1946年的洪赵战役后，由于晋冀鲁豫、晋察冀、晋绥解放区的主力部队忙于进行晋西南、晋北、汾孝和正太战役，而胡宗南为了配合向延安的进攻，又加强了对晋南三角地带的军事部署，因此，这一地带的不少地方又被胡军占领。这不仅使太岳解放区的巩固与发展受到了严重障碍，而且也直接影响到保卫陕甘宁边区，保卫延安的作战。因此，几乎与正太战役进行的同时，1947年4月4日，陈赓、王新亭指挥晋冀鲁豫野战军第4纵队和太岳军区部队（统称“晋南前线部队”）6个旅共5万余人，发动了晋南战役（亦即第二次晋南战役），以优势兵力，出其不意地向侵占晋南三角地带的胡宗南和阎锡山部发动了强大攻势。在4月5日至15日的第一阶段战役中，解放了翼城、新绛、稷山、万泉、河津、荣河、曲沃、浮山、绛县、猗氏等县城，以及蒙城、高显、侯马等重镇和河津县的禹门口，控制了同蒲铁路100余公里，切断了运城、临汾两地守敌间的联系，夺取了禹门口，又隔断了胡宗南军队的晋陕交通，使晋南、陕中之敌异常惊慌。由于它威胁了陕北胡宗南军队的后方，致使胡宗南徘徊于寻找陕北主力决战与抽兵援晋之间，这就有力地配合了人民解放军在西北战场上的作战，而晋南大地则恢复到了上年内战爆发前的局面，并使太岳区获得巨大的发展。在4月21至25日的第二阶段战役中又连克临晋、永济、虞乡、芮城、平陆、闻喜等县城，并解放霍县、赵城、洪洞县城及据点多处。至此，晋南大部分地区被解放，胡宗南、阎锡山部退缩于运城、安邑两地，企图固守待援。
晋南战役共歼灭胡宗南军队及地方保安团队2.2万余人，并收复解放县城25座及侯马、禹门渡、风陵渡等战略要地多处，解放了晋南300万人的广大地区，将胡、阎军队压缩在了运城、安邑和临汾3个孤立据点之内，使晋南局势发生了根本变化。此役直接配合了西北战场作战，给胡宗南部造成后顾之忧，并且也奠定了晋南前线部队向黄河以南转入战略进攻的基础。
从全面内战爆发到晋南战役结束，国共两军在山西整个军事斗争的情况中，可以看出，经过一系列的战役，形势愈来愈有利于，而越来越不利于国民党。人民解放军在防御作战中，由于在军事上重创了阎锡山、胡宗南等军队，并解放了大片地区，因此，它不仅在战略上有利地配合了解放军在西北战场上的军事斗争，粉碎了阎锡山、胡宗南相互配合进攻陕甘宁解放区的阴谋，消除了陕甘宁解放区东境的威胁，捍卫了中央所在地延安。而且，铲除了阎、胡所部设于各解放区之间的障碍，使吕梁、陕甘宁、晋察冀和晋冀鲁豫各解放区逐渐连成一片，为人民解放战争的进一步胜利开展，由分散作战到集中作战，由局部作战向整体作战方向发展，战线亦由内线向外线扩展，在军事、政治、经济等方面创造了有利条件。山西境内人民解放军进行战略反攻作战的时机已经成熟，而阎、胡两军则在与军队的较量中，损兵折将，丧失了大量有生力量，并且丢失了大片地区，使阎锡山的统治区域大大缩小，至1947年6月底，仅剩下了运城、临汾、大同、太原几个城市和晋中十几个县，迫使阎锡山由过去的向外开展转为向内收缩，在战略上处于了完全被动挨打的地位。
4、推行“兵农合一”，实施“平民经济”，阎统区经济更趋恶化
抗战后期，阎锡山在晋西南推行的“兵农合一”制度，虽然搞得民不聊生，怨声载道，但它却较好地解决了阎锡山的兵源、粮源问题，维持了阎锡山对晋西南地区的统治。而1945年10月26日，他飞赴重庆向蒋介石“述职”期间，蒋介石除安排他在国民政府总理纪念周上讲述了第二战区八年抗战之经过及有关重要军政措施外，还召集部会司处长以上人员参加的干部会议，请他讲述“兵农合一”制度推行情况及与争夺地盘的有效措施，同时，阎还应内政部等单位之请，讲述了山西推行“兵农合一”制度的成效。这就更使阎锡山感到他推行的“兵农合一”制度是成功的，是得到了蒋介石及其政府的认同和赞许的。他返回太原后，在一次会议上讲及赴渝经过时，其中就说道：“委员长对兵农合一的实施很赞成，叫我给大家讲讲。我在铨叙部、兵役部、内政部、地政署给科长以上的干部讲过几次，与陈布雷、吴达铨诸先生研究过几次，最后在高级将领会议上也讲述过一次。按中央党部的认识，以为非此不足以安定社会；兵役部的认识，以为非此不足以巩固国防；经济部的认识，以为非此不足以迎头赶上；教育部的认识，以为非此不足以提高教育；内政部的认识，以为非此不足以管理人民。大家虽各有各的认识，却都是一致的赞成！”（《阎锡山年谱》（六），第2234页）。因此，阎锡山不仅对实行“兵农合一”的重要性、紧迫性，从理论上加以阐述，以引起其部属的高度重视，而且采用各种方法，进一步加紧了“兵农合一”的实施。
阎锡山从重庆回到太原后，就有关“兵农合一”问题，又发表了许多言论。他说：“兵农合一的‘农’包括社会上的农、工、商、矿而言。‘兵’字是包括常备兵、国民兵和国防工业方面的工人而言”（《兵农合一》（上）第9页，以下凡引此书只注页码），这就大大地扩大了抗战时期的“兵”“农”的范围，完全成了“以兵农合一为纲”，而“以编兵农互助小组、划分份地及平均粮石（即粮银）”为目的（第1页）的一种制度。他还说：“这种制度，即是使兵农合一，耕战合一，劳享合一，收负合一的一种最合理的革命制度”。它“可使人人有工作，人人有生活；以工作保障生活，以生活管理行为，社会无争讼之民，可以不需刑法，能达成社会之理想”（第109页）。“兵农合一就是三民主义的耕者有其田，最和平、最彻底”，是“走向打通社会的不二法门”，“其他各种主义主张学派政论政策，都是得失参半，对错维均”，唯“兵农合一俱利无损的解决了社会问题，都是全对的”，甚至认为兵农合一补救了马克思主义的不足，马克思“死而有知，一定可以得到个安慰”（第104、105页）。因为“今天的‘兵农合一’，就是现代的‘井田制’”。是“历史上的原始的公道制度。在现在，则又成为更进步更新的革命制度”。它既是“历史上公道制度的发扬，同时也是现代革命制度的创造，是历史和向前进的产物”（第109页）。不仅如此，阎锡山还老调重弹，说是实行“兵农合一”，就可以“对内消灭阶级斗争于无形，对外防止国际侵略于未然”（第59页）。因为他一直认为土地私有是“赤化农村之导火线，为摧毁国家爆炸弹，只有兵农合一，才能消灭剥削，使人人幸福，个个平等”。所以，兵农合一，也是“为清除不平，防止毒祸之釜底抽薪之彻底办法”等等。
无论阎锡山在理论上给“兵农合一”增添了什么“新”的内容，也无论阎锡山把“兵农合一”吹嘘得如何之好，但“兵农合一”的本质并没有改变，它与中国周代奴隶制下的“井田制”，与隋唐时代实行的兵农合一的“府兵制”，可以说是一脉相承的，尽管因历史的发展和客观环境的限制，阎锡山对“兵农合一”赋予了一些“新”的内容，而其封建的性质并没有改变。阎锡山所以对这种封建的统治制度情有独钟，其根本的原因，就是抗战胜利后，他极力想恢复其对山西的独裁政治统治。而欲达此目的，就必须在经济上实行与之相符的制度。然而，客观现实的变化却不依他的意志为转移。抗战胜利后，广大民众对于国民党的内战、独裁，越来越表示了强烈的不满，反对封建地主阶级和官僚资产阶级的斗争日益兴起。中国为了自卫反击，并最终推翻代表着封建主义和官僚资本主义的国民党的统治，实现无产阶级和广大劳动人民群众的阶级解放，在全面内战爆发之前，于1946年5月4日就作出了《中央关于清算减租及土地问题的指示》（简称“5·4指示”），明确提出了“解决解放区的土地问题是我党目前最基本的历史任务，是目前一切工作的最基本环节”。“5·4指示”的发布，无疑是对中国千百年来封建土地制度的否定，使孙中山早就提出的“耕者有其田”得到了有力的实施。这一指示发布后，清算减租运动，以及在此基础上尔后不久进行的土地改革运动，如火如荼地在各解放区迅速开展起来，并极大地影响到了国统区。面对如此形势，阎锡山不能不感到担忧。因此，他在竭力宣传其“兵农合一”以对抗领导的土改运动的同时，在行动上也加紧了“兵农合一”的实施。
阎锡山于抗战胜利后推行的“兵农合一”，其方法较之抗战时期更为残暴。因为他这次推行“兵农合一”，是通过其所组织的“解救团”到基层来展开工作的。他组织的“解救团”有25个，主要在晋中、晋北等地活动，而解救团所采取的方法则是“军事扫荡，军事掩护，建立区据点，进行村活动，河塌式的一村一村的实行‘兵农合一’政治”。“区组政军一元化的武装解救是推行‘兵农合一’的工具”（第30页）。因此，它并非像阎锡山所说的“教人民做，不替人民做，不任人民做”，“不包办，不放任自流，引导人民来做”，而完全是在军事武装强制之下推行起来的。并且“解救团”的干部下乡推行“兵农合一”时，先要“调查村中的好人坏人，坏人扣押若干，好人推崇若干”，而其所谓的“坏人”，实际上就是对“兵农合一”的反对者，如果被定为“坏人”，就会被扣押，这无疑是要用恐怖手段来压制民众。
在“兵农合一”的具体实施办法上，根据阎锡山对“兵农”二字所作的解释，较抗战时期有了一些变化，即在“编组”上，兵农互助小组由3人改为了6人，1人当常备兵，5人领种份地当国民兵。常备兵从18岁到22岁壮丁中抽拨，比原来的到47岁，缩小了25岁。国民兵每人出优待粮3石，棉花5斤，共粮15石，棉花25斤，以粮6石6斗、棉花15斤给常备兵，以粮8石4斗、棉花10斤，优待常备兵家属。平时常备兵在营服役1年，转入工厂工作2年，战时仍为在营服役3年。从此在营士兵不发饷，在厂工人不发工资。优待同组的常备兵家属粮食比过去的5石增加了3石4斗，棉花与过去一样。除兵农互助小组以外，又有兵矿、兵工、兵商、兵艺、兵运、兵磨、兵林、兵牧等互助小组。在“份地”上，将过去的“20石作为1份的标准”，改成了“以足够两个人耕种为标准”，每份地纯收益也由过去的20石改为能养活8口人为计算标准。在“均粮”上，也由过去的“各县原有粮银，以不增不减为原则，偏高偏低时由全村‘调剂’、县‘补救’”的办法，改成了按土地正产量评定土地等级，并参照“土地法”地租不得超过正产量37.5%的规定，作为领份地人一切负担之标准，拟定各等地粮石累进标准表，作为均粮尺度，以定各登记地粮额。实施办法只所以会发生这些变化，从客观上而言，主要是由于抗战胜利后，阎锡山乘机“开展”了大片地区，阎统区人口增多，兵源已不像过去那样紧张，所以，常备兵年龄的上限由47岁，降至22岁。同时，随着阎统区耕地面积的扩大，以及一些平川地区被“开展”后，土地质量也比晋西南地区要好，阎锡山为提高土地的利用率，并显示其“公平”，也在“份地”和“均粮”上进行了一些调整，但更重要的则是阎锡山为了从人力和物力上保证其反人民战争的进行，一方面使常备兵的年龄年轻化，以提高其作战能力，一方面大幅增加兵农互助小组负担的粮花，以供养其不断扩充的军队。