科学上某些方面的发现，可以证明佛说是真实的。如银河系星球的无量无边，宇宙的成住坏空，恒河沙数的微生物的存在，生物体的发光，自然现象和社会现象的因果律的存在等等。但科学并不能完全、彻底地解释佛学和禅学，更不能代替佛学和禅学。
禅与科学的基本不同点是：
首先，禅的修持是向内的，目的是明心见性；而科学研究是向外的，目的是研究物质现象。
其次，禅的修持是无限的，是超越空间、时间的；而科学研究是有限的，局限于四维空间。
第三，禅的修持是整体的，一为无量，无量为一，即法界观；而科学研究则是非整体地看问题，是有分别的。
第四，禅的修持是有形与无形的统一，而科学研究则只局限于眼前可见的，局限于有形世界。
第五，禅的修持是直觉的，而不是可形诸语言文字的概念，因为概念是有分别的，有限量的，狭隘的；而科学研究则离不开概念，否则思维分析无法进行。开悟与分别思维之概念活动更是大相径庭。概念的本质、作用与佛教的“三法印”完全相反。“诸行无常”，而概念则具常一之要求，否则科学研究无法进行。“诸法无我”，而概念则把事物固定起来，方可成为概念之本质，作为建立各种科学法则与科学关系之依据。“涅槃寂静”更是超越语言和概念的。概念活动要求对任何事物都应以语言来表达清楚，但概念只是思维之手段，仅为思想之外壳。而非事物之实质，为科学研究所必需；而于绝对、超越，一般经验所不及之处，概念思维活动就不得不止步了。涅槃乃绝对。概念必陷相对，以相对之概念，不可能表述绝对之涅槃。禅宗的“以心印心”，亦非语言概念所能表述，唯亲证其境者湛然自知。
禅是从全面、整体的角度观察宇宙事物，达到物我一如的境界。证无我空性，即诸法实相，此乃大智。禅无自他、心境差别，诸法平等，大悲大愿，与众生和谐相处，此乃大悲。科学发明促进物质文明的进步，利用厚生，提高人类的物质生活水平，诚为社会发展之基础。但物质文明倘无精神文明统率。则物质文明反为祸源。
科学研究若不以理性道德控制，则人类纵我制物，欲壑难填，物质利益的争夺必无止境。崇尚武力、穷兵黩武者肆无忌惮地在空中、海上、地下试制核武器、中子弹等杀人利器，破坏大自然，威胁人类的生存。最终必然毁灭人类。某些不法之徒为了一己之私利，利用现代科学成果，人为地制造污染，毁灭生灵。他们为了攫取不义之财，竟丧心病狂地以危害人类的健康为代价，真是罪大恶极！
因此，禅学功夫应作为科学工作者的清凉剂。禅学工夫绝不能贬低，更不能妄使科学驾驭其上。前述之学者把禅宗说得毫无价值，这是没有深入研究教理，没有对禅宗作全面深入的探讨而产生的误解。禅宗是佛教的心髓。它在中国哲学史、思想史、文化史上所产生的重大影响，并不是任何人可以随意否认的。
在世界历史上，不论是亚洲的中国、印度，还是欧洲的希腊、罗马，都有神话传说。但不能以神话否定正史的存在。中国古有《山海经》、《淮南子》、《封神演义》、《西游记》、《聊斋志异》等神话传说，但不能以此就否定《二十四史》的真实性。
神话是伟大人格的象征。如《西游记》的种种描述，实际上就是玄奘法师西行求法，孤征十七载，独行五万里，以大无畏的精神，为法忘身，冒九死一生的艰险，为追求真理而百折不挠的伟大人格的象征。《西游记》一书，并未影响《大唐西域记》、《大唐大慈恩寺三藏法师传》、《续高僧传?玄奘传》、《旧唐书?玄奘传》中玄奘法师生平事迹的真实性。
史志包括人物传记，即使在正史中，也有许多历史名人涉及灵异的记载，以及因果事实，这是客观存在的。我国西汉杰出的历史学家司马迁，他撰写《史记》的宗旨就是“欲以究天人之际，通古今之变”，“秉笔直书，彰往察来”。此后的许多著名历史学家都继承了这一优良传统，难道他们撰写的史籍都不可靠吗？
爱因斯坦在《关于科学的真理》一文中指出：“科学研究能破除迷信，因为它鼓励人们根据因果关系来思考和观察事物。在一切比较高级的科学工作的背后，必定有一种关于世界的合理性或者可理解性的信念。”佛教的基本教义就是阐明因果关系的因缘生法。佛教认为宇宙不过是一个因果联锁网，法与法彼此相望，互为因果，空间上无边无际，时间上无始无终。
就造因感果来说，有顺现受、顺生受、顺后受三种不同。顺现受是可以目前眼见的，顺生受和顺后受虽然不能现见，但由因知果，是可以比知的。这就是爱因斯坦所说的这个世界上存在着严格而合理的因果规律。这个因果关系的大网，是可见或可知的，并无神秘可言。
任继愈先生在其所著《中国哲学史》中说：“宇宙是无限广大的，人要认识客观世界，不能局限于耳目等感觉经验上，还必须运用理性思维的功夫进行判断和推理。”指出真理的认识，一凭经验，即感性认识；二凭推理和判断，即理性认识；偏执于任何一端都不可能全面认识真理。在佛教逻辑因明学中，感性认识属于现量，理性认识属于比量，正确的因明论断即根据此二量建立。
根据佛教经籍，在佛、菩萨的造像上，常常能见到一轮圆形的美丽光环，这是佛、菩萨的庄严相好之一，就是“光相”。它是佛、菩萨的智慧之光，可以遍照一切而无碍。这种光相，是否神秘呢？
《华严经》云：“应观法界性，一切唯心造。”又云：“心如工画师，能画诸世间，五蕴悉从生，无法而不造。”《心地观经》云：“心染则国土染，心净则国土净。”指出了发光的原动力就是心灵。众生由于无明烦恼蒙蔽了心灵，致人我横生，心境分离，界限森严，因而目光短浅，境界狭窄，往往一叶障目，不见泰山。佛、菩萨通过勤修戒定慧三学，由戒生定，由定发慧，内心如明镜，鉴照一切，通达无碍，自然发出清净的光辉——智慧之光，照彻大千。
现代科学实验也证明，生物体是可以发光的，并不神秘。四十多年前，苏联科学院院士华西列耶夫通过科学试验证明，人体一秒钟内能发射2500周的电波，他名之曰“生物电流”。发射电波者能使所忆念的远在千里之外的亲人，产生耳热、面红、心悸等反应。又如1911年英国医生华尔德?基尔纳通过用双花青素染料涂过的玻璃，观察到人体表面有一厚达十五毫米的彩色光层。现在科学研究已经证实，这种人体表面的彩色光层一般分为三类：一是荧光，系由于生物体内荧光酶的化学作用所产生。二是生物体内正离子与负离子发生电化学反应引起发光。三是生物体内的细胞膜中的不饱和脂肪酸被氧化，能量以光的形式表现出来。这种彩色光层会随着人体的思维活动、健康状况诸因素而变化。
印度瑜伽行者用实践证明，由意念可以产生意念身，即在意念世界中显现出一个组织精密、色调生动的身影。如一个人有强烈的爱心，则他的身影便会呈现出娇艳欲流的玫瑰色。如一个人有急欲救助病人的慈善心理，则其身会放射出洁白如玉的光气环。再如一个人急欲安慰某个精神沮丧的亲友，则他会以金光闪耀的天使姿态出现在亲友面前。除了电波和光环之外，一个怀念亲友的人会主动地投射出一股意识流，借以增强亲友与逆境搏斗的能力。
大乘佛教经典告诉我们：“菩提心为因，大悲为根本，方便为究竟。”大乘菩萨行者，由于心胸广大，有殊胜的智慧，施乐拔苦的慈悲，就能放射出灿烂的光环，克服艰难险阻，战胜邪魔，发扬正义。这三句话是学佛者的心珠，依此灵明的心珠，就能放射出五色的光环。太虚大师说：“此三句摄显密性相，一切佛法尽。一切佛法，皆依此三句而建立。救世利人之精神，亦依此三句而发挥尽致。”
综上所述，可见主观能动力（心）是改变和推动物质的主要力量。但一般科学工作者（包括社会科学工作者）却只强调物质和自然界的力量，而忽视甚至否定了心（意识）的力量，偏执一端，这是片面的、错误的。
佛教的法相唯识学，不否定一切现象，分析精深完备，主张发挥心的主观能动力，即是“识变”。可以说，法相唯识学是研究如何发挥心力，以认识和改造自我及客观世界的学问。
心灵可以发射光辉，正如佛经所说：“心光照大千”，这是真实不虚的。在一定程度上，此心光能转变为神通。佛教修持方法的次第，即由戒生定，由定生慧，由慧引发神通（神通指神奇的超常能力，一般所说的“六神通”为：神足通，天眼通，天耳通，他心通，宿命通，漏尽通）。