墓被盗经过
1028年，在她死后十九年，她的“万年吉地”被军阀孙殿英炸开，不但尸骨尽遭暴露、羞辱，随葬的奇珍异宝也被洗劫一空。慈禧遗体被抛出棺外，嘴里的宝珠被抠走。
盗案发生后，溥仪派载泽、耆龄、宝熙等人到东陵对慈禧的遗体进行了重新安葬。载泽等人钻进地宫，见慈禧遗体趴在棺盖上，头朝北，脚朝南，左手反搭在后背上。在地宫里已暴尸40多天，遗体上出现了许多斑点，长满了白毛。
载泽等人见内棺尚完好，可以继续使用，于是命旗妇用一块黄绸子将慈禧遗体盖上，将一件黄缎褥铺在遗体一侧，然后慢慢翻转尸身，正好将遗体仰卧在黄缎褥上。只见慈禧面色灰白，两眼深陷无珠，颧骨高隆，嘴唇有伤痕。众人帮扶着，用如意板将慈禧遗体抬入棺内，如意板未撤出。遗体上盖上一件黄缎被，把从地宫里拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黄绸子包好，放在被上。载泽又将当年得到的慈禧遗物——一件黄缎袍、一件坎肩盖在被上，盖上棺盖，用漆封上棺口，重殓完毕。[9]
三次入棺
第一次入棺是1908年死后第二天慈禧被殓入棺，1928年遭盗墓尸体被暴露在外，载泽等重新殓葬。第三次入棺是1984年文物局清理内棺搬出尸体。
1984年1月4日，国家文物局派来了几名专家，与清东陵文物保管所组成了一个清理慈禧内棺10人小组。第二天，清理小组依次揭取了被上的两件衣服，发现了包着慈禧指甲和牙齿的小黄包。当将黄缎卷走后，慈禧的遗骸呈现在眼前，她的脸部及上身用黄绸包裹着，下身穿着裤子，裤子上绣满了“寿”字，一只脚上穿着袜子。遗体仰身直卧着，头微微左偏，右手放在腹部，左臂自然地垂于身体左侧，两眼深陷成洞，腰间扎着一条丝带。遗体仍是完整一体的，全长153厘米。
清理小组用她身底下的如意板将遗体从棺中抬出，放在地宫的地面上。在棺内喷洒了防腐消毒药液后，又将慈禧的遗体抬入棺内。这是她死后第三次被抬入这口棺中。然后将被、小黄包及两件衣服完全按原样、原位置放回。一切都恢复了原状后，又往棺内喷洒了一遍药液，盖上棺盖，封好棺盖口，木工们将残破的外椁修好后，套在了棺外。
如今，慈禧的遗体仍完整地躺在棺木内，保留着1928年第二次入殓时的原样。