简文帝只当八个月
桓温废掉司马奕，改立司马昱当皇帝，被称为晋简文帝。当时，司马昱已经五十三岁了，而且身居丞相高位，辅政多年，论名望和能力，确实比司马奕强得多。可惜，司马昱似乎没有当皇帝的命，他称帝只有八个月，就患病去世了。
《晋书》记载，司马昱，是晋元帝司马睿最小的儿子，他自幼聪慧，深得父亲宠爱。郭璞评价司马昱说：“振兴晋朝的，必是此人。”郭璞是两晋著名文学家和风水学家。
司马昱长大以后，满腹学问，尤其擅长玄学，喜欢清雅的谈论，权力欲望却不是太强，史称：“清虚寡欲，尤善玄言。”
司马昱两岁被封为琅邪王，八岁改封为会稽王；十四岁进入朝廷，任侍中、右将军；二十岁时升任抚军将军，兼领秘书监。司马昱忠于职守，做事认真，受到人们称赞。
司马昱二十五岁时，晋康帝司马岳病重，他的儿子不到两岁。辅政大臣庾冰建议，立年长的司马昱为帝。丞相何充反对，认为不符合父死子继的继承制度。晋康帝听从何充意见，把皇位传给幼子晋穆帝，褚太后临朝摄政。庾冰、何充死后，褚太后诏命司马昱辅政，总理朝中事务。
公元347年，桓温攻灭成汉，平定蜀地，权威日盛。司马昱担心桓温势力坐大，对朝廷不利，便请出名士殷浩辅政，与桓温抗衡。殷浩是个大学问家，精通玄理，酷爱《老子》，隐居十年，不出仕做官，志向高雅而久负盛名。可惜，殷浩只会清谈，没有治国才能，徒有虚名，不是桓温对手，最后被免官为民，内外大权都落到桓温手里。
司马昱是个正人君子，桓温对他很尊重。有一次，司马昱和哥哥司马晞同坐一辆车，在行进途中，马突然受惊，奔跑起来。司马晞吓得脸色苍白，想要跳车，司马昱却端坐不动，镇定自若。桓温对人说：“司马昱是个贤能之人。”
晋穆帝十九岁就死了，晋哀帝司马丕继位，不久因服丹药中毒而死，司马奕继位当了皇帝，司马昱升任丞相。司马昱作为三朝元老，始终尽心尽责地辅佐朝廷。当时，皇帝走马灯似地轮换，司马昱是正统皇族，又是辅政大臣，他如果有异志，占据皇位并非难事，可他并没有这个念头。可见，司马昱是没有野心的。
公元372年1月，桓温奏请褚太后同意，废掉司马奕，改立司马昱为帝。在褚太后批复的当日，桓温带领百官，去会稽王府迎请司马昱。司马昱在朝堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面向东方流涕，叩拜接受皇帝的印玺授带，登基为帝。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。
桓温扶立了简文帝，觉得功劳巨大，很想自夸表功一番，可是，简文帝每次见他，都流泪涟涟，弄得桓温十分尴尬，一句话都说不出来。
司马昱虽然当了皇帝，但大权仍然在桓温手里控制着。不过，司马昱毕竟辅政多年，年龄大，阅历和经验都很丰富，能够对桓温起到一定的制约作用。
司马昱的哥哥司马晞，喜好习武练兵，遭到桓温忌惮。桓温诬陷司马晞谋反，奏请处死，司马昱不肯。桓温再次上奏，语气严厉，非要杀了司马晞不可。
在朝堂上，司马昱温和地对桓温说：“爱卿，如果您觉得晋朝能够长久，就按朕说的去办；如果您认为晋朝大势已去，朕就把皇位让给您。您看怎么样？”简文帝语气平和，但说的话分量很重，绵里藏针。桓温听了，汗流色变，不敢再逼。
简文帝为了抗衡桓温势力，提拔重用谢安、王坦之等人。谢安、王坦之十分贤能，后来挫败桓温篡权图谋，挽救了东晋。
司马昱是有名的书法家，他的作品《庆赐帖》，被收录到《淳化阁帖》中。
简文帝任命桓温为丞相，让他留在京师辅政。可是，桓温觉得还是军权重要，坚辞不受，领兵驻扎在离京师不远的姑孰（今安徽当涂县境内），摇控朝廷。后来，简文帝再次征召桓温入京，并增加食邑万户，桓温始终不来。
简文帝当了八个月皇帝以后，身患重病，急诏桓温入朝，一天一夜连发四道诏令，桓温都推辞不去。至于桓温不入京师的原因，有多种说法。有学者说，桓温是怕简文帝对他下手。笔者认为，这是有道理的，毕竟简文帝不是等闲之辈，而且对桓温早有戒心，桓温只有领兵在外，才是最安全的。
简文帝见桓温不肯来，也没有办法，于是立十一岁的儿子司马矅为太子。简文帝有七个儿子，前五个全死了，只好让第六子司马矅接班。简文帝临终写下遗诏，让桓温摄政，效仿周公，并写道：“少子可辅者，辅之；如不可，君自取之。”
王坦之见了遗诏，很生气，认为这是给桓温篡权一个最有利的借口，于是将遗诏撕毁，劝简文帝另写了一份，删去了那句话，并且将“摄政”改为“辅政”。不久，简文帝病逝，终年五十三岁。
桓温原来以为，简文帝临死会把皇位禅让给他，至少也要让他摄政，而今大失所望，怨愤不已，因此，他既不接受“辅政”，也不入朝。
在简文帝死了四个月之后，桓温带兵入京了，一时间，流言四起，人心惶惶，都说桓温此次入朝，是要铲除王氏和谢氏势力，颠覆朝廷。谢安、王坦之率百官到城外迎接，拜于道侧，许多人惊慌失措。面对险境，谢安沉着机智，处置得当，再加上桓温入京后，很快就病倒了，桓温只得返回姑孰，前后在京只有十四天时间。
桓温在病重期间，仍然念念不忘加九锡之事，多次派人催促。谢安、王坦之知道桓温快不行了，故意拖延，直到桓温咽气，九锡之事还没有办妥。
桓温死后，谢氏家族兴起，东晋政权进入谢氏辅政时期。