉力解了杨林之围后，于7月初回到昆明城外距城十二里的响水闸大营，继续向昆明城郊叛军据点发起进攻。之后清军以巨大的伤亡为代价，占领了地处呈贡、宜良进省要道上的石虎冈和另外少数几个据点，但由于寻甸、澂江、新兴等地叛军不断供应粮米弹药，围城叛军仍可以凭借工事长期固守，使清军一时无法解除省城之围。
见此情况，云南布政使岑毓英决定改变战法，由马如龙坚守昆明，以一部兵力牵制围城叛军，而以主力围攻昆明外围州县的叛军一部，企图先“去其羽翼”，然后集中力量消灭孤立无援的围城叛军人马。
8月，岑毓英率其主力亲赴呈贡前线，指挥清军作战。这样连同杨玉科部滇军在内，清军在昆明外围东、南、北三个战场上，与叛军展开了激烈的争夺战。
晋宁、呈贡为昆明以南的重地，在昆阳、新兴等地叛军的支援和配合下，驻守晋宁的叛军大司治张元林、驻守呈贡的大将军马开义各率叛军作战极为卖力，多次击败来犯清军之进攻。
云南布政使岑毓英到呈贡前线时，正值晋宁和昆阳叛军在击溃临安兵练之后，前来救援呈贡，他趁晋宁城内叛军兵力薄弱之机，令署总兵梁士美部偷袭晋宁。
8月19日傍晚，梁士美遣其弟梁士伟率军由江川（今江川江城）出发，夜行八十余里，绕过叛军的营垒，于20日凌晨前抵达晋宁城外。
守城叛军疏于防守，清军夺门而入。叛军大司治张元林率部下奋力反击，驻扎城外的叛军也适时入城与之配合，挫败了清军一举夺占全城的企图。
岑毓英见此无法，一面令游击何秀林、王正坤等猛攻呈贡，牵制叛军兵力，一面派游击岑宽德、都司刘重庆等带兵二千六百人由水路援晋宁。
梁士伟因在城内进攻受阻，即分兵一部，与援军内外夹攻，占领了晋宁城外四乡。昆阳杨振鹏率叛军一部援救，遭水陆两路清军阻截未能到达。
8月底，清军攻占晋宁北面的归化，截断了晋宁、呈贡之间的陆路交通。接着岑毓英又派总兵马忠等带兵三千名，由归化向晋宁进攻，截断了晋宁通澂江、昆阳的通道。晋宁叛军顿时孤立无援形势危急，但张元林仍率叛军人马在城内与清军相持不下。
云南布政使岑毓英见晋宁一时难以攻下，便令何秀林、王正坤日夜不停地猛攻呈贡。尽管晋宁危急呈贡后路已断，叛军仍努力奋战打退了清军的多次进攻。
9月29日，岑毓英“传齐各营，填壕而进”。清军四面架梯登城，冲入城内。叛军与清军展开巷战，奋战一夜大将军马开义等三千余人站死，呈贡终于失守。
直到这时，坐镇贵阳遥控指挥前线战事的云贵总督劳崇光，这才稍稍松了口气感觉压力不那么巨大……