不论是移民安置还是军队整编，都是非常的繁琐麻烦。好在民政由沈廷扬等一帮文官负责，军政则有李彦直等一干幕府众人协助，任思齐只需要总体掌控即可。而崇明的一应制度都是从岱山制度复制照搬过来，根本没有多少创新之处，所以很快一切都步入了正规。
整个六月，崇明岛二十多万军民处于埋头展模式，而外面的形势越来越恶化了起来。
六月十日，来自杭州的使者抵达了崇明岛，带来了弘光帝的圣旨。
越国公，左都督，太子太保，这是弘光帝加封任思齐的新的爵位官职，然后让任思齐带领属下军队赶赴杭州勤王。
应付了使者之后，任思齐聚集众人议事，出乎意料的是几乎所有人都反对增援杭州。刘肇基茅十八等将领反对可以理解，毕竟岱山军刚刚从扬州撤离，遭受了巨大的损失，虽然补充到了总数达五万人，在崇明的军队也有四万多，可是士兵新募，还未训练，根本就没有战斗力。而且据江北哨探来报，一支人数达三万多的清军抵达了崇明对面的南通，有攻打崇明的企图。外有强敌，内部不稳，哪里能抽调出兵力增援杭州啊！将领们反对应召很正常，可是这次就连沈廷扬刘万春等文官也反对，按照沈廷扬的说法，即使岱山军抵达了杭州，也根本守不住，以弘光的尿性，说不定等不到援军到达他就逃走了。
从这件事可以看出，崇明岛上几乎所有的文武都对朝廷彻底失望。任思齐自己也知道，以岱山军现在的势力，根本做不到力挽狂澜，既然这样，还是呆在崇明闷头展吧。
......
多铎率领大军渡过长江之后，很快在南京与阿济格会合。然后按照摄政王多尔衮的命令，阿济格的西路军负责攻略江西湖广等地，而江浙一带则由多铎负责。
攻占了南京之后，阿济格及所部军队虽然没有屠城，却也抢了个盆满钵满。意得志满之下，阿济格率军撤离了南京，逆着长江西去，最后驻扎在九江。
阿济格率军离开之后，多铎立刻下令，分出属下一半的八旗兵给贝勒博洛，命令博洛攻向杭州，务必抓住逃到杭州的弘光帝，彻底消灭大明。
弘光政权在江南的军事力量本来就很薄弱，南都覆亡之后，江南各府县更是风声鹤吹、人无固志，纷纷望风归降。博洛所部沿大运河前行，水6并进，于五月三十日进入常州。六月初三日，清军前锋到达无锡。一路上，清军几乎未遇到任何抵抗。直到苏州附近，才有小规模的战斗生。
多铎入南京后，曾命降清的南明鸿护寺少卿黄家鼒为安抚使，前往苏州等地“索取降顺册”。五月二十五日，黄家鼒一伙人抵达苏州城外的虎丘，当夜，明苏州知府陈师泰弃城逃走。次日，黄家蠢等被迎入苏州城，官民们献上册籍，前来拜见。
二十九日，明监军副使杨文聪率五百黔兵由镇江逃至苏州。杨文聪以前来拜见谢赏为名，进入城中，将黄家蠢等二十余人一同执杀。六月初四日，博洛所部清军骑兵万余人经无锡向苏州奔袭，杨文聪自知不敌，匆忙率部逃走。清军前锋“人各二马”，，是一支度很快的骑兵部队，他们占领苏州后继续向东追击杨文聪。六月初八日，清军主力骑兵离开苏州，向杭州进，苏州郊外农田惨遭清军蹂践。次日，博洛率军经吴江进入浙江嘉兴。六月十二日，清军兵临杭州城下。
弘光帝是五月二十六日乘坐郑鸿魁战船到达的杭州，而在三日之前，马士英护送着邹太后沿着6路抵达了杭州。
由于南京朝廷一帮文武全体投降了满清，弘光到达扬州之后重建了朝廷。还是以马士英为内阁辅，以浙江巡抚张秉贞为兵部尚书，以嘉湖道吴克孝接任浙江巡抚。封定海总兵王之仁为武宁伯，调任苏州总兵，封浙江总兵方国安为镇东侯，令其兵分守千秋岭、独松关、泗安镇等处。又命令御马监太监李国翰、司礼监太监高起潜扼守平望。并四处下诏，诏令江浙一带的军队勤王。在苏松常州浙东各地，还有数万地方镇守军队。
然而，除了方国安、王之仁等部还听调遣以外，其他的各地的军队却都拒不奉诏，而是争先抢后的南京的多铎纳书投降。多铎派出的四处征伐的大军还未到，苏州常州无锡松江各府县已经先后投降，整个南直隶各府不复大明治下。
对于投降的府县，多铎仍旧任命降官担任原职，很多明朝官员摇身一变，从大明的知府知县变成了大清的，其他一切均未改变，于是投降的官员越来越多。除了崇明岛外，整个南直隶的全部官员均都投降，也包括江阴嘉定等地。
弘光帝已经被清军吓破了胆，派陈洪范为使者，试图与清军议和。谁知陈洪范却直接投降了满清，把杭州的底细尽数告知博洛，并且向博洛献出攻陷杭州之策。
回到杭州之后，陈洪范先是说服了兵部尚书张秉贞，继而和张秉贞一起劝说负责宫廷安全的马士英的儿子马銮。
谁都知道大明大势已去，再抵抗下去只能兵败被杀，若是投降大清的话，贝勒博洛许诺，会封马銮为杭州知府。在陈洪范的劝说下，马銮果断的答应了投降。
六月十二日，清兵进军塘西，直逼杭州城下。弘光帝再也坐不住了，重施旧计，试图逃到郑鸿魁的船上，再逃向福州。
马銮护卫着弘光出城，却没有往海边而去，而是直奔清军大营。弘光知道大事不好，哀求马銮不果，下了马车再不肯前行。马銮命令属下拖起弘光，可是慑于皇帝威严，他属下的士兵均不敢对弘光无礼。没办法，马銮和陈洪范二人一人抬着弘光的头部一人抬着弘光的双腿，硬生生的把弘光从马车上拖开。然后又马銮背负着弘光前往清营。
弘光哀求不果，狠狠的咬在马銮后颈上，直咬下一块肉来，鲜血从马銮脖子上不断流下，湿透了整个后背。
弘光被俘，方国安自知大势已去，率领属下军队退过了钱塘江。马士英虽然是个奸臣，却比儿子有骨气的多，也跟着退到了江东。
六月十四日，清军不费灰之力占领了杭州。博洛趁势派出使者招降浙东各府和避居在这一地区的明藩王。
避居在江浙一带的明朝藩王有潞王朱长淓，居萧山的周王，居会籍的惠王，住在钱塘的崇王，以及居住在临海的鲁王。
除了鲁王以路远，辞疾不至以外，其他各王都赶到了杭州，然后被博洛协同弘光一起送到了南京，后来随着多铎的撤军被押送回北京。
杭州陷落，弘光被俘，标志着南明朝廷彻底被灭，整个中华大地彻底沦陷。