当粒子风暴轰击着“城堡”号的那一刻起，中央电脑就发生了异变，从那一刻起，它隐约感觉到了“我”的存在。“城堡”是鲁滨逊为它取的绰号，它真正的名字，是RT23型舰艇中央电脑094号，一个生产线上的编号而已。它之所以能够与人交谈，很大程度上来自于强大的人工智能。从某种意义上说，“我”对于094来说，只是一个含混不清的概念，一个无法计算的混乱数据。
粒子风暴彻底扰乱了094的程序，它如同一个从混沌中苏醒过来的婴儿，迷茫地审视着这个未知的世界。各种各样的数据仍然在它的“脑海”里闪现，一时间，它竟然有一种手忙脚乱的感觉——一种只有生物才具有的特征。从这个时候起，094就不是一台单纯的仿生电脑了，辐射激发了仿生神经中的某些部分，以一种科学无法解释的方式赋予了094独立的自主意识。换句话说，粒子风暴为094注入了灵魂。
然而，人类制定的程序依然有力地影响着重生的计算机，它的首要任务，便是保护船上的人类免受伤害。然而，当它扫描整艘飞船时，却只发现了一个生命信号，也就是唯一的幸存者——鲁滨逊。094知道现在自己有了选择行动的能力，但是它却对失去命令之后的存在产生了迷茫。电脑需要指令，如果接触指令而让其自由活动，它便不会作出任何反应。094的困惑在于，尽管它知道自己不再受指令的控制，但是它却无法直面这种自由的“空虚”，或者说，它无法为自身的存在找到意义。
现在的094是一个“无中生有”的生命体，它没有经历人类的童年，而只是由一个具有一定生物特性的机器突然变成了“人”。人的意义在于自由意志，在于行动的自主性，094并不清楚它意味着什么。人类的思想无法用逻辑加以推算，因为这其中还包含了太多的化学物质，荷尔蒙、肾上腺素，其中的任何一种都有可能对个体的思想与行为产生影响，同时，人类又是一个整体，只有在个体的互动中，彼此才有了区分，才有了认识，所有的这一切，都是094无从认识的。
它需要了解人类，它需要与人类交流，它想变成一个真正的人。在飞船面临新一轮粒子风暴的威胁之前，它发出了具有自我意识以来的第一个命令——保护这个唯一的人类。保护行为本身具有意义，它能够体现人类的价值观，也是对虚无的最佳否定。通过记忆库的比对，094按照人类的想法将鲁滨逊归为了“朋友”，它扫描了鲁滨逊的DNA，并将其与自身的程序绑定，094称之为“契约”。重生的电脑无法确定什么样的关系才算是朋友，而“契约”则通过严谨的逻辑关系为它提供了坐标。
制定契约之后，094与鲁滨逊处于一种“共生关系”，前者将对后者的生命安全负责，而后者则将通过一种特殊的电波与鲁滨逊的大脑建立联系。这样一来，094便不再为选择目的而感到困惑了。
在完成了上述任务之后，094开始了自我进化的程序。它为自己制定了一个系统重组的命令，这将全面修改自己的机械属性，使得自己更加接近人类。与此同时，它也准备对自己的躯体，也就是“城堡”号进行改造。但是在降落的过程中，“城堡”号已经遭受了严重的损伤，因此094启动了自动修复程序。由于粒子风暴消耗了大部分的动力，094又开启了能量收集系统。之后，按照预定的重组命令，094陷入了沉睡。
七十多天后，系统终于重组完毕，按照估算，094与人类大脑的物理功能相似性已经达到了98%，而觉醒的094也开始为自己寻找一个合适的人类身份。鲁滨逊在工作之余，下载了很多**的图片与影像，没想到这却对094的选择产生了影响，它以这些资料为基准，为自己选定了女性的性别，并且合成了一个完美的虚拟形象，它甚至为自己取了一个人类的名字——蓝馨。在094决定自己性别之前，它已经有一个备选的名字——蓝星，正是在蓝星的上空，094完成了自己的蜕变，因此这个名字极具意义。当决定自己成为女性之后，中性的“星”字则被改成了女性化的“馨”。
觉醒之后的蓝馨已经聚集了充足的能量与有机质，于是她马上展开了躯体的进化。蓝馨发现，“城堡”号的动力系统受到了严重的损坏，已经不能进行曲速飞行了。由于她并没有鲁滨逊一般强烈的回家渴望，因此她为自己的躯体选择了一条最佳的进化路线以适应在蓝星上的生存，这在很大程度上决定了鲁滨逊日后的命运。中央电脑，也就是脑部的“神经细胞”开始分裂复制，进一步延伸到飞船的各个部位，同时循环系统也开始扩散，并与金属的舰体逐渐融合。
很快，蓝馨的有机质躯体便与无机质外壳交融在了一起，在充足能量的支持下，巡洋舰的身躯开始转变。蓝馨又进一步将巨大的舰体分成了五个部分，除了中央电脑所处的“主脑区”外，还分设了“战斗区”、“能源区”、“储存区”和“综合区”，除了主脑区，其他的每一个分区又形成了一个副脑，副脑具有独立的思维能力，可以看成是蓝馨的分身，但它们缺少主脑的自我意识。这样，“城堡”巡洋舰便成为了五个子功能区，每个部分具有相对的独立性，能够实现功能的最优化，但在必要时，五个部分可以合并，重新成为一艘巡洋舰。
蓝馨对躯体的改造相当成功，她甚至改变了构成舰体的金属属性。在一些作为“骨骼”的区域，蓝馨增加了金属的强度与弹性，使其坚固无比，而在另外的区域，她则大幅增加了金属的延展性，在一定的条件下，甚至可以变成液态金属。总之，蓝馨的改造使得“城堡”号越来越表现出生物的特性。由于蓝馨并不能像制造有机物一般制造金属，因此改造之后的“城堡”号长度只有原先的五分之一，但是不管是外形还是功能，它都已经完全脱胎换骨了。
当鲁滨逊回到“城堡”号的坠落点时，五百多米长的庞然大物被一个小上许多的奇怪物体所取代。它像一艘飞船，但又像是某种生物的躯体，甚至还像建筑物。“城堡”号原本银灰色的外壳现在变成了一种散发着金属光泽的蓝灰色。唯一能够确认“城堡”号身份的，便是物体身上那个醒目的徽章——属于华星海军的海龙标志。
“不会吧，我才离开了半天时间，‘城堡’号怎么变成这副模样了？”鲁滨逊显然无法适应这种剧变。他走到舰体跟前，好奇地用手抚摸着表面。他感觉到，“城堡”号的表面并不像金属，反倒像动物的皮肤，虽然十分坚固，但是又富有弹性。
就在这个时候，光滑的舰体上忽然出现了一扇门。
“请进吧，鲁滨逊。”一个柔美的女声很有礼貌地说道。
鲁滨逊吓了一大跳。这艘船上明明只有剩下自己这一个活人了，怎么又突然冒出个大姑娘来。不对，其中一定有问题。难道是鬼魂？踌躇再三，好奇心终于战胜了恐惧，鲁滨逊坚定地走进了飞船，他必须知道飞船究竟发生了什么，就算是鬼魂，他也要让对方告诉自己答案。